Difference between revisions of "Team:NKU China/Notebook"

 
(86 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
<U+FEFF>{{NKU_China/menubar}}
+
{{NKU_China/menubar}}
 
<html>
 
<html>
 
<head>
 
<head>
     <!--delete in wiki-->
+
      
     <meta charset="utf-8">
+
     <!--separatrix-->
    <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1"> 
+
    <link rel="stylesheet" href="https://2016.igem.org/Template:NKU_China/css/jquery-ui?action=raw&ctype=text/css"/>
+
    <link rel="stylesheet" href="https://2016.igem.org/Template:NKU_China/css/jquery-ui-cupertino?action=raw&ctype=text/css"/>
+
    <link rel="stylesheet" href="https://2016.igem.org/Template:NKU_China/css/share?action=raw&ctype=text/css"/>
+
    <script src="https://2016.igem.org/Template:NKU_China/js/jquery?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2016.igem.org/Template:NKU_China/js/jquery-ui?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
    <script src="https://2016.igem.org/Template:NKU_China/js/share?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
 
+
 
     <style>
 
     <style>
         main {
+
         .main#notebook {
            margin: auto;
+
             padding: 0 8vw;
             padding: 0;
+
            width: 90vw;
+
            box-sizing: border-box;
+
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion {
+
         #notebook .ui-accordion .ui-accordion-content {
             margin:0;
+
             height: calc(100vh - 13rem - 18px);
             padding:0;
+
             position: relative;
 +
            z-index: 3;
 +
            box-sizing: border-box;
 +
            background-color: transparent;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .accordion-fragment{
+
         #notebook .ui-tabs {
             margin:0;
+
             margin: 0.2rem;
             padding:0;
+
             background-color: transparent;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion-header {       
+
         #notebook .ui-tabs .ui-tabs-nav .ui-tabs-anchor {
            margin: 0.2rem;
+
             font-weight:normal;
            padding: 0;
+
        }
+
     
+
        .ui-accordion .ui-accordion-header h2 {
+
             font-size: 1.5rem;
+
            margin: 0;
+
            padding: 1rem;
+
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-accordion-header span {
+
         #week16 .ui-tabs-anchor {
             width:2rem;
+
             font-size:1.2rem;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-state-default h2{
+
         #notebook .ui-tabs .ui-tabs-nav .ui-tabs-anchor.circle-number {
             color:#2779aa;
+
             font-weight:bold;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-state-default .default{
+
         #notebook .ui-tabs .ui-tabs-panel {
             display:inline;
+
             position: relative;
 +
            z-index: 0;
 +
            background-color: transparent;
 +
            height: calc(100vh - 17rem - 18px);
 +
            overflow: auto;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-state-default .active{
+
         #notebook .ui-tabs-panel > .p, #notebook .ui-tabs-panel > ol, #notebook .ui-tabs-panel > ul {
             display:none;
+
             margin: 0.8rem 1.6rem;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-state-active h2{
+
         #notebook .flex-container {
             color:white;
+
            display: flex;
 +
            justify-content: space-around;
 +
             align-content: space-around;
 +
            flex-wrap: wrap;
 +
            background-color: transparent;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-state-active .default{
+
         #notebook  .table-wrapper {
             display:none;
+
             margin: auto;
 +
            padding: 1rem;
 +
            position:relative;
 
         }
 
         }
  
        .ui-accordion .ui-state-active .active{
+
        .table-wrapper div.rbrace {
             display:inline;
+
            font-weight:100;
 +
            color:dodgerblue;
 +
            position:absolute;
 +
            right:6.5rem;
 +
             bottom:5rem;
 +
            font-size:4rem;
 +
            z-index:4;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-accordion-content {
+
 
            font-size: 1.1rem;
+
         #notebook  table {
 
             margin: 0;
 
             margin: 0;
            padding: 0;
 
            text-align: center;
 
            max-height:80vh;
 
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-accordion-content .p, .ui-accordion .ui-accordion-content .ui-tabs {
+
         #notebook table, #dongzhuoer td {
             margin: 0.8rem 1.6rem;
+
             border: none;
            padding: 0;
+
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-accordion-content .p {
+
         #notebook  table {
             text-align: left;
+
             font-size: 1rem;
 +
            padding: 0;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs {
+
         #notebook  table caption {
             border-width:0.1rem;
+
            border-top: 0.1rem solid;
 +
             border-bottom: 0.1rem solid;
 +
            margin: 0;
 +
            padding: 0.2rem 0;
 +
            text-align: center;
 +
            background-color: white;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-nav {
+
         #notebook  table tr {
            border-width:0.1rem;
+
            font-size: 2rem;
+
 
             margin: 0;
 
             margin: 0;
             padding: 0.4rem;
+
             padding: 0;
 +
            background-color: white;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-nav .ui-tabs-tab {
+
         #notebook  table td {
             margin: 0px;
+
             border: none;
             margin-right: 0.4rem;
+
             margin: 0;
             padding: 0px;
+
             padding: 0.2rem 1.2rem;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-nav .ui-tabs-tab .ui-tabs-anchor {
+
         #notebook table tr:last-child td {
             margin: 0;
+
             border-bottom: 0.1rem solid;
            padding: 0.2rem 0.8rem;
+
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel {
+
         figure {
             margin: 0;
+
            text-align: center;
             padding: 0;
+
            font-size: 0.9rem;
 +
             margin: auto;
 +
             padding: 1rem;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel table, .ui-accordion .ui-tabs-panel figure {
+
         figure img {
             background-color:initial;
+
             width: 100%;
             display: inline-block;
+
             margin-bottom:0.25rem;
            vertical-align: middle;
+
            margin: 1rem auto;
+
            padding: 0;
+
            box-sizing: border-box;
+
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel table {
+
         figure img.white {
             border-spacing: 0;
+
             background-color:white;
            border:none;
+
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel table caption {
+
         figure figcaption {
             border-top: 0.15rem solid;
+
             text-align:center;
             border-bottom: 0.15rem solid;
+
             line-height:1.25;
            margin: auto;
+
            padding: 0;
+
            box-sizing: border-box;
+
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel table tr {
+
         #notebook figure figcaption .p {
             margin: 0;
+
             text-indent:0;
             padding: 0;
+
             text-align:center;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel table td {
+
         #notebook .ui-tabs-panel li {
             border:none;
+
            margin:0.3rem;
             margin: 0;
+
        }
             padding: 0.2rem 1.2rem;
+
    </style>
 +
    <style title="table-theme.css">
 +
        /**/
 +
        #notebook .table-theme-0 {
 +
             /*color: rgb(49,132,155);*/
 +
             background-color:transparent;
 +
             border-collapse:collapse;
 +
            /*color:blue;*/
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel table tr:last-child td {
+
         #notebook .table-theme-0 tr {
             border-bottom: 0.15rem solid;
+
             background-color:transparent;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel figure {
+
         #notebook .table-theme-0 tr td {
             text-align: center;
+
             background-color:transparent;
 +
            border:0.05rem solid white;
 +
            border-bottom-width:0.05rem;
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel figure img {
+
         #notebook .table-theme-0 tr:last-child td {
             margin: 0;
+
             border-bottom-width:0.05rem;
            padding: 0;
+
 
         }
 
         }
  
         .ui-accordion .ui-tabs-panel figure figcaption {
+
         #notebook .table-theme-0 caption {
             font-size: 0.8rem;
+
             border:none;
             margin: 0;
+
             background-color:transparent;
            padding: 0.25rem;
+
 
         }
 
         }
    </style>
+
 
    <style class="table-theme.css">
+
 
         /*PCR system*/
 
         /*PCR system*/
         .table-theme-1 {
+
         #notebook .table-theme-1 {
 
             color: rgb(49,132,155);
 
             color: rgb(49,132,155);
            min-width: 20rem;
 
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-1 caption {
+
         #notebook .table-theme-1 caption {
 
             border-top-color: rgb(75,172,198);
 
             border-top-color: rgb(75,172,198);
 
             border-bottom-color: rgb(75,172,198);
 
             border-bottom-color: rgb(75,172,198);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-1 table tr:last-child td {
+
         #notebook .table-theme-1 table tr:last-child td {
 
             border-bottom-color: rgb(75,172,198);
 
             border-bottom-color: rgb(75,172,198);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-1 tr:nth-child(odd) {
+
         #notebook .table-theme-1 tr:nth-child(odd) {
 
             background-color: rgb(210,234,241);
 
             background-color: rgb(210,234,241);
        }
 
 
        .table-theme-1 tr:nth-child(even) {
 
 
         }
 
         }
  
 
         /*PCR reaction condition*/
 
         /*PCR reaction condition*/
         .table-theme-2 {
+
         #notebook .table-theme-2 {
 
             color: rgb(118,146,60);
 
             color: rgb(118,146,60);
             min-width: 21rem;
+
             position:relative;
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-2 caption {
+
         #notebook .table-theme-2 caption {
 
             border-top-color: rgb(155, 187, 89);
 
             border-top-color: rgb(155, 187, 89);
 
             border-bottom-color: rgb(155, 187, 89);
 
             border-bottom-color: rgb(155, 187, 89);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-2 table tr:last-child td {
+
         #notebook .table-theme-2 table tr:last-child td {
 
             border-bottom-color: rgb(75,172,198);
 
             border-bottom-color: rgb(75,172,198);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-2 tr:nth-child(odd) {
+
         #notebook .table-theme-2 tr:nth-child(odd) {
 
             background-color: rgb(230,238,213);
 
             background-color: rgb(230,238,213);
        }
 
 
        .table-theme-2 tr:nth-child(even) {
 
 
         }
 
         }
  
 
         /*ligation system*/
 
         /*ligation system*/
         .table-theme-3 {
+
         #notebook .table-theme-3 {
 
             color: rgb(95, 73, 122);
 
             color: rgb(95, 73, 122);
            min-width: 23rem;
 
