Difference between revisions of "Team:NUS Singapore/Notebook/Group3"

 
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    <title>Interactive Points | Codrops</title>
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              <!--Sidebar button-->
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                    <!--Header-->
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                              <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore"><img id="nus_logo" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/1d/T--NUS_Singapore--header_left.png" style="height: 130%; margin-top: -10px; left: 0px; position: absolute;"/></a>
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                  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore"><img id="nus_logo" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/1d/T--NUS_Singapore--header_left.png" style="height: 130%; margin-top: -10px; left: 0px; position: absolute;"/></a>
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                              <a href="http://www.science.nus.edu.sg"><img id="sci_logo" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/2/21/T--NUS_Singapore--NUS_Science_logo_grey.png" style="height: 70%; margin-top: 25px; right: 0px; position: absolute;"/></a>
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                              <a href="http://sps.nus.edu.sg/alpha"><img id="sps_logo" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/ec/T--NUS_Singapore--SPS_Logo_High_Res_grey.png" style="height: 60%; margin-top: 25px; right: 280px; position: absolute;"/></a>
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                              <div style="height: 7%; background-color: rgb(217, 215, 215); width: 100%; bottom: 0px; left: 0px; position: absolute;"></div>
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                          </div>
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                </div>
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                          <div class="ha-header-bottom" style="text-align: center;">
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                <div class="ha-header-bottom" style="text-align: center;">
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                            <a><h1><a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore" style="color: black; font-weight: lighter;">iGEM 2016 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; NUS SINGAPORE</a></h1></a>
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                  <a><h1><a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore" style="color: black; font-weight: lighter;">iGEM 2016 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; NUS SINGAPORE</a></h1></a>
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                        </div>
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                </header>
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                <!--End of Header-->
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                <!--Side Bar-->
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            <!--Side Bar-->
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                <nav class="st-menu st-effect-1 list-group panel" id="menu-1" style="overflow: auto; z-index: 100; background-color: rgb(179, 179, 179);">
+
<nav class="st-menu st-effect-1 list-group panel" id="menu-1" style="overflow: auto; z-index: 100; background-color: #E59500;">
−
                    <span><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/1e/T--NUS_Singapore--practice.png" style="width: 30px; height: auto; top: 35px; left: 35px; position: absolute;"><h4 style=" left: 75px; top: 25px; position: absolute; font-size: 17px;">NUS_SINGAPORE</h4></span>
+
<span><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/1e/T--NUS_Singapore--practice.png" style="width: 30px; height: auto; top: 35px; left: 35px; position: absolute;"><h4 style=" left: 75px; top: 25px; position: absolute; font-size: 17px; color: white;">NUS_SINGAPORE</h4></span>
−
                    <ul>
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<ul>
−
                        <li><a class="icon icon-home" id="menu-item-1" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore">Home</a></li>
+
<li><a class="icon icon-home" id="menu-item-1" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore">Home</a></li>
−
                        <li><a class="icon icon-project" onclick="growDiv('2')" id="menu-item-2" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Project">Project
+
<li><a class="icon icon-project" onclick="growDiv('2')" id="menu-item-2" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Project">Project
−
                            <span><img id="sidebar-arrow-2" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"></span></a>
+
<span><img id="sidebar-arrow-2" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"></span></a>
−
                            <div class="grow" id="grow-2">
+
<div class="grow" id="grow-2">
−
                                <div class='measuringWrapper'>
+
<div class='measuringWrapper'>
−
                                  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Project/Wet_Lab" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Overview</a>
+
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Project/Wet_Lab" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Overview</a>
−
                                  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Model" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Modelling</a>
+
 
