Difference between revisions of "Team:USTC/Notebook/8 20"

 
Line 154: Line 154:
 
         <div class="menu">
 
         <div class="menu">
 
           <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team"> Members  </a>
 
           <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team"> Members  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Sponsor"> Sponsor  </a>
+
          <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Sponsor"> Sponsor  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/AboutUSTC"> About USTC  </a>
+
          <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/AboutUSTC"> About USTC  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Acknowledgements"> Acknowledgements  </a>
+
          <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Acknowledgements"> Acknowledgements  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Gallery"> Gallery  </a>
+
          <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Gallery"> Gallery  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Collaborations"> Collaborations </a>
+
          <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Collaborations"> Collaborations </a>
 
         </div>
 
         </div>
 
       </div>
 
       </div>
Line 219: Line 219:
 
               <div class="menu">
 
               <div class="menu">
 
                 <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team"> Members  </a>
 
                 <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team"> Members  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Sponsor"> Sponsor  </a>
+
                <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Sponsor"> Sponsor  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/AboutUSTC"> About USTC  </a>
+
                <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/AboutUSTC"> About USTC  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Acknowledgements"> Acknowledgements  </a>
+
                <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Acknowledgements"> Acknowledgements  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Gallery"> Gallery  </a>
+
                <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Team/Gallery"> Gallery  </a>
<a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Collaborations"> Collaborations </a>
+
                <a class="item" href="https://2016.igem.org/Team:USTC/Collaborations"> Collaborations </a>
 
               </div>
 
               </div>
 
             </div>
 
             </div>
Line 260: Line 260:
 
            
 
            
 
            
 
            
<p><strong>DATE:8.20</strong></p>
+
          <p><strong>DATE:8.20</strong></p>
<p><strong>Ligation of YeWGAP and BD</strong>
+
          <p><strong>Ligation of YeWGAP and BD</strong>
**Recorder: Chenyang Li **</p>
+
          **Recorder: Chenyang Li **</p>
<p>Procedure:
+
          <p>Procedure:
9 μL  YeWGAPD8201002
+
            9 μL  YeWGAPD8201002
3.3 μL  BDD8201002
+
            3.3 μL  BDD8201002
0.2 μL T4 DNA ligase
+
            0.2 μL T4 DNA ligase
2 μL  10×T4 DNA Ligase Buffer
+
            2 μL  10×T4 DNA Ligase Buffer
5.5 μL ddH<sub>2</sub>O
+
            5.5 μL ddH<sub>2</sub>O
20 μL in total.</p>
+
          20 μL in total.</p>
<p>Mix gently and incubate at 22 degree Celsius for an hour.</p>
+
          <p>Mix gently and incubate at 22 degree Celsius for an hour.</p>
<p>The number of the product: YBL8201002 and YBL8201003</p>
+
          <p>The number of the product: YBL8201002 and YBL8201003</p>
<p>Then we do transformation.</p>
+
          <p>Then we do transformation.</p>
<p>**Recorder: Chenyang Li **
+
          <p>**Recorder: Chenyang Li **
<strong>PCR of Sup35</strong></p>
+
          <strong>PCR of Sup35</strong></p>
<p>Procedure:
+
          <p>Procedure:
9 μL  YeWGAPD8201002
+
            9 μL  YeWGAPD8201002
3.3 μL  BDD8201002
+
            3.3 μL  BDD8201002
0.2 μL T4 DNA ligase
+
            0.2 μL T4 DNA ligase
2 μL  10×T4 DNA Ligase Buffer
+
            2 μL  10×T4 DNA Ligase Buffer
5.5 μL ddH<sub>2</sub>O
+
            5.5 μL ddH<sub>2</sub>O
20 μL in total.</p>
+
          20 μL in total.</p>
<p>Procedure:</p>
+
          <p>Procedure:</p>
<p>1.Prepare 4 PCR tubes and sequentially add:</p>
+
          <p>1.Prepare 4 PCR tubes and sequentially add:</p>
<table class="ui celled small table">
+
          <table class="ui celled small table">
<thead>
+
            <thead>
<tr>
+
              <tr>
  <th>sample</th>
+
                <th>sample</th>
  <th>sup35</th>
+
                <th>sup35</th>
</tr>
+
              </tr>
</thead>
+
            </thead>
<tbody>
+
            <tbody>
<tr>
+
              <tr>
  <td>nuclease-free water(μL)</td>
+
                <td>nuclease-free water(μL)</td>
  <td>30.5</td>
+
                <td>30.5</td>
</tr>
+
              </tr>
<tr>
+
              <tr>
  <td>5×PrimeStar Buffer(μL)</td>
+
                <td>5×PrimeStar Buffer(μL)</td>
  <td>10</td>
+
                <td>10</td>
</tr>
+
              </tr>
<tr>
+
              <tr>
  <td>dNTP(μL)</td>
+
                <td>dNTP(μL)</td>
  <td>4</td>
+
                <td>4</td>
</tr>
+
              </tr>
<tr>
+
              <tr>
  <td>template(μL)</td>
+
                <td>template(μL)</td>
  <td>4</td>
+
                <td>4</td>
</tr>
+
              </tr>
<tr>
+
              <tr>
  <td>PrimeStar</td>
+
                <td>PrimeStar</td>
  <td>0.5</td>
+
                <td>0.5</td>
</tr>
+
              </tr>
<tr>
+
              <tr>
  <td>Primer1</td>
+
                <td>Primer1</td>
  <td>0.5</td>
+
                <td>0.5</td>
</tr>
+
              </tr>
<tr>
+
              <tr>
  <td>Primer2</td>
+
                <td>Primer2</td>
  <td>0.5</td>
+
                <td>0.5</td>
</tr>
+
              </tr>
</tbody>
+
            </tbody>
<table class="ui celled small table">
+
            <table class="ui celled small table">
<p>50 μL in total.</p>
+
              <p>50 μL in total.</p>
<p>2.PCR reaction
+
              <p>2.PCR reaction
Parameters setting:</p>
+
              Parameters setting:</p>
<table class="ui celled small table">
+
              <table class="ui celled small table">
<thead>
+
                <thead>
<tr>
+
                  <tr>
  <th>stage</th>
+
                    <th>stage</th>
  <th>temperature</th>
+
                    <th>temperature</th>
  <th>time</th>
+
                    <th>time</th>
</tr>
+
                  </tr>
</thead>
+
                </thead>
<tbody>
+
                <tbody>
<tr>
+
                  <tr>
  <td>Pre-Duration</td>
+
                    <td>Pre-Duration</td>
  <td>95</td>
+
                    <td>95</td>
  <td>7 min</td>
+
                    <td>7 min</td>
</tr>
+
                  </tr>
<tr>
+
                  <tr>
  <td>Duration</td>
+
                    <td>Duration</td>
  <td>95</td>
+
                    <td>95</td>
  <td>10s</td>
+
                    <td>10s</td>
</tr>
+
                  </tr>
<tr>
+
                  <tr>
  <td>Anneal</td>
+
                    <td>Anneal</td>
  <td>57</td>
+
                    <td>57</td>
  <td>15s</td>
+
                    <td>15s</td>
</tr>
+
                  </tr>
<tr>
+
                  <tr>
  <td>Extend</td>
+
                    <td>Extend</td>
  <td>72</td>
+
                    <td>72</td>
  <td>50s</td>
+
                    <td>50s</td>
</tr>
+
                  </tr>
<tr>
+
                  <tr>
  <td>Post-Extend</td>
+
                    <td>Post-Extend</td>
  <td>72</td>
+
                    <td>72</td>
  <td>10 min</td>
+
                    <td>10 min</td>
</tr>
+
                  </tr>
<tr>
+
                  <tr>
  <td>Final</td>
+
                    <td>Final</td>
  <td>4</td>
+
                    <td>4</td>
  <td>--</td>
+
                    <td>--</td>
</tr>
+
                  </tr>
</tbody>
+
                </tbody>
<table class="ui celled small table">
+
                <table class="ui celled small table">
<p>35 cycles(Duration ~ Extend)</p>
+
                  <p>35 cycles(Duration ~ Extend)</p>
<p><strong>Purification for the product of the PCR of Sup35</strong>
+
                  <p><strong>Purification for the product of the PCR of Sup35</strong>
<strong>Recorder: Chenyang Li</strong></p>
+
                  <strong>Recorder: Chenyang Li</strong></p>
<p>results</p>
+
                  <p>results</p>
<table class="ui celled small table">
+
                  <table class="ui celled small table">
<thead>
+
                    <thead>
<tr>
+
                      <tr>
  <th>Number</th>
+
                        <th>Number</th>
  <th>Sup35P8201001</th>
+
                        <th>Sup35P8201001</th>
  <th>Sup35P8201002</th>
+
                        <th>Sup35P8201002</th>
  <th>Sup35P8201003</th>
+
                        <th>Sup35P8201003</th>
  <th>Sup35P8201004</th>
+
                        <th>Sup35P8201004</th>
</tr>
+
                      </tr>
</thead>
+
                    </thead>
<tbody>
+
                    <tbody>
<tr>
+
                      <tr>
  <td>A260/A280</td>
+
                        <td>A260/A280</td>
  <td>1.87</td>
+
                        <td>1.87</td>
  <td>1.88</td>
+
                        <td>1.88</td>
  <td>1.86</td>
+
                        <td>1.86</td>
  <td>1.87</td>
+
                        <td>1.87</td>
</tr>
+
                      </tr>
<tr>
+
                      <tr>
  <td>A260/A230</td>
+
                        <td>A260/A230</td>
  <td>2.29</td>
+
                        <td>2.29</td>
  <td>2.29</td>
+
                        <td>2.29</td>
  <td>1.91</td>
+
                        <td>1.91</td>
  <td>2.13</td>
+
                        <td>2.13</td>
</tr>
+
                      </tr>
<tr>
+
                      <tr>
  <td>concentration(ng/μL)</td>
+
                        <td>concentration(ng/μL)</td>
  <td>170.2</td>
+
                        <td>170.2</td>
  <td>302.3</td>
+
                        <td>302.3</td>
  <td>334.6</td>
+
                        <td>334.6</td>
  <td>301.0</td>
+
                        <td>301.0</td>
</tr>
+
                      </tr>
</tbody>
+
                    </tbody>
<table class="ui celled small table">
+
                    <table class="ui celled small table">
<p>**Recorder:Chenyang Li **
+
                      <p>**Recorder:Chenyang Li **
<strong>Double Digestion of YeWGAP,BD</strong></p>
+
                      <strong>Double Digestion of YeWGAP,BD</strong></p>
<p>Procedure:</p>
+
                      <p>Procedure:</p>
<table class="ui celled small table">
+
                      <table class="ui celled small table">
<thead>
+
                        <thead>
<tr>
+
                          <tr>
  <th>number</th>
+
                            <th>number</th>
  <th>1</th>
+
                            <th>1</th>
  <th>2</th>
+
                            <th>2</th>
  <th>3</th>
+
                            <th>3</th>
  <th>4</th>
+
                            <th>4</th>
</tr>
+
                          </tr>
</thead>
+
                        </thead>
<tbody>
+
                        <tbody>
<tr>
+
                          <tr>
  <td>sample</td>
+
                            <td>sample</td>
  <td>Sup35P8201002</td>
+
                            <td>Sup35P8201002</td>
  <td>Sup35P8201002</td>
+
                            <td>Sup35P8201002</td>
  <td>Sup35P8201004</td>
+
                            <td>Sup35P8201004</td>
  <td>Sup35P8201004</td>
+
                            <td>Sup35P8201004</td>
</tr>
+
                          </tr>
<tr>
+
                          <tr>
  <td>nuclease-free water(μL)</td>
+
                            <td>nuclease-free water(μL)</td>
  <td>4</td>
+
                            <td>4</td>
  <td>7.8</td>
+
                            <td>7.8</td>
  <td>4</td>
+
                            <td>4</td>
  <td>7.8</td>
+
                            <td>7.8</td>
</tr>
+
                          </tr>
<tr>
+
                          <tr>
  <td>10* Fast Digest Buffer(μL)</td>
+
                            <td>10* Fast Digest Buffer(μL)</td>
  <td>2</td>
+
                            <td>2</td>
  <td>2</td>
+
                            <td>2</td>
  <td>2</td>
+
                            <td>2</td>
  <td>2</td>
+
                            <td>2</td>
</tr>
+
                          </tr>
<tr>
+
                          <tr>
  <td>plasmid(μL)</td>
+
                            <td>plasmid(μL)</td>
  <td>10</td>
+
                            <td>10</td>
  <td>7</td>
+
                            <td>7</td>
  <td>10</td>
+
                            <td>10</td>
  <td>7</td>
+
                            <td>7</td>
</tr>
+
                          </tr>
<tr>
+
                          <tr>
  <td>EcoRI(μL)</td>
+
                            <td>EcoRI(μL)</td>
  <td>3</td>
+
                            <td>3</td>
  <td>2.4</td>
+
                            <td>2.4</td>
  <td>3</td>
+
                            <td>3</td>
  <td>2.4</td>
+
                            <td>2.4</td>
</tr>
+
                          </tr>
<tr>
+
                          <tr>
  <td>Bcul(μL)</td>
+
                            <td>Bcul(μL)</td>
  <td>2.4</td>
+
                            <td>2.4</td>
  <td>0.8</td>
+
                            <td>0.8</td>
  <td>2.4</td>
+
                            <td>2.4</td>
  <td>0.8</td>
+
                            <td>0.8</td>
</tr>
+
                          </tr>
</tbody>
+
                        </tbody>
<table class="ui celled small table">
+
                        <table class="ui celled small table">
<p>20 μL in total.
+
                          <p>20 μL in total.
Mix 1,2,3,4gently and incubate at 37 degree Celsius  for 15 min.</p>
+
                          Mix 1,2,3,4gently and incubate at 37 degree Celsius  for 15 min.</p>
<p>result:
+
                          <p>result:
<img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/thumb/7/77/T--USTC--NB_0820_1.jpeg/750px-T--USTC--NB_0820_1.jpeg" alt="a" />
+
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/thumb/7/77/T--USTC--NB_0820_1.jpeg/750px-T--USTC--NB_0820_1.jpeg" alt="a" />
(from left to right: Trans 2K plus 2(contain Gelred),1,2,3,4,PSB1C3+AD1,PSB1C3+AD2,PSB1C3+AD3,PSB1C3+AD4,)</p>
+
                          (from left to right: Trans 2K plus 2(contain Gelred),1,2,3,4,PSB1C3+AD1,PSB1C3+AD2,PSB1C3+AD3,PSB1C3+AD4,)</p>
<p><strong>DATE:8.22</strong></p>
+
                          <p><strong>DATE:8.22</strong></p>
<p><strong>Ligation of YeWGAP and BD</strong>
+
                          <p><strong>Ligation of YeWGAP and BD</strong>
**Recorder: Chenyang Li **</p>
+
                          **Recorder: Chenyang Li **</p>
<p>Procedure:
+
                          <p>Procedure:
9 μL  YeWGAPD8201002
+
                            9 μL  YeWGAPD8201002
3.3 μL  BDD8201002
+
                            3.3 μL  BDD8201002
0.2 μL T4 DNA ligase
+
                            0.2 μL T4 DNA ligase
2 μL  10×T4 DNA Ligase Buffer
+
                            2 μL  10×T4 DNA Ligase Buffer
5.5 μL ddH<sub>2</sub>O
+
                            5.5 μL ddH<sub>2</sub>O
20 μL in total.</p>
+
                          20 μL in total.</p>
<p>Mix gently and incubate at 22 degree Celsius for an hour.</p>
+
                          <p>Mix gently and incubate at 22 degree Celsius for an hour.</p>
<p>The number of the product: YBL8201004.
+
                          <p>The number of the product: YBL8201004.
Then we do transformation.</p>
+
                          Then we do transformation.</p>
<p><strong>PCR of sup35</strong>
+
                          <p><strong>PCR of sup35</strong>
**Recorder: Yinchenguang Lyu **</p>
+
                          **Recorder: Yinchenguang Lyu **</p>
<p>21μL  ddH<sub>2</sub>O
+
                          <p>21μL  ddH<sub>2</sub>O
25μL 2×HiFi PCR Master
+
                            25μL 2×HiFi PCR Master
2μL template
+
                            2μL template
1μL primer1
+
                            1μL primer1
1μL primer2</p>
+
                          1μL primer2</p>
<table class="ui celled small table">
+
                          <table class="ui celled small table">
<thead>
+
                            <thead>
<tr>
+
                              <tr>
  <th>stage</th>
+
                                <th>stage</th>
  <th>temperature</th>
+
                                <th>temperature</th>
  <th>time</th>
+
                                <th>time</th>
</tr>
+
                              </tr>
</thead>
+
                            </thead>
<tbody>
+
                            <tbody>
<tr>
+
                              <tr>
  <td>step 1</td>
+
                                <td>step 1</td>
  <td>95</td>
+
                                <td>95</td>
  <td>5 min</td>
+
                                <td>5 min</td>
</tr>
+
                              </tr>
<tr>
+
                              <tr>
  <td>step 2</td>
+
                                <td>step 2</td>
  <td>95</td>
+
                                <td>95</td>
  <td>50 s</td>
+
                                <td>50 s</td>
</tr>
+
                              </tr>
<tr>
+
                              <tr>
  <td>step 3</td>
+
                                <td>step 3</td>
  <td>56</td>
+
                                <td>56</td>
  <td>1 min</td>
+
                                <td>1 min</td>
</tr>
+
                              </tr>
<tr>
+
                              <tr>
  <td>step 4</td>
+
                                <td>step 4</td>
  <td>72</td>
+
                                <td>72</td>
  <td>1 min 50 s</td>
+
                                <td>1 min 50 s</td>
</tr>
+
                              </tr>
<tr>
+
                              <tr>
  <td>step 5</td>
+
                                <td>step 5</td>
  <td>72</td>
+
                                <td>72</td>
  <td>10 min</td>
+
                                <td>10 min</td>
</tr>
+
                              </tr>
<tr>
+
                              <tr>
  <td>step 6</td>
+
                                <td>step 6</td>
  <td>4</td>
+
                                <td>4</td>
  <td>--</td>
+
                                <td>--</td>
</tr>
+
                              </tr>
</tbody>
+
                            </tbody>
<table class="ui celled small table">
+
                            <table class="ui celled small table">
<p>35 cycles(step 2 ~ step 4)</p>
+
                              <p>35 cycles(step 2 ~ step 4)</p>
<p><strong>DATE 8.23</strong></p>
+
                              <p><strong>DATE 8.23</strong></p>
<p><strong>Plasmid Extraction for ligased PSB1C3 and AD</strong>
+
                              <p><strong>Plasmid Extraction for ligased PSB1C3 and AD</strong>
<strong>Recorder: Yinchenguang Lyu</strong></p>
+
                              <strong>Recorder: Yinchenguang Lyu</strong></p>
<p><em>results</em></p>
+
                              <p><em>results</em></p>
<table class="ui celled small table">
+
                              <table class="ui celled small table">
<thead>
+
                                <thead>
<tr>
+
                                  <tr>
  <th>sample</th>
+
                                    <th>sample</th>
  <th>1</th>
+
                                    <th>1</th>
  <th>2</th>
+
                                    <th>2</th>
  <th>3</th>
+
                                    <th>3</th>
  <th>4</th>
+
                                    <th>4</th>
</tr>
+
                                  </tr>
</thead>
+
                                </thead>
<tbody>
+
                                <tbody>
<tr>
+
                                  <tr>
  <td>A260/A280</td>
+
                                    <td>A260/A280</td>
  <td>1.81</td>
+
                                    <td>1.81</td>
  <td>1.77</td>
+
                                    <td>1.77</td>
  <td>1.70</td>
+
                                    <td>1.70</td>
  <td>1.57</td>
+
                                    <td>1.57</td>
</tr>
+
                                  </tr>
<tr>
+
                                  <tr>
  <td>A260/A230</td>
+
                                    <td>A260/A230</td>
  <td>1.64</td>
+
                                    <td>1.64</td>
  <td>1.43</td>
+
                                    <td>1.43</td>
  <td>0.79</td>
+
                                    <td>0.79</td>
  <td>0.78</td>
+
                                    <td>0.78</td>
</tr>
+
                                  </tr>
<tr>
+
                                  <tr>
  <td>concentration(ng/μL)</td>
+
                                    <td>concentration(ng/μL)</td>
  <td>175.9</td>
+
                                    <td>175.9</td>
  <td>204.4</td>
+
                                    <td>204.4</td>
  <td>216.3</td>
+
                                    <td>216.3</td>
  <td>346.1</td>
+
                                    <td>346.1</td>
</tr>
+
                                  </tr>
</tbody>
+
                                </tbody>
<table class="ui celled small table">
+
                                <table class="ui celled small table">
<p><strong>Recorder:Yu Xie</strong>
+
                                  <p><strong>Recorder:Yu Xie</strong>
<strong>Colony picking of plasmid pUC57 containing sfGFP11</strong></p>
+
                                  <strong>Colony picking of plasmid pUC57 containing sfGFP11</strong></p>
<p>We did colony picking of plasmid pUC57 containing sfGFP11. After colony picking, we cultivate the bacteria at 37°C and shock at 250 rpm/min overnight.</p>
+
                                  <p>We did colony picking of plasmid pUC57 containing sfGFP11. After colony picking, we cultivate the bacteria at 37°C and shock at 250 rpm/min overnight.</p>
<p><strong>Recorder: Junjie Zeng &amp; Yu Xie</strong>
+
                                  <p><strong>Recorder: Junjie Zeng &amp; Yu Xie</strong>
<strong>PCR of sup35</strong></p>
+
                                  <strong>PCR of sup35</strong></p>
<p>Procedure:</p>
+
                                  <p>Procedure:</p>
<p>1.Prepare 8 PCR tubes and sequentially add:</p>
+
                                  <p>1.Prepare 8 PCR tubes and sequentially add:</p>
<table class="ui celled small table">
+
                                  <table class="ui celled small table">
<thead>
+
                                    <thead>
<tr>
+
                                      <tr>
  <th>sample</th>
+
                                        <th>sample</th>
  <th>1,2,3,4,5,6,7,8</th>
+
                                        <th>1,2,3,4,5,6,7,8</th>
</tr>
+
                                      </tr>
</thead>
+
                                    </thead>
<tbody>
+
                                    <tbody>
<tr>
+
                                      <tr>
  <td>Sterilized ddH<sub>2</sub>O</td>
+
                                        <td>Sterilized ddH<sub>2</sub>O</td>
  <td>9 μL</td>
+
                                        <td>9 μL</td>
</tr>
+
                                      </tr>
<tr>
+
                                      <tr>
  <td>2×HiFi-PCR Master</td>
+
                                        <td>2×HiFi-PCR Master</td>
  <td>12.5 μL</td>
+
                                        <td>12.5 μL</td>
</tr>
+
                                      </tr>
<tr>
+
                                      <tr>
  <td>Template</td>
+
                                        <td>Template</td>
  <td>1.5 μL</td>
+
                                        <td>1.5 μL</td>
</tr>
+
                                      </tr>
<tr>
+
                                      <tr>
  <td>Primer 1</td>
+
                                        <td>Primer 1</td>
  <td>1 μL</td>
+
                                        <td>1 μL</td>
</tr>
+
                                      </tr>
<tr>
+
                                      <tr>
  <td>Primer 2</td>
+
                                        <td>Primer 2</td>
  <td>1 μL</td>
+
                                        <td>1 μL</td>
</tr>
+
                                      </tr>
<tr>
+
                                      <tr>
  <td>total</td>
+
                                        <td>total</td>
  <td>25 μL</td>
+
                                        <td>25 μL</td>
</tr>
+
                                      </tr>
</tbody>
+
                                    </tbody>
<table class="ui celled small table">
+
                                    <table class="ui celled small table">
<p>2.PCR reaction
+
                                      <p>2.PCR reaction
Parameters setting:</p>
+
                                      Parameters setting:</p>
<table class="ui celled small table">
+
                                      <table class="ui celled small table">
<thead>
+
                                        <thead>
<tr>
+
                                          <tr>
  <th>stage</th>
+
                                            <th>stage</th>
  <th>temperature</th>
+
                                            <th>temperature</th>
  <th>time</th>
+
                                            <th>time</th>
</tr>
+
                                          </tr>
</thead>
+
                                        </thead>
<tbody>
+
                                        <tbody>
<tr>
+
                                          <tr>
  <td>Pre-Duration</td>
+
                                            <td>Pre-Duration</td>
  <td>95℃</td>
+
                                            <td>95℃</td>
  <td>10 min</td>
+
                                            <td>10 min</td>
</tr>
+
                                          </tr>
<tr>
+
                                          <tr>
  <td>Duration</td>
+
                                            <td>Duration</td>
  <td>95℃</td>
+
                                            <td>95℃</td>
  <td>1 min</td>
+
                                            <td>1 min</td>
</tr>
+
                                          </tr>
<tr>
+
                                          <tr>
  <td>Anneal</td>
+
                                            <td>Anneal</td>
  <td>58℃</td>
+
                                            <td>58℃</td>
  <td>1 min</td>
+
                                            <td>1 min</td>
</tr>
+
                                          </tr>
<tr>
+
                                          <tr>
  <td>Extend</td>
+
                                            <td>Extend</td>
  <td>72℃</td>
+
                                            <td>72℃</td>
  <td>1 min 50 s</td>
+
                                            <td>1 min 50 s</td>
</tr>
+
                                          </tr>
<tr>
+
                                          <tr>
  <td>Post-Extend</td>
+
                                            <td>Post-Extend</td>
  <td>72℃</td>
+
                                            <td>72℃</td>
  <td>10 min</td>
+
                                            <td>10 min</td>
</tr>
+
                                          </tr>
<tr>
+
                                          <tr>
  <td>Final</td>
+
                                            <td>Final</td>
  <td>4℃</td>
+
                                            <td>4℃</td>
  <td>--</td>
+
                                            <td>--</td>
</tr>
+
                                          </tr>
</tbody>
+
                                        </tbody>
</table>
+
                                      </table>
<p>30 cycles(Duration ~ Extend)</p>
+
                                      <p>30 cycles(Duration ~ Extend)</p>
<p><strong>Recorder: Yu Xie</strong>
+
                                      <p><strong>Recorder: Yu Xie</strong>
<strong>Double digestion of sfGFP11</strong></p>
+
                                      <strong>Double digestion of sfGFP11</strong></p>
<p><strong>Recorder: Yu Xie</strong>
+
                                      <p><strong>Recorder: Yu Xie</strong>
<strong>Double digestion of sup35</strong></p>
+
                                      <strong>Double digestion of sup35</strong></p>
         
+
                                    </div>
        </div>
+
                                    </div><!--End of ui basic segment id="main_page_content"-->
        <div style="background-color:#44a17d; color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">
+
                                   
                                                                                  <div class="ui grid">
+
                                    <div style="background-color:#44a17d; color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">
                                                                                   
+
                                      <div class="ui grid">
                                                                                    <div class="ui three wide column">
+
                                       
                                                                                    </div>
+
                                        <div class="ui three wide column">
                                                                                    <div class="ui five wide column">
+
                                        </div>
                                                                                      <h3 class="ui header" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">Contact us</h3>
+
                                        <div class="ui five wide column">
                                                                                      <div class="ui massive link list" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">
+
                                          <h3 class="ui header" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">Contact us</h3>
                                                                                        <a class="item" href="mailto:yukae@mail.ustc.edu.cn">
+
                                          <div class="ui massive link list" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">
                                                                                          <i class="mail icon" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);"></i>
+
                                            <a class="item" href="mailto:yukae@mail.ustc.edu.cn">
                                                                                          <div class="content" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">e-mail</div>
+
                                              <i class="mail icon" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);"></i>
                                                                                        </a>
+
                                              <div class="content" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">e-mail</div>
                                                                                        <a class="item" href="https://www.facebook.com/ustcigem">
+
                                            </a>
                                                                                          <i class="facebook icon" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);"></i>
+
                                            <a class="item" href="https://www.facebook.com/ustcigem">
                                                                                          <div class="content" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">Facebook</div>
+
                                              <i class="facebook icon" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);"></i>
                                                                                        </a>
+
                                              <div class="content" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">Facebook</div>
                                                                                        <a class="item" href="http://weibo.com/3929719655/fans?topnav=1&amp;wvr=6&amp;mod=message&amp;need_filter=1">
+
                                            </a>
                                                                                          <i class="weibo icon" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);"></i>
+
                                            <a class="item" href="http://weibo.com/3929719655/fans?topnav=1&amp;wvr=6&amp;mod=message&amp;need_filter=1">
                                                                                          <div class="content" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">Weibo</div>
+
                                              <i class="weibo icon" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);"></i>
                                                                                        </a>
+
                                              <div class="content" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">Weibo</div>
                                                                                      </div>
+
                                            </a>
                                                                                    </div>
+
                                          </div>
                                                                                    <div class="ui two wide column">
+
                                        </div>
                                                                                    </div>
+
                                        <div class="ui two wide column">
                                                                                    <div class="ui five wide column">
+
                                        </div>
                                                                                      <h3 class="ui header" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">Sponsors</h3>
+
                                        <div class="ui five wide column">
                                                                                      <img class="ui small image" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/cc/T--USTC--DeutscheBank.png">
+
                                          <h3 class="ui header" style="color:rgba(255, 255, 255, 0.9);">Sponsors</h3>
                                                                                      <img class="ui small image" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/18/T--USTC--USTCXiaohui.png">
+
                                          <img class="ui small image" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/cc/T--USTC--DeutscheBank.png">
                                                                                      <img class="ui small image" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/4/45/T--USTC--USTCJiaowuchu.png">
+
                                          <img class="ui small image" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/18/T--USTC--USTCXiaohui.png">
                                                                                    </div>
+
                                          <img class="ui small image" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/4/45/T--USTC--USTCJiaowuchu.png">
                                                                                   
+
                                        </div>
                                                                                  </div>
+
                                       
                                                                                  <div class="ui divider"></div>
+
                                      </div>
                                                                                  <div class="center aligned container">
+
                                      <div class="ui divider"></div>
                                                                                    <img class="ui centered tiny image" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/6b/T--USTC--MascotLogo.png">
+
                                      <div class="center aligned container">
                                                                                    <div class="ui list">
+
                                        <img class="ui centered tiny image" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/6b/T--USTC--MascotLogo.png">
                                                                                      <div class="item">Designed by 2016 iGEM Team:USTC<br>Under CC License<br>Based on Semantic-UI</div>
+
                                        <div class="ui list">
                                                                                    </div>
+
                                          <div class="item">Designed by 2016 iGEM Team:USTC<br>Under CC License<br>Based on Semantic-UI</div>
                                                                                  </div>
+
                                        </div>
                                                                                 
+
                                      </div>
                                                                                </div>
+
                                     
        </div><!--end of pusher-->
+
                                    </div>
        <script src="https://2015.igem.org/common/MathJax-2.5-latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML"></script>
+
                                    </div><!--end of pusher-->
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/Template:USTC/semanticsjs?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
                                    <script src="https://2015.igem.org/common/MathJax-2.5-latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML"></script>
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/Template:USTC/Notebook_right_menu_js?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
                                    <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/Template:USTC/semanticsjs?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
        <script type="text/javascript">
+
                                    <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/Template:USTC/Notebook_right_menu_js?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
        </script>
+
                                    <script type="text/javascript">
        <script>
+
                                    </script>
        $(document).ready(function(){
+
                                    <script>
        $('.ui.sticky.basic.menu').sticky({
+
                                    $(document).ready(function(){
        context: '#main_page_content'
+
                                    $('.ui.sticky.basic.menu').sticky({
        });
+
                                    context: '#main_page_content'
        $("a.item#Description").mouseenter(function(){
+
                                    });
        $(".sticky.note.outline.icon").transition({
+
                                    $("a.item#Description").mouseenter(function(){
        animation : 'fly right',
+
                                    $(".sticky.note.outline.icon").transition({
        duration : '0.5s'
+
                                    animation : 'fly right',
        });
+
                                    duration : '0.5s'
        });
+
                                    });
        $("a.item#Description").mouseleave(function(){
+
                                    });
        $(".sticky.note.outline.icon").transition({
+
                                    $("a.item#Description").mouseleave(function(){
        animation : 'fly right',
+
                                    $(".sticky.note.outline.icon").transition({
        duration : '0.5s'
+
                                    animation : 'fly right',
        });
+
                                    duration : '0.5s'
        //$(this).css({"background-color":"inherit","color":"inherit"});
+
                                    });
        });
+
                                    //$(this).css({"background-color":"inherit","color":"inherit"});
        $container.find('img').css('max-width','100%');
+
                                    });
        createMenu();
+
                                    $container.find('img').css('max-width','100%');
        });//End of $(document).ready(function())
+
                                    createMenu();
       
+
                                    });//End of $(document).ready(function())
        $(window).load(function(){
+
                                   
        createWayPoints();
+
                                    $(window).load(function(){
        $("div.pusher").prependTo("body");
+
                                    createWayPoints();
        $("div.sidebar").prependTo("body");
+
                                    $("div.pusher").prependTo("body");
        $("div#sideMenu").prependTo("div.pusher");
+
                                    $("div.sidebar").prependTo("body");
        $("#ui_article").find("span").css("border-style","none");
+
                                    $("div#sideMenu").prependTo("div.pusher");
        });
+
                                    $("#ui_article").find("span").css("border-style","none");
        $("#sidebarMenuTrigger").click(function(){
+
                                    });
        $(".ui.sidebar.menu")
+
                                    $("#sidebarMenuTrigger").click(function(){
        .sidebar('setting', 'transition', 'overlay')
+
                                    $(".ui.sidebar.menu")
        .sidebar('setting', 'mobileTransition', 'overlay')
+
                                    .sidebar('setting', 'transition', 'overlay')
        .sidebar('toggle');
+
                                    .sidebar('setting', 'mobileTransition', 'overlay')
        });
+
                                    .sidebar('toggle');
        </script>
+
                                    });
      </body>
+
                                    </script>
    </html>
+
                                  </body>
 +
                                </html>

Latest revision as of 18:28, 19 October 2016

Modeling

Notebook
Together we stand

Performers

Everybody

DATE:8.20

Ligation of YeWGAP and BD **Recorder: Chenyang Li **

Procedure: 9 μL YeWGAPD8201002 3.3 μL BDD8201002 0.2 μL T4 DNA ligase 2 μL 10×T4 DNA Ligase Buffer 5.5 μL ddH2O 20 μL in total.

Mix gently and incubate at 22 degree Celsius for an hour.

The number of the product: YBL8201002 and YBL8201003

Then we do transformation.

**Recorder: Chenyang Li ** PCR of Sup35

Procedure: 9 μL YeWGAPD8201002 3.3 μL BDD8201002 0.2 μL T4 DNA ligase 2 μL 10×T4 DNA Ligase Buffer 5.5 μL ddH2O 20 μL in total.

Procedure:

1.Prepare 4 PCR tubes and sequentially add:

sample sup35
nuclease-free water(μL) 30.5
5×PrimeStar Buffer(μL) 10
dNTP(μL) 4
template(μL) 4
PrimeStar 0.5
Primer1 0.5
Primer2 0.5

50 μL in total.

2.PCR reaction Parameters setting:

stage temperature time
Pre-Duration 95 7 min
Duration 95 10s
Anneal 57 15s
Extend 72 50s
Post-Extend 72 10 min
Final 4 --

35 cycles(Duration ~ Extend)

Purification for the product of the PCR of Sup35 Recorder: Chenyang Li

results

Number Sup35P8201001 Sup35P8201002 Sup35P8201003 Sup35P8201004
A260/A280 1.87 1.88 1.86 1.87
A260/A230 2.29 2.29 1.91 2.13
concentration(ng/μL) 170.2 302.3 334.6 301.0

**Recorder:Chenyang Li ** Double Digestion of YeWGAP,BD

Procedure:

number 1 2 3 4
sample Sup35P8201002 Sup35P8201002 Sup35P8201004 Sup35P8201004
nuclease-free water(μL) 4 7.8 4 7.8
10* Fast Digest Buffer(μL) 2 2 2 2
plasmid(μL) 10 7 10 7
EcoRI(μL) 3 2.4 3 2.4
Bcul(μL) 2.4 0.8 2.4 0.8

20 μL in total. Mix 1,2,3,4gently and incubate at 37 degree Celsius for 15 min.

result: a (from left to right: Trans 2K plus 2(contain Gelred),1,2,3,4,PSB1C3+AD1,PSB1C3+AD2,PSB1C3+AD3,PSB1C3+AD4,)

DATE:8.22

Ligation of YeWGAP and BD **Recorder: Chenyang Li **

Procedure: 9 μL YeWGAPD8201002 3.3 μL BDD8201002 0.2 μL T4 DNA ligase 2 μL 10×T4 DNA Ligase Buffer 5.5 μL ddH2O 20 μL in total.

Mix gently and incubate at 22 degree Celsius for an hour.

The number of the product: YBL8201004. Then we do transformation.

PCR of sup35 **Recorder: Yinchenguang Lyu **

21μL ddH2O 25μL 2×HiFi PCR Master 2μL template 1μL primer1 1μL primer2

stage temperature time
step 1 95 5 min
step 2 95 50 s
step 3 56 1 min
step 4 72 1 min 50 s
step 5 72 10 min
step 6 4 --

35 cycles(step 2 ~ step 4)

DATE 8.23

Plasmid Extraction for ligased PSB1C3 and AD Recorder: Yinchenguang Lyu

results

sample 1 2 3 4
A260/A280 1.81 1.77 1.70 1.57
A260/A230 1.64 1.43 0.79 0.78
concentration(ng/μL) 175.9 204.4 216.3 346.1

Recorder:Yu Xie Colony picking of plasmid pUC57 containing sfGFP11

We did colony picking of plasmid pUC57 containing sfGFP11. After colony picking, we cultivate the bacteria at 37°C and shock at 250 rpm/min overnight.

Recorder: Junjie Zeng & Yu Xie PCR of sup35

Procedure:

1.Prepare 8 PCR tubes and sequentially add:

sample 1,2,3,4,5,6,7,8
Sterilized ddH2O 9 μL
2×HiFi-PCR Master 12.5 μL
Template 1.5 μL
Primer 1 1 μL
Primer 2 1 μL
total 25 μL

2.PCR reaction Parameters setting:

stage temperature time
Pre-Duration 95℃ 10 min
Duration 95℃ 1 min
Anneal 58℃ 1 min
Extend 72℃ 1 min 50 s
Post-Extend 72℃ 10 min
Final 4℃ --

30 cycles(Duration ~ Extend)

Recorder: Yu Xie Double digestion of sfGFP11

Recorder: Yu Xie Double digestion of sup35

Sponsors

Designed by 2016 iGEM Team:USTC
Under CC License
Based on Semantic-UI