Difference between revisions of "Team:Pasteur Paris/Microbiology week15"

 
(8 intermediate revisions by 2 users not shown)
Line 157: Line 157:
 
   position: relative;
 
   position: relative;
 
   text-shadow: 0 1px 0 #000;   
 
   text-shadow: 0 1px 0 #000;   
 +
  text-align : center;
 
}
 
}
  
Line 169: Line 170:
 
   top: 25%;
 
   top: 25%;
 
   width: 100%;
 
   width: 100%;
 +
  text-align : center;
 
}
 
}
  
Line 230: Line 232:
 
     <p><h3><B>September 12, 2016:</B></h3></p>
 
     <p><h3><B>September 12, 2016:</B></h3></p>
 
     <p>
 
     <p>
         <a href="#exp1"><h4> Digestion of the plasmid pSB1C3 </a></br>
+
         <a href="#exp1"><h4> 242. Digestion of the plasmid pSB1C3 </h4></a></br>
 
   </p>
 
   </p>
 
     <p><h3><B>September 15, 2016:</B></h3></p>
 
     <p><h3><B>September 15, 2016:</B></h3></p>
 
     <p>
 
     <p>
         <a href="#exp6"><h4> Measure the amount of DNA extracted from the miniprep </h4></a></br>  
+
         <a href="#exp2"><h4> 243. Measure the amount of DNA extracted from the miniprep </h4></a></br>  
  
         <a href="#exp7"><h4> Digestion of the plasmid pSB1C3 and inserts A1/A2/B1/B2/C1/C2/D1/D2/E1/E2 </h4></a></br>
+
         <a href="#exp3"><h4> 244. Digestion of the plasmid pSB1C3 and inserts A1/A2/B1/B2/C1/C2/D1/D2/E1/E2 </h4></a></br>
         <a href="#exp8"><h4>Electrophoresis on agarose gel</h4></a></br>
+
         <a href="#exp4"><h4> 245. Electrophoresis on agarose gel</h4></a></br>
         <a href="#exp9"><h4>DNA extraction</h4></a></br>
+
         <a href="#exp5"><h4> 246. DNA extraction</h4></a></br>
 
     </p>
 
     </p>
 
     <p><h3><B>September 16, 2016:</B></h3></p>
 
     <p><h3><B>September 16, 2016:</B></h3></p>
 
     <p>
 
     <p>
           <a href="#exp10"><h4> Measure the amount of DNA extracted from the miniprep </h4></a></br>
+
           <a href="#exp6"><h4> 247. Measure the amount of DNA extracted from the miniprep </h4></a></br>
 
     </p>
 
     </p>
 +
 +
  
 
     <div class="lightbox" id="exp1">
 
     <div class="lightbox" id="exp1">
Line 252: Line 256:
 
               <U> Aim:</U> To have the right restriction sites to perform the ligation and the cloning.</br>
 
               <U> Aim:</U> To have the right restriction sites to perform the ligation and the cloning.</br>
 
                 We choose appropriate restriction sites based on our inserts.</br></br>
 
                 We choose appropriate restriction sites based on our inserts.</br></br>
 
+
<U> Protocol:</U> follow in this <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/ab/T--Pasteur_Paris--Restriction_digestion_protocol.pdf">link</a><br/><br/>
              <U> Protocol:</U> follow in this link</br></br>
+
 
               <U>What we did in the lab:</U></br>
 
               <U>What we did in the lab:</U></br>
 
               <U>Materials:</U></br>
 
               <U>Materials:</U></br>
                 &bull; Restriction enzymes: XbaI, SpeI (New England Biolabs, NEB)</br>
+
                 &bull; Restriction enzymes: Xba I, Spe I (New England Biolabs, NEB)</br>
 
                 &bull; Restriction enzyme buffers </br>
 
                 &bull; Restriction enzyme buffers </br>
                 &bull; 37°C water bath</br>
+
                 &bull; 37&#176;C water bath</br>
 
                 &bull; UV spectrophotometer</br>
 
                 &bull; UV spectrophotometer</br>
                 &bull; pSB1C3 (48ng/&#181;L)</br></br>
+
                 &bull; pSB1C3 (48ng/&#181;l)</br></br>
 
+
  
 
                 <U>Method:</U></br>
 
                 <U>Method:</U></br>
                Mix all the reagents and let digest during 1 hr at 37°C </br></br>
+
              1. Mix all the reagents and let digest during 1 hour at 37&#176;C </br>
                 Big volumes must be added first!</br></br>
+
                 &emsp;&#9888; Big volumes must be added first!</br>
  
 
               <table>
 
               <table>
 +
<caption align="bottom" align="center"><i><p> <U>Table 143</U></p></i></caption>
 
                     <thead>
 
                     <thead>
 
                         <tr>
 
                         <tr>
Line 276: Line 279:
 
                     <tbody>
 
                     <tbody>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>DNA</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>DNA</sub></p></strong></td>
                             <td>25 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">25 &#181;l </td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>XbaI</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>XbaI</sub></p></strong></td>
                             <td>10 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">10 &#181;l </td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>SpeI</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>SpeI</sub></p></strong></td>
                             <td>10 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">10 &#181;l </td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub> buffer (10X) (Cutsmart) </sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub> buffer (10X) (Cutsmart) </sub></p></strong></td>
                             <td>5 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">5 &#181;l </td>
 
                           </tr>         
 
                           </tr>         
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>total</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>total</sub></p></strong></td>
                             <td>50 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">50 &#181;l </td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                       </tbody>
 
                       </tbody>
                   </table>
+
                   </table><br/>
                  <center>Volumes</center></br></br></br>
+
 
+
                  2. Incubate 10 min at 65°C to inactivate the enzymes.</br>
+
                  3. Add 2 &#181;L of rSAP in order to perform the dephosphorylation.</br>
+
                  3. Store at -20°C</br></br>
+
  
 +
                  2. Incubate 10 min at 65&#176;C to inactivate the enzymes.</br>
 +
                  3. Add 2 &#181;l of rSAP in order to perform the dephosphorylation.</br>
 +
                  3. Store at -20&#176;C</br>
 +
<br/><br/><br/>
 
             </p>
 
             </p>
 
           </figcaption>
 
           </figcaption>
Line 323: Line 325:
  
 
               <U>Method:</U></br>
 
               <U>Method:</U></br>
               Analyze absorbance at 260nm</br>
+
               1. Analyze absorbance at 260 nm</br>
               Clean the Nanodrop with water</br>
+
               2. Clean the Nanodrop with water</br>
               Make the blank with 1ul of elution buffer</br>
+
               3. Make the blank with 1&#956;l of elution buffer</br>
               Put 1ul of your sample on the Nanodrop</br>
+
               4. Put 1&#956;l of your sample on the Nanodrop</br>
               Make the measure and clean the Nanodrop between each measure</br></br>
+
               5. Make the measure and clean the Nanodrop between each measure</br></br>
  
 
                   <U>Results:</U></br>
 
                   <U>Results:</U></br>
 
                   <table>
 
                   <table>
 +
                      <caption align="bottom" align="center"><i><p> <U>Table 144 :</U> Absorbance </p></i></caption>
 
                         <thead>
 
                         <thead>
 
                         <tr>
 
                         <tr>
 
                             <th>Absorbance at 260nm</th>
 
                             <th>Absorbance at 260nm</th>
 
                             <th>A260/280</th>
 
                             <th>A260/280</th>
                             <th>Concentration (ng/&#181;L )</th>
+
                             <th>Concentration (ng/&#181;l )</th>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
 
                   </thead>
 
                   </thead>
 
                     <tbody>
 
                     <tbody>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>pSB1C3 (1)</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>pSB1C3 (1)</p></strong></td>
                             <td>1.94</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.94</td>
                             <td>115.7</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">115.7</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>pSB1C3 (2)</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>pSB1C3 (2)</p></strong></td>
                             <td>1.93</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.93</td>
                             <td>13.0</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">13.0</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B1-col6</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B1-col6</p></strong></td>
                             <td>1.88</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.88</td>
                             <td>393.3</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">393.3</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B1-col8<sub>(diluted 1/2)</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B1-col8<sub>(diluted 1/2)</sub></p></strong></td>
                             <td>1.93</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.93</td>
                             <td>74.1</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">74.1</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B2-col7</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B2-col7</p></strong></td>
                             <td>1.89 </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.89 </td>
                             <td>84.8</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">84.8</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B2-col9</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B2-col9</p></strong></td>
                             <td>1.90 </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.90 </td>
                             <td>307.1</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">307.1</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                         </tbody>
 
                         </tbody>
                   </table>
+
                   </table><br/>
                  <center>Absorbance</center></br></br></br>
+
<br/><br/><br/>
 
+
 
             </p>
 
             </p>
 
           </figcaption>
 
           </figcaption>
Line 379: Line 381:
  
  
     <div class="lightbox" id="exp7">
+
     <div class="lightbox" id="exp3">
 
       <figure>
 
       <figure>
 
           <a href="#" class="closemsg"></a>
 
           <a href="#" class="closemsg"></a>
Line 386: Line 388:
 
               <U> Aim:</U> To have the right restriction sites to perform the ligation and the cloning.</br>
 
               <U> Aim:</U> To have the right restriction sites to perform the ligation and the cloning.</br>
 
                 We choose appropriate restriction sites based on our inserts.</br></br>
 
                 We choose appropriate restriction sites based on our inserts.</br></br>
 
+
<U> Protocol:</U> follow in this <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/ab/T--Pasteur_Paris--Restriction_digestion_protocol.pdf">link</a><br/><br/>
              <U> Protocol:</U> follow in this link</br></br>
+
 
               <U>What we did in the lab:</U></br>
 
               <U>What we did in the lab:</U></br>
 
               <U>Materials:</U></br>
 
               <U>Materials:</U></br>
                   &bull; Restriction enzymes: XbaI, SpeI (New England Biolabs, NEB)</br>
+
                   &bull; Restriction enzymes: Xba I, Spe I (New England Biolabs, NEB)</br>
 
                   &bull; Restriction enzyme buffers </br>
 
                   &bull; Restriction enzyme buffers </br>
                   &bull; 37°C water bath</br>
+
                   &bull; 37&#176;C water bath</br>
 
                   &bull; UV spectrophotometer</br>
 
                   &bull; UV spectrophotometer</br>
                   &bull; pSB1C3 (48ng/&#181;L)</br></br>
+
                   &bull; pSB1C3 (48ng/&#181;l)</br></br>
  
 
                   <U>Method:</U></br>
 
                   <U>Method:</U></br>
                   Mix all the reagents and let digest during 1 hr at 37°C </br></br>
+
                   Mix all the reagents and let digest during 1 hour at 37&#176;C </br></br>
                   Big volumes must be added first!</br></br>
+
                   &emsp; &#9888; Big volumes must be added first!</br></br>
  
  
 
                 <table>
 
                 <table>
 +
<caption align="bottom" align="center"><i><p> <U>Table 145</U></p></i></caption>
 
                     <thead>
 
                     <thead>
 
                         <tr>
 
                         <tr>
Line 411: Line 413:
 
                     <tbody>
 
                     <tbody>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>DNA</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>DNA</sub></p></strong></td>
                             <td>25 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">25 &#181;l </td>
                             <td>0 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">0 &#181;l </td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>XbaI </sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>XbaI </sub></p></strong></td>
                             <td>1 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1 &#181;l </td>
                             <td>18 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">18 &#181;l </td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>SpeI</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>SpeI</sub></p></strong></td>
                             <td>0.5 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">0.5 &#181;l </td>
                             <td>9 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">9 &#181;l </td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>buffer 2.1</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>buffer 2.1</sub></p></strong></td>
                             <td>5 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">5 &#181;l </td>
                             <td>90 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">90 &#181;l </td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>H<span>2</span>O</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>H<span>2</span>O</sub></p></strong></td>
                             <td>18.5 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">18.5 &#181;l </td>
                             <td>333 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">333 &#181;l </td>
 
                           </tr>         
 
                           </tr>         
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>Vol<sub>total</sub></p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>Vol<sub>total</sub></p></strong></td>
                             <td>50 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">50 &#181;l </td>
                             <td>450 &#181;L </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">450 &#181;l </td>
 
                       </tbody>
 
                       </tbody>
                   </table>
+
                   </table><br/>
                  <center>Volumes</center></br></br></br>
+
  
 
+
                     2. Incubate 10 min at 65&#176;C to inactivate the enzymes.</br>
                     2. Incubate 10 min at 65°C to inactivate the enzymes.</br>
+
                     3. Add 2 &#181;l of rSAP in order to perform the dephosphorylation.</br>
                     3. Add 2 &#181;L of rSAP in order to perform the dephosphorylation.</br>
+
                     3. Store at -20&#176;C</br>
                     3. Store at -20°C</br></br>
+
      <br/><br/><br/>
     
+
 
             </p>
 
             </p>
 
           </figcaption>
 
           </figcaption>
Line 453: Line 453:
 
     </div>
 
     </div>
  
     <div class="lightbox" id="exp8">
+
 
 +
 
 +
     <div class="lightbox" id="exp4">
 
       <figure>
 
       <figure>
 
           <a href="#" class="closemsg"></a>
 
           <a href="#" class="closemsg"></a>
 
             <figcaption>   
 
             <figcaption>   
 
               <p>
 
               <p>
               <U> Aim:</U> This step check the digestion efficiency of B1 (2 tubes)/B2 (2 tubes)/ C1 / C2 / A1 / A2 / D2 / E1 / E2.</br> Moreover, the inserts will be purified during this step because they will be extracted from the gel.</br>
+
               <U> Aim:</U> This step check the digestion efficiency of B1 (2 tubes)/B2 (2 tubes)/ C1 / C2 / A1 / A2 / D2 / E1 / E2.</br> Moreover, the inserts will be purified during this step because they will be extracted from the gel.</br><br/>
 
+
<U> Protocol:</U> follow in this <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/60/T--Pasteur_Paris--Gel_electrophoresis_protocol.pdf">link</a><br/><br/>
              <U> Protocol:</U> follow in this link</br></br>
+
 
               <U>What we did in the lab:</U></br>
 
               <U>What we did in the lab:</U></br>
 
               <U>Materials:</U></br>
 
               <U>Materials:</U></br>
Line 469: Line 470:
 
                   &bull; Agarose</br>
 
                   &bull; Agarose</br>
 
                   &bull; UV table </br>
 
                   &bull; UV table </br>
                   &bull; BET</br></br>
+
                   &bull; Ethidium bromide drops (EB)</br></br>
  
  
                   <U>Method:</U></br> Each well will contain 25 &#181;L of DNA and 6 &#181;L of Loading Dye. Follow the next deposit table :</br></br>
+
                   <U>Method:</U></br> Each well will contain 25 &#181;l of DNA and 6 &#181;l of Loading Dye. Follow the next deposit table :</br></br>
  
 
                   Line 1:</br>
 
                   Line 1:</br>
                   Ladder (6 &#181;L) /// B2-col7 /// B2-col9 /// B1-col6 /// B1-col9 /// C1 /// C2</br></br>
+
                   Ladder (6 &#181;l) &#124; &#216; &#124; B2-col7 &#124; &#216; &#124; B2-col9 &#124; &#216; &#124; B1-col6 &#124; &#216; &#124; B1-col9 &#124; &#216; &#124; C1 &#124; &#216; &#124; C2</br></br>
  
 
                   Line 2:</br>
 
                   Line 2:</br>
                   Ladder (6 &#181;L) /// D2 /// E1 /// E2 /// pSB1C€3 /// A1 /// A2</br></br>
+
                   Ladder (6 &#181;l) &#124; &#216; &#124; D2 &#124; &#216; &#124; E1 &#124; &#216; &#124; E2 &#124; &#216; &#124; pSB1C€3 &#124; &#216; &#124; A1 &#124; &#216; &#124; A2</br></br>
  
 
             </p>
 
             </p>
Line 485: Line 486:
 
     </div>
 
     </div>
  
     <div class="lightbox" id="exp9">
+
 
 +
 
 +
 
 +
     <div class="lightbox" id="exp5">
 
       <figure>
 
       <figure>
 
           <a href="#" class="closemsg"></a>
 
           <a href="#" class="closemsg"></a>
Line 491: Line 495:
 
               <p>
 
               <p>
 
               <U> Aim:</U> To perform a gel extraction to isolate insert DNA purified from its plasmid thanks to the migration. We use the gel made before with inserts B1 (2 tubes)/B2 (2 tubes)/ C1 / C2 / A1 / A2 / D2 / E1 / E2 but we only extract B2 bands.</br> </br>
 
               <U> Aim:</U> To perform a gel extraction to isolate insert DNA purified from its plasmid thanks to the migration. We use the gel made before with inserts B1 (2 tubes)/B2 (2 tubes)/ C1 / C2 / A1 / A2 / D2 / E1 / E2 but we only extract B2 bands.</br> </br>
              <U> Protocol:</U> follow in this link</br></br>
+
              <U> Protocol:</U> follow in this <a href="https://static.igem.org/mediawiki/2016/d/d5/T--Pasteur_Paris--Miniprep_protocol.pdf">link</a><br/><br/>
 
               <U>What we did in the lab:</U></br>
 
               <U>What we did in the lab:</U></br>
 
               <U>Materials:</U></br>
 
               <U>Materials:</U></br>
                 &bull; scalpel</br>
+
                 &bull; Scalpel</br>
                 &bull; 2 ml eppendorfs</br>
+
                 &bull; 2 ml Eppendorfs</br>
                 &bull; balance</br>
+
                 &bull; Balance</br>
 
                 &bull; UV table</br>
 
                 &bull; UV table</br>
                 &bull; microbiology equipment</br>
+
                 &bull; Microbiology equipment (type of incubator, Bunsen burner, water bath, etc… Follow this <a href="https://2016.igem.org/Team:Pasteur_Paris/Science">link</a>)
 
                 &bull; QIAGEN Gel Extraction Kit</br>
 
                 &bull; QIAGEN Gel Extraction Kit</br>
 
                 </br></br>
 
                 </br></br>
 
                               <U>Method:</U></br>
 
                               <U>Method:</U></br>
                 Be aware of the risks! UV light burns the eyes and skin so make sure you have the right protection</br>
+
                 &emsp; &#9888; Be aware of the risks! UV light burns the eyes and skin so make sure you have the right protection</br>
  
 
                 Follow QIAGEN Kit steps according to the next tables for the volumes of QG buffer. </br></br>
 
                 Follow QIAGEN Kit steps according to the next tables for the volumes of QG buffer. </br></br>
  
 
                   <table>
 
                   <table>
 +
                  <caption align="bottom" align="center"><i><p> <U>Table 146 :</U> Masses </p></i></caption>
 
                     <thead>
 
                     <thead>
 
                         <tr>
 
                         <tr>
 
                             <th>Insert</th>
 
                             <th>Insert</th>
 
                             <th>Mass of gel (mg)</th>
 
                             <th>Mass of gel (mg)</th>
                             <th>Volume of QG Buffer (&#181;L )</th>
+
                             <th>Volume of QG Buffer (&#181;l)</th>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
 
                   </thead>
 
                   </thead>
 
                     <tbody>
 
                     <tbody>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B2-col7</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B2-col7</p></strong></td>
                             <td>190</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">190</td>
                             <td>570</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">570</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B2-col9</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B2-col9</p></strong></td>
                             <td>170</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">170</td>
                             <td>510</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">510</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B1-col6</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B1-col6</p></strong></td>
                             <td>80</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">80</td>
                             <td>240</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">240</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B1-col8</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B1-col8</p></strong></td>
                             <td>140</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">140</td>
                             <td>420</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">420</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>C1</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>C1</p></strong></td>
                             <td>150</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">150</td>
                             <td>450</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">450</td>
 
                           </tr>         
 
                           </tr>         
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>C2</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>C2</p></strong></td>
                             <td>130</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">130</td>
                             <td>390</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">390</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>D2</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>D2</p></strong></td>
                             <td>150</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">150</td>
                             <td>450</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">450</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>E1</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>E1</p></strong></td>
                             <td>150</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">150</td>
                             <td>450</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">450</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>E2</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>E2</p></strong></td>
                             <td>180</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">180</td>
                             <td>540</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">540</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>pSB1C3</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>pSB1C3</p></strong></td>
                             <td>210</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">210</td>
                             <td>630</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">630</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>A1</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>A1</p></strong></td>
                             <td>170</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">170</td>
                             <td>510</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">510</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>A2</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>A2</p></strong></td>
                             <td>210</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">210</td>
                             <td>630</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">630</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                       </tbody>
 
                       </tbody>
 
                   </table>
 
                   </table>
                  <center>Masses</center></br></br></br>
+
        <br/><br/><br/>
 +
            </p>
 +
          </figcaption>
 +
      </figure>
 +
    </div>
  
  
 
+
   <div class="lightbox" id="exp6">
   <div class="lightbox" id="exp10">
+
 
       <figure>
 
       <figure>
 
           <a href="#" class="closemsg"></a>
 
           <a href="#" class="closemsg"></a>
Line 592: Line 600:
 
                 &bull; Nanodrop (Thermofisher)</br>
 
                 &bull; Nanodrop (Thermofisher)</br>
 
                 &bull; Elution buffer from QIAGEN kit</br>
 
                 &bull; Elution buffer from QIAGEN kit</br>
                 &bull; Microbiology equipment (Follow this link)</br></br>
+
                 &bull; Microbiology equipment (type of incubator, Bunsen burner, water bath, etc… Follow this <a href="https://2016.igem.org/Team:Pasteur_Paris/Science">link</a>) <br/><br/>
  
 
               <U>Method:</U></br>
 
               <U>Method:</U></br>
               Analyze absorbance at 260nm</br>
+
               1. Analyze absorbance at 260nm</br>
               Clean the Nanodrop with water</br>
+
               2. Clean the Nanodrop with water</br>
               Make the blank with 1ul of elution buffer</br>
+
               3. Make the blank with 1&#956;l of elution buffer</br>
               Put 1ul of your sample on the Nanodrop</br>
+
               4. Put 1ul of your sample on the Nanodrop</br>
               Make the measure and clean the Nanodrop between each measure</br></br>
+
               5. Make the measure and clean the Nanodrop between each measure</br></br>
  
 
               <U>Results:</U></br>
 
               <U>Results:</U></br>
  
 
                   <table>
 
                   <table>
 +
                  <caption align="bottom" align="center"><i><p> <U>Table 147 :</U> Absorbance </p></i></caption>
 
                     <thead>
 
                     <thead>
 
                         <tr>
 
                         <tr>
                             <th>Absorbance at 260nm</th>
+
                             <th>Absorbance at 260 nm</th>
 
                             <th>A260/280</th>
 
                             <th>A260/280</th>
                             <th>Concentration (ng/&#181;L )</th>
+
                             <th>Concentration (ng/&#181;l)</th>
 
                         </tr>
 
                         </tr>
 
                   </thead>
 
                   </thead>
 
                     <tbody>
 
                     <tbody>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B2-col7</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B2-col7</p></strong></td>
                             <td>2.12</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">2.12</td>
                             <td>3.7</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">3.7</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B2-col9</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B2-col9</p></strong></td>
                             <td>2.19</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">2.19</td>
 
                             <td>5.3</td>
 
                             <td>5.3</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B1-col6</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B1-col6</p></strong></td>
                             <td>2.04</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">2.04</td>
                             <td>3.2</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">3.2</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>B1-col8</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>B1-col8</p></strong></td>
                             <td>1.98</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.98</td>
                             <td>3.7</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">3.7</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>C1</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>C1</p></strong></td>
                             <td>1.78 </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.78 </td>
                             <td>5.0</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">5.0</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>C2</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>C2</p></strong></td>
                             <td>1.90 </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.90 </td>
                             <td>307.1</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">307.1</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>D2</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>D2</p></strong></td>
                             <td>1.84 </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.84 </td>
                             <td>5.2</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">5.2</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>E1</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>E1</p></strong></td>
                             <td>2.30 </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">2.30 </td>
                             <td>3.9</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">3.9</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>E2</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>E2</p></strong></td>
                             <td>2.17 </td>
+
                             <td align="center"; valign="center">2.17 </td>
                             <td>3.8</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">3.8</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                           <tr>
 
                           <tr>
                             <td><strong><p>pSB1C3</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>pSB1C3</p></strong></td>
                             <td>1.98</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">1.98</td>
                             <td>13.1</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">13.1</td>
 
                           </tr>                       
 
                           </tr>                       
 
                             <tr>
 
                             <tr>
                             <td><strong><p>A1</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>A1</p></strong></td>
                             <td>2.11</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">2.11</td>
                             <td>4.8</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">4.8</td>
 
                           </tr>                         
 
                           </tr>                         
 
                             <tr>
 
                             <tr>
                             <td><strong><p>A2</p></strong></td>
+
                             <td align="center"; valign="center"><strong><p>A2</p></strong></td>
                             <td>2.45</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">2.45</td>
                             <td>4.3</td>
+
                             <td align="center"; valign="center">4.3</td>
 
                           </tr>
 
                           </tr>
 
                         </tbody>
 
                         </tbody>
                   </table>
+
                   </table><br/>
                  <center>Absorbance</center></br></br></br>
+
                  </br></br></br>
  
 
             </p>
 
             </p>

Latest revision as of 03:52, 20 October 2016