−
                                  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Proof" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Proof of Concept</a>
+
<a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Model" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Modelling</a>
−
                                  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Demonstrate" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Demonstration</a>
+
</div>
−
                              </div>
+
</div>
−
                          </div>
+
</li>
−
                      </li>
+
<li><a class="icon icon-notebook"  id="menu-item-9" onclick="growDiv('9')"  href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook">RIOT Sensor
−
                      <li><a class="icon icon-practice" onclick="growDiv('3')" id="menu-item-3" href="#">Human Practices
+
<span><img id="sidebar-arrow-9" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"></span></a>
−
                        <span><img id="sidebar-arrow-3" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"><span></a>
+
<div class="grow" id="grow-9">
−
                            <div class="grow" id="grow-3">
+
<div class='measuringWrapper'>
−
                                <div class='measuringWrapper'>
+
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Description" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Description</a>
−
                                  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/HP/Silver" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Survey</a>
+
<a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Proof" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Proof of Concept</a>
−
                                  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/HP/Gold" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Business Plan</a>
+
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Demonstrate" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Demonstration</a>
−
                                  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Integrated_Practices" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Integration</a>
+
−
                              </div>
+
</div>
−
                          </div>
+
</div>
−
                      </li>
+
</li>
−
                      <li><a class="icon icon-collaboration" onclick="growDiv('4')" id="menu-item-4" href="#">Collaborations
+
<li><a class="icon icon-notebook" id="menu-item-5" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/RIOTResponder">RIOT Responder</a></li>
−
                        <span><img id="sidebar-arrow-4" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"></span></a>
+
<li><a class="icon icon-notebook" id="menu-item-5" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/RIOTInvader">RIOT Invader</a></li>
−
                        <div class="grow" id="grow-4">
+
<li><a class="icon icon-practice" onclick="growDiv('3')" id="menu-item-3" href="#">Human Practices
−
                            <div class='measuringWrapper'>
+
<span><img id="sidebar-arrow-3" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"><span></a>
−
                              <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Collaborations" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Melbourne</a>
+
<div class="grow" id="grow-3">
−
                              <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Collaborations" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Hong_Kong_HKU</a>
+
<div class='measuringWrapper'>
−
                              <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Collaborations" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">ETH_Zurich</a>
+
                                                                          <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/HP/Silver" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Survey</a>
−
                          </div>
+
                                                                          <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/HP/Gold" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Business Plan</a>
−
                      </div>
+
<a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Integrated_Practices" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Integration</a>
−
                  </li>
+
</div>
−
                  <li><a class="icon icon-notebook"  id="menu-item-9" onclick="growDiv('9')"  href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook">PARTS
+
</div>
−
                    <span><img id="sidebar-arrow-9" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"></span></a>
+
</li>
−
                    <div class="grow" id="grow-9">
+
<li><a class="icon icon-collaboration" onclick="growDiv('4')" id="menu-item-4" href="#">Collaborations
−
                        <div class='measuringWrapper'>
+
                                                                <span><img id="sidebar-arrow-4" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"></span></a>
−
                          <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Description" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">Parts Registry</a>
+
<div class="grow" id="grow-4">
−
                      </div>
+
<div class='measuringWrapper'>
 +
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Collaborations#MELBOURNE" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">MELBOURNE</a>
 +
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Collaborations#HONG_KONG_HKUST" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">HONG_KONG_HKUST</a>
 +
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Collaborations#HONG_KONG_HKU" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">HONG_KONG_HKU</a>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</li>
 +
                                                        <li><a class="icon icon-notebook" id="menu-item-5" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Parts">Parts Registry</a></li>
 +
<li><a class="icon icon-safety" id="menu-item-5" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Safety">Safety</a></li>
 +
 
 +
<li><a class="icon icon-team" id="menu-item-6" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Team">Team</a></li>
 +
<li><a class="icon icon-notebook"  id="menu-item-7" onclick="growDiv('7')"  href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook">Notebook
 +
<span><img id="sidebar-arrow-7" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"></span></a>
 +
<div class="grow" id="grow-7">
 +
<div class='measuringWrapper'>
 +
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook/Group1" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">I. RIOT Sensor</a>
 +
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook/Group2" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">II. RIOT Responder</a>
 +
  <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook/Group3" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">III. RIOT Invader</a>
 +
</div>
 +
</div>
 +
</li>
 +
<li><a class="icon icon-acknowledgement" id="menu-item-8" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Attributions">Attributions</a></li>
 +
                            <li><a class="icon icon-cup" id="menu-item-8" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Medals">Medals</a></li>
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</ul>
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</nav>
 +
<!--End of Side Bar-->  
 +
 
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              <div class="demos">
 +
                <a class="current-demo" href="index.html">Default Demo</a>
 +
                <a href="index2.html">Perspective Demo (Webkit only)</a>
 +
              </div>
 +
              <div style="position: absolute; height: 250px; width: 100%; background-color: black; z-index: -1;"></div>
 +
              <h2 class="ss-subtitle">Wet Lab Notebook: RIOT RESPONDER</h2>
 +
              <div id="ss-links" class="ss-links" style="z-index: 99;">
 +
                <a href="#st-container">Jun</a>
 +
                <a href="#july">Jul</a>
 +
                <a href="#august">Aug</a>
 +
                <a href="#september">Sep</a>
 +
                <a href="#october">Oct</a>
 +
              </div>
 +
              <div id="ss-container" class="ss-container" style="background-color: white;">
 +
                <div class="ss-row" style="right: 0%;">
 +
                  <div class="ss-left" style="left: 2%;">
 +
                    <h2 id="may" class="">Jun</h2>
 
                   </div>
 
                   </div>
−
              </li>
+
                  <div class="ss-right" style="right: -2%;">
−
              <li><a class="icon icon-safety" id="menu-item-5" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Safety">Safety</a></li>
+
                    <h2>2016</h2>
 +
                  </div>
 +
                </div>
 +
                <div class="ss-row ss-large">
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                  <div class="ss-left">
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                    <div class="log-content ss-circle-deco" style="margin-top: 20px;">
 +
                    <p>Overall Strategies</p>
  
−
              <li><a class="icon icon-team" id="menu-item-6" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Team">Team</a></li>
+
 
