Difference between revisions of "Team:TU Delft/Parts"

 
(92 intermediate revisions by 2 users not shown)
Line 6: Line 6:
 
         <meta name="description" content="">
 
         <meta name="description" content="">
 
         <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
 
         <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1">
 +
        <script type='text/javascript'        src ='/common/tablesorter/jquery.tablesorter.min.js'></script>
 +
        <link rel='stylesheet' type='text/css' href='/common/tablesorter/themes/groupparts/style.css' />
 +
        <link rel='stylesheet' type='text/css' href='/common/table_styles.css' />
 
         <style>
 
         <style>
 +
            #delft table.pgrouptable td{
 +
                font-size: 12px;
 +
                border-bottom: 2px solid #119ED8;
 +
                border-right: 1px solid #119ED8;
 +
            }
 +
            #delft table.pgrouptable{
  
 +
                font-size: 14px;
 +
                width:100%;
 +
            }
  
−
        #delft th{
+
 
−
          background-color:#119ED8;
+
            #delft th{
−
          padding: 10px;
+
                background-color:#119ED8;
−
          color: white;
+
                padding: 10px;
−
          border:none;
+
                color: white;
−
          border-bottom: 1px solid #199ED8;
+
                border:none;
−
          border-collapse: collapse;
+
                border-bottom: 1px solid #199ED8;
−
          vertical-align: text-top;
+
                border-collapse: collapse;
−
          text-align: left;}
+
                vertical-align: text-top;
−
        #delft thead {
+
                text-align: left;}
−
          background: #119ED8;
+
            #delft thead {
−
          border: none;
+
                background: #119ED8;
−
          border-bottom: 1px solid #8E999D;
+
                border: none;
−
          color: #f3f4f4;
+
                border-bottom: 1px solid #8E999D;
−
        }
+
                color: #f3f4f4;
−
        #delft .table-style-1 td,
+
            }
−
        .table-style-1 th {
+
            #delft .table-style-1 td,
−
          border-bottom: 1px solid #119ED8;
+
            .table-style-1 th {
−
          border-right: 2px solid #119ED8;
+
                border-bottom: 1px solid #119ED8;
−
        }
+
                border-right: 2px solid #119ED8;
−
            #delft table.tablesorter thead tr .header {
+
−
    background-image: url(https://2016.igem.org/common/tablesorter/themes/groupparts/bg.gif);
+
−
    background-repeat: no-repeat;
+
−
    background-position: center right;
+
−
    cursor: pointer;
+
 
             }
 
             }
 +
#delft .heart13 {
 +
    background-image: url(https://igem.org/common/tablesorter/themes/groupparts/heart13.gif);
 +
    background-repeat: no-repeat;
 +
    background-position: center center;}
 +
 +
 +
 
         </style>
 
         </style>
 
     </head>
 
     </head>
Line 40: Line 54:
 
         <div class="page-heading text-center">
 
         <div class="page-heading text-center">
 
             <div class="container">
 
             <div class="container">
−
<h1 class="page-header">Parts<span class="title-under"></span></h1>
+
                <h1 class="page-header">Parts<span class="title-under"></span></h1>
 +
                <p>For the construction of our parts, we made use of the IDT synthesis offer. This way we were able to
 +
                            generate our required parts in a fast and efficient way. All of the parts were designed containing the coding
 +
                            sequence, RBS, promoter and terminators, if applicable. Therefore, all of the parts we used are <a href="#composite"><b>composite</b></a>.
 +
                            The different <a href="#basic"><b>basic</b></a> parts comprising the composite parts are documented seperately, although they do not exist induvidually.
 +
                            In the case of a constitutive expression, the promoter is included in the biobrick itself.
 +
                            For the inducible expression, however, we made use of a plasmid backbone containing a Lac-promoter
 +
                            and the LacI gene, which encodes for the Lac repressor. Consequently, these parts themselves do
 +
                            not contain a promoter. Additionally, using PCR rather than synthesis, we constructed a small
 +
                                <a href="#collection"><b>collection</b></a> of GFP expression devices with different promoter strengths, based on an existing biobrick.
 +
Thereby improving both the function and characterization of the original part</p>
 
             </div>
 
             </div>
−
</div>
+
        </div>
  
−
<div  class="main-container">
+
        <div  class="main-container">
 
             <div class="container">
 
             <div class="container">
 
                 <div class="parts">
 
                 <div class="parts">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                         <span class="anchor" id="parts"></span>
 
                         <span class="anchor" id="parts"></span>
−
                        <h2 class="title-style-1">All Parts<span class="title-under"></span></h2>
 
