Difference between revisions of "Team:Ionis Paris/Measurement"

(Prototype team page)
 
Line 1: Line 1:
−
{{Ionis_Paris}}
+
{{IONIS_HEADER}}  
−
<html>
+
<html>
 +
        <!-- ====Google font==== -->
 +
        <link href='https://fonts.googleapis.com/css?family=Merriweather:400,700,700italic,400italic,300italic,300' rel='stylesheet' type='text/css'>
 +
       
 +
        <!-- ====Open Sans==== -->
 +
        <link href='https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans:400,600,700,600italic,400italic,700italic,300,300italic' rel='stylesheet' type='text/css'>
  
 +
        <!-- Nos feuilles de style -->
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-test?action=raw&ctype=text/css" />
 +
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css?action=raw&ctype=text/css" />
 +
       
 +
        <!-- ====BREADCUM START==== -->
 +
        <section class="blog_banner_ecoli">
 +
            <div class="container">
 +
                <div class="row">
 +
                    <div class="col-sm-12">
 +
                        <div class="banner_title">
 +
                            <h1>CelloCad</h1>
 +
                           
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>   
 +
            </div>
 +
        </section>
 +
        <!-- ====BREADCUM END==== -->
 +
       
 +
      <!-- ====START BLOG TABLE==== -->
 +
        <section class="blog_area section-padding">
 +
            <div class="container">
 +
                <div class="row">
 +
                    <div class="blog_grid_area">
 +
                  <div class="col-xs-12 col-sm-10">
 +
                        <div class="bloggrid_left">
 +
                             
 +
                          <div class="blog_top">
 +
                                    <h4 class="blog_topHd">CelloCAD Plasmid Optimization</h4>
 +
                                 
 +
                                </div>
 +
                                <div class="blog_content">
 +
<p>Cello is a newly created software, allowing plasmid optimization through powerful bioinformatics tools. It was described in 2016 in “Genetic Circuit Design Automation” (Nielsen et al.), and is freely available <a href="http://cellocad.org/index.html">here</a>
 +
</p>
 +
                                    <p>The CelloCad takes a genetic construction as an input, and gives as an output the best possible plasmid for this genetic construction.<br>
 +
Our team wanted to work with the Cello software in order to try to optimize our plasmid. Though we may not have the most complex genetic circuit, we were interested in the possible outcomes of such an experiment.
 +
</p>
 +
         
 +
            <p>We heard about Cello through one of our advisors, and were immediately appealed by the characterization possibilities of such a software. We wanted to design an enhanced version of our biosensor plasmid, and then compare its properties (detection range, response rapidity…) to the one we designed ourselves.</p>
  
  
 +
            <p>However, we encountered a major issue during the realization of this side-projects: in order for the software to work, we needed to know the RPU (Relative Promoter Unit) of our promoters. This RPU method is fairly recent, and no RPU database currently exists. We therefore wanted to determine by ourselves the RPU for the two promoters used in our biosensor, (Pr and Pu), and maybe add our results as the beginning of a crowdsourced RPU database. In order to perform this experiment, we designed
 +
</p>
  
−
<div class="column full_size judges-will-not-evaluate">
+
                               
−
<h3>★  ALERT! </h3>
+
                                </div>
−
<p>This page is used by the judges to evaluate your team for the<a href="https://2016.igem.org/Judging/Awards"> Best Measurement award</a>. </p>
+
                             
−
 
+
                                        </div>
−
 
+
                                    </div>
−
<p> Delete this box in order to be evaluated for this medal. See more information at <a href="https://2016.igem.org/Judging/Pages_for_Awards/Instructions"> Instructions for Pages for awards</a>.</p>
+
                                </div>
−
</div>
+
                         
−
 
+
                           
−
 
+
                                </div>
−
 
+
                             
−
 
+
                                    </form>
−
 
+
                                </div>
−
<div class="column full_size">
+
                            </div>
−
 
+
                        </div>
−
 
+
                    </div>
−
<p>There are a lot of exciting Parts in the Registry, but many Parts have still not been characterized. Synthetic Biology needs great measurement approaches for characterizing new parts, and efficient new methods for characterizing many parts at once. If you've done something exciting in the area of Measurement, describe it here!</p>
+
                </div>
−
 
+
            </div>
−
 
+
        </section>
−
<h5>Inspiration</h5>
+
        <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
−
<p>You can look at what other teams did to get some inspiration! <br />
+
       
−
Here are a few examples:</p>
+
        <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
−
<ul>
+
        <div class="footer_social">
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Aachen">2014 Aachen  </a></li>
+
            <div class="container-fluid">
−
<li><a href="https://2014.igem.org/Team:Valencia_Biocampus">2014 Valencia Biocampus</a></li>
+
                <div class="row">
−
<li><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">2015 William and Mary</a></li>
+
                    <ul class="ft_top clearfix">
−
</ul>
+
                        <li class="waves-effect waves-light">
−
 
+
                            <a href="#" target="_blank">
−
</div>
+
                                <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
−
 
+
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li class="waves-effect waves-light">
 +
                            <a href="#" target="_blank">
 +
                                <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li class="waves-effect waves-light">
 +
                            <a href="#" target="_blank">
 +
                                <i class="zmdi zmdi-flickr"></i>Flickr
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li class="waves-effect waves-light">
 +
                            <a href="#" target="_blank">
 +
                                <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li class="waves-effect waves-light">
 +
                            <a href="#" target="_blank">
 +
                                <i class="zmdi zmdi-dribbble"></i>Dribble
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                        <li class="waves-effect waves-light">
 +
                            <a href="#" target="_blank">
 +
                                <i class="zmdi zmdi-vimeo"></i>Vimeo
 +
                            </a>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
        <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
 +
       
 +
        <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
 +
        <footer class="footer_area">
 +
            <div class="footer_middle">
 +
                <div class="container">
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-xs-12">
 +
                            <div class="scroll_area">
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                    <div class="row">
 +
                        <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 +
                            <div class="middle_content">
 +
                                <h4>More about us</h4>
 +
                                <p>If you’ve followed along and done the steps above, you’ve created a good starting place. You’re going to need to make sure your pages are optimized properly. This will ensure you get your page ranked high in the search engines. ou’re going to need to make sure your pages are optimized properly.
 +
            Read More</p>
 +
                              <a href="#">Read More</a>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 +
                            <div class="footer_Widgets">
 +
                                <h4>Stay in touch</h4>
 +
                                <div class="ft_contact">
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
 +
                                            <span>Location: Lorance Road 542B,5248 MT, Wordwide Country</span>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li><i class="zmdi zmdi-phone"></i>
 +
                                            <a href="tel:123-456-7890">Phone: 123-456-7890</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
 +
                                            <a href="mailto:contact@domain.com">email: contact@domain.com</a>
 +
                                        </li>
 +
                                        <li><i class="zmdi zmdi-globe"></i>
 +
                                            <a href="#">www.domain.com</a>
 +
                                        </li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div class="col-lg-3 col-md-3 col-sm-5">
 +
                            <div class="footer_Widgets">
 +
                                <h4>Galleries</h4>
 +
                                <figure class="widget_gallery">
 +
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
 +
                                    <img src="img/gallery_1.jpg" alt="" />
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_1.jpg" data-gall="group_4">
 +
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure class="widget_gallery">
 +
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
 +
                                    <img src="img/gallery_2.jpg" alt="" />
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_2.jpg" data-gall="group_4">
 +
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure class="widget_gallery">
 +
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
 +
                                    <img src="img/gallery_3.jpg" alt="" />
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_3.jpg" data-gall="group_4">
 +
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure class="widget_gallery">
 +
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
 +
                                    <img src="img/gallery_4.jpg" alt="" />
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_4.jpg" data-gall="group_4">
 +
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure class="widget_gallery">
 +
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
 +
                                    <img src="img/gallery_5.jpg" alt="" />
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_5.jpg" data-gall="group_4">
 +
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure class="widget_gallery">
 +
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
 +
                                    <img src="img/gallery_6.jpg" alt="" />
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_6.jpg" data-gall="group_4">
 +
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 +
                                        </a>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>  
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="footer_bottom">
 +
                <div class="container">
 +
                    <div class="ft_area">
 +
                        <div class="row">
 +
                            <div class="col-md-7 fix_p_l">
 +
                                <nav>
 +
                                    <ul class="ft_bottom">    
 +
                                        <li><a href="#">Home</a></li>
 +
                                        <li><a href="#">Services</a></li>
 +
                                        <li><a href="#"> About </a></li>
 +
                                        <li><a href="#">Portfolio</a></li>
 +
                                        <li><a href="#">Blog </a></li>
 +
                                        <li><a href="#">Contact US</a></li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </nav>
 +
                            </div>
 +
                            <div class="col-md-5 fix_p">
 +
                                <div class="ft_paragraph">
 +
                                    <p>©2016 Design by <a href="https://www.behance.net/googoling">Faridul Haque</a> and Develop by <a href="http://themeebit.com">ThemeeBiT</a>.</p>  
 +
                                </div>
 +
                            </div> 
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>             
 +
        </footer>
 +
        <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
 +
     
 +
        <!-- Nos scripts -->
 +
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
     
 
</html>
 
</html>

Revision as of 15:10, 13 October 2016

CelloCAD Plasmid Optimization

Cello is a newly created software, allowing plasmid optimization through powerful bioinformatics tools. It was described in 2016 in “Genetic Circuit Design Automation” (Nielsen et al.), and is freely available here

The CelloCad takes a genetic construction as an input, and gives as an output the best possible plasmid for this genetic construction.
Our team wanted to work with the Cello software in order to try to optimize our plasmid. Though we may not have the most complex genetic circuit, we were interested in the possible outcomes of such an experiment.

We heard about Cello through one of our advisors, and were immediately appealed by the characterization possibilities of such a software. We wanted to design an enhanced version of our biosensor plasmid, and then compare its properties (detection range, response rapidity…) to the one we designed ourselves.

However, we encountered a major issue during the realization of this side-projects: in order for the software to work, we needed to know the RPU (Relative Promoter Unit) of our promoters. This RPU method is fairly recent, and no RPU database currently exists. We therefore wanted to determine by ourselves the RPU for the two promoters used in our biosensor, (Pr and Pu), and maybe add our results as the beginning of a crowdsourced RPU database. In order to perform this experiment, we designed