−
              <li><a class="icon icon-notebook"  id="menu-item-7" onclick="growDiv('7')"  href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook">Notebook
+
                    <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/13/T--NUS_Singapore--log3_1.png" style="width: 100%;"></p>
−
                <span><img id="sidebar-arrow-7" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/T--NUS_Singapore--scroll-down-arrow.png" style="position: relative; height: 20px; float: right;"></span></a>
+
                    <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/2/25/T--NUS_Singapore--log3_0.png" style="width: 100%;"></p>
−
                <div class="grow" id="grow-7">
+
                  </div>
−
                    <div class='measuringWrapper'>
+
                </div>
−
                      <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook/Group1" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">I. RIOT Sensor</a>
+
                <div class="ss-right">
−
                      <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook/Group2" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">II. RIOT Responder</a>
+
                  <h3>
−
                      <a href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Notebook/Group3" class="list-group-item" style="color: rgb(179, 179, 179);">III. RIOT Invader</a>
+
                    <span>1 June, 2016</span>
−
                  </div>
+
                    <a href="http://tympanus.net/Tutorials/TypographyEffects/">Milestone 1 : Overall cloning design</a>
 +
                  </h3>
 +
                </div>
 
               </div>
 
               </div>
−
          </li>
 
−
          <li><a class="icon icon-acknowledgement" id="menu-item-8" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Attributions">Attributions</a></li>
 
−
          <li><a class="icon icon-cup" id="menu-item-8" href="https://2016.igem.org/Team:NUS_Singapore/Medals">Medals</a></li>
 
−
      </ul>
 
−
  </nav>
 
−
  <!--End of Side Bar-->
 
  
 +
              <div class="ss-row ss-large">
 +
                <div class="ss-left">
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                  <h3>
 +
                    <span>12 June, 2016</span>
 +
                    <a>Milestone 2: Construction of pConst-LuxR-HA</a>
 +
                  </h3>
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                </div>
 +
                <div class="ss-right ha-waypoint" data-animate-down="ha-header-rotate" data-animate-up="ha-header-rotateBack">
 +
                  <div class="log-content ss-circle-deco">
 +
                  <span><p>Construct 1: </p><p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/9f/T--NUS_Singapore--log3_8.png" style="width: 100%;"></p></span>
  
−
  <div class="demos">
+
                  <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e7/T--NUS_Singapore--log3_2.png" style="width: 100%;"></p>
−
    <a class="current-demo" href="index.html">Default Demo</a>
+
                  <p>
−
    <a href="index2.html">Perspective Demo (Webkit only)</a>
+
                    <span style="font-size: larger;">Fig 1. A.</span> LuxR gene amplified from iGEM distribution 2016 with designed primers GEM002 and GEM005. The expected band size of LuxR with overhang is 795 bp.  <span style="font-size: larger;">B.</span>LuxR stitiched with terminater (BBa_B0015) with overlapping PCR. <span style="font-size: larger;">C.</span> Constructed full-length RBS-pConstitutive-LuxR-HA-Terminator with expected size of 1034 bp.
−
</div>
+
−
<div style="position: absolute; height: 250px; width: 100%; background-color: black; z-index: -1;"></div>
+
−
<h2 class="ss-subtitle">Wet Lab Notebook: RIOT RESPONDER</h2>
+
−
<div id="ss-links" class="ss-links" style="z-index: 99;">
+
−
    <a href="#st-container">Jun</a>
+
−
    <a href="#july">Jul</a>
+
−
    <a href="#august">Aug</a>
+
−
    <a href="#september">Sep</a>
+
−
    <a href="#october">Oct</a>
+
−
</div>
+
−
<div id="ss-container" class="ss-container" style="background-color: white;">
+
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    <div class="ss-row">
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        <div class="ss-left">
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−
            <h2 id="may" class="">Jun</h2>
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        </div>
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        <div class="ss-right">
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            <h2>2016</h2>
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        </div>
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    </div>
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    <div class="ss-row">
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        <div class="ss-left">
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            <h2 id="july" class="offset">July</h2>
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        </div>
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        <div class="ss-right offset">
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            <h2>2016</h2>
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        </div>
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    </div>
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    <div class="ss-row ss-large">
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        <div class="ss-left">
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            <div class="log-content ss-circle-deco" style="margin-top: 20px;">
+
−
                <p>7 June: Immunostaining of MDA-468 cells with Anti-CD44v6</p>
+
  
−
                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/84/T--NUS_Singapore--log2_1.png" style="width: 100%;"></p>
+
                  </p>
−
                <p>
+
                 