 
                         <div class="container">
 
                         <div class="container">
−
                        <div class="col-md-6 col-md-offset-2">
+
                            <div class="col-md-8 col-md-offset-2">
−
                            </html>
+
                                </html>
−
                            <groupparts class="parts">iGEM2016 TU_Delft</groupparts>
+
                                <groupparts class="parts">iGEM2016 TU_Delft</groupparts>
−
                            <html>
+
                                <html>
 +
                            </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 +
                    </div>
 +
                   
 +
                    <div class="row">
 +
                        <span class="anchor" id="composite"></span>
 +
                        <h2 class="title-style-1">Composite Parts<span class="title-under"></span></h2>
 +
                        <p>For the construction of our parts, we made use of the IDT synthesis offer.
 +
                            This way we were able to generate our required parts in a fast and efficient way.
 +
                            All of the parts were designed containing the coding sequence, RBS, promoter
 +
                            and terminators, if applicable. Therefore, all of the parts we used are composite.</p>
 +
                       
 +
                        <div class="col-md-10 col-md-offset-1"
 +
                           
 +
                            <table>
 +
 +
                                <table class="table table-style-1 pgrouptable tablesorter">
 +
                                    <thead>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <th>Name</th>
 +
                                            <th>Type</th>
 +
                                            <th>Description</th>
 +
                                            <th>Designer</th>
 +
                                            <th>Length</th>
 +
                                        </tr>
 +
 +
                                    </thead>
 +
                                    <tbody>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890000">BBa_K1890000</a></td>
 +
                                            <td>Composite</td>
 +
                                            <td>Silicatein gene with strong RBS</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">686</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890001">BBa_K1890001</a></td>
 +
                                            <td>Composite</td>
 +
                                            <td>Silicatein gene, fused to transmembrane domain of INP, with strong RBS</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">1442</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890002">BBa_K1890002</a></td>
 +
                                            <td>Composite</td>
 +
                                            <td>Silicatein gene, fused to transmembrane domain of OmpA, with strong RBS</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">1481</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890010">BBa_K1890010</a></td>
 +
                                            <td>Composite</td>
 +
                                            <td>mCerulean with strong consitutive promoter and RBS</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">784</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890011">BBa_K1890011</a></td>
 +
                                            <td>Composite</td>
 +
                                            <td>mVenus with strong consitutive promoter and RBS</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">784</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890020">BBa_K1890020</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with strong constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890021">BBa_K1890021</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with strong constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890022">BBa_K1890022</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with medium constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890023">BBa_K1890023</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with weak constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890024">BBa_K1890024</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with weak constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890030">BBa_K1890030</a></td>
 +
                                            <td>Composite</td>
 +
                                            <td>BolA gene with RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">508</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890031">BBa_K1890031</a></td>
 +
                                            <td>Composite</td>
 +
                                            <td>BolA gene with strong promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">519</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </tbody>
 +
                                </table>
 +
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
−
                    <div class="row">
+
<div class="row">
 
                         <span class="anchor" id="basic"></span>
 
                         <span class="anchor" id="basic"></span>
 
                         <h2 class="title-style-1">Basic Parts<span class="title-under"></span></h2>
 
                         <h2 class="title-style-1">Basic Parts<span class="title-under"></span></h2>
−
                    </div>
+
                        <p>The different basic parts comprising the synthesized parts we used are documented here.
−
                    <div class="row">
+
                            Please note that these parts do not exist individually.
−
                        <span class="anchor" id="composite"></span>
+
</p>
−
                        <h2 class="title-style-1">Composite Parts<span class="title-under"></span></h2>
+
                        <div class="col-md-10 col-md-offset-1"
 +
                           
 +
                            <table>
 +
 
 +
                                <table class="table table-style-1 pgrouptable tablesorter">
 +
                                    <thead>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <th>Name</th>
 +
                                            <th>Type</th>
 +
                                            <th>Description</th>
 +
                                            <th>Designer</th>
 +
                                            <th>Length</th>
 +
                                        </tr>
 +
 
 +
                                    </thead>
 +
                                    <tbody>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890050">BBa_K1890050</a></td>
 +
                                            <td>Coding</td>
 +
                                            <td>Silicatein from Suberites domuncula</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">660</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890051">BBa_K1890051</a></td>
 +
                                            <td>Coding</td>
 +
                                            <td>Silicatein from Tethya aurantium</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">993</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890052">BBa_K1890052</a></td>
 +
                                            <td>Protein_Domain</td>
 +
                                            <td>OmpA transmembrane domain</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">462</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890053">BBa_K1890053</a></td>
 +
                                            <td>Protein_Domain</td>
 +
                                            <td>INP transmembrane domain</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">732</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890054">BBa_K1890054</a></td>
 +
                                            <td>Coding</td>
 +
                                            <td>mCerulean</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">720</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890055">BBa_K1890055</a></td>
 +
                                            <td>Coding</td>
 +
                                            <td>mVenus</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">720</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890056">BBa_K1890056</a></td>
 +
                                            <td>Coding</td>
 +
                                            <td>BolA</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">321</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890058">BBa_K1890058</a></td>
 +
                                            <td>DNA</td>
 +
                                            <td>Linker</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">24</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </tbody>
 +
                                </table>
 +
 
 +
                        </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                         <span class="anchor" id="collection"></span>
 
                         <span class="anchor" id="collection"></span>
 
                         <h2 class="title-style-1">Part Collection<span class="title-under"></span></h2>
 
                         <h2 class="title-style-1">Part Collection<span class="title-under"></span></h2>
−
<table id="myTable" class="tablesorter">  
+
                        <p>We provided a small collection of GFP expression devices with different promoter
−
<thead>
+
                        strengths, which we used to study the effect of different levels of constitutive expression. These parts are
−
<tr>
+
                        ready-to-go expression units for green fluorescence, which can be useful for future teams.
−
    <th>Last Name</th>
+
By constructing these parts, we improved both the function and the characterization of the <b><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_E0840" target="_blank">original part BBa_E0840</a></b>.</p>
−
    <th>First Name</th>
+
−
    <th>Email</th>
+
−
    <th>Due</th>
+
−
    <th>Web Site</th>
+
−
</tr>
+
−
</thead>
+
−
<tbody>
+
−
<tr>
+
−
    <td>Smith</td>
+
−
    <td>John</td>
+
−
    <td>jsmith@gmail.com</td>
+
−
    <td>$50.00</td>
+
−
    <td>http://www.jsmith.com</td>
+
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
    <td>Bach</td>
+
−
    <td>Frank</td>
+
−
    <td>fbach@yahoo.com</td>
+
−
    <td>$50.00</td>
+
−
    <td>http://www.frank.com</td>
+
−
</tr>
+
−
<tr>
+
−
    <td>Doe</td>
+
−
    <td>Jason</td>
+
−
    <td>jdoe@hotmail.com</td>
+
−
    <td>$100.00</td>
+
−
    <td>http://www.jdoe.com</td>  
+
−
</tr>  
+
−
<tr>
+
−
    <td>Conway</td>  
+
−
    <td>Tim</td>
+
−
    <td>tconway@earthlink.net</td>
+
−
    <td>$50.00</td>
+
−
    <td>http://www.timconway.com</td>
+
−
</tr>
+
−
</tbody>
+
−
</table>  
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
                    <div class="col-md-10 col-md-offset-1"
 +
                           
 +
                            <table>
 +
 +
                                <table class="table table-style-1 pgrouptable tablesorter">
 +
                                    <thead>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <th>Name</th>
 +
                                            <th>Type</th>
 +
                                            <th>Description</th>
 +
                                            <th>Designer</th>
 +
                                            <th>Length</th>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </thead>
 +
                                    <tbody>
 +
                                       
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890020">BBa_K1890020</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with strong constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890021">BBa_K1890021</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with strong constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890022">BBa_K1890022</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with medium constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890023">BBa_K1890023</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with weak constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><a href="http://parts.igem.org/wiki/index.php?title=Part:BBa_K1890024">BBa_K1890024</a></td>
 +
                                            <td>Generator</td>
 +
                                            <td>GFP with weak constitutive promoter, RBS and terminator</td>
 +
                                            <td>Lycka Kamoen, Maria Vazquez</td>
 +
                                            <td align="right">913</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </tbody>
 +
                                </table>
 +
 +
                        </div>
  
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
      <!--  Scripts================================================== -->
+
        <!--  Scripts================================================== -->
  
 
         <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/Template:TU_Delft/JS?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
         <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/Template:TU_Delft/JS?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
−
 
−
 
−
<script>/* Documentation for this tablesorter FORK can be found at
 
−
* http://mottie.github.io/tablesorter/docs/
 
−
*/
 
−
$(function() {
 
−
  $('table').tablesorter({
 
−
 
−
    // *** APPEARANCE ***
 
−
    // Add a theme - 'blackice', 'blue', 'dark', 'default', 'dropbox',
 
−
    // 'green', 'grey' or 'ice' stylesheets have all been loaded
 
−
    // to use 'bootstrap' or 'jui', you'll need to include "uitheme"
 
−
    // in the widgets option - To modify the class names, extend from
 
−
    // themes variable. Look for "$.extend($.tablesorter.themes.jui"
 
−
    // at the bottom of this window
 
−
    // this option only adds a table class name "tablesorter-{theme}"
 
−
    theme: 'blackice',
 
−
 
−
    // fix the column widths
 
−
    widthFixed: false,
 
−
 
−
    // Show an indeterminate timer icon in the header when the table
 
−
    // is sorted or filtered
 
−
    showProcessing: false,
 
−
 
−
    // header layout template (HTML ok); {content} = innerHTML,
 
−
    // {icon} = <i/> (class from cssIcon)
 
−
    headerTemplate: '{content}{icon}',
 
−
 
−
    // return the modified template string
 
−
    onRenderTemplate: null, // function(index, tmpl){ return tmpl; },
 
−
 
−
    // called after each header cell is rendered, use index to target
 
−
    // the column customize header HTML
 
−
    onRenderHeader: function(index) {
 
−
      // the span wrapper is added by default
 
−
      $(this)
 
−
        .find('div.tablesorter-header-inner')
 
−
        .addClass('roundedCorners');
 
−
    },
 
−
 
−
    // *** FUNCTIONALITY ***
 
−
    // prevent text selection in header
 
−
    cancelSelection: true,
 
−
 
−
    // add tabindex to header for keyboard accessibility
 
−
    tabIndex: true,
 
−
 
−
    // other options: "ddmmyyyy" & "yyyymmdd"
 
−
    dateFormat: "mmddyyyy",
 
−
 
−
    // The key used to select more than one column for multi-column
 
−
    // sorting.
 
−
    sortMultiSortKey: "shiftKey",
 
−
 
−
    // key used to remove sorting on a column
 
−
    sortResetKey: 'ctrlKey',
 
−
 
−
    // false for German "1.234.567,89" or French "1 234 567,89"
 
−
    usNumberFormat: true,
 
−
 
−
    // If true, parsing of all table cell data will be delayed
 
−
    // until the user initializes a sort
 
−
    delayInit: false,
 
−
 
−
    // if true, server-side sorting should be performed because
 
−
    // client-side sorting will be disabled, but the ui and events
 
−
    // will still be used.
 
−
    serverSideSorting: false,
 
−
 
−
    // default setting to trigger a resort after an "update",
 
−
    // "addRows", "updateCell", etc has completed
 
−
    resort: true,
 
−
 
−
    // *** SORT OPTIONS ***
 
−
    // These are detected by default,
 
−
    // but you can change or disable them
 
−
    // these can also be set using data-attributes or class names
 
−
    headers: {
 
−
      // set "sorter : false" (no quotes) to disable the column
 
−
      0: {
 
−
        sorter: "text"
 
−
      },
 
−
      1: {
 
−
        sorter: "text"
 
−
      }
 
−
    },
 
−
 
−
    // ignore case while sorting
 
−
    ignoreCase: true,
 
−
 
−
    // forces the user to have this/these column(s) sorted first
 
−
    sortForce: null,
 
−
    // initial sort order of the columns,
 
−
    // example sortList: [[0,0],[1,0]],
 
−
    // [[columnIndex, sortDirection], ... ]
 
−
    sortList: [
 
−
      [0, 0],
 
−
      [1, 0],
 
−
      [2, 0]
 
−
    ],
 
−
    // default sort that is added to the end of the users sort
 
−
    // selection.
 
−
    sortAppend: null,
 
−
 
−
    // when sorting two rows with exactly the same content,
 
−
    // the original sort order is maintained
 
−
    sortStable: false,
 
−
 
−
    // starting sort direction "asc" or "desc"
 
−
    sortInitialOrder: "asc",
 
−
 
−
    // Replace equivalent character (accented characters) to allow
 
−
    // for alphanumeric sorting
 
−
    sortLocaleCompare: false,
 
−
 
−
    // third click on the header will reset column to default - unsorted
 
−
    sortReset: false,
 
−
 
−
    // restart sort to "sortInitialOrder" when clicking on previously
 
−
    // unsorted columns
 
−
    sortRestart: false,
 
−
 
−
    // sort empty cell to bottom, top, none, zero, emptyMax, emptyMin
 
−
    emptyTo: "bottom",
 
−
 
−
    // sort strings in numerical column as max, min, top, bottom, zero
 
−
    stringTo: "max",
 
−
 
−
    // colspan cells in the tbody will have duplicated content in the
 
−
    // cache for each spanned column
 
−
    duplicateSpan: true,
 
−
 
−
    // extract text from the table
 
−
    textExtraction: {
 
−
      0: function(node, table) {
 
−
        // this is how it is done by default
 
−
        return $(node).attr(table.config.textAttribute) ||
 
−
          node.textContent ||
 
−
          node.innerText ||
 
−
          $(node).text() ||
 
−
          '';
 
−
      },
 
−
      1: function(node) {
 
−
        return $(node).text();
 
−
      }
 
−
    },
 
−
 
−
    // data-attribute that contains alternate cell text
 
−
    // (used in default textExtraction function)
 
−
    textAttribute: 'data-text',
 
−
 
−
    // use custom text sorter
 
−
    // function(a,b){ return a.sort(b); } // basic sort
 
−
    textSorter: null,
 
−
 
−
    // choose overall numeric sorter
 
−
    // function(a, b, direction, maxColumnValue)
 
−
    numberSorter: null,
 
−
 
−
    // *** WIDGETS ***
 
−
    // apply widgets on tablesorter initialization
 
−
    initWidgets: true,
 
−
 
−
    // table class name template to match to include a widget
 
−
    widgetClass: 'widget-{name}',
 
−
 
−
    // include zebra and any other widgets, options:
 
−
    // 'columns', 'filter', 'stickyHeaders' & 'resizable'
 
−
    // 'uitheme' is another widget, but requires loading
 
−
    // a different skin and a jQuery UI theme.
 
−
    widgets: ['zebra', 'columns'],
 
−
 
−
    widgetOptions: {
 
−
 
−
      // *** COLUMNS WIDGET ***
 
−
      // change the default column class names primary is the 1st column
 
−
      // sorted, secondary is the 2nd, etc
 
−
      columns: [
 
−
        "primary",
 
−
        "secondary",
 
−
        "tertiary"
 
−
      ],
 
−
 
−
      // If true, the class names from the columns option will also be added
 
−
      // to the table tfoot
 
−
      columns_tfoot: true,
 
−
 
−
      // If true, the class names from the columns option will also be added
 
−
      // to the table thead
 
−
      columns_thead: true,
 
−
 
−
      // *** FILTER WIDGET ***
 
−
      // css class name added to the filter cell (string or array)
 
−
      filter_cellFilter: '',
 
−
 
−
      // If there are child rows in the table (rows with class name from
 
−
      // "cssChildRow" option) and this option is true and a match is found
 
−
      // anywhere in the child row, then it will make that row visible;
 
−
      // default is false
 
−
      filter_childRows: false,
 
−
 
−
      // ( filter_childRows must be true ) if true = search
 
−
      // child rows by column; false = search all child row text grouped
 
−
      filter_childByColumn: false,
 
−
 
−
      // if true, include matching child row siblings
 
−
      filter_childWithSibs: true,
 
−
 
−
      // if true, allows using '#:{query}' in AnyMatch searches
 
−
      // ( column:query )
 
−
      filter_columnAnyMatch: true,
 
−
 
−
      // If true, a filter will be added to the top of each table column.
 
−
      filter_columnFilters: true,
 
−
 
−
      // css class name added to the filter row & each input in the row
 
−
      // (tablesorter-filter is ALWAYS added)
 
−
      filter_cssFilter: '',
 
−
 
−
      // data attribute in the header cell that contains the default (initial)
 
−
      // filter value
 
−
      filter_defaultAttrib: 'data-value',
 
−
 
−
      // add a default column filter type "~{query}" to make fuzzy searches
 
−
      // default; "{q1} AND {q2}" to make all searches use a logical AND.
 
−
      filter_defaultFilter: {},
 
−
 
−
      // filters to exclude, per column
 
−
      filter_excludeFilter: {},
 
−
 
−
      // jQuery selector string (or jQuery object)
 
−
      // of external filters
 
−
      filter_external: '',
 
−
 
−
      // class added to filtered rows; needed by pager plugin
 
−
      filter_filteredRow: 'filtered',
 
−
 
−
      // add custom filter elements to the filter row
 
−
      filter_formatter: null,
 
−
 
−
      // Customize the filter widget by adding a select dropdown with content,
 
−
      // custom options or custom filter functions;
 
−
      // see http://goo.gl/HQQLW for more details
 
−
      filter_functions: null,
 
−
 
−
      // hide filter row when table is empty
 
−
      filter_hideEmpty: true,
 
−
 
−
      // Set this option to true to hide the filter row initially. The row is
 
−
      // revealed by hovering over the filter row or giving any filter
 
−
      // input/select focus.
 
−
      filter_hideFilters: false,
 
−
 
−
      // Set this option to false to keep the searches case sensitive
 
−
      filter_ignoreCase: true,
 
−
 
−
      // if true, search column content while the user types (with a delay)
 
−
      // or, set a minimum number of characters that must be present before
 
−
      // a search is initiated
 
−
      filter_liveSearch: true,
 
−
 
−
      // global query settings ('exact' or 'match'); overridden by
 
−
      // "filter-match" or "filter-exact" class
 
−
      filter_matchType: {
 
−
        'input': 'exact',
 
−
        'select': 'exact'
 
−
      },
 
−
 
−
      // a header with a select dropdown & this class name will only show
 
−
      // available (visible) options within the drop down
 
−
      filter_onlyAvail: 'filter-onlyAvail',
 
−
 
−
      // default placeholder text (overridden by any header
 
−
      // "data-placeholder" setting)
 
−
      filter_placeholder: {
 
−
        search: '',
 
−
        select: ''
 
−
      },
 
−
 
−
      // jQuery selector string of an element used to reset the filters.
 
−
      filter_reset: null,
 
−
 
−
      // Reset filter input when the user presses escape
 
−
      // normalized across browsers
 
−
      filter_resetOnEsc: true,
 
−
 
−
      // Use the $.tablesorter.storage utility to save the most recent filters
 
−
      filter_saveFilters: false,
 
−
 
−
      // Delay in milliseconds before the filter widget starts searching;
 
−
      // This option prevents searching for every character while typing
 
−
      // and should make searching large tables faster.
 
−
      filter_searchDelay: 300,
 
−
 
−
      // allow searching through already filtered rows in special
 
−
      // circumstances; will speed up searching in large tables if true
 
−
      filter_searchFiltered: true,
 
−
 
−
      // include a function to return an array of values to be added to the
 
−
      // column filter select
 
−
      filter_selectSource: null,
 
−
 
−
      // filter_selectSource array text left of the separator is added to
 
−
      // the option value, right into the option text
 
−
      filter_selectSourceSeparator: '|',
 
−
 
−
      // Set this option to true if filtering is performed on the
 
−
      // server-side.
 
−
      filter_serversideFiltering: false,
 
−
 
−
      // Set this option to true to use the filter to find text from the
 
−
      // start of the column. So typing in "a" will find "albert" but not
 
−
      // "frank", both have a's; default is false
 
−
      filter_startsWith: false,
 
−
 
−
      // If true, ALL filter searches will only use parsed data. To only
 
−
      // use parsed data in specific columns, set this option to false
 
−
      // and add class name "filter-parsed" to the header
 
−
      filter_useParsedData: false,
 
−
 
−
      // *** RESIZABLE WIDGET ***
 
−
      // If this option is set to false, resized column widths will not
 
−
      // be saved. Previous saved values will be restored on page reload
 
−
      resizable: true,
 
−
 
−
      // If this option is set to true, a resizing anchor
 
−
      // will be included in the last column of the table
 
−
      resizable_addLastColumn: false,
 
−
 
−
      // Set this option to the starting & reset header widths
 
−
      resizable_widths: [],
 
−
 
−
      // Set this option to throttle the resizable events
 
−
      // set to true (5ms) or any number 0-10 range
 
−
      resizable_throttle: false,
 
−
 
−
      // When true, the last column will be targeted for resizing,
 
−
      // which is the same has holding the shift and resizing a column
 
−
      resizable_targetLast: false,
 
−
 
−
      // *** SAVESORT WIDGET ***
 
−
      // If this option is set to false, new sorts will not be saved.
 
−
      // Any previous saved sort will be restored on page reload.
 
−
      saveSort: true,
 
−
 
−
      // *** STICKYhEADERS WIDGET ***
 
−
      // stickyHeaders widget: extra class name added to the sticky header
 
−
      // row
 
−
      stickyHeaders: '',
 
−
 
−
      // jQuery selector or object to attach sticky header to
 
−
      stickyHeaders_attachTo: null,
 
−
 
−
      // jQuery selector or object to monitor horizontal scroll position
 
−
      // (defaults: xScroll > attachTo > window)
 
−
      stickyHeaders_xScroll: null,
 
−
 
−
      // jQuery selector or object to monitor vertical scroll position
 
−
      // (defaults: yScroll > attachTo > window)
 
−
      stickyHeaders_yScroll: null,
 
−
 
−
      // number or jquery selector targeting the position:fixed element
 
−
      stickyHeaders_offset: 0,
 
−
 
−
      // scroll table top into view after filtering
 
−
      stickyHeaders_filteredToTop: true,
 
−
 
−
      // added to table ID, if it exists
 
−
      stickyHeaders_cloneId: '-sticky',
 
−
 
−
      // trigger "resize" event on headers
 
−
      stickyHeaders_addResizeEvent: true,
 
−
 
−
      // if false and a caption exist, it won't be included in the
 
−
      // sticky header
 
−
      stickyHeaders_includeCaption: true,
 
−
 
−
      // The zIndex of the stickyHeaders, allows the user to adjust this
 
−
      // to their needs
 
−
      stickyHeaders_zIndex: 2,
 
−
 
−
      // *** STORAGE WIDGET ***
 
−
      // allows switching between using local & session storage
 
−
      storage_useSessionStorage: false,
 
−
      // alternate table id (set if grouping multiple tables together)
 
−
      storage_tableId: '',
 
−
      // table attribute to get the table ID, if storage_tableId
 
−
      // is undefined
 
−
      storage_group: '', // defaults to "data-table-group"
 
−
      // alternate url to use (set if grouping tables across
 
−
      // multiple pages)
 
−
      storage_fixedUrl: '',
 
−
      // table attribute to get the fixedUrl, if storage_fixedUrl
 
−
      // is undefined
 
−
      storage_page: '',
 
−
 
−
      // *** ZEBRA WIDGET ***
 
−
      // class names to add to alternating rows
 
−
      // [ "even", "odd" ]
 
−
      zebra: [
 
−
        "even",
 
−
        "odd"
 
−
      ]
 
−
 
−
    },
 
−
 
−
    // *** CALLBACKS ***
 
−
    // function called after tablesorter has completed initialization
 
−
    initialized: null, // function (table) {}
 
−
 
−
    // *** extra css class names
 
−
    tableClass: '',
 
−
    cssAsc: '',
 
−
    cssDesc: '',
 
−
    cssNone: '',
 
−
    cssHeader: '',
 
−
    cssHeaderRow: '',
 
−
    // processing icon applied to header during sort/filter
 
−
    cssProcessing: '',
 
−
 
−
    // class name indiciating that a row is to be attached to its
 
−
    // parent
 
−
    cssChildRow: 'tablesorter-childRow',
 
−
    // don't sort tbody with this class name
 
−
    // (only one class name allowed here!)
 
−
    cssInfoBlock: 'tablesorter-infoOnly',
 
−
    // class name added to element inside header; clicking on it
 
−
    // won't cause a sort
 
−
    cssNoSort: 'tablesorter-noSort',
 
−
    // header row to ignore; cells within this row will not be added
 
−
    // to table.config.$headers
 
−
    cssIgnoreRow: 'tablesorter-ignoreRow',
 
−
 
−
    // if this class does not exist, the {icon} will not be added from
 
−
    // the headerTemplate
 
−
    cssIcon: 'tablesorter-icon',
 
−
    // class name added to the icon when there is no column sort
 
−
    cssIconNone: '',
 
−
    // class name added to the icon when the column has an ascending sort
 
−
    cssIconAsc: '',
 
−
    // class name added to the icon when the column has a descending sort
 
−
    cssIconDesc: '',
 
−
 
−
    // *** header events ***
 
−
    pointerClick: 'click',
 
−
    pointerDown: 'mousedown',
 
−
    pointerUp: 'mouseup',
 
−
 
−
    // *** SELECTORS ***
 
−
    // jQuery selectors used to find the header cells.
 
−
    selectorHeaders: '> thead th, > thead td',
 
−
 
−
    // jQuery selector of content within selectorHeaders
 
−
    // that is clickable to trigger a sort.
 
−
    selectorSort: "th, td",
 
−
 
−
    // rows with this class name will be removed automatically
 
−
    // before updating the table cache - used by "update",
 
−
    // "addRows" and "appendCache"
 
−
    selectorRemove: ".remove-me",
 
−
 
−
    // *** DEBUGING ***
 
−
    // send messages to console
 
−
    debug: false
 
−
 
−
  });
 
−
});
 
−
 
−
// Extend the themes to change any of the default class names
 
−
// this example modifies the jQuery UI theme class names
 
−
$.extend($.tablesorter.themes.jui, {
 
−
  /* change default jQuery uitheme icons - find the full list of icons
 
−
  here: http://jqueryui.com/themeroller/
 
−
  (hover over them for their name)
 
−
  */
 
−
  // table classes
 
−
  table: 'ui-widget ui-widget-content ui-corner-all',
 
−
  caption: 'ui-widget-content',
 
−
  // *** header class names ***
 
−
  // header classes
 
−
  header: 'ui-widget-header ui-corner-all ui-state-default',
 
−
  sortNone: '',
 
−
  sortAsc: '',
 
−
  sortDesc: '',
 
−
  // applied when column is sorted
 
−
  active: 'ui-state-active',
 
−
  // hover class
 
−
  hover: 'ui-state-hover',
 
−
  // *** icon class names ***
 
−
  // icon class added to the <i> in the header
 
−
  icons: 'ui-icon',
 
−
  // class name added to icon when column is not sorted
 
−
  iconSortNone: 'ui-icon-carat-2-n-s',
 
−
  // class name added to icon when column has ascending sort
 
−
  iconSortAsc: 'ui-icon-carat-1-n',
 
−
  // class name added to icon when column has descending sort
 
−
  iconSortDesc: 'ui-icon-carat-1-s',
 
−
  filterRow: '',
 
−
  footerRow: '',
 
−
  footerCells: '',
 
−
  // even row zebra striping
 
−
  even: 'ui-widget-content',
 
−
  // odd row zebra striping
 
−
  odd: 'ui-state-default'
 
−
});
 
−
</script>
 
 
         <!-- Bootsrap javascript file -->
 
         <!-- Bootsrap javascript file -->
 
         <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/Template:TU_Delft/BootstrapJS?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
         <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/Template:TU_Delft/BootstrapJS?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 +
<script type="text/javascript" src ="https://igem.org/common/tablesorter/jquery.tablesorter.min.js"></script>
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://igem.org/common/tablesorter/themes/groupparts/style.css"/>
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://igem.org/common/table_styles.css"/>
 +
<script type="text/javascript" src ="https://igem.org/wiki/skins/Igem/resources/2016_skin.js"></script>
  
 
     </body>
 
     </body>

Latest revision as of 20:27, 19 October 2016

iGEM TU Delft

Parts

For the construction of our parts, we made use of the IDT synthesis offer. This way we were able to generate our required parts in a fast and efficient way. All of the parts were designed containing the coding sequence, RBS, promoter and terminators, if applicable. Therefore, all of the parts we used are composite. The different basic parts comprising the composite parts are documented seperately, although they do not exist induvidually. In the case of a constitutive expression, the promoter is included in the biobrick itself. For the inducible expression, however, we made use of a plasmid backbone containing a Lac-promoter and the LacI gene, which encodes for the Lac repressor. Consequently, these parts themselves do not contain a promoter. Additionally, using PCR rather than synthesis, we constructed a small collection of GFP expression devices with different promoter strengths, based on an existing biobrick. Thereby improving both the function and characterization of the original part

                               <groupparts class="parts">iGEM2016 TU_Delft</groupparts>

Composite Parts

For the construction of our parts, we made use of the IDT synthesis offer. This way we were able to generate our required parts in a fast and efficient way. All of the parts were designed containing the coding sequence, RBS, promoter and terminators, if applicable. Therefore, all of the parts we used are composite.

Name Type Description Designer Length
BBa_K1890000 Composite Silicatein gene with strong RBS Lycka Kamoen, Maria Vazquez 686
BBa_K1890001 Composite Silicatein gene, fused to transmembrane domain of INP, with strong RBS Lycka Kamoen, Maria Vazquez 1442
BBa_K1890002 Composite Silicatein gene, fused to transmembrane domain of OmpA, with strong RBS Lycka Kamoen, Maria Vazquez 1481
BBa_K1890010 Composite mCerulean with strong consitutive promoter and RBS Lycka Kamoen, Maria Vazquez 784
BBa_K1890011 Composite mVenus with strong consitutive promoter and RBS Lycka Kamoen, Maria Vazquez 784
BBa_K1890020 Generator GFP with strong constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890021 Generator GFP with strong constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890022 Generator GFP with medium constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890023 Generator GFP with weak constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890024 Generator GFP with weak constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890030 Composite BolA gene with RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 508
BBa_K1890031 Composite BolA gene with strong promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 519

Basic Parts

The different basic parts comprising the synthesized parts we used are documented here. Please note that these parts do not exist individually.

Name Type Description Designer Length
BBa_K1890050 Coding Silicatein from Suberites domuncula Lycka Kamoen, Maria Vazquez 660
BBa_K1890051 Coding Silicatein from Tethya aurantium Lycka Kamoen, Maria Vazquez 993
BBa_K1890052 Protein_Domain OmpA transmembrane domain Lycka Kamoen, Maria Vazquez 462
BBa_K1890053 Protein_Domain INP transmembrane domain Lycka Kamoen, Maria Vazquez 732
BBa_K1890054 Coding mCerulean Lycka Kamoen, Maria Vazquez 720
BBa_K1890055 Coding mVenus Lycka Kamoen, Maria Vazquez 720
BBa_K1890056 Coding BolA Lycka Kamoen, Maria Vazquez 321
BBa_K1890058 DNA Linker Lycka Kamoen, Maria Vazquez 24

Part Collection

We provided a small collection of GFP expression devices with different promoter strengths, which we used to study the effect of different levels of constitutive expression. These parts are ready-to-go expression units for green fluorescence, which can be useful for future teams. By constructing these parts, we improved both the function and the characterization of the original part BBa_E0840.

Name Type Description Designer Length
BBa_K1890020 Generator GFP with strong constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890021 Generator GFP with strong constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890022 Generator GFP with medium constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890023 Generator GFP with weak constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913
BBa_K1890024 Generator GFP with weak constitutive promoter, RBS and terminator Lycka Kamoen, Maria Vazquez 913

click counter