Difference between revisions of "Team:TU Darmstadt"

Line 1: Line 1:
 
{{Team:TU_Darmstadt/Jonas}}
 
{{Team:TU_Darmstadt/Jonas}}
 +
{{Team:TU_Darmstadt/Js}}
 
<html>
 
<html>
 
<head>
 
<head>

Revision as of 12:46, 14 October 2016

// START MainMenu

$(window).load(function() { 

 var distance = $('#title').outerHeight() + 5,
 $window = $(window);
 
 $window.scroll(function() {
   if ( $window.scrollTop() >= distance ) {
     $('.navbar').addClass('top-fixed');
   } else if ( $window.scrollTop() <= distance && $('.navbar').hasClass('top-fixed') ) {
     $('.navbar').removeClass('top-fixed');
   }
 });


$("#box_right").append('
Immunity protein which inhibits miniColicin (DNase) and is a part of our killswitch
');

$("#text_Im2").hide();


$("#box_right").append('
miniColicin which is a part of our killswitch
');

$("#text_mColE2").hide();


$("#box_right").append('
mVenus which indicates a low nnAA concentration
');

$("#text_mVenus").hide();


$("#box_right").append('
Zif23-GCN4 repressor which inhibits mVenus expression when nnAA is present
');

$("#text_Zif23-GCN4").hide();


$("#box_right").append('
tRNA which is necessary for incorporation of OMT
');

$("#text_tRNA").hide();


$("#box_right").append('
Aminoacyl tRNA synthetase which is responsible to load the tRNA with the nnAA
');

$("#text_aaRS").hide();


$("#box_right").append('
GFP which is integrated into the genome to measure the metabolic burden
');

$("#text_GFP").hide();


$("#box_right").append('
λ-attP site which marks the site of genomic integration
');

$("#text_attP").hide();


$("#box_right").append('
λ-Integrase which is responsible for genomic integration with the lambda integrase system
');

$("#text_Integrase").hide();


$("#Im2").mouseenter(function() { $("#text_Im2").show(); $("#mColE2").css("opacity", 0.4); $("#mVenus").css("opacity", 0.4); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 0.4); $("#tRNA").css("opacity", 0.4); $("#aaRS").css("opacity", 0.4); $("#GFP").css("opacity", 0.4); $("#attP").css("opacity", 0.4); $("#Integrase").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_Im2").hide(); $("#mColE2").css("opacity", 1.0); $("#mVenus").css("opacity", 1.0); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 1.0); $("#tRNA").css("opacity", 1.0); $("#aaRS").css("opacity", 1.0); $("#GFP").css("opacity", 1.0); $("#attP").css("opacity", 1.0); $("#Integrase").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


$("#mColE2").mouseenter(function() { $("#text_mColE2").show(); $("#Im2").css("opacity", 0.4); $("#mVenus").css("opacity", 0.4); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 0.4); $("#tRNA").css("opacity", 0.4); $("#aaRS").css("opacity", 0.4); $("#GFP").css("opacity", 0.4); $("#attP").css("opacity", 0.4); $("#Integrase").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_mColE2").hide(); $("#Im2").css("opacity", 1.0); $("#mVenus").css("opacity", 1.0); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 1.0); $("#tRNA").css("opacity", 1.0); $("#aaRS").css("opacity", 1.0); $("#GFP").css("opacity", 1.0); $("#attP").css("opacity", 1.0); $("#Integrase").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


$("#mVenus").mouseenter(function() { $("#text_mVenus").show(); $("#Im2").css("opacity", 0.4); $("#mColE2").css("opacity", 0.4); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 0.4); $("#tRNA").css("opacity", 0.4); $("#aaRS").css("opacity", 0.4); $("#GFP").css("opacity", 0.4); $("#attP").css("opacity", 0.4); $("#Integrase").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_mVenus").hide(); $("#Im2").css("opacity", 1.0); $("#mColE2").css("opacity", 1.0); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 1.0); $("#tRNA").css("opacity", 1.0); $("#aaRS").css("opacity", 1.0); $("#GFP").css("opacity", 1.0); $("#attP").css("opacity", 1.0); $("#Integrase").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


$("#Zif23-GCN4").mouseenter(function() { $("#text_Zif23-GCN4").show(); $("#Im2").css("opacity", 0.4); $("#mColE2").css("opacity", 0.4); $("#mVenus").css("opacity", 0.4); $("#tRNA").css("opacity", 0.4); $("#aaRS").css("opacity", 0.4); $("#GFP").css("opacity", 0.4); $("#attP").css("opacity", 0.4); $("#Integrase").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_Zif23-GCN4").hide(); $("#Im2").css("opacity", 1.0); $("#mColE2").css("opacity", 1.0); $("#mVenus").css("opacity", 1.0); $("#tRNA").css("opacity", 1.0); $("#aaRS").css("opacity", 1.0); $("#GFP").css("opacity", 1.0); $("#attP").css("opacity", 1.0); $("#Integrase").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


$("#tRNA").mouseenter(function() { $("#text_tRNA").show(); $("#Im2").css("opacity", 0.4); $("#mColE2").css("opacity", 0.4); $("#mVenus").css("opacity", 0.4); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 0.4); $("#aaRS").css("opacity", 0.4); $("#GFP").css("opacity", 0.4); $("#attP").css("opacity", 0.4); $("#Integrase").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_tRNA").hide(); $("#Im2").css("opacity", 1.0); $("#mColE2").css("opacity", 1.0); $("#mVenus").css("opacity", 1.0); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 1.0); $("#aaRS").css("opacity", 1.0); $("#GFP").css("opacity", 1.0); $("#attP").css("opacity", 1.0); $("#Integrase").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


$("#aaRS").mouseenter(function() { $("#text_aaRS").show(); $("#Im2").css("opacity", 0.4); $("#mColE2").css("opacity", 0.4); $("#mVenus").css("opacity", 0.4); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 0.4); $("#tRNA").css("opacity", 0.4); $("#GFP").css("opacity", 0.4); $("#attP").css("opacity", 0.4); $("#Integrase").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_aaRS").hide(); $("#Im2").css("opacity", 1.0); $("#mColE2").css("opacity", 1.0); $("#mVenus").css("opacity", 1.0); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 1.0); $("#tRNA").css("opacity", 1.0); $("#GFP").css("opacity", 1.0); $("#attP").css("opacity", 1.0); $("#Integrase").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


$("#GFP").mouseenter(function() { $("#text_GFP").show(); $("#Im2").css("opacity", 0.4); $("#mColE2").css("opacity", 0.4); $("#mVenus").css("opacity", 0.4); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 0.4); $("#tRNA").css("opacity", 0.4); $("#aaRS").css("opacity", 0.4); $("#attP").css("opacity", 0.4); $("#Integrase").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_GFP").hide(); $("#Im2").css("opacity", 1.0); $("#mColE2").css("opacity", 1.0); $("#mVenus").css("opacity", 1.0); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 1.0); $("#tRNA").css("opacity", 1.0); $("#aaRS").css("opacity", 1.0); $("#attP").css("opacity", 1.0); $("#Integrase").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


$("#attP").mouseenter(function() { $("#text_attP").show(); $("#Im2").css("opacity", 0.4); $("#mColE2").css("opacity", 0.4); $("#mVenus").css("opacity", 0.4); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 0.4); $("#tRNA").css("opacity", 0.4); $("#aaRS").css("opacity", 0.4); $("#GFP").css("opacity", 0.4); $("#Integrase").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_attP").hide(); $("#Im2").css("opacity", 1.0); $("#mColE2").css("opacity", 1.0); $("#mVenus").css("opacity", 1.0); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 1.0); $("#tRNA").css("opacity", 1.0); $("#aaRS").css("opacity", 1.0); $("#GFP").css("opacity", 1.0); $("#Integrase").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


$("#Integrase").mouseenter(function() { $("#text_Integrase").show(); $("#Im2").css("opacity", 0.4); $("#mColE2").css("opacity", 0.4); $("#mVenus").css("opacity", 0.4); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 0.4); $("#tRNA").css("opacity", 0.4); $("#aaRS").css("opacity", 0.4); $("#GFP").css("opacity", 0.4); $("#attP").css("opacity", 0.4); $("#ring").css("opacity", 0.4); $("#rect4990").css("opacity", 0.4); }).mouseleave(function() { $("#text_Integrase").hide(); $("#Im2").css("opacity", 1.0); $("#mColE2").css("opacity", 1.0); $("#mVenus").css("opacity", 1.0); $("#Zif23-GCN4").css("opacity", 1.0); $("#tRNA").css("opacity", 1.0); $("#aaRS").css("opacity", 1.0); $("#GFP").css("opacity", 1.0); $("#attP").css("opacity", 1.0); $("#ring").css("opacity", 1.0); $("#rect4990").css("opacity", 1.0); });


});

// END MainMenu // START ScrollBox

$(window).scroll(function(e) { 

 var $element = $('.scrollbox');
 var headerHeight = $('#head').outerHeight() - 30;
 var isFixed = ($element.css('position') == 'fixed');

 if ($(this).scrollTop() > headerHeight) {
   if(!isFixed) {
       $element.addClass("scrolled");
   }
 }
 if ($(this).scrollTop() < headerHeight) {
   if(isFixed) {
       $element.removeClass("scrolled");
   }
 }

});

function scrollToTop() { 

 $('body,html').animate({
   scrollTop: 0
 }, 400);

}

// END ScrollBox iGEM - Darmstadt

menu

This page is dedicated to the project
of iGEM Technische Universität Darmstadt 2016

Aliquam ut ex ut augue consectetur interdum. Donec amet imperdiet eleifend
fringilla tincidunt. Nullam dui leo Aenean mi ligula, rhoncus ullamcorper.

metabolic
Engineering

Work in the laboratory and achievements can be found here

Modeling

This page is dedicated to the project
of iGEM Technische Universität Darmstadt 2016

Bonding between Colicin E2 and its immunity protein depends highly on structural properties. Changing the amino acid sequence of Colicin E2's immunity protein can therefore take strong influence in it's effecitveness.
Hence we tried to approximate the influence of our noncanonical amino acid in the immunity protein. We achieved this by applying molecular dynamics simualtions to explore relevant configurations and free energie calcualtions to compare the bonding properties of our mutation variants. We also developed an extended CHARMm force field for our noncanonical amino acid O-methyl tyrosine.here

Human Practices

All our work with human beings can be found here

Thank you!

For your interest in our project
Sincerely, the team