−
                 27 June: lysed hela cells (followed cell lysis protocol)</br>
+
                 </div>
−
                30 June: lysed HepG2 cells (followed cell lysis protocol)</br>
+
              </div>
−
                29 June: lysed MDA-468 cells (followed cell lysis protocol)</br>
+
            </div>
−
                5 July: lysed MDA-231 cells (followed cell lysis protocol)</br>
+
−
                5 July: Did SDS-page and Western blot (follow SDS-PAGE and Western blot protocol)</br>
+
−
                22 July: SDS PAGE and Western Blot of lysed cells</br>
+
−
                26 July: Completed Western Blot of CD44v6 on Hela, MDA-231, MDA-468 and HepG2</br>
+
−
            </p>
+
−
            <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/4/4d/T--NUS_Singapore--log2_2.png" style="width: 100%;"></p>
+
−
        </div>
+
−
    </div>
+
−
    <div class="ss-right">
+
−
        <h3>
+
−
        <span>26 July, 2016</span>
+
−
            <a href="http://tympanus.net/Tutorials/TypographyEffects/">Milestone 1: Probing for CD44v6 on Cancer cell lines</a>
+
−
        </h3>
+
−
    </div>
+
−
</div>
+
−
<div class="ss-row">
+
−
    <div class="ss-left">
+
−
        <h2 id="august" class="offset">Aug</h2>
+
−
    </div>
+
−
    <div class="ss-right offset">
+
−
        <h2>2016</h2>
+
−
    </div>
+
−
</div>
+
−
<div class="ss-row ss-large">
+
−
    <div class="ss-left">
+
−
        <h3>
+
−
            <span>1 Aug, 2016</span>
+
−
            <a>Milestone 2: Construct HasA expression plasmid</a>
+
−
        </h3>
+
−
    </div>
+
−
    <div class="ss-right ha-waypoint" data-animate-down="ha-header-rotate" data-animate-up="ha-header-rotateBack">
+
−
        <div class="log-content ss-circle-deco">
+
−
        <p>26 June:
+
−
            RE digested promoter BBa_K525998 plasmid with SpeI and PstI-HF and hasA with XbaI and PstI-HF. Ligated the two fragments overnight at room temperature
+
−
        </br>
+
−
        27 June:
+
−
        Transform biobrick promoter + hasA ligation into DH5 alpha
+
−
    </br>
+
−
    28 July: Colony PCR using VF2 and VR primers</p>
+
−
    <p style="text-align: center;"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/3b/T--NUS_Singapore--log2_3.png" style="width: 55%;"></p>
+
−
    <p>29 July:
+
−
        RE digest promoter +hasA with SpeI and PstI-HF and terminator  BBa_B0015 with XbaI and PstI-HF. Ligated the two fragments overnight at room temperature.
+
−
    </br>
+
−
    30 July:
+
−
    Transformed hasA+pro and terminator ligation into DH5 alpha
+
−
</br>
+
−
31 July:
+
−
Colony screening of complete hasA construct using VF2 and VR
+
−
</br>
+
−
Picked colonies 2 and 6 for overnight culture
+
−
</br>
+
−
1 Aug:
+
−
Miniprepped the overnight culture and sent colony 2 plasmid for sequencing. </p>
+
−
<p style="text-align: center;"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c3/T--NUS_Singapore--log2_4.png" style="width: 55%;"></p>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="ss-row ss-large">
+
            <div class="ss-row">
−
    <div class="ss-left">
+
              <div class="ss-left">
−
        <div class="log-content ss-circle-deco">
+
                <h2 id="july" class="offset">July</h2>
−
            <p>
+
              </div>
−
                28 July: RIOT responder circuit custom synthesised in three plasmids (Seq1, Seq 2, Seq3). PCR of fragments successfully carried out</br>
+
              <div class="ss-right offset">
−
                29 July: Seq3 fragment inserted into Biobrick plasmid pSCB13 via RE digest and ligation</br>
+
                 <h2>2016</h2>
−
                30 July: Seq3 in pSCB13 transformed into E.coli</br>
+
              </div>
−
                 2 Aug: Colony screening for Seq3 yielded one positive colony</br>
+
            </div>
−
                3 Aug: Seq3 pSCB13 extracted and inserted with Seq2 via RE digest and ligation</br>
+
−
                4 Aug: Seq2+Seq3 in pSCB13 transformed into E.coli</br>
+
−
                5 Aug: Colony screening for Seq2+Seq3 yielded several positive colonies</br>
+
−
                9 Aug: Seq2+Seq3 pSCB13 extracted and inserted with Seq1 via RE digest and ligation</br>
+
−
                10 Aug: Seq1+Seq2+Seq3 in pSCB13 transformed into E.coli</br>
+
−
                11 Aug: Colonies were picked for overnight culture and Miniprepped</br>
+
−
                12 Aug: RE digest of extracted Seq1+Seq2+Seq3 pSCB13 yielded several positive colonies</br>
+
  
−
             </p>
+
             <div class="ss-row ss-large">
−
            <p style="text-align: center;"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/a3/T--NUS_Singapore--log2_5.png" style="width: 60%;"></p>
+
              <div class="ss-left">
 +
                <div class="log-content ss-circle-deco" style="margin-top: 20px;">
 +
                <span><p>Construct 2: </p><p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/61/T--NUS_Singapore--log3_9.png" style="width: 100%;"></p></span>
  