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-3 caption {
+
         #notebook .table-theme-3 caption {
 
             border-top-color: rgb(128, 100, 162);
 
             border-top-color: rgb(128, 100, 162);
 
             border-bottom-color: rgb(128, 100, 162);
 
             border-bottom-color: rgb(128, 100, 162);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-3 table tr:last-child td {
+
         #notebook .table-theme-3 table tr:last-child td {
 
             border-bottom-color: rgb(128, 100, 162);
 
             border-bottom-color: rgb(128, 100, 162);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-3 tr:nth-child(odd) {
+
         #notebook .table-theme-3 tr:nth-child(odd) {
 
             background-color: rgb(223, 215, 232);
 
             background-color: rgb(223, 215, 232);
        }
 
 
        .table-theme-3 tr:nth-child(even) {
 
 
         }
 
         }
  
 
         /*digestion system*/
 
         /*digestion system*/
         .table-theme-4 {
+
         #notebook .table-theme-4 {
 
             color: rgb(148, 54, 52);
 
             color: rgb(148, 54, 52);
            min-width: 23.5rem;
 
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-4 caption {
+
         #notebook .table-theme-4 caption {
 
             border-top-color: rgb(192, 80, 77);
 
             border-top-color: rgb(192, 80, 77);
 
             border-bottom-color: rgb(192, 80, 77);
 
             border-bottom-color: rgb(192, 80, 77);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-4 table tr:last-child td {
+
         #notebook .table-theme-4 table tr:last-child td {
 
             border-bottom-color: rgb(192, 80, 77);
 
             border-bottom-color: rgb(192, 80, 77);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-4 tr:nth-child(odd) {
+
         #notebook .table-theme-4 tr:nth-child(odd) {
 
             background-color: rgb(239, 211, 210);
 
             background-color: rgb(239, 211, 210);
        }
 
 
        .table-theme-4 tr:nth-child(even) {
 
 
         }
 
         }
  
 
         /*methylation  system*/
 
         /*methylation  system*/
         .table-theme-5 {
+
         #notebook .table-theme-5 {
 
             color: rgb(227, 108, 10);
 
             color: rgb(227, 108, 10);
            min-width: 30rem;
 
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-5 caption {
+
         #notebook .table-theme-5 caption {
 
             border-top-color: rgb(247, 150, 70);
 
             border-top-color: rgb(247, 150, 70);
 
             border-bottom-color: rgb(247, 150, 70);
 
             border-bottom-color: rgb(247, 150, 70);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-5 table tr:last-child td {
+
         #notebook .table-theme-5 table tr:last-child td {
 
             border-bottom-color: rgb(247, 150, 70);
 
             border-bottom-color: rgb(247, 150, 70);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-5 tr:nth-child(odd) {
+
         #notebook .table-theme-5 tr:nth-child(odd) {
 
             background-color: rgb(253, 228, 208);
 
             background-color: rgb(253, 228, 208);
        }
 
 
        .table-theme-5 tr:nth-child(even) {
 
 
         }
 
         }
  
 
         /*Groups divided*/
 
         /*Groups divided*/
         .table-theme-6 {
+
         #notebook .table-theme-6 {
 
             color: rgb(0, 0, 0);
 
             color: rgb(0, 0, 0);
            min-width: 48rem;
 
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-6 caption {
+
         #notebook .table-theme-6 caption {
 
             border-top-color: rgb(0, 0, 0);
 
             border-top-color: rgb(0, 0, 0);
 
             border-bottom-color: rgb(0, 0, 0);
 
             border-bottom-color: rgb(0, 0, 0);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-6 table tr:last-child td {
+
         #notebook .table-theme-6 table tr:last-child td {
 
             border-bottom-color: rgb(0, 0, 0);
 
             border-bottom-color: rgb(0, 0, 0);
 
         }
 
         }
  
         .table-theme-6 tr:nth-child(odd) {
+
         #notebook .table-theme-6 tr:nth-child(odd) {
 
             background-color: rgb(192, 192, 192);
 
             background-color: rgb(192, 192, 192);
 
         }
 
         }
 
+
     </style>
        .table-theme-6 tr:nth-child(even) {
+
     <script title="ready-js">
        }
+
     </style>
+
     <script id="ready-js">
+
 
         $(function () {
 
         $(function () {
 +
            adjust_figure(1.2);
 +
 
             $("#accordion").accordion({
 
             $("#accordion").accordion({
 
                 header: ".accordion-header",
 
                 header: ".accordion-header",
Line 305: Line 285:
 
                 heightStyle: 'content',
 
                 heightStyle: 'content',
 
                 collapsible: true,
 
                 collapsible: true,
                 active: false,
+
                 active: 18,
 
                 icons: false,
 
                 icons: false,
 
             });
 
             });
           
+
 
 
             $('.tabs').each(
 
             $('.tabs').each(
 
                 function (index, value) {
 
                 function (index, value) {
 
                     $(value).tabs({
 
                     $(value).tabs({
 
                         event: "mouseover",
 
                         event: "mouseover",
                         heightStyle: 'content'
+
                         heightStyle: 'content',
 +
                        active:2,
 
                     });
 
                     });
 
                 }
 
                 }
             )                            
+
             )
 +
 
 +
 
 +
            $('#particles-js').hide();
 
         });
 
         });
     </script>  
+
 
 +
     </script>
 
</head>
 
</head>
  
<body>
+
<body id="dongzhuoer">
 
     <div style="display:none">
 
     <div style="display:none">
         <table class="table-theme-1" id="table5-1-1">
+
         <table class="table-theme-1" id="50&mu;L PCR system &times;2">
 
             <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 
             <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 
             <tr>
 
             <tr>
Line 350: Line 335:
 
             </tr>
 
             </tr>
 
         </table>
 
         </table>
         <table class="table-theme-2" id="table5-1-2">
+
         <table class="table-theme-2" id="PCR reaction condition">
 
             <caption>PCR reaction condition</caption>
 
             <caption>PCR reaction condition</caption>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td>94&#8451;</td>
+
                 <td>94<sup>o</sup>C</td>
 
                 <td>10 min</td>
 
                 <td>10 min</td>
 
                 <td></td>
 
                 <td></td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td>94&#8451;</td>
+
                 <td>94<sup>o</sup>C</td>
 
                 <td>30 sec</td>
 
                 <td>30 sec</td>
 
                 <td></td>
 
                 <td></td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td>58&#8451;</td>
+
                 <td>58<sup>o</sup>C</td>
 
                 <td>15 sec</td>
 
                 <td>15 sec</td>
 
                 <td>30 cycles</td>
 
                 <td>30 cycles</td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td>72&#8451;</td>
+
                 <td>72<sup>o</sup>C</td>
 
                 <td>30 sec</td>
 
                 <td>30 sec</td>
 
                 <td></td>
 
                 <td></td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td>72&#8451;</td>
+
                 <td>72<sup>o</sup>C</td>
 
                 <td>10 min</td>
 
                 <td>10 min</td>
 
                 <td></td>
 
                 <td></td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td>16&#8451;</td>
+
                 <td>16<sup>o</sup>C</td>
 
                 <td>&infin;</td>
 
                 <td>&infin;</td>
 
                 <td></td>
 
                 <td></td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
         </table>
 
         </table>
         <table class="table-theme-3" id="table5-2-3">
+
         <table class="table-theme-3" id="20&mu;L ligation system">
 
             <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 
             <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 
             <tr>
 
             <tr>
Line 410: Line 395:
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td colspan="2">Reaction condition: 16&#8451; overnight</td>
+
                 <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
         </table>
 
         </table>
         <table class="table-theme-4" id="table5-4-1">
+
         <table class="table-theme-4" id="20&mu;L digestion  system">
 
             <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 
             <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 
             <tr>
 
             <tr>
Line 436: Line 421:
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 40 min</td>
+
                 <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
         </table>
 
         </table>
         <table class="table-theme-5" id="table6-4-1">
+
         <table class="table-theme-5" id="100&mu;L methylation  system">
 
             <caption>100&mu;L methylation  system</caption>
 
             <caption>100&mu;L methylation  system</caption>
 
             <tr>
 
             <tr>
Line 466: Line 451:
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 1 hour</td>
+
                 <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 1 hour</td>
 
             </tr>
 
             </tr>
 
         </table>
 
         </table>
         <table class="table-theme-6" id="table12-1-1">
+
         <table class="table-theme-6" id="Groups divided in this experiment">
 
             <caption>Groups divided in this experiment</caption>
 
             <caption>Groups divided in this experiment</caption>
 
             <tr>
 
             <tr>
Line 484: Line 469:
 
             </tr>
 
             </tr>
 
             <tr>
 
             <tr>
                 <td>pWH-<i>luxS</i> + xyl</td>
+
                 <td>pWH-<i>luxS</i> &plus; xyl</td>
 
                 <td><i>luxS</i> overexpression plasmid in GR286; induced by xylose</td>
 
                 <td><i>luxS</i> overexpression plasmid in GR286; induced by xylose</td>
 
             </tr>
 
             </tr>
Line 501: Line 486:
 
         </table>
 
         </table>
 
         <figure>
 
         <figure>
             <img src="image/notebook/notebook-6-13-1.png" width="347" height="284">
+
             <img src="image/Notebook/notebook-6-13-1.png" width="347" height="284">
 
             <figcaption>
 
             <figcaption>
                 Selecting positive clones by colony PCR<br>
+
                 <div class="p"><span>Selection of positive clones by colony PCR</span></div>
 
                 (No.1 is positive control, No.2-6 are experimental groups. The result showed that we failed to transformed the plasmid pWH-<i>C2-luxS</i> into GR286)
 
                 (No.1 is positive control, No.2-6 are experimental groups. The result showed that we failed to transformed the plasmid pWH-<i>C2-luxS</i> into GR286)
 
             </figcaption>
 
             </figcaption>
         </figure>  
+
         </figure>
 
     </div>
 
     </div>
     <main id="notebook">
+
     <div id="particles-js"></div>
         <h1>Laboratory Notes</h1>      
+
    <script src="https://2016.igem.org/Template:NKU_China/js/particlesJS?action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
    <div class="main" id="notebook">
 +
         <div class="h1">Laboratory Notes</div>
 
         <div id="accordion">
 
         <div id="accordion">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week1">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week1">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week1 (May 16&ndash;May 22)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week1 (May 16&ndash;May 22)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
                    <div class="p">
 
                        In order to make sure our "consumer" efficient, we should first knock out the <i>luxS</i> gene in our engineering bacteria GR286(a simplified strain of <i>Bacillus amyloliquefaciens</i> LL3). We used a markerless gene replacement method  to knock out the <i>luxS</i> gene.
 
                    </div>
 
 
                     <div class="tabs" id="tabs1">
 
                     <div class="tabs" id="tabs1">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment1-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a href="#fragment1-1">begin</a></li>
                             <li><a href="#fragment1-2">&#10113;</a></li>
+
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment1-2">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment1-3">&#10114;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment1-3">&#10113;</a></li>
 +
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment1-4">&#10114;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment1-1">
 
                         <div id="fragment1-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Construction of targeting vector : the upstream and downstream of <i>luxS</i> gene were combined by over-lapping PCR and ligated into plasmid pKSU.
+
                                 In order to make sure the efficiency of our "consumer", we should first knock out the <i>luxS</i> gene in our engineering bacteria GR286(a simplified strain of <i>Bacillus amyloliquefaciens</i> LL3). We used a markerless gene replacement method to knock out the <i>luxS</i> gene.
                             </div>                          
+
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment1-2">
 
                         <div id="fragment1-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Transformed pKSU-&Delta;<i>luxS</i> into GR286, and selected out positive clones.
+
                                 Construction of targeting vector : the upstream and downstream of <i>luxS</i> gene were combined by over-lapping PCR and ligated into plasmid pKSU.
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-1" id="table1-2-1">
 
                                <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 
                                    <td>10&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pKSU-F</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pKSU-R</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Bacterium solution</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>7&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-2" id="table1-2-2">
 
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>58&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td>30 cycles</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>1 min 30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>16&#8451;</td>
 
                                    <td>&infin;</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e9/T--NKU_China--notebook-1-5-1.png" width="330" height="291">
 
                                <figcaption>Selecting positive clones by PCR</figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment1-3">
 
                         <div id="fragment1-3">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 The transformants were cultured at 42&#8451; with chloramphenicol to select single-crossover clones.
+
                                pKSU-&Delta;<i>luxS</i> was transformed into GR286, and positive clones were selected.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table1-2-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pKSU-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pKSU-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table1-2-2">
 +
                                       
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>1 min 30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e9/T--NKU_China--notebook-1-5-1.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment1-4">
 +
                            <div class="p">
 +
                                 The transformants were cultured at 42<sup>o</sup>C with chloramphenicol to select single-crossover clones.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table1-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-up-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-dn-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table1-3-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>56<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>2 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/d/de/T--NKU_China--notebook-1-5-2.jpeg">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of single-crossover clones by PCR</span></div>
 +
                                        (No.1-4 are single-crossover strains, <br>No.5 is positive control.)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-1" id="table1-3-1">
 
                                <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 
                                    <td>10&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i>-up-F</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i>-dn-R</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Bacterium solution</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>7&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-2" id="table1-3-2">
 
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>56&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td>30 cycles</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>2 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>16&#8451;</td>
 
                                    <td>&infin;</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/d/de/T--NKU_China--notebook-1-5-2.jpeg" width="466" height="375">
 
                                <figcaption>
 
                                    Selecting single-crossover clones using PCR<br>
 
                                    (No.1-4 are single-crossover strains, No.5 is positive control.)
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>             
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 676: Line 683:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week2">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week2">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week2 (May 23&ndash;May 29)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week2 (May 23&ndash;May 29)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs2">
 
                     <div class="tabs" id="tabs2">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment2-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment2-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment2-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment2-2">&#10113;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment2-1">
 
                         <div id="fragment2-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 The single-crossover strains were then cultured at LB medium and passaged every 12 hours for 4 generation.
+
                                 The single-crossover strains were then cultured in LB medium and passaged every 12 hours for 4 generations.
                             </div>                            
+
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment2-2">
 
                         <div id="fragment2-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Cultured the last generation at medium with 5-fluorouracil to select double-crossover clones. Regretfully, we didn&#39;t get the double-crossover clones.
+
                                 The last generation was cultured in medium with 5-fluorouracil to select double-crossover clones. Regretfully, we didn&#39;t get the double-crossover clones.
 
                             </div>
 
                             </div>
                             <table class="table-theme-1" id="table2-2-1">
+
                             <div class="flex-container">
                                <caption>20&mu;L PCR system</caption>
+
                                <div class="table-wrapper">
                                <tr>
+
                                    <table class="table-theme-1" id="table2-2-1">
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
+
                                        <caption>20&mu;L PCR system</caption>
                                    <td>10&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                                </tr>
+
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
                                <tr>
+
                                            <td>10&mu;L</td>
                                    <td><i>luxS</i>-up-F</td>
+
                                        </tr>
                                    <td>1&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                                </tr>
+
                                            <td><i>luxS</i>-up-F</td>
                                <tr>
+
                                            <td>1&mu;L</td>
                                    <td><i>luxS</i>-dn-R</td>
+
                                        </tr>
                                    <td>1&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                                </tr>
+
                                            <td><i>luxS</i>-dn-R</td>
                                <tr>
+
                                            <td>1&mu;L</td>
                                    <td>Bacterium solution</td>
+
                                        </tr>
                                    <td>1&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                                </tr>
+
                                            <td>Bacterium solution</td>
                                <tr>
+
                                            <td>1&mu;L</td>
                                    <td>ddH2O</td>
+
                                        </tr>
                                    <td>7&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                                </tr>
+
                                            <td>ddH2O</td>
                                <tr>
+
                                            <td>7&mu;L</td>
                                    <td>Total</td>
+
                                        </tr>
                                    <td>20&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                                </tr>
+
                                            <td>Total</td>
                            </table>
+
                                            <td>20&mu;L</td>
                            <table class="table-theme-2" id="table2-2-2">
+
                                        </tr>
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
+
                                    </table>
                                <tr>
+
                                </div>
                                    <td>94&#8451;</td>
+
                                <div class="table-wrapper">
                                    <td>10 min</td>
+
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
                                    <td></td>
+
                                    <table class="table-theme-2" id="table2-2-2">
                                </tr>
+
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
                                <tr>
+
                                        <tr>
                                    <td>94&#8451;</td>
+
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>30 sec</td>
+
                                            <td>10 min</td>
                                    <td></td>
+
                                            <td></td>
                                </tr>
+
                                        </tr>
                                <tr>
+
                                        <tr>
                                    <td>56&#8451;</td>
+
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>30 sec</td>
+
                                            <td>30 sec</td>
                                    <td>30 cycles</td>
+
                                            <td></td>
                                </tr>
+
                                        </tr>
                                <tr>
+
                                        <tr>
                                    <td>72&#8451;</td>
+
                                            <td>56<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>2 min</td>
+
                                            <td>30 sec</td>
                                    <td></td>
+
                                            <td>30 cycles</td>
                                </tr>
+
                                        </tr>
                                <tr>
+
                                        <tr>
                                    <td>72&#8451;</td>
+
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>10 min</td>
+
                                            <td>2 min</td>
                                    <td></td>
+
                                            <td></td>
                                </tr>
+
                                        </tr>
                                <tr>
+
                                        <tr>
                                    <td>16&#8451;</td>
+
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>&infin;</td>
+
                                            <td>10 min</td>
                                    <td></td>
+
                                            <td></td>
                                </tr>
+
                                        </tr>
                            </table>
+
                                        <tr>
                            <figure>
+
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
                                 <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/3d/T--NKU_China--notebook-1-5-3.png" width="341" height="292">
+
                                            <td>&infin;</td>
                                <figcaption>
+
                                            <td></td>
                                    Selecting double-crossover clones using PCR<br>
+
                                        </tr>
                                    (No.1-5 are experimental groups, No.6 is wild GR286.<br>
+
                                    </table>
                                    The result showed that we failed to get the double-crossover clones.)
+
                                </div>
                                </figcaption>
+
                                 <figure>
                            </figure>  
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/3d/T--NKU_China--notebook-1-5-3.png">
                         </div>                
+
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of double-crossover clones by PCR</span></div>
 +
                                        (No.1-5 are experimental groups, No.6 is wild GR286. The result showed that we failed to get the double-crossover clones.)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 767: Line 780:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week3">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week3">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week3 (May 30&ndash;Jun 05)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week3 (May 30&ndash;Jun 05)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs3">
 
                     <div class="tabs" id="tabs3">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment3-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment3-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment3-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment3-2">&#10113;</a></li>
                             <li><a href="#fragment3-3">&#10114;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment3-3">&#10114;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment3-1">
 
                         <div id="fragment3-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 We cultured transformants at 42&#8451; with chloramphenicol again and selected the single-crossover clones successfully.
+
                                 Transformants were cultured at 42<sup>o</sup>C with chloramphenicol again and the single-crossover clones were selected successfully.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table3-1-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-up-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-dn-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table3-1-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>56<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>2 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/93/T--NKU_China--notebook-1-5-4.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of single-crossover clones by PCR</span></div>
 +
                                        (No.1&amp;2&amp;4 are single-crossover strains,No.5 is positive control. )
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-1" id="table3-1-1">
 
                                <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 
                                    <td>10&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i>-up-F</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i>-dn-R</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Bacterium solution</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>7&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-2" id="table3-1-2">
 
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>56&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td>30 cycles</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>2 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>16&#8451;</td>
 
                                    <td>&infin;</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/93/T--NKU_China--notebook-1-5-4.png" width="350" height="292">
 
                                <figcaption>
 
                                    Selecting single-crossover clones using PCR<br>
 
                                    (No.1&amp;2&amp;4 are single-crossover strains,No.5 is positive control. )
 
                                </figcaption>
 
                            </figure> 
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment3-2">
 
                         <div id="fragment3-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 The single-crossover strains were then cultured at LB medium and passaged every 12 hours for 4 generations.
+
                                 The single-crossover strains were then cultured in LB medium and passaged every 12 hours for 4 generations.
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment3-3">
 
                         <div id="fragment3-3">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Cultured the last generation at medium with 5-fluorouracil to select double-crossover clones. We finally got our aimed strain&#8212;GR286&Delta;<i>luxS</i>.
+
                                 The last generation was cultured in medium with 5-fluorouracil to select double-crossover clones. We finally obtained our aimed strain&#8212;GR286&Delta;<i>luxS</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table3-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-up-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-dn-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table3-3-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>56<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>2 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/aa/T--NKU_China--notebook-1-5-5.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of &Delta;<i>luxS</i> clones by PCR</span></div>
 +
                                        (The No.4 is the aimed strain&horbar;GR286&Delta;<i>luxS</i>)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-1" id="table3-3-1">
 
                                <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 
                                    <td>10&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i>-up-F</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i>-dn-R</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Bacterium solution</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>7&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-2" id="table3-3-2">
 
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>56&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td>30 cycles</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>2 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>16&#8451;</td>
 
                                    <td>&infin;</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/aa/T--NKU_China--notebook-1-5-5.png" width="254" height="209">
 
                                <figcaption>
 
                                    Selecting the strain lacking of <i>luxS</i> gene using PCR<br>
 
                                    (The No.4 is the aimed strain<U+00A1><U+00AA>GR286&Delta;<i>luxS</i>)
 
                                </figcaption>
 
                            </figure> 
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 930: Line 957:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week4">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week4">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week4 (Jun 06&ndash;Jun 12)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week4 (Jun 06&ndash;Jun 12)
 
                 </div>
 
                 </div>
                 <div class="tabs" id="tabs4">
+
                 <div class="accordion-content">
                    <ul>
+
                    <div class="tabs" id="tabs4">
                        <li><a href="#fragment4-1">&#10112;</a></li>
+
                        <ul>
                        <li><a href="#fragment4-2">&#10113;</a></li>
+
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment4-1">&#10112;</a></li>
                        <li><a href="#fragment4-3">&#10114;</a></li>
+
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment4-2">&#10113;</a></li>
                        <li><a href="#fragment4-4">&#10115;</a></li>
+
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment4-3">&#10114;</a></li>
                        <li><a href="#fragment4-5">&#10116;</a></li>
+
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment4-4">&#10115;</a></li>
                        <li><a href="#fragment4-6">&#10117;</a></li>
+
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment4-5">&#10116;</a></li>
                    </ul>
+
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment4-6">&#10117;</a></li>
                    <div id="fragment4-1">
+
                        </ul>
                        <div class="p">
+
                        <div id="fragment4-1">
                            Cultured the GR286&Delta;<i>luxS</i> strain and made it competence for future use.
+
                            <div class="p">
 +
                                The GR286&Delta;<i>luxS</i> strain was cultured and made competent for future use.
 +
                            </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
                    </div>
+
                        <div id="fragment4-2">
                    <div id="fragment4-2">
+
                            <div class="p">
                        <div class="p">
+
                                The <i>lsrACDB</i> gene from <i>Bacillus thuringiensis</i> was cloned and ligated to T-vector.
                            Cloned the <i>lsrACDB</i> gene from <i>Bacillus thuringiensis</i> and ligated it to T-vector.
+
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table4-2-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i>-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i>-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table4-2-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>57<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>4 min 30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table4-2-3">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pMD19 T-Simple Vector</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i></td>
 +
                                            <td>3&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>13&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
                         <table class="table-theme-1" id="table4-2-1">
+
                         <div id="fragment4-3">
                            <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
+
                            <div class="p">
                            <tr>
+
                                The T-<i>lsrACDB</i> was transformed into DH5&alpha; and plate was coated, and then positive clones were selected.
                                <td>2&times; Taq Master Mix</td>
+
                            </div>
                                <td>25&mu;L</td>
+
                            <div class="flex-container">
                            </tr>
+
                                <div class="table-wrapper">
                            <tr>
+
                                    <table class="table-theme-1" id="table4-3-1">
                                <td><i>lsrACDB</i>-F</td>
+
                                        <caption>20&mu;L PCR system</caption>
                                <td>2&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
                            <tr>
+
                                            <td>10&mu;L</td>
                                <td><i>lsrACDB</i>-R</td>
+
                                        </tr>
                                <td>2&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>M13F</td>
                            <tr>
+
                                            <td>1&mu;L</td>
                                <td>Bacterium solution</td>
+
                                        </tr>
                                <td>2&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>M13R</td>
                            <tr>
+
                                            <td>1&mu;L</td>
                                <td>ddH2O</td>
+
                                        </tr>
                                <td>19&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>Bacterium solution</td>
                            <tr>
+
                                            <td>1&mu;L</td>
                                <td>Total</td>
+
                                        </tr>
                                <td>50&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>ddH2O</td>
                        </table>
+
                                            <td>7&mu;L</td>
                        <table class="table-theme-2" id="table4-2-2">
+
                                        </tr>
                            <caption>PCR reaction condition</caption>
+
                                        <tr>
                            <tr>
+
                                            <td>Total</td>
                                <td>94&#8451;</td>
+
                                            <td>20&mu;L</td>
                                <td>10 min</td>
+
                                        </tr>
                                <td></td>
+
                                    </table>
                            </tr>
+
                                </div>
                            <tr>
+
                                <div class="table-wrapper">
                                <td>94&#8451;</td>
+
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
                                <td>30 sec</td>
+
                                    <table class="table-theme-2" id="table4-3-2">
                                <td></td>
+
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
                            </tr>
+
                                        <tr>
                            <tr>
+
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
                                <td>57&#8451;</td>
+
                                            <td>10 min</td>
                                <td>30 sec</td>
+
                                            <td></td>
                                <td>30 cycles</td>
+
                                        </tr>
                            </tr>
+
                                        <tr>
                            <tr>
+
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
                                <td>72&#8451;</td>
+
                                            <td>30 sec</td>
                                <td>4 min 30 sec</td>
+
                                            <td></td>
                                <td></td>
+
                                        </tr>
                            </tr>
+
                                        <tr>
                            <tr>
+
                                            <td>59<sup>o</sup>C</td>
                                <td>72&#8451;</td>
+
                                            <td>30 sec</td>
                                <td>10 min</td>
+
                                            <td>30 cycles</td>
                                <td></td>
+
                                        </tr>
                            </tr>
+
                                        <tr>
                            <tr>
+
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
                                <td>16&#8451;</td>
+
                                            <td>4 min 30 sec</td>
                                <td>&infin;</td>
+
                                            <td></td>
                                <td></td>
+
                                        </tr>
                            </tr>
+
                                        <tr>
                        </table>
+
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
                        <table class="table-theme-3" id="table4-2-3">
+
                                            <td>10 min</td>
                            <caption>20&mu;L ligation system</caption>
+
                                            <td></td>
                            <tr>
+
                                        </tr>
                                <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
+
                                        <tr>
                                <td>2&mu;L</td>
+
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
                            </tr>
+
                                            <td>&infin;</td>
                            <tr>
+
                                            <td></td>
                                 <td>T4 DNA Ligase</td>
+
                                        </tr>
                                 <td>1&mu;L</td>
+
                                    </table>
                            </tr>
+
                                 </div>
                            <tr>
+
                                 <figure>
                                <td>pMD19 T-Simple Vector</td>
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/72/T--NKU_China--notebook-1-5-6.png">
                                <td>1&mu;L</td>
+
                                    <figcaption>
                            </tr>
+
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
                            <tr>
+
                                        (No. 3&amp;4 are positive results)
                                <td><i>lsrACDB</i></td>
+
                                    </figcaption>
                                <td>3&mu;L</td>
+
                                 </figure>
                            </tr>
+
                             </div>
                            <tr>
+
                                <td>ddH2O</td>
+
                                <td>13&mu;L</td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td>Total</td>
+
                                <td>20&mu;L</td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                 <td colspan="2">Reaction condition: 16&#8451; overnight</td>
+
                             </tr>
+
                        </table>                     
+
                    </div>
+
                    <div id="fragment4-3">
+
                        <div class="p">
+
                            Transformed the T-<i>lsrACDB</i> into DH5&alpha; and coated plate, and then selected positive clones by colony PCR.
+
 
                         </div>
 
                         </div>
                         <table class="table-theme-1" id="table4-3-1">
+
                         <div id="fragment4-4">
                            <caption>20&mu;L PCR system</caption>
+
                            <div class="p">
                            <tr>
+
                                After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were then sequenced. Unfortunately, the sequencing result showed some mutations inside the target gene.
                                <td>2&times; Taq Master Mix</td>
+
                            </div>
                                <td>10&mu;L</td>
+
                            <div class="flex-container">
                            </tr>
+
                                <div class="table-wrapper">
                            <tr>
+
                                    <table class="table-theme-4" id="table4-4-1">
                                <td>M13F</td>
+
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
                                <td>1&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
                            <tr>
+
                                            <td>2&mu;L</td>
                                <td>M13R</td>
+
                                        </tr>
                                <td>1&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>BamH &#8544;</td>
                            <tr>
+
                                            <td>1&mu;L</td>
                                <td>Bacterium solution</td>
+
                                        </tr>
                                <td>1&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>T-<i>lsrACDB</i></td>
                            <tr>
+
                                            <td>1&mu;L</td>
                                <td>ddH2O</td>
+
                                        </tr>
                                <td>7&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>ddH2O</td>
                            <tr>
+
                                            <td>7&mu;L</td>
                                <td>Total</td>
+
                                        </tr>
                                <td>20&mu;L</td>
+
                                        <tr>
                            </tr>
+
                                            <td>Total</td>
                        </table>
+
                                            <td>20&mu;L</td>
                        <table class="table-theme-2" id="table4-3-2">
+
                                        </tr>
                            <caption>PCR reaction condition</caption>
+
                                        <tr>
                            <tr>
+
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
                                <td>94&#8451;</td>
+
                                        </tr>
                                <td>10 min</td>
+
                                    </table>
                                <td></td>
+
                                 </div>
                            </tr>
+
                                 <figure>
                            <tr>
+
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/91/T--NKU_China--notebook-1-5-7.png">
                                <td>94&#8451;</td>
+
                                    <figcaption>
                                 <td>30 sec</td>
+
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
                                 <td></td>
+
                                        (No.1 are <i>lsrACDB</i> fragement, No.2 are linearized T-vector.)
                            </tr>
+
                                    </figcaption>
                            <tr>
+
                                </figure>
                                <td>59&#8451;</td>
+
                            </div>
                                <td>30 sec</td>
+
                                <td>30 cycles</td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td>72&#8451;</td>
+
                                <td>4 min 30 sec</td>
+
                                <td></td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td>72&#8451;</td>
+
                                <td>10 min</td>
+
                                <td></td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td>16&#8451;</td>
+
                                <td>&infin;</td>
+
                                <td></td>
+
                            </tr>
+
                        </table>
+
                        <figure>
+
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/72/T--NKU_China--notebook-1-5-6.png" width="215" height="180">
+
                            <figcaption>
+
                                Selecting positive clones by PCR<br>
+
                                (No. 3&amp;4 are positive results)
+
                            </figcaption>
+
                        </figure>                    
+
                    </div>
+
                    <div id="fragment4-4">
+
                        <div class="p">
+
                            After restriction enzyme digestion verification, we sent them to sequencing. Unfortunately, the sequencing result showed some mutations in cloning gene.
+
 
                         </div>
 
                         </div>
                         <table class="table-theme-4" id="table4-4-1">
+
                         <div id="fragment4-5">
                            <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
+
                            <div class="p">
                            <tr>
+
                                The gene cloning process was repeated but there were still some mutations.
                                <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
+
                            </div>
                                <td>2&mu;L</td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td>BamH &#8544;</td>
+
                                <td>1&mu;L</td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td>T-<i>lsrACDB</i></td>
+
                                <td>1&mu;L</td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td>ddH2O</td>
+
                                <td>7&mu;L</td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td>Total</td>
+
                                <td>20&mu;L</td>
+
                            </tr>
+
                            <tr>
+
                                <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 40 min</td>
+
                            </tr>
+
                        </table>
+
                        <figure>
+
                            <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/91/T--NKU_China--notebook-1-5-7.png" width="201" height="322">
+
                            <figcaption>
+
                                Restriction enzyme digestion verification<br>
+
                                (No.1 are <i>lsrACDB</i> fragement, No.2 are linearized T-vector.)
+
                            </figcaption>
+
                        </figure>
+
                    </div>
+
                    <div id="fragment4-5">
+
                        <div class="p">
+
                            We repeated the process of gene cloning but there were still some mutations.
+
 
                         </div>
 
                         </div>
                    </div>
+
                        <div id="fragment4-6">
                    <div id="fragment4-6">
+
                            <div class="p">
                        <div class="p">
+
                                We finally decided to request the gene company to synthesize the lsrACDB gene.
                            We finally decided to request the gene company to synthesize the lsrACDB gene.
+
                            </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 1,165: Line 1,214:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week5">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week5">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week5 (Jun 13&ndash;Jun 19)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week5 (Jun 13&ndash;Jun 19)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
                    <div class="p">
 
                        This week, we started to construct another controller&#8213;supplier.
 
                    </div>
 
 
                     <div class="tabs" id="tabs5">
 
                     <div class="tabs" id="tabs5">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment5-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a href="#fragment5-1">begin</a></li>
                             <li><a href="#fragment5-2">&#10113;</a></li>
+
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment5-2">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment5-3">&#10114;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment5-3">&#10113;</a></li>
                             <li><a href="#fragment5-4">&#10115;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment5-4">&#10114;</a></li>
 +
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment5-5">&#10115;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment5-1">
 
                         <div id="fragment5-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 We cloned a strong promoter <i>C2</i> from former kit and cloned <i>luxS</i> gene from GR286.
+
                                 This week, we started to construct another controller&#8213;supplier.
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-1" id="table5-1-1">
 
                                <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 
                                    <td>25&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>C2-F</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>C2-R</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>p-C2</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>19&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>50&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-2" id="table5-1-2">
 
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>58&#8451;</td>
 
                                    <td>15 sec</td>
 
                                    <td>30 cycles</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>16&#8451;</td>
 
                                    <td>&infin;</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-1" id="table5-1-3">
 
                                <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 
                                    <td>25&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i>-F</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i>-R</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Bacterium solution</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>GR286</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>19&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>50&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-2" id="table5-1-4">
 
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>59&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td>30 cycles</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>16&#8451;</td>
 
                                    <td>&infin;</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/d/dc/T--NKU_China--notebook-1-5-8.png" width="201" height="322">
 
                                <figcaption>
 
                                    Cloning promoter <i>C2</i> and <i>luxS</i> using PCR<br>
 
                                    (NO.1&amp;2 are <i>C2</i>, No.3&amp;4 are <i>luxS</i>)
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
                        <div id="fragment5-2">
+
                            <div id="fragment5-2">
                            <div class="p">
+
                                <div class="p">
                                 Fuse the two segments together by fusion PCR, and ligated it into T-vector. Then, transformed the vector into DH5&alpha;.
+
                                    A strong promoter <i>C2</i> was cloned from former kit and <i>luxS</i> gene was cloned from GR286.
 +
                                 </div>
 +
                                <div class="flex-container">
 +
                                    <div class="table-wrapper">
 +
                                        <table class="table-theme-1" id="table5-1-1">
 +
                                            <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                                <td>25&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>C2-F</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>C2-R</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>p-C2</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>ddH2O</td>
 +
                                                <td>19&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>Total</td>
 +
                                                <td>50&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="table-wrapper">
 +
                                        <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                        <table class="table-theme-2" id="table5-1-2">
 +
                                            <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>10 min</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>30 sec</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>15 sec</td>
 +
                                                <td>30 cycles</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>30 sec</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>10 min</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>&infin;</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="table-wrapper">
 +
                                        <table class="table-theme-1" id="table5-1-3">
 +
                                            <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                                <td>25&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td><i>luxS</i>-F</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td><i>luxS</i>-R</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>Bacterium solution</td>
 +
                                                <td>1&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>GR286</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>ddH2O</td>
 +
                                                <td>19&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>Total</td>
 +
                                                <td>50&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="table-wrapper">
 +
                                        <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                        <table class="table-theme-2" id="table5-1-4">
 +
                                            <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>10 min</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>30 sec</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>59<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>30 sec</td>
 +
                                                <td>30 cycles</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>30 sec</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>10 min</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                                <td>&infin;</td>
 +
                                                <td></td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                    <figure>
 +
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/d/dc/T--NKU_China--notebook-1-5-8.png">
 +
                                        <figcaption>
 +
                                            <div class="p"><span>PCR cloning product of promoter <i>C2</i> and gene <i>luxS</i></span></div>
 +
                                            (NO.1&amp;2 are <i>C2</i>, No.3&amp;4 are <i>luxS</i>)
 +
                                        </figcaption>
 +
                                    </figure>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                             <table class="table-theme-1" id="table5-2-1">
+
                             <div id="fragment5-3">
                                <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
+
                                <div class="p">
                                <tr>
+
                                    Two segments were fused together by fusion PCR and ligated into T-vector. After that, the vector was transformed into DH5&alpha;.
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
+
                                </div>
                                    <td>25&mu;L</td>
+
                                <div class="flex-container">
                                </tr>
+
                                    <div class="table-wrapper">
                                <tr>
+
                                        <table class="table-theme-1" id="table5-2-1">
                                    <td>C2-F</td>
+
                                            <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
                                    <td>2&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td>2&times; Taq Master Mix</td>
                                <tr>
+
                                                <td>25&mu;L</td>
                                    <td><i>luxS</i>-R</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>2&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td>C2-F</td>
                                <tr>
+
                                                <td>2&mu;L</td>
                                    <td>C2</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>2&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td><i>luxS</i>-R</td>
                                <tr>
+
                                                <td>2&mu;L</td>
                                    <td><i>luxS</i></td>
+
                                            </tr>
                                    <td>2&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>                              
+
                                                <td>C2</td>
                                <tr>
+
                                                <td>2&mu;L</td>
                                    <td>ddH2O</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>17&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td><i>luxS</i></td>
                                <tr>
+
                                                <td>2&mu;L</td>
                                    <td>Total</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>50&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td>ddH2O</td>
                            </table>
+
                                                <td>17&mu;L</td>
                            <table class="table-theme-2" id="table5-2-2">
+
                                            </tr>
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>Total</td>
                                    <td>94&#8451;</td>
+
                                                <td>50&mu;L</td>
                                    <td>10 min</td>
+
                                            </tr>
                                    <td></td>
+
                                        </table>
                                </tr>
+
                                    </div>
                                <tr>
+
                                    <div class="table-wrapper">
                                    <td>94&#8451;</td>
+
                                        <div class="rbrace">&#125;</div>
                                    <td>30 sec</td>
+
                                        <table class="table-theme-2" id="table5-2-2">
                                    <td></td>
+
                                            <caption>PCR reaction condition</caption>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>94<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>59&#8451;</td>
+
                                                <td>10 min</td>
                                    <td>30 sec</td>
+
                                                <td></td>
                                    <td>30 cycles</td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>94<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>72&#8451;</td>
+
                                                <td>30 sec</td>
                                    <td>40 sec</td>
+
                                                <td></td>
                                    <td></td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>59<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>72&#8451;</td>
+
                                                <td>30 sec</td>
                                    <td>10 min</td>
+
                                                <td>30 cycles</td>
                                    <td></td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>72<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>16&#8451;</td>
+
                                                <td>40 sec</td>
                                    <td>&infin;</td>
+
                                                <td></td>
                                    <td></td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                            </table>
+
                                                <td>72<sup>o</sup>C</td>
                            <table class="table-theme-3" id="table5-2-3">
+
                                                <td>10 min</td>
                                <caption>20&mu;L ligation system</caption>
+
                                                <td></td>
                                <tr>
+
                                            </tr>
                                    <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
+
                                            <tr>
                                    <td>2&mu;L</td>
+
                                                <td>16<sup>o</sup>C</td>
                                </tr>
+
                                                <td>&infin;</td>
                                <tr>
+
                                                <td></td>
                                    <td>T4 DNA Ligase</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>1&mu;L</td>
+
                                        </table>
                                </tr>
+
                                    </div>
                                <tr>
+
                                    <div class="table-wrapper">
                                    <td>pMD19 T-Simple Vector</td>
+
                                        <table class="table-theme-3" id="table5-2-3">
                                    <td>1&mu;L</td>
+
                                            <caption>20&mu;L ligation system</caption>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
                                    <td><i>C2-luxS</i></td>
+
                                                <td>2&mu;L</td>
                                    <td>4&mu;L</td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>T4 DNA Ligase</td>
                                    <td>ddH2O</td>
+
                                                <td>1&mu;L</td>
                                    <td>12&mu;L</td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>pMD19 T-Simple Vector</td>
                                    <td>Total</td>
+
                                                <td>1&mu;L</td>
                                    <td>20&mu;L</td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td><i>C2-luxS</i></td>
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 16&#8451; overnight</td>
+
                                                <td>4&mu;L</td>
                                </tr>
+
                                            </tr>
                            </table>  
+
                                            <tr>
                        </div>
+
                                                <td>ddH2O</td>
                        <div id="fragment5-3">
+
                                                <td>12&mu;L</td>
                            <div class="p">
+
                                            </tr>
                                Selected the positive clones by colony PCR.
+
                                            <tr>
 +
                                                <td>Total</td>
 +
                                                <td>20&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                             <table class="table-theme-1" id="table5-3-1">
+
                             <div id="fragment5-4">
                                <caption>20&mu;L PCR system</caption>
+
                                <div class="p">
                                <tr>
+
                                    Positive clones were selected by colony PCR.
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
+
                                </div>
                                    <td>10&mu;L</td>
+
                                <div class="flex-container">
                                </tr>
+
                                    <div class="table-wrapper">
                                <tr>
+
                                        <table class="table-theme-1" id="table5-3-1">
                                    <td>M13-F</td>
+
                                            <caption>20&mu;L PCR system</caption>
                                    <td>1&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td>2&times; Taq Master Mix</td>
                                <tr>
+
                                                <td>10&mu;L</td>
                                    <td>M13-R</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>1&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td>M13-F</td>
                                <tr>
+
                                                <td>1&mu;L</td>
                                    <td>Bacterium solution</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>1&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>                            
+
                                                <td>M13-R</td>
                                <tr>
+
                                                <td>1&mu;L</td>
                                    <td>ddH2O</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>7&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td>Bacterium solution</td>
                                <tr>
+
                                                <td>1&mu;L</td>
                                    <td>Total</td>
+
                                            </tr>
                                    <td>20&mu;L</td>
+
                                            <tr>
                                </tr>
+
                                                <td>ddH2O</td>
                            </table>
+
                                                <td>7&mu;L</td>
                            <table class="table-theme-2" id="table5-3-2">
+
                                            </tr>
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>Total</td>
                                    <td>94&#8451;</td>
+
                                                <td>20&mu;L</td>
                                    <td>10 min</td>
+
                                            </tr>
                                    <td></td>
+
                                        </table>
                                </tr>
+
                                    </div>
                                <tr>
+
                                    <div class="table-wrapper">
                                    <td>94&#8451;</td>
+
                                        <div class="rbrace">&#125;</div>
                                    <td>30 sec</td>
+
                                        <table class="table-theme-2" id="table5-3-2">
                                    <td></td>
+
                                            <caption>PCR reaction condition</caption>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>94<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>59&#8451;</td>
+
                                                <td>10 min</td>
                                    <td>30 sec</td>
+
                                                <td></td>
                                    <td>30 cycles</td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>94<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>72&#8451;</td>
+
                                                <td>30 sec</td>
                                    <td>40 sec</td>
+
                                                <td></td>
                                    <td></td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>59<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>72&#8451;</td>
+
                                                <td>30 sec</td>
                                    <td>10 min</td>
+
                                                <td>30 cycles</td>
                                    <td></td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                                <tr>
+
                                                <td>72<sup>o</sup>C</td>
                                    <td>16&#8451;</td>
+
                                                <td>40 sec</td>
                                    <td>&infin;</td>
+
                                                <td></td>
                                    <td></td>
+
                                            </tr>
                                </tr>
+
                                            <tr>
                            </table>
+
                                                <td>72<sup>o</sup>C</td>
                            <figure>
+
                                                <td>10 min</td>
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c9/T--NKU_China--notebook-1-5-9.png" width="308" height="303">
+
                                                <td></td>
                                <figcaption>
+
                                            </tr>
                                    Selecting positive clones by colony PCR
+
                                            <tr>
                                </figcaption>
+
                                                <td>16<sup>o</sup>C</td>
                            </figure>  
+
                                                <td>&infin;</td>
                        </div>
+
                                                <td></td>
                        <div id="fragment5-4">
+
                                            </tr>
                            <div class="p">
+
                                        </table>
                                We chose 4 positive strains to culture overnight and extracted the plasmid. After restriction enzyme digestion verification, we sent them to sequencing.
+
                                    </div>
 +
                                    <figure>
 +
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c9/T--NKU_China--notebook-1-5-9.png">
 +
                                        <figcaption>
 +
                                            <div class="p"><span>PCR cloning product of promoter <i>C2</i> and gene <i>luxS</i></span></div>
 +
                                        </figcaption>
 +
                                    </figure>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                            <div id="fragment5-5">
 +
                                <div class="p">
 +
                                    4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                                </div>
 +
                                <div class="flex-container">
 +
                                    <div class="table-wrapper">
 +
                                        <table class="table-theme-4" id="table5-4-1">
 +
                                            <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                                <td>1&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>T-<i>lsrACDB</i></td>
 +
                                                <td>1&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>ddH2O</td>
 +
                                                <td>7&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>Total</td>
 +
                                                <td>20&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                    <figure>
 +
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/f/fb/T--NKU_China--notebook-1-5-10.png">
 +
                                        <figcaption>
 +
                                            <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                            (No.1 are linearized T-vector, No.2 are <i>C2-luxS</i> fragment.)
 +
                                        </figcaption>
 +
                                    </figure>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-4" id="table5-4-1">
 
                                <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>BamH &#8544;</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>T-<i>lsrACDB</i></td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>7&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 40 min</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/f/fb/T--NKU_China--notebook-1-5-10.png" width="317" height="202">
 
                                <figcaption>
 
                                    Restriction enzyme digestion verification<br>
 
                                    (No.1 are linearized T-vector, No.2 are <i>C2-luxS</i> fragment.)
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
                    </div>
 
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
 
             <div class="accordion-fragment" id="week6">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week6">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week6 (Jun 20&ndash;Jun 26)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week6 (Jun 20&ndash;Jun 26)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs6">
 
                     <div class="tabs" id="tabs6">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment6-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment6-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment6-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment6-2">&#10113;</a></li>
                             <li><a href="#fragment6-3">&#10114;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment6-3">&#10114;</a></li>
                             <li><a href="#fragment6-4">&#10115;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment6-4">&#10115;</a></li>
                             <li><a href="#fragment6-5">&#10116;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment6-5">&#10116;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment6-1">
 
                         <div id="fragment6-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 The sequencing result showed there&#39;s a correct strain. So we can use the strain for the following experiment. We obtained the correct plasmid T-<i>C2-luxS</i> from DH5&alpha;. Then we got the fragment <i>C2-luxS</i> by digestion and gel extraction.
+
                                 The sequencing result showed that there was a correct strain and thus it could be used for the following experiments. We obtained the correct plasmid T-<i>C2-luxS</i> from DH5&alpha;. Then the fragment <i>C2-luxS</i> was obtained by digestion and gel extraction.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table6-1-1">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T-<i>C2-luxS</i></td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>9&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-4" id="table6-1-1">
 
                                <caption>40&mu;L digestion  system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 
                                    <td>4&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>BamH &#8544;</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>T-<i>C2-luxS</i></td>
 
                                    <td>25&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>9&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 40 min</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment6-2">
 
                         <div id="fragment6-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Ligated the <i>C2-luxS</i> to linearized plasmid pWH1520, and transformed it into DH5&alpha;.
+
                                 The <i>C2-luxS</i> fragment was ligated to linearized plasmid pWH1520, and then the ligation product was transformed into DH5&alpha;.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table6-2-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pMD19 T-Simple Vector</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>C2-luxS</i></td>
 +
                                            <td>5&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>11&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-3" id="table6-2-1">
 
                                <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>T4 DNA Ligase</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pMD19 T-Simple Vector</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>C2-luxS</i></td>
 
                                    <td>5&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>11&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 16&#8451; overnight</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment6-3">
 
                         <div id="fragment6-3">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Extracted the plasmid pWH-<i>C2-luxS</i> from DH5&alpha;. To prevent the plasmid from DAM&DCM methylation, we transformed it into <i>E.coli</i> JM110.
+
                                 The plasmid pWH-<i>C2-luxS</i> was extracted from DH5&alpha;. To prevent the plasmid from DAM&DCM methylation, we transformed it into <i>E.coli</i> JM110.
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment6-4">
 
                         <div id="fragment6-4">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Extracted the plasmid pWH-<i>C2-luxS</i> from JM110,and dealt with it by BamH &#8544; methylase.
+
                                 The plasmid pWH-<i>C2-luxS</i> was extracted from JM110,and then it was treated with BamH &#8544; methylase.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-5" id="table6-4-1">
 +
                                        <caption>100&mu;L methylation  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; BamH &#8544; methyltransferase Buffer</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544; methyltransferase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>S-adenosylmethionine</td>
 +
                                            <td>0.5&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH-<i>C2-luxS</i></td>
 +
                                            <td>80&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>8.5&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>100&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 1 hour</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-5" id="table6-4-1">
 
                                <caption>100&mu;L methylation  system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; BamH &#8544; methyltransferase Buffer</td>
 
                                    <td>10&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>BamH &#8544; methyltransferase</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>S-adenosylmethionine</td>
 
                                    <td>0.5&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH-<i>C2-luxS</i></td>
 
                                    <td>80&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>8.5&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>100&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 1 hour</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment6-5">
 
                         <div id="fragment6-5">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Transformed the plasmid into GR286 by electroporation.[Failed]
+
                                 The plasmid was transformed into GR286 by electroporation.[Failed]
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e0/T--NKU_China--notebook-6-13-1.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by colony PCR</span></div>
 +
                                        (No.1 is positive control, No.2-6 are experimental groups. The result showed that we failed to transformed the plasmid pWH-<i>C2-luxS</i> into GR286)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e0/T--NKU_China--notebook-6-13-1.png" width="347" height="284">
 
                                <figcaption>
 
                                    Selecting positive clones by colony PCR<br>
 
                                    (No.1 is positive control, No.2-6 are experimental groups.<br>
 
                                    The result showed that we failed to transformed the plasmid pWH-<i>C2-luxS</i> into GR286)
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 1,663: Line 1,759:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week7">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week7">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week7 (Jun 27&ndash;Jul 03)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week7 (Jun 27&ndash;Jul 03)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs7">
 
                     <div class="tabs" id="tabs7">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment7-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment7-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment7-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment7-2">&#10113;</a></li>
                             <li><a href="#fragment7-3">&#10114;</a></li>      
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment7-3">&#10114;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment7-1">
 
                         <div id="fragment7-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 This week, we tried to use different voltages to transform the plasmid. Sadly, all of these tries got bad results.
+
                                 This week, we tried to use different voltages to transform the plasmid. Sadly, all of these attempts rendered negative results.
 
                             </div>
 
                             </div>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment7-2">
 
                         <div id="fragment7-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 We considered whether the <i>luxS</i> gene is a little toxic for GR286, and the bacteria tends to refuse the gene when we added a strong promoter in front of it. So, we planned to use induced expression to reconstruction our expression vector.
+
                                 We considered whether the <i>luxS</i> gene is toxic for GR286, and the bacteria tends to reject the gene when a strong promoter is inserted upstream of it. So, we planned to use inducible promoter to reconstruct our expression vector.
 
                             </div>
 
                             </div>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment7-3">
 
                         <div id="fragment7-3">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 The plasmid pWH1520 contains the strong <i>xylA</i> promoter originating, and transcription from this promoter is xylose inducible. So, the gene of interest carries its own ribosome binding sequence (RBS) and translation initiation codon. Based on these points, we redesigned primers.
+
                                 The plasmid pWH1520 contains a strong <i>xylA</i> promoter originating from <i>Bacillus megaterium</i>, and transcription initiated by this promoter is xylose-inducible. Also, the gene of interest carries its own ribosome binding sequence (RBS) and translation initiation codon. Based on these points, we redesigned primers.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/eb/T--NKU_China--notebook-6-13-2.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/eb/T--NKU_China--notebook-6-13-2.png" width="654" height="652">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 1,699: Line 1,795:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week8">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week8">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week8 (Jul 04&ndash;Jul 10)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week8 (Jul 04&ndash;Jul 10)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs8">
 
                     <div class="tabs" id="tabs8">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment8-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment8-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment8-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment8-2">&#10113;</a></li>
                             <li><a href="#fragment8-3">&#10114;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment8-3">&#10114;</a></li>
                             <li><a href="#fragment8-4">&#10115;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment8-4">&#10115;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment8-1">
 
                         <div id="fragment8-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 We cloned <i>luxS</i> gene from GR286 using our new primers.
+
                                 <i>luxS</i> gene was cloned from GR286 using our new primers.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table8-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>YD-luxS-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>YD-luxS-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table8-1-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>40 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/3a/T--NKU_China--notebook-6-13-3.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of gene <i>luxS</i></span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-1" id="table8-1-1">
 
                                <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 
                                    <td>25&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>YD-luxS-F</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>YD-luxS-R</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Bacterium solution</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>19&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>50&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-2" id="table8-1-2">
 
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>58&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td>30 cycles</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>40 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>16&#8451;</td>
 
                                    <td>&infin;</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/3a/T--NKU_China--notebook-6-13-3.png" width="200" height="348">
 
                                <figcaption>
 
                                    Cloning <i>luxS</i> gene by PCR
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment8-2">
 
                         <div id="fragment8-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Purified the <i>luxS</i> fragment by gel extraction, and ligated it into linearized pWH1520. Then, transformed the vector into DH5&alpha;.
+
                                 The <i>luxS</i> fragment was purified by gel extraction, and ligated into linearized pWH1520. Then the vector was transformed into DH5&alpha;.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table8-2-1">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH1520</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>9&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table8-2-2">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>linearized pWH1520</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i></td>
 +
                                            <td>3&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>13&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-4" id="table8-2-1">
 
                                <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 
                                    <td>4&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>BamH &#8544;</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH1520</td>
 
                                    <td>25&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>9&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>40&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 40 min</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-3" id="table8-2-2">
 
                                <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>T4 DNA Ligase</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>linearized pWH1520</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>luxS</i></td>
 
                                    <td>3&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>13&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 16&#8451; overnight</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment8-3">
 
                         <div id="fragment8-3">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Selected the positive clones by colony PCR.
+
                                 Positive clones were selected by colony PCR.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table8-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table8-3-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>40 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/4/49/T--NKU_China--notebook-6-13-4.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by colony PCR</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-1" id="table8-3-1">
 
                                <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 
                                    <td>10&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH-F</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH-R</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Bacterium solution</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>7&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <table class="table-theme-2" id="table8-3-2">
 
                                <caption>PCR reaction condition</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>94&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>58&#8451;</td>
 
                                    <td>30 sec</td>
 
                                    <td>30 cycles</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>40 sec</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>72&#8451;</td>
 
                                    <td>10 min</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>16&#8451;</td>
 
                                    <td>&infin;</td>
 
                                    <td></td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/4/49/T--NKU_China--notebook-6-13-4.png" width="347" height="284">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment8-4">
 
                         <div id="fragment8-4">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 We chose 4 positive strains to culture overnight and extracted the plasmid. After restriction enzyme digestion verification, we sent them to sequencing.
+
                                 4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table8-4-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH-<i>luxs</i></td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/35/T--NKU_China--notebook-6-13-5.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                        (No.1 are linearized pWH1520, No.2 are <i>luxS</i> fragments.)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-4" id="table8-4-1">
 
                                <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>BamH &#8544;</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH-<i>luxs</i></td>
 
                                    <td>10&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>7&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 40 min</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/35/T--NKU_China--notebook-6-13-5.png" width="347" height="284">
 
                                <figcaption>
 
                                    Restriction enzyme digestion verification<br>
 
                                    (No.1 are linearized pWH1520, No.2 are <i>luxS</i> fragments.)
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
  
Line 1,955: Line 2,076:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week9">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week9">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week9 (Jul 11&ndash;Jul 17)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week9 (Jul 11&ndash;Jul 17)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs9">
 
                     <div class="tabs" id="tabs9">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment9-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment9-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment9-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment9-2">&#10113;</a></li>
                             <li><a href="#fragment9-3">&#10114;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment9-3">&#10114;</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment9-4">end</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment9-1">
 
                         <div id="fragment9-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 The sequencing result showed there&#39;s three correct strains. So we can choose a correct strain for the following experiment. We extracted the correct plasmid pWH-<i>luxS</i> from DH5&alpha;. To prevent the plasmid from DAM&DCM methylation, we transformed it into E.coli JM110.
+
                                 The sequencing result showed there&#39;s three positive strains. So one positive strain was chosen to be used for the following experiments. The pWH-<i>luxS</i> plasmid was extracted from the chosen strain. To prevent the plasmid from DAM&DCM methylation, we transformed it into E.coli JM110.
 
                             </div>
 
                             </div>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment9-2">
 
                         <div id="fragment9-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Extracted the plasmid pWH -<i>luxS</i> from JM110,and dealt with it by BamH &#8544; methylase.
+
                                 the plasmid pWH-<i>luxS</i> was extracted from JM110,and it was treated withBamH &#8544; methylase.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-5" id="table6-4-1">
 +
                                        <caption>100&mu;L methylation  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; BamH &#8544; methyltransferase Buffer</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544; methyltransferase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>S-adenosylmethionine</td>
 +
                                            <td>0.5&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH-<i>C2-luxS</i></td>
 +
                                            <td>80&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>8.5&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>100&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 1 hour</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-5" id="table6-4-1">
 
                                <caption>100&mu;L methylation  system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; BamH &#8544; methyltransferase Buffer</td>
 
                                    <td>10&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>BamH &#8544; methyltransferase</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>S-adenosylmethionine</td>
 
                                    <td>0.5&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH-<i>C2-luxS</i></td>
 
                                    <td>80&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>8.5&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>100&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 37&#8451; for 1 hour</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment9-3">
 
                         <div id="fragment9-3">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Transformed the plasmid into GR286 by electroporation, and selected positive clones.
+
                                 The plasmid was transformed into GR286 by electroporation, and positive clones were selected.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/aa/T--NKU_China--notebook-6-13-6.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by colony PCR</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment9-4">
 +
                            <div class="p">
 +
                                The construction of supplier was accomplished!
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/aa/T--NKU_China--notebook-6-13-6.png" width="347" height="284">
 
                                <figcaption>
 
                                    Selecting positive clones by colony PCR
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
                    </div>
 
                    <div class="p">
 
                        The construction of supplier was complished!
 
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 2,024: Line 2,153:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week10">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week10">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week10 (Jul 18&ndash;Jul 24)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week10 (Jul 18&ndash;Jul 24)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs10">
 
                     <div class="tabs" id="tabs10">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment10-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment10-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment10-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment10-2">&#10113;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment10-1">
 
                         <div id="fragment10-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Our synthetic <i>lsrACDB</i> gene came back. We first used restriction-ligation method to ligate <i>lsrACDB</i> to plasmid pWH1520, but we failed to select positive after several tries.
+
                                 We have received the product of synthetic <i>lsrACDB</i> gene. We first used restriction-ligation method to ligate <i>lsrACDB</i> to plasmid pWH1520, but we failed to select positive after several tries.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table10-1-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>linearized pWH1520</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i></td>
 +
                                            <td>3&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>13&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-3" id="table10-1-1">
 
                                <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 
                                    <td>2&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>T4 DNA Ligase</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>linearized pWH1520</td>
 
                                    <td>1&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td><i>lsrACDB</i></td>
 
                                    <td>3&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>ddH2O</td>
 
                                    <td>13&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>Total</td>
 
                                    <td>20&mu;L</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td colspan="2">Reaction condition: 16&#8451; overnight</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment10-2">
 
                         <div id="fragment10-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Considering the <i>lsrACDB</i> gene is a large fragment (4500bp), we used ClonExpress technique cloning the gene again to improve the efficiency of ligation. We divided the <i>lsrACDB</i> sequence into two parts and cloned them separately. Then we ligated the two segments to the plasmid pWH1520 and transformed it into DH5&alpha;. After that, we used PCR to select the positive clones. However, we didn&#39;t get a good result.
+
                                 Considering that the <i>lsrACDB</i> gene is a large fragment (4500bp), we used ClonExpress technique to clone the gene again to improve the efficiency of ligation. The <i>lsrACDB</i> sequence was divided into two parts and they were cloned separately. Then the two segments were ligated to the plasmid pWH1520 and the recombinant vector was transformed into DH5&alpha;. After that, verification PCR was used to select the positive clones. However, we didn&#39;t get a good result.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/17/T--NKU_China--notebook-6-13-7.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by colony PCR</span></div>
 +
                                        (No.6 is positive control, No.1-5 are experimental groups)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/17/T--NKU_China--notebook-6-13-7.png" width="285" height="207">
 
                                <figcaption>
 
                                    Selecting positive clones by colony PCR<br>
 
                                    (No.6 is positive control, No.1-5 are experimental groups)
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 2,084: Line 2,219:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week11">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week11">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week11 (Jul 25&ndash;Jul 31)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week11 (Jul 25&ndash;Jul 31)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
                     <div class="p">
+
                     <div class="tabs" id="tabs10">
                         We learnt a new method called circular polymerase extension cloning (CPEC) for high-throughput cloning of complex and combinatorial DNA libraries, and we decided to use this method to try ligating our <i>lsrACDB</i> gene. It&#39;s encouraging that we succeeded to ligate the <i>lsrACDB</i> gene to the plasmid pHT-01.
+
                         <ul>
 +
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment11-1">&#10112;</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                        <div id="fragment11-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                We learnt a new method called circular polymerase extension cloning (CPEC) for high-throughput cloning of complex and combinatorial DNA libraries, and we decided to use this method to try to ligate our <i>lsrACDB</i> gene. It&#39;s encouraging that we succeeded to ligate the <i>lsrACDB</i> gene to the plasmid pHT-01.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c2/T--NKU_China--notebook-6-13-8.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by colony PCR</span></div>
 +
                                        (No.3-6 are positive clones)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--NKU_China--notebook-6-13-9.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                        (No.2&amp;3 are positive results.)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
                    <figure>
 
                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c2/T--NKU_China--notebook-6-13-8.png" width="396" height="322">
 
                        <figcaption>
 
                            Selecting positive clones by colony PCR<br>
 
                            (No.3-6 are positive clones)
 
                        </figcaption>
 
                    </figure>
 
                    <figure>
 
                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--NKU_China--notebook-6-13-9.png" width="319" height="409">
 
                        <figcaption>
 
                            Restriction enzyme digestion verification<br>
 
                            (No.2&amp;3 are positive results.)
 
                        </figcaption>
 
                    </figure>
 
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
 
             <div class="accordion-fragment" id="week12">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week12">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week12 (Aug 1&ndash;Aug 7)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week12 (Aug 1&ndash;Aug 7)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs12">
 
                     <div class="tabs" id="tabs12">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment12-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment12-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment12-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment12-2">&#10113;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
 
                         <div id="fragment12-1">
 
                         <div id="fragment12-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Since we have constructed "supplier" and part of "consumer", we decided to measure the growth curve to explore the function of our "controller".
+
                                 Since we have already successfully constructed "supplier" and part of "consumer", we decided to measure the growth curve to explore the function of our "controller".
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-6" id="table12-1-1">
 +
                                        <caption>Groups divided in this experiment</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>GR286</td>
 +
                                            <td>wild strain as control group</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>GR286&Delta;<i>luxS</i></td>
 +
                                            <td>GR286 without <i>luxS</i> gene</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH-<i>luxS</i></td>
 +
                                            <td><i>luxS</i> overexpression plasmid in GR286; without induced by xylose</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH-<i>luxS</i> &plus; xyl</td>
 +
                                            <td><i>luxS</i> overexpression plasmid in GR286; induced by xylose</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pWH1520</td>
 +
                                            <td>empty plasmid in GR286 as control group</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pHT-<i>lsrACDB</i></td>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i> overexpression plasmid in GR286&Delta;<i>luxS</i></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pHT-01</td>
 +
                                            <td>empty plasmid in GR286&Delta;<i>luxS</i> as control group</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/ad/T--NKU_China--notebook-6-13-10.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>OD<sub>600</sub> of different groups at specific times</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/0/00/T--NKU_China--notebook-6-13-11.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Growth curve of GR286 and GR286&Delta;<i>luxS</i></span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/a9/T--NKU_China--notebook-6-13-12.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Growth curve of pWH-<i>luxS</i>, pWH-<i>luxS</i> &plus; xyl and pWH1520</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/6b/T--NKU_China--notebook-6-13-13.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Growth curve of pHT-<i>lsrACDB</i> and pHT-01</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <table class="table-theme-6" id="table12-1-1">
 
                                <caption>Groups divided in this experiment</caption>
 
                                <tr>
 
                                    <td>GR286</td>
 
                                    <td>wild strain as control group</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>GR286&Delta;<i>luxS</i></td>
 
                                    <td>GR286 without <i>luxS</i> gene</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH-<i>luxS</i></td>
 
                                    <td><i>luxS</i> overexpression plasmid in GR286; without induced by xylose</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH-<i>luxS</i> + xyl</td>
 
                                    <td><i>luxS</i> overexpression plasmid in GR286; induced by xylose</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pWH1520</td>
 
                                    <td>empty plasmid in GR286 as control group</td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pHT-<i>lsrACDB</i></td>
 
                                    <td><i>lsrACDB</i> overexpression plasmid in GR286&Delta;<i>luxS</i></td>
 
                                </tr>
 
                                <tr>
 
                                    <td>pHT-01</td>
 
                                    <td>empty plasmid in GR286&Delta;<i>luxS</i> as control group</td>
 
                                </tr>
 
                            </table>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/ad/T--NKU_China--notebook-6-13-10.png" width="779" height="298">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/0/00/T--NKU_China--notebook-6-13-11.png" width="596" height="359">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/a9/T--NKU_China--notebook-6-13-12.png" width="584" height="349">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/6b/T--NKU_China--notebook-6-13-13.png" width="579" height="354">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <div id="fragment12-2">
 
                         <div id="fragment12-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 Cultured media of our supplier was tested for the presence of AI-2 by inducing luminescence in <i>Vibrio harveyi</i> reporter strain BB170.
+
                                 Cultured media of our supplier was tested for the presence of AI-2 by inducing luminescence of <i>Vibrio harveyi</i> reporter strain BB170.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/a4/T--NKU_China--notebook-6-13-14.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Fluorescence intensity of different groups at specific times</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c5/T--NKU_China--notebook-6-13-15.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Relative fluorescence intensity of different groups</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/a4/T--NKU_China--notebook-6-13-14.png" width="485" height="341">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c5/T--NKU_China--notebook-6-13-15.png" width="608" height="72">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 2,192: Line 2,348:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week13">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week13">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week13 (Aug 8&ndash;Aug 14)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week13 (Aug 8&ndash;Aug 14)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
 
                     <div class="tabs" id="tabs12">
 
                     <div class="tabs" id="tabs12">
 
                         <ul>
 
                         <ul>
                             <li><a href="#fragment12-1">&#10112;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment13-1">&#10112;</a></li>
                             <li><a href="#fragment12-2">&#10113;</a></li>
+
                             <li><a class="circle-number" href="#fragment13-2">&#10113;</a></li>
 
                         </ul>
 
                         </ul>
                         <div id="fragment12-1">
+
                         <div id="fragment13-1">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 For our consumer, we should also clone the <i>lsrK</i> and <i>lsrFG</i> gene for phosphorylating and degrading AI-2. We used ClonExpress technique cloning the two genes and ligated them to plasmid pHT-01 successfully.
+
                                 For our consumer, we should also overexpress the <i>lsrK</i> and <i>lsrFG</i> gene for phosphorylating and degrading phosphorylated AI-2. We used ClonExpress technique to clone the two genes and ligate them to plasmid pHT-01 successfully.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c5/T--NKU_China--notebook-6-13-16.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                        (No.1&3&4 are positive results. )
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c5/T--NKU_China--notebook-6-13-16.png" width="429" height="320">
 
                                <figcaption>
 
                                    Restriction enzyme digestion verification<br>
 
                                    (No.1&3&4 are positive results. )
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
                         <div id="fragment12-2">
+
                         <div id="fragment13-2">
 
                             <div class="p">
 
                             <div class="p">
                                 We cocultured the supplier with BB170 and tested the fluoresent intensity to explore the function of supplier. (negative result)
+
                                 We co-cultured the supplier with BB170 and tested the fluorescence intensity to explore the function of supplier. (negative result)
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/f/f1/T--NKU_China--notebook-6-13-17.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Fluorescence intensity of BB170 and co-culture medium</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 
                             </div>
 
                             </div>
                            <figure>
 
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/f/f1/T--NKU_China--notebook-6-13-17.png" width="424" height="272">
 
                                <figcaption>
 
                                </figcaption>
 
                            </figure>
 
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 2,227: Line 2,388:
 
             <div class="accordion-fragment" id="week14">
 
             <div class="accordion-fragment" id="week14">
 
                 <div class="accordion-header">
 
                 <div class="accordion-header">
                     <h2><span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week14 (Aug 15&ndash;Aug 21)</h2>
+
                     <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week14 (Aug 15&ndash;Aug 21)
 
                 </div>
 
                 </div>
 
                 <div class="accordion-content">
 
                 <div class="accordion-content">
                      
+
                     <div class="tabs" id="tabs14">
 +
                        <ul>
 +
                            <li><a href="#fragment14">begin</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment14-0">outline</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment14-1-1">1.1</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment14-1-2">1.2</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment14-1-3">1.3</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                        <div id="fragment14">
 +
                            <div class="p">Since the controller we constructed with GR286 did not demonstrate positive results, we decided to substitute GR286 with <i>Escherichia coli</i> whose AI-2 metabolic pathway had been elucidated as the chassis of our controller.</div>
 +
                            <ul>
 +
                                <li>
 +
                                    The strains to be constructed are shown in the tables below.
 +
                                    <div class="flex-container">
 +
                                        <div class="table-wrapper">
 +
                                            <table class="table-theme-0" style="font-weight:bold">
 +
                                                <caption>AI-2 supplier</caption>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                    <td>LuxS</td>
 +
                                                    <td>Mtn</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pTrcHisB</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pLuxS</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pLuxS-Mtn</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </table>
 +
                                        </div>
 +
                                        <div class="table-wrapper">
 +
                                            <table class="table-theme-0" style="font-weight:bold">
 +
                                                <caption>AI-2 consumer</caption>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                    <td>LsrACDB</td>
 +
                                                    <td>LsrK</td>
 +
                                                    <td>LsrFG</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pTrcHisB</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pLsrACDB</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pLsrFG</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pLsrK</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pLsrACDBFG</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pLsrACDBK</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                    <td>Constitutive</td>
 +
                                                    <td style="font-weight:normal">Native</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>plsrACDBFGK</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                    <td>Constitutive</td>
 +
                                                    <td>Induced</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </table>
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>
 +
                                </li>
 +
                                <li>
 +
                                    The sequences of <i>lsrACDB</i>, