Difference between revisions of "Team:Slovenia/HomeSlo"

 
(13 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 65: Line 65:
 
}
 
}
 
.igemSign {
 
.igemSign {
position: relative;
+
position:absolute;
bottom: 50px;
+
            bottom: 80%;
 +
left: 100%;
 
}
 
}
 
/* Popup container - can be anything you want */
 
/* Popup container - can be anything you want */
Line 155: Line 156:
 
}
 
}
 
preload(
 
preload(
"//2016.igem.org/wiki/images/1/11/T--Slovenia--main-scheme.png",
+
"//2016.igem.org/wiki/images/d/d2/T--Slovenia--Main-scheme-master.png",
"//2016.igem.org/wiki/images/2/20/T--Slovenia--main-scheme-M11.png",
+
"//2016.igem.org/wiki/images/4/43/T--Slovenia--Main-scheme-M11.png.png",
"//2016.igem.org/wiki/images/5/59/T--Slovenia--main-scheme-M33.png",
+
"//2016.igem.org/wiki/images/3/33/T--Slovenia--Main-scheme-logika-master.png",
"//2016.igem.org/wiki/images/c/c3/T--Slovenia--main-scheme-M22.png",
+
"//2016.igem.org/wiki/images/c/c0/T--Slovenia--Main-scheme-M22.png",
"//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--main-scheme-M44.png"
+
"//2016.igem.org/wiki/images/0/08/T--Slovenia--Main-scheme-exit-master.png"
 
);
 
);
 
}
 
}
Line 205: Line 206:
 
<a class="item" href="#preprost" style="margin-left: 10%">
 
<a class="item" href="#preprost" style="margin-left: 10%">
 
<i class="selected radio icon"></i>
 
<i class="selected radio icon"></i>
<b>Preprost povzetek</b>
+
<b>Poljudnoznanstveni povzetek</b>
 
</a>
 
</a>
 
<a class="item" href="#dos" style="margin-left: 10%">
 
<a class="item" href="#dos" style="margin-left: 10%">
Line 218: Line 219:
 
<br />
 
<br />
 
</span>
 
</span>
<img onmouseenter = "tooglePopup();" onmouseleave = "tooglePopup();" class = "ui large circular image" src="//2016.igem.org/wiki/images/c/cb/T--Slovenia--igemLogo.gif">
+
<div style = "position:fixed; width:14%; left:3%; bottom:3%;">
<!-- <p style="font-size:11px;">
+
<a href = "//2016.igem.org/Team:Slovenia/Proof"><img onmouseenter="tooglePopup();" onmouseleave="tooglePopup();" class="ui large circular image" src="//2016.igem.org/wiki/images/6/67/T--Slovenia--iGEM-gif.gif"></a>
¨Zaznavanje dotika s svetlobo: v sesalske celice smo smo vnesli genski zapis za bakterijski ionski kanalček MscS in plinske mehurčke (GvpA in GcpC), ki ojačajo odziv celic na mehanski stres ter od kalcija odvisni cepljeni luciferazni poročevalec, ki omogoči oddajanje svetlobe. Simbol iGEM smo narisali s stekleno palčko površino celic in posneli oddano svetlobo za vsako črko posebej.
+
</p>-->
+
 
<div class="popup igemSign">
 
<div class="popup igemSign">
<span class="popuptext" id="igemSign">Zaznavanje dotika s svetlobo: v sesalske celice smo smo vnesli genski zapis za bakterijski ionski kanalček MscS in plinske mehurčke (GvpA in GcpC), ki ojačajo odziv celic na mehanski stres ter od kalcija odvisni cepljeni luciferazni poročevalec, ki omogoči oddajanje svetlobe. Simbol iGEM smo narisali s stekleno palčko površino celic in posneli oddano svetlobo za vsako črko posebej. </span>
+
<span class="popuptext" id="igemSign">Zaznavanje dotika s svetlobo: v sesalske celice smo smo vnesli genski zapis za bakterijski ionski kanalček MscS in plinske mehurčke (GvpA in GcpC), ki ojačajo odziv celic na mehanski stres ter od kalcija odvisni cepljeni luciferazni poročevalec, ki omogoči oddajanje svetlobe. Simbol iGEM smo narisali s stekleno palčko površino celic in posneli oddano svetlobo za vsako črko posebej.</span>
</div>
+
</div>
 +
</div>
 
</div>
 
</div>
 
 
Line 233: Line 233:
 
<div class="main ui citing justified container">
 
<div class="main ui citing justified container">
 
<div>
 
<div>
<h1 class="ui centered dividing header"><span id="intro" class = "section colorize"> &nbsp; </span>Sonicell - v delu</h1>
+
<h1 class="ui centered dividing header" style="font-size: 3rem"><span id="intro" class = "section colorize"> &nbsp; </span>Sonicell</h1>
 
<div class = "ui segment">
 
<div class = "ui segment">
<p>Projekt Sonicell predstavlja vznemirljive novosti v sintezni biologiji. Vsak od njegovih sestavnih delov se osredotoča na hiter celični odziv na zunanje dražljaje, kot so zvok, svetloba ali kemični signali. Sistem je sestavljen iz treh osnovnih komponent. Prva komponenta omogoča povečano občutljivost na ultrazvok in druge mehanične dražljaje, ki jih zaznava od kalcija odvisni poročevalec. Druga komponenta integrira več vhodnih signalov v signalno pot sestavljeno iz ortogonalnih proteaz. Tretja komponenta pa je oblikovana tako, da aktivirane proteaze odcepijo signalni peptid in s tem omogočijo sproščanje tarčnih proteinov iz endoplazemskega retikuluma. Spodnja slika je interaktivna in prikazuje delovanje posameznih delov sistema.</p>
+
<p>Številne bolezni, kot je na primer diabetes, zahtevajo za zdravljenje hitro, nadzorovano in neinvazivno dostavo zdravila. Modificiranje celic tako, da lahko same tvorijo potrebna biološka zdravila predstavlja zelo obetaven pristop k zdravljenju. Večina doslej načrtovanih celičnih sistemov pripravljenih s sintezno biologijo se odziva relativno počasi na signale iz okolja zaradi potrebe po prevodu in prevajanju genske informacije v celicah, kar zmanjšuje uporabo za različne bolezni. Projekt Sonicell predstavlja več vznemirljivih novosti v sintezni biologiji. V njem smo se osredotočili na hiter celični odziv na zunanje dražljaje, kot so zvok, svetloba ali kemični signali. Sistem je sestavljen iz treh osnovnih sklopov. Prvi sklop omogoča povečano občutljivost na ultrazvok in druge mehanične dražljaje, ki jih zaznava od kalcija odvisni poročevalec. Drugi sklop integrira več vhodnih signalov v signalno pot sestavljeno iz ortogonalnih proteaz. Tretji sklop pa je oblikovan tako, da aktivirane proteaze odcepijo signalni peptid in s tem omogočijo sproščanje tarčnih proteinov iz endoplazemskega retikuluma v medij. Spodnja slika je interaktivna in prikazuje delovanje celotnega sistema in vsakega sklopa posebej.</p>
 
<div>
 
<div>
 
<div class = "container">
 
<div class = "container">
<img width = "100%" onresize = "relativeCoords();" onload = "relativeCoords();"  style = "border-radius: 15px;" src="//2016.igem.org/wiki/images/1/11/T--Slovenia--main-scheme.png" alt="project scheme" usemap="#projectmap" id = "projectScheme"></img>
+
<img width = "100%" onresize = "relativeCoords();" onload = "relativeCoords();"  style = "border-radius: 15px;" src="//2016.igem.org/wiki/images/d/d2/T--Slovenia--Main-scheme-master.png" alt="project scheme" usemap="#projectmap" id = "projectScheme"></img>
 
<map name="projectmap">  
 
<map name="projectmap">  
  <area id="area1" class="popup" shape="poly" coords="" alt="module1" onmouseover="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/2/20/T--Slovenia--main-scheme-M11.png', 'module1')" onmouseout="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/1/11/T--Slovenia--main-scheme.png', 'module1')" href="//2016.igem.org/Team:Slovenia/Mechanosensing/Overview"></area>
+
  <area id="area1" class="popup" shape="poly" coords="" alt="module1" onmouseover="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/4/43/T--Slovenia--Main-scheme-M11.png.png', 'module1')" onmouseout="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/d/d2/T--Slovenia--Main-scheme-master.png', 'module1')" href="//2016.igem.org/Team:Slovenia/Mechanosensing/Overview"></area>
  <area id="area2" class="popup" shape="poly" coords="" alt="module1" onmouseover="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/5/59/T--Slovenia--main-scheme-M33.png', 'module2')" onmouseout="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/1/11/T--Slovenia--main-scheme.png', 'module2')" href="//2016.igem.org/Team:Slovenia/Protease_signaling/Logic"></area>
+
  <area id="area2" class="popup" shape="poly" coords="" alt="module1" onmouseover="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/3/33/T--Slovenia--Main-scheme-logika-master.png', 'module2')" onmouseout="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/d/d2/T--Slovenia--Main-scheme-master.png', 'module2')" href="//2016.igem.org/Team:Slovenia/Protease_signaling/Logic"></area>
  <area id="area3" class="popup" shape="poly" coords="" alt="module1" onmouseover="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/c/c3/T--Slovenia--main-scheme-M22.png', 'module3')" onmouseout="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/1/11/T--Slovenia--main-scheme.png', 'module3')" href="//2016.igem.org/Team:Slovenia/Protease_signaling/Overview"></area>
+
  <area id="area3" class="popup" shape="poly" coords="" alt="module1" onmouseover="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/c/c0/T--Slovenia--Main-scheme-M22.png', 'module3')" onmouseout="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/d/d2/T--Slovenia--Main-scheme-master.png', 'module3')" href="//2016.igem.org/Team:Slovenia/Protease_signaling/Overview"></area>
  <area id="area4" class="popup" shape="poly" coords="" alt="module1" onmouseover="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--main-scheme-M44.png', 'module4')" onmouseout="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/1/11/T--Slovenia--main-scheme.png', 'module4')" href="//2016.igem.org/Team:Slovenia/Implementation/ProteaseInducible_secretion"></area>
+
  <area id="area4" class="popup" shape="poly" coords="" alt="module1" onmouseover="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/0/08/T--Slovenia--Main-scheme-exit-master.png', 'module4')" onmouseout="loadImage('//2016.igem.org/wiki/images/d/d2/T--Slovenia--Main-scheme-master.png', 'module4')" href="//2016.igem.org/Team:Slovenia/Implementation/ProteaseInducible_secretion"></area>
 
</map>
 
</map>
 
<div class="popup module1">
 
<div class="popup module1">
Line 264: Line 264:
 
<div class= "ui segment">
 
<div class= "ui segment">
 
<h4><span id="povz" class = "section colorize"> &nbsp; </span>Znanstveni povzetek</h4>
 
<h4><span id="povz" class = "section colorize"> &nbsp; </span>Znanstveni povzetek</h4>
<p>Sintezna biologija odpira nove in vznemirljive načine nadzora nad celicami za aplikativne namene: od industrijskih procesov do celične terapije. Večina obstoječih celičnih vezij temelji na uravnavanju prepisovanja genov, kar je prepočasen postopek za večino terapevtskih ali diagnostičnih namenov, kot sta dostava inzulina ali detekcija metabolitov. Zdravniki in raziskovalci, s katerimi smo se posvetovali, so poudarili pomembnost hitrega in nadzorovanega odziva, prav tako pa je večina izrazila željo po sistemu za neinvazivno stimulacijo izbranega tkiva.</p>
+
<p>Sintezna biologija odpira nove in vznemirljive načine nadzora nad celicami, ki obetajo številne možnosti za uporabo, od različnih industrijskih procesov pa vse do celične terapije. Večina obstoječih celičnih vezij temelji na uravnavanju prepisovanja genov, kar je prepočasen postopek za večino terapevtskih ali diagnostičnih namenov, kot sta dostava inzulina ali detekcija metabolitov. Zdravniki in raziskovalci, s katerimi smo se posvetovali, so poudarili pomembnost hitrega in nadzorovanega odziva, prav tako pa je večina izrazila željo po sistemu za neinvazivno stimulacijo izbranega tkiva.</p>
<p>Svetloba je uporabno orodje za hitro in prostorsko omejeno stimulacijo celic. Ultrazvok prav tako kot svetloba omogoča hiter celični odziv, hkrati pa lahko prodre globlje v tkivo. Z uvedbo bakterijskih ali sesalskih mehanosenzitivnih kanalčkov smo povečali občutljivost celic na ultrazvok. Odziv na ultrazvok in dotik smo dodatno povečali tudi z izražanjem bakterijskih proteinov GvpA in GvpC, ki tvorita stisljive plinske mehurčke. Mehanosenzitivnost smo zaznali s poročevalcem, ki je inducibilen s kalcijem. Sestavljen je iz kalmodulina, peptida M-13 in cepljene luciferaze. Ta sistem nam je omogočal risanje po celicah, kar smo izvedli v sodelovanju z umetnico iz Argentine.</p>
+
<p>Svetloba je uporabno orodje za hitro in prostorsko omejeno stimulacijo celic. Ultrazvok prav tako kot svetloba omogoča hiter celični odziv, hkrati pa lahko prodre globlje v tkivo. Z uvedbo bakterijskih ali sesalskih mehanosenzitivnih kanalčkov smo povečali občutljivost celic na ultrazvok. Odziv na ultrazvok in dotik smo dodatno povečali tudi z izražanjem bakterijskih proteinov GvpA in GvpC, ki tvorita stisljive plinske mehurčke. Mehanosenzitivnost smo zaznali s poročevalcem, ki je inducibilen s kalcijem. Sestavljen je iz kalmodulina, peptida M-13 in cepljene luciferaze. Ta sistem nam je omogočal tudi risanje po celicah, kar smo izvedli v sodelovanju z umetnico iz Argentine.</p>
<p>Za hiter odziv celic na več dražljajev smo oblikovali signalno pot na osnovi proteolize. Razvili smo štiri cepljene ortogonalne proteaze, pri čemer vsaka od njih prepozna specifično cepitveno mesto dolgo 7 aminokislinskih ostankov. Na osnovi cepitve dimerizacijske domene, ki jo sestavljata oviti vijačnici, smo dokazali uporabnost od proteolize odvisnih logičnih vrat v sesalskih celicah. S povzročitvijo proteolitične odcepitve zadrževalne sekvence s proteina vhodni signali sprožijo izločanje proteinov, s čimer se izognemo vmesnemu (počasnejšemu) koraku inducirane proteinske sinteze.</p>
+
<p>Za hiter odziv celic na več dražljajev hkrati smo oblikovali signalno pot na osnovi proteolize. Načrtovali, pripravili in preizkusili smo štiri cepljene ortogonalne proteaze, pri čemer vsaka od njih prepozna specifično cepitveno mesto dolgo 7 aminokislinskih ostankov. Na osnovi cepitve dimerizacijske domene, ki jo sestavljata oviti vijačnici, smo v sesalskih celicah dokazali uporabnost logičnih vrat, ki so odvisna od proteolize. S povzročitvijo proteolitične odcepitve zadrževalnega aminokislinskega zaporedja s tarčnega proteina so vhodni signali sprožili izločanje proteinov iz celice, s čimer smo se izognili vmesnemu (počasnejšemu) koraku inducirane proteinske sinteze.</p>
<p>Menimo, da smo s projektom Sonicell naredili več temeljnih premikov, ki bodo gotovo doprinesli k razvoju sintezne biologije tudi po iGEM-u ter k napredku terapevtskih, diagnostičnih in drugih aplikacij v dobrobit človeštva.</p>
+
<p>Menimo, da smo s projektom Sonicell dosegli več temeljnih premikov, ki bodo gotovo doprinesli k razvoju sintezne biologije tudi po tekmovanju iGEM ter k napredku terapevtskih, diagnostičnih in drugih aplikacij v dobrobit človeštva.</p>
 
</div>
 
</div>
 
<div class = "ui segment">
 
<div class = "ui segment">
<h4><span id="preprost" class = "section colorize"> &nbsp; </span>Preprost povzetek</h4>
+
<h4><span id="preprost" class = "section colorize"> &nbsp; </span>Poljudnoznanstveni povzetek</h4>
<p>V sintezni biologiji želimo celice spremeniti tako, da sledijo našim navodilom in delajo, kar od njih potrebujemo, na primer izdelovanje zdravil. V našem projektu smo celice spremenili tako, da se odzivajo na ultrazvok ali dotik. Ob dotiku takšnih celic, te zasvetijo, kar lahko posnamemo s kamero. Seveda želimo, da se celice na naše ukaze odzovejo karseda hitro, ker si včasih ne moremo privoščiti ene ure čakanja, preden celice izdelajo in izločijo zdravilo. Zato smo naše celice opremili z novim načinom obdelovanja informacij, ki temelji na kombinaciji več encimov, ki lahko prerežejo točno določene celične beljakovine in s tem spremenijo njihovo funkcijo. Nazadnje lahko novi encimi odrežejo tudi sidro, s katerim so zdravila pripeta v celico, ki jih je naredila, in tako povzročijo sproščanje teh zdravil v okolico. Naše celice se ne odzivajo samo na dotik in ultrazvok, temveč jim lahko s kombinacijo dotika, zvočnih, svetlobnih in kemičnih signalov dajemo različna navodila. Želimo si, da bi na podoben način lahko spremenili celice v možganih, s čemer bi lahko pomagali bolnikom s Parkinsonovo boleznijo brez potrebe po operaciji, ali da bi sprožili hitro izločanje inzulina, kar bi pomagalo osebam z diabetesom.</p>
+
<p>S pomočjo sintezne biologije želimo celice spremeniti tako, da sledijo našim navodilom in delajo, kar od njih potrebujemo, na primer izdelujejo zdravila. V našem projektu smo celice spremenili tako, da se odzivajo na ultrazvok ali dotik. Ob dotiku tako spremenjene celice zasvetijo, kar lahko posnamemo s kamero. Seveda želimo, da se celice na naše ukaze odzovejo karseda hitro, ker si včasih ne moremo privoščiti ene ure čakanja, preden celice izdelajo in izločijo zdravilo. Zato smo naše celice opremili z novim načinom obdelovanja informacij, ki temelji na kombinaciji več encimov, ki lahko prerežejo točno določene celične beljakovine in s tem spremenijo njihovo funkcijo. Nazadnje lahko novi encimi odrežejo tudi sidro, s katerim so zdravila pripeta v celico, ki jih je naredila, in tako povzročijo sproščanje teh zdravil v okolico. Naše celice se ne odzivajo samo na dotik in ultrazvok, temveč jim lahko s kombinacijo dotika, zvočnih, svetlobnih in kemičnih signalov dajemo različna navodila. Želimo si, da bi na podoben način lahko spremenili celice v možganih, s čemer bi lahko pomagali bolnikom s Parkinsonovo boleznijo brez potrebe po operaciji, ali da bi sprožili hitro izločanje inzulina, kar bi pomagalo osebam z diabetesom.</p>
 
</div>
 
</div>
 
<div>
 
<div>
Line 278: Line 278:
 
<div class = "corners" style="float:right;">
 
<div class = "corners" style="float:right;">
 
<p><img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;">  novo v znanosti</p>
 
<p><img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;">  novo v znanosti</p>
<p><img src="//2016.igem.org/wiki/images/0/0d/T--Slovenia--igemLogoSmall.png" alt="newAtiGEM" width="30" height="30" style = "display: inline;">  novo na iGEMu</p>
+
<p><img src="//2016.igem.org/wiki/images/0/0d/T--Slovenia--igemLogoSmall.png" alt="newAtiGEM" width="30" height="30" style = "display: inline;">  novo na tekmovanju iGEM</p>
 
</div>
 
</div>
 
<ul>
 
<ul>
<li>Z izražanjem za kalcij prepustnih kanalčkov ter s funkcionalno rekonstitucijo bakterijskih proteinskih komponent (GvpA in GvpC), ki tvorijo stisljive plinske mehurčke, smo povečali občutljivost sesalskih celic na ultrazvok in mehanske dražljaje.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
+
<li>Z izražanjem za kalcij prepustnih kanalčkov ter s funkcionalno rekonstitucijo bakterijskih proteinskih komponent (GvpA in GvpC), ki tvorita stisljive plinske mehurčke, smo povečali občutljivost sesalskih celic na ultrazvok in mehanske dražljaje.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
<li>Po meri narejena naprava za generiranje ultrazvoka namenjena stimulaciji sesalskih celic.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/0/0d/T--Slovenia--igemLogoSmall.png" alt="newAtiGEM" width="30" height="30" style = "display: inline;"></li>
+
<li>Sami smo naredili  napravo za generiranje ultrazvoka, ki je namenjena stimulaciji sesalskih celic.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/0/0d/T--Slovenia--igemLogoSmall.png" alt="newAtiGEM" width="30" height="30" style = "display: inline;"></li>
 
<li>V sesalskih celicah smo izrazili mehanosenzitiven senzor, ki je občutljiv na povišano koncentracijo kalcija in omogoča hitro celično reakcijo z oddajanjem svetlobe ob vzdraženju z dotikom ali ultrazvokom. Opisani senzor smo izkoristili tudi za risanje po celicah.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
 
<li>V sesalskih celicah smo izrazili mehanosenzitiven senzor, ki je občutljiv na povišano koncentracijo kalcija in omogoča hitro celično reakcijo z oddajanjem svetlobe ob vzdraženju z dotikom ali ultrazvokom. Opisani senzor smo izkoristili tudi za risanje po celicah.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
 
<li>Ciklično luciferazo, ki se aktivira ob proteolitični cepitvi, smo preizkusili, opisali in vključili v zbirko iGEM.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/0/0d/T--Slovenia--igemLogoSmall.png" alt="newAtiGEM" width="30" height="30" style = "display: inline;"></li>
 
<li>Ciklično luciferazo, ki se aktivira ob proteolitični cepitvi, smo preizkusili, opisali in vključili v zbirko iGEM.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/0/0d/T--Slovenia--igemLogoSmall.png" alt="newAtiGEM" width="30" height="30" style = "display: inline;"></li>
<li>Oblikovali smo set štirih ortogonalnih proteaz specifičnih za določen substrat, ki smo jih preizkusili kot cepljene proteine v sesalskih celicah.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
+
<li>Načrtovali in pripravili smo zbirko štirih ortogonalnih proteaz, od katerih je vsaka specifična za svoj substrat, in jih preizkusili kot cepljene proteine v sesalskih celicah.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
<li>Oblikovali smo signalno pot na osnovi ortogonalnih proteaz, ki nam hkrati omogoča procesiranje več vhodnih signalov in jo eksperimentalno preizkusili.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
+
<li>Na osnovi ortogonalnih proteaz smo oblikovali in eksperimentalno preizkusili signalno pot, ki nam omogoča procesiranje več vhodnih signalov hkrati.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
<li>Proteoliza sekvence, ki omogoča zadrževanje proteina v endoplazemskem retikulumu smo uporabili za sprožitev izločanja proteinov iz celic, kar je potrebno za hitre terapevtske odzive, kot na primer sproščanje hormonov ali nevroaktivnih peptidov.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
+
<li>Proteolizo aminokislinskega zaporedja, ki omogoča zadrževanje proteina v endoplazemskem retikulumu, smo uporabili za sprožitev izločanja proteinov iz celic, kar je potrebno za hitre terapevtske odzive, kot je na primer sproščanje hormonov ali nevroaktivnih peptidov.  <img src="//2016.igem.org/wiki/images/d/dc/T--Slovenia--starSmall.png" alt="newAtiGEM" width="28" height="28" style = "display: inline;"></li>
 
</ul>
 
</ul>
 
</div>
 
</div>

Latest revision as of 18:47, 19 October 2016

Home

  Sonicell

Številne bolezni, kot je na primer diabetes, zahtevajo za zdravljenje hitro, nadzorovano in neinvazivno dostavo zdravila. Modificiranje celic tako, da lahko same tvorijo potrebna biološka zdravila predstavlja zelo obetaven pristop k zdravljenju. Večina doslej načrtovanih celičnih sistemov pripravljenih s sintezno biologijo se odziva relativno počasi na signale iz okolja zaradi potrebe po prevodu in prevajanju genske informacije v celicah, kar zmanjšuje uporabo za različne bolezni. Projekt Sonicell predstavlja več vznemirljivih novosti v sintezni biologiji. V njem smo se osredotočili na hiter celični odziv na zunanje dražljaje, kot so zvok, svetloba ali kemični signali. Sistem je sestavljen iz treh osnovnih sklopov. Prvi sklop omogoča povečano občutljivost na ultrazvok in druge mehanične dražljaje, ki jih zaznava od kalcija odvisni poročevalec. Drugi sklop integrira več vhodnih signalov v signalno pot sestavljeno iz ortogonalnih proteaz. Tretji sklop pa je oblikovan tako, da aktivirane proteaze odcepijo signalni peptid in s tem omogočijo sproščanje tarčnih proteinov iz endoplazemskega retikuluma v medij. Spodnja slika je interaktivna in prikazuje delovanje celotnega sistema in vsakega sklopa posebej.

project scheme module1 module1 module1 module1

  Znanstveni povzetek

Sintezna biologija odpira nove in vznemirljive načine nadzora nad celicami, ki obetajo številne možnosti za uporabo, od različnih industrijskih procesov pa vse do celične terapije. Večina obstoječih celičnih vezij temelji na uravnavanju prepisovanja genov, kar je prepočasen postopek za večino terapevtskih ali diagnostičnih namenov, kot sta dostava inzulina ali detekcija metabolitov. Zdravniki in raziskovalci, s katerimi smo se posvetovali, so poudarili pomembnost hitrega in nadzorovanega odziva, prav tako pa je večina izrazila željo po sistemu za neinvazivno stimulacijo izbranega tkiva.

Svetloba je uporabno orodje za hitro in prostorsko omejeno stimulacijo celic. Ultrazvok prav tako kot svetloba omogoča hiter celični odziv, hkrati pa lahko prodre globlje v tkivo. Z uvedbo bakterijskih ali sesalskih mehanosenzitivnih kanalčkov smo povečali občutljivost celic na ultrazvok. Odziv na ultrazvok in dotik smo dodatno povečali tudi z izražanjem bakterijskih proteinov GvpA in GvpC, ki tvorita stisljive plinske mehurčke. Mehanosenzitivnost smo zaznali s poročevalcem, ki je inducibilen s kalcijem. Sestavljen je iz kalmodulina, peptida M-13 in cepljene luciferaze. Ta sistem nam je omogočal tudi risanje po celicah, kar smo izvedli v sodelovanju z umetnico iz Argentine.

Za hiter odziv celic na več dražljajev hkrati smo oblikovali signalno pot na osnovi proteolize. Načrtovali, pripravili in preizkusili smo štiri cepljene ortogonalne proteaze, pri čemer vsaka od njih prepozna specifično cepitveno mesto dolgo 7 aminokislinskih ostankov. Na osnovi cepitve dimerizacijske domene, ki jo sestavljata oviti vijačnici, smo v sesalskih celicah dokazali uporabnost logičnih vrat, ki so odvisna od proteolize. S povzročitvijo proteolitične odcepitve zadrževalnega aminokislinskega zaporedja s tarčnega proteina so vhodni signali sprožili izločanje proteinov iz celice, s čimer smo se izognili vmesnemu (počasnejšemu) koraku inducirane proteinske sinteze.

Menimo, da smo s projektom Sonicell dosegli več temeljnih premikov, ki bodo gotovo doprinesli k razvoju sintezne biologije tudi po tekmovanju iGEM ter k napredku terapevtskih, diagnostičnih in drugih aplikacij v dobrobit človeštva.

  Poljudnoznanstveni povzetek

S pomočjo sintezne biologije želimo celice spremeniti tako, da sledijo našim navodilom in delajo, kar od njih potrebujemo, na primer izdelujejo zdravila. V našem projektu smo celice spremenili tako, da se odzivajo na ultrazvok ali dotik. Ob dotiku tako spremenjene celice zasvetijo, kar lahko posnamemo s kamero. Seveda želimo, da se celice na naše ukaze odzovejo karseda hitro, ker si včasih ne moremo privoščiti ene ure čakanja, preden celice izdelajo in izločijo zdravilo. Zato smo naše celice opremili z novim načinom obdelovanja informacij, ki temelji na kombinaciji več encimov, ki lahko prerežejo točno določene celične beljakovine in s tem spremenijo njihovo funkcijo. Nazadnje lahko novi encimi odrežejo tudi sidro, s katerim so zdravila pripeta v celico, ki jih je naredila, in tako povzročijo sproščanje teh zdravil v okolico. Naše celice se ne odzivajo samo na dotik in ultrazvok, temveč jim lahko s kombinacijo dotika, zvočnih, svetlobnih in kemičnih signalov dajemo različna navodila. Želimo si, da bi na podoben način lahko spremenili celice v možganih, s čemer bi lahko pomagali bolnikom s Parkinsonovo boleznijo brez potrebe po operaciji, ali da bi sprožili hitro izločanje inzulina, kar bi pomagalo osebam z diabetesom.

  Dosežki

newAtiGEM novo v znanosti

newAtiGEM novo na tekmovanju iGEM

  • Z izražanjem za kalcij prepustnih kanalčkov ter s funkcionalno rekonstitucijo bakterijskih proteinskih komponent (GvpA in GvpC), ki tvorita stisljive plinske mehurčke, smo povečali občutljivost sesalskih celic na ultrazvok in mehanske dražljaje. newAtiGEM
  • Sami smo naredili napravo za generiranje ultrazvoka, ki je namenjena stimulaciji sesalskih celic. newAtiGEM
  • V sesalskih celicah smo izrazili mehanosenzitiven senzor, ki je občutljiv na povišano koncentracijo kalcija in omogoča hitro celično reakcijo z oddajanjem svetlobe ob vzdraženju z dotikom ali ultrazvokom. Opisani senzor smo izkoristili tudi za risanje po celicah. newAtiGEM
  • Ciklično luciferazo, ki se aktivira ob proteolitični cepitvi, smo preizkusili, opisali in vključili v zbirko iGEM. newAtiGEM
  • Načrtovali in pripravili smo zbirko štirih ortogonalnih proteaz, od katerih je vsaka specifična za svoj substrat, in jih preizkusili kot cepljene proteine v sesalskih celicah. newAtiGEM
  • Na osnovi ortogonalnih proteaz smo oblikovali in eksperimentalno preizkusili signalno pot, ki nam omogoča procesiranje več vhodnih signalov hkrati. newAtiGEM
  • Proteolizo aminokislinskega zaporedja, ki omogoča zadrževanje proteina v endoplazemskem retikulumu, smo uporabili za sprožitev izločanja proteinov iz celic, kar je potrebno za hitre terapevtske odzive, kot je na primer sproščanje hormonov ali nevroaktivnih peptidov. newAtiGEM