−
        </div>
+
                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/2/22/T--NUS_Singapore--log3_3.png" style="width: 100%;"></p>
−
    </div>
+
                <p>
−
    <div class="ss-right">
+
                  <span style="font-size: larger;">Fig 2. A.</span> LuxI gene is cloned from iGEM2016 distribution kit with primers GEM008 and GEM011. The observed band size of LuxI with overhangs is close to the expected band size of 629 bp. <span style="font-size: larger;">B.</span>Terminator BBa_B0015 is amplified using GEM009 and 012 and stitiched with LuxI. <span style="font-size: larger;">C.</span> Promoter-RBS fragment is synthesized and stitiched to LuxI-terminator by PCR reaction. The observed band size for full LuxI construct is close to the expected band size of 936 bp.
−
        <h3>
+
−
            <span>12 Aug, 2016</span>
+
−
            <a >Milestone 3: Construct full RIOT Responder operon circuit </a>
+
−
        </h3>
+
−
    </div>
+
−
</div>
+
  
−
<div class="ss-row">
+
                </p>
−
    <div class="ss-left">
+
              </div>
−
        <h2 id="september" class="offset">Sep</h2>
+
            </div>
−
    </div>
+
            <div class="ss-right">
−
    <div class="ss-right offset">
+
              <h3>
−
        <h2>2016</h2>
+
                <span>4 July, 2016</span>
−
    </div>
+
                <a>Milestone 3: : Construction of pLuxR-LuxI-HA </a>
−
</div>
+
              </h3>
−
<div class="ss-row ss-large">
+
−
    <div class="ss-left">
+
−
    <h3>
+
−
        <span>22 September, 2016</span>
+
−
        <a >Milestone 4: Induction and Western blot of HasA</a>
+
−
    </h3>
+
−
</div>
+
−
<div class="ss-right">
+
−
    <div class="log-content ss-circle-deco">
+
−
        <p>
+
−
            14 Sep: Mass liquid culture of HasA bacteria and induction of expression by IPTG</br>
+
−
            15 Sep: Lysis of HasA culture</br>
+
−
            17 Sep: Purification of HasA by nickel column</br>
+
−
            22 Sep: Completed Western blot of HasA</br>
+
−
        </p>
+
−
        <p style="text-align: center;"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/bc/T--NUS_Singapore--log2_6.png" style="width: 100%;"></p>
+
−
    </div>
+
−
</div>
+
−
</div>
+
−
<div class="ss-row ss-large">
+
−
    <div class="ss-left">
+
−
        <div class="log-content ss-circle-deco">
+
−
            <p>19 Sep: RIOT responder bacteria induced with HasA protein at 10-4 M and 10-5 M. Fluorescence microscopy pictures taken at hourly intervals</br>
+
−
                20 Sep: Overnight HasA induced RIOT responder bacteria observed under fluorescent microscope</p>
+
−
                <p style="text-align: center;"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/4/4d/T--NUS_Singapore--log2_8.png" style="width: 60%;"></p>
+
−
                <p style="text-align: center;">HasA induction of RIOT responder bacteria (overnight) Top: red fluorescence microscopy pictures of (from left to right) negative control, and 10-5 M HasA. Bottom: bright field microscopy pictures of (from left to right) negative control, and 10-5 M HasA.
+
−
                </p>
+
 
             </div>
 
             </div>
−
        </div>
+
          </div>
−
        <div class="ss-right">
+
−
            <h3>
+
−
                <span>20 September, 2016</span>
+
−
                <a>Milestone 6: Induction of RIOT Responder circuit</a>
+
−
            </h3>
+
−
        </div>
+
−
    </div>
+
−
    <div class="ss-row">
+
−
        <div class="ss-left">
+
−
            <h2 id="october" class="offset">Oct</h2>
+
−
        </div>
+
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        <div class="ss-right offset">
+
−
            <h2>2016</h2>
+
−
        </div>
+
−
    </div>
+
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    <div class="ss-row ss-large">
+
−
        <div class="ss-left">
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            <h3>
+
−
                <span>13 October, 2016</span>
+
−
                <a>Milestone 5: Western blot of Has operon construct</a>
+
−
            </h3>
+
−
        </div>
+
−
        <div class="ss-right">
+
−
            <div class="log-content ss-circle-deco">
+
−
                <p>6 Oct: 500mL liquid culture of RIOT Responder bacteria</br>
+
−
                    7 Oct: Lysis of liquid culture</br>
+
−
                    11 Oct: Nickel column purification of HasR, HasS, and HasI proteins</br>
+
−
                    12 Oct: SDS PAGE of purification fractions and electrotransfer to PVDF membrane</br>
+
−
                    13 Oct: Western Blot and chemiluminescent visualisation of HasR, HasS, and HasI bands</br>
+
−
                    <p style="text-align: center;"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/ac/T--NUS_Singapore--log2_7.png" style="width: 60%;"></p>
+
  
−
                 </p>
+
          <div class="ss-row ss-large">
 +
            <div class="ss-left">
 +
              <h3>
 +
                 <span>11 July, 2016</span>
 +
                <a>Milestone 4: Screening of pLuxR-invasin constructs </a>
 +
              </h3>
 
             </div>
 
             </div>
 +
            <div class="ss-right ha-waypoint" data-animate-down="ha-header-rotate" data-animate-up="ha-header-rotateBack">
 +
              <div class="log-content ss-circle-deco">
 +
 +
                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c6/T--NUS_Singapore--log3_16.png" style="width: 100%;"></p>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
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 +
          <div class="ss-row">
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            <div class="ss-left">
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              <h2 id="august" class="offset">Aug</h2>
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            </div>
 +
            <div class="ss-right offset">
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              <h2>2016</h2>
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            </div>
 +
          </div>
 +
 +
          <div class="ss-row ss-large">
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            <div class="ss-left">
 +
              <div class="log-content ss-circle-deco" style="margin-top: 20px;">
 +
                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/0/08/T--NUS_Singapore--log3_17.png" style="width: 100%;"></p>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="ss-right">
 +
              <h3>
 +
                <span>1 Aug, 2016</span>
 +
                <a>Milestone 5: Screening of pLuxR-LLO construct</a>
 +
              </h3>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
 +
          <div class="ss-row ss-large">
 +
            <div class="ss-left">
 +
              <h3>
 +
                <span>8 Aug, 2016</span>
 +
                <a>Milestone 6: Construction of pLuxR-GFP plasmid</a>
 +
              </h3>
 +
            </div>
 +
            <div class="ss-right ha-waypoint" data-animate-down="ha-header-rotate" data-animate-up="ha-header-rotateBack">
 +
              <div class="log-content ss-circle-deco">
 +
                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/2/2b/T--NUS_Singapore--log3_18.png" style="width: 100%;"></p>
 +
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
 +
          <div class="ss-row ss-large">
 +
            <div class="ss-left">
 +
              <div class="log-content ss-circle-deco" style="margin-top: 20px;">
 +
                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/a3/T--NUS_Singapore--log3_19.png" style="width: 100%;"></p>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="ss-right">
 +
              <h3>
 +
                <span>1 Aug, 2016</span>
 +
                <a>Milestone 7: Testing the assembled pConst-LuxR-pLuxR-LuxI construct</a>
 +
              </h3>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
 +
          <div class="ss-row">
 +
            <div class="ss-left">
 +
              <h2 id="september" class="offset">Sep</h2>
 +
            </div>
 +
            <div class="ss-right offset">
 +
              <h2>2016</h2>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
 +
          <div class="ss-row ss-large">
 +
            <div class="ss-left">
 +
              <h3>
 +
                <span>19 Sep, 2016</span>
 +
                <a>Milestone 8: Testing the assembled pConst-LuxR-pLuxR-LLO construct</a>
 +
              </h3>
 +
            </div>
 +
            <div class="ss-right ha-waypoint" data-animate-down="ha-header-rotate" data-animate-up="ha-header-rotateBack">
 +
              <div class="log-content ss-circle-deco">
 +
                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/bf/T--NUS_Singapore--log3_20.png" style="width: 100%;"></p>
 +
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
          <div class="ss-row">
 +
            <div class="ss-left">
 +
              <h2 id="october" class="offset">Oct</h2>
 +
            </div>
 +
            <div class="ss-right offset">
 +
              <h2>2016</h2>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
 +
          <div class="ss-row ss-large">
 +
            <div class="ss-left">
 +
              <div class="log-content ss-circle-deco" style="margin-top: 20px;">
 +
                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/64/T--NUS_Singapore--log3_211.png" style="width: 100%;"></p>
 +
              </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="ss-right">
 +
              <h3>
 +
                <span>10 Oct, 2016</span>
 +
                <a>Milestone 9: Testing the assembled pConst-LuxR-pLuxR-GFP construct</a>
 +
              </h3>
 +
            </div>
 +
          </div>
 +
 +
 +
 
         </div>
 
         </div>
 +
      </div>
 
     </div>
 
     </div>
−
</div>
 
−
</div>
 
  
  
Line 318: Line 330:
  
  
−
<section class="content content--related">
+
    <section class="content content--related">
−
    <ul class="copyright">
+
      <ul class="copyright">
 
         <li>&copy; NUS_Singapore iGEM 2016</li>
 
         <li>&copy; NUS_Singapore iGEM 2016</li>
−
    </ul>
+
      </ul>
−
</section>
+
    </section>
−
<a href="#" class="go-top">Go To Top</a>
+
    <a href="#" class="go-top">Go To Top</a>
−
</div><!-- /st-pusher -->
+
  </div><!-- /st-pusher -->
 
</div><!-- /st-container -->
 
</div><!-- /st-container -->
 
</main>
 
</main>
 
<script>
 
<script>
−
    $(function() {
+
  $(function() {
  
−
        var $sidescroll = (function() {
+
    var $sidescroll = (function() {
  
 
                     // the row elements
 
                     // the row elements
Line 351: Line 363:
 
                     hasPerspective  = false,
 
                     hasPerspective  = false,
 
                      
 
                      
−
                     perspective    = hasPerspective && Modernizr.csstransforms3d,
+
                     perspective    = hasPerspective,
 
                     // initialize function
 
                     // initialize function
 
                     init            = function() {
 
                     init            = function() {
Line 365: Line 377:
 
                         // if perspective add css
 
                         // if perspective add css
 
                         if( perspective ) {
 
                         if( perspective ) {
−
                            $rows.css({
+
                          $rows.css({
−
                                '-webkit-perspective'          : 600,
+
                            '-webkit-perspective'          : 600,
−
                                '-webkit-perspective-origin'    : '50% 0%'
+
                            '-webkit-perspective-origin'    : '50% 0%'
−
                            });
+
                          });
 
                         }
 
                         }
 
                         // show the pointers for the inviewport rows
 
                         // show the pointers for the inviewport rows
Line 375: Line 387:
 
                         placeRows();
 
                         placeRows();
 
                          
 
                          
−
                    },
+
                      },
 
                     // defines a selector that gathers the row elems that are initially visible.
 
                     // defines a selector that gathers the row elems that are initially visible.
 
                     // the element is visible if its top is less than the window's height.
 
                     // the element is visible if its top is less than the window's height.
Line 381: Line 393:
 
                     defineViewport  = function() {
 
                     defineViewport  = function() {
  
−
                        $.extend( $.expr[':'], {
+
                      $.extend( $.expr[':'], {
  
−
                            inviewport  : function ( el ) {
+
                        inviewport  : function ( el ) {
−
                                if ( $(el).offset().top < winSize.height ) {
+
                          if ( $(el).offset().top < winSize.height ) {
−
                                    return true;
+
                            return true;
−
                                }
+
                          }
−
                                return false;
+
                          return false;
−
                            }
+
                        }
  
−
                        });
+
                      });
  
 
                     },
 
                     },
Line 396: Line 408:
 
                     setViewportRows = function() {
 
                     setViewportRows = function() {
  
−
                        $rowsViewport      = $rows.filter(':inviewport');
+
                      $rowsViewport      = $rows.filter(':inviewport');
−
                        $rowsOutViewport    = $rows.not( $rowsViewport )
+
                      $rowsOutViewport    = $rows.not( $rowsViewport )
−
                       
+
                     
 
                     },
 
                     },
 
                     // get window sizes
 
                     // get window sizes
 
                     getWinSize      = function() {
 
                     getWinSize      = function() {
  
−
                        winSize.width  = $win.width();
+
                      winSize.width  = $win.width();
−
                        winSize.height  = $win.height();
+
                      winSize.height  = $win.height();
  
 
                     },
 
                     },
Line 416: Line 428:
 
                             // scroll to the element that has id = menu's href
 
                             // scroll to the element that has id = menu's href
 
                             $('html, body').stop().animate({
 
                             $('html, body').stop().animate({
−
                                scrollTop: $( $(this).attr('href') ).offset().top
+
                              scrollTop: $( $(this).attr('href') ).offset().top
 
                             }, scollPageSpeed, scollPageEasing );
 
                             }, scollPageSpeed, scollPageEasing );
 
                              
 
                              
 
                             return false;
 
                             return false;
  
−
                        });
+
                          });
 
                          
 
                          
 
                         $(window).on({
 
                         $(window).on({
Line 436: Line 448:
 
                                 $rowsViewport.each( function() {
 
                                 $rowsViewport.each( function() {
  
−
                                    $(this).find('div.ss-left')
+
                                  $(this).find('div.ss-left')
−
                                    .css({ left  : '0%' })
+
                                  .css({ left  : '0%' })
−
                                    .end()
+
                                  .end()
−
                                    .find('div.ss-right')
+
                                  .find('div.ss-right')
−
                                    .css({ right  : '0%' })
+
                                  .css({ right  : '0%' })
−
                                    .end()
+
                                  .end()
−
                                    .find('a.ss-circle')
+
                                  .find('a.ss-circle')
−
                                    .addClass('ss-circle-deco');
+
                                  .addClass('ss-circle-deco');
  
 
                                 });
 
                                 });
  
−
                            },
+
                              },
 
                             // when scrolling the page change the position of each row   
 
                             // when scrolling the page change the position of each row   
 
                             'scroll.Scrolling' : function( event ) {
 
                             'scroll.Scrolling' : function( event ) {
Line 457: Line 469:
 
                                 setTimeout( function() {
 
                                 setTimeout( function() {
  
−
                                    placeRows();
+
                                  placeRows();
−
                                    anim = false;
+
                                  anim = false;
−
                                   
+
                                 
 
                                 }, 10 );
 
                                 }, 10 );
  
−
                            }
+
                              }
−
                        });
+
                            });
  
−
                    },
+
                      },
 
                     // sets the position of the rows (left and right row elements).
 
                     // sets the position of the rows (left and right row elements).
 
                     // Both of these elements will start with -50% for the left/right (not visible)
 
                     // Both of these elements will start with -50% for the left/right (not visible)
Line 480: Line 492:
 
                         $rowsOutViewport.each( function(i) {
 
                         $rowsOutViewport.each( function(i) {
  
−
                            var $row    = $(this),
+
                          var $row    = $(this),
 
                                 // the left side element
 
                                 // the left side element
 
                                 $rowL  = $row.find('div.ss-left'),
 
                                 $rowL  = $row.find('div.ss-left'),
Line 491: Line 503:
 
                             if( rowT > winSize.height + winscroll ) {
 
                             if( rowT > winSize.height + winscroll ) {
  
−
                                if( perspective ) {
+
                              if( perspective ) {
  
−
                                    $rowL.css({
+
                                $rowL.css({
−
                                        '-webkit-transform' : 'translate3d(-75%, 0, 0) rotateY(-90deg) translate3d(-75%, 0, 0)',
+
                                  '-webkit-transform' : 'translate3d(-75%, 0, 0) rotateY(-90deg) translate3d(-75%, 0, 0)',
−
                                        'opacity'          : 0
+
                                  'opacity'          : 0
−
                                    });
+
                                });
−
                                    $rowR.css({
+
                                $rowR.css({
−
                                        '-webkit-transform' : 'translate3d(75%, 0, 0) rotateY(90deg) translate3d(75%, 0, 0)',
+
                                  '-webkit-transform' : 'translate3d(75%, 0, 0) rotateY(90deg) translate3d(75%, 0, 0)',
−
                                        'opacity'          : 0
+
                                  'opacity'          : 0
−
                                    });
+
                                });
  
−
                                }
+
                              }
−
                                else {
+
                              else {
  
−
                                    $rowL.css({ left        : '-50%' });
+
                                $rowL.css({ left        : '-50%' });
−
                                    $rowR.css({ right      : '-50%' });
+
                                $rowR.css({ right      : '-50%' });
  
−
                                }
+
                              }
−
                               
+
                             
 
                             }
 
                             }
 
                             // if not, the row should become visible (0% of left/right) as it gets closer to the center of the screen.
 
                             // if not, the row should become visible (0% of left/right) as it gets closer to the center of the screen.
Line 527: Line 539:
 
                                     if( !$row.data('pointer') ) {
 
                                     if( !$row.data('pointer') ) {
  
−
                                        $row.data( 'pointer', true );
+
                                      $row.data( 'pointer', true );
−
                                        $row.find('.ss-circle').addClass('ss-circle-deco');
+
                                      $row.find('.ss-circle').addClass('ss-circle-deco');
  
 
                                     }
 
                                     }
  
−
                                }
+
                                  }
−
                                else {
+
                                  else {
  
 
                                     // the pointer should not be shown
 
                                     // the pointer should not be shown
 
                                     if( $row.data('pointer') ) {
 
                                     if( $row.data('pointer') ) {
  
−
                                        $row.data( 'pointer', false );
+
                                      $row.data( 'pointer', false );
−
                                        $row.find('.ss-circle').removeClass('ss-circle-deco');
+
                                      $row.find('.ss-circle').removeClass('ss-circle-deco');
  
 
                                     }
 
                                     }
 
                                      
 
                                      
−
                                }
+
                                  }
−
                               
+
                                 
 
                                 // set calculated values
 
                                 // set calculated values
 
                                 if( perspective ) {
 
                                 if( perspective ) {
  
−
                                    var t      = Math.max( factor * 75, 0 ),
+
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+
                                  r      = Math.max( factor * 90, 0 ),
−
                                    o      = Math.min( Math.abs( factor - 1 ), 1 );
+
                                  o      = Math.min( Math.abs( factor - 1 ), 1 );
−
                                   
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Latest revision as of 17:44, 19 October 2016

<!DOCTYPE html> Interactive Points | Codrops

iGEM 2016         NUS SINGAPORE

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Wet Lab Notebook: RIOT RESPONDER

Jun

2016

Overall Strategies

1 June, 2016 Milestone 1 : Overall cloning design

12 June, 2016 Milestone 2: Construction of pConst-LuxR-HA

Construct 1:

Fig 1. A. LuxR gene amplified from iGEM distribution 2016 with designed primers GEM002 and GEM005. The expected band size of LuxR with overhang is 795 bp. B.LuxR stitiched with terminater (BBa_B0015) with overlapping PCR. C. Constructed full-length RBS-pConstitutive-LuxR-HA-Terminator with expected size of 1034 bp.

July

2016

Construct 2:

Fig 2. A. LuxI gene is cloned from iGEM2016 distribution kit with primers GEM008 and GEM011. The observed band size of LuxI with overhangs is close to the expected band size of 629 bp. B.Terminator BBa_B0015 is amplified using GEM009 and 012 and stitiched with LuxI. C. Promoter-RBS fragment is synthesized and stitiched to LuxI-terminator by PCR reaction. The observed band size for full LuxI construct is close to the expected band size of 936 bp.

4 July, 2016 Milestone 3: : Construction of pLuxR-LuxI-HA

11 July, 2016 Milestone 4: Screening of pLuxR-invasin constructs

Aug

2016

1 Aug, 2016 Milestone 5: Screening of pLuxR-LLO construct

8 Aug, 2016 Milestone 6: Construction of pLuxR-GFP plasmid

1 Aug, 2016 Milestone 7: Testing the assembled pConst-LuxR-pLuxR-LuxI construct

Sep

2016

19 Sep, 2016 Milestone 8: Testing the assembled pConst-LuxR-pLuxR-LLO construct

Oct

2016

10 Oct, 2016 Milestone 9: Testing the assembled pConst-LuxR-pLuxR-GFP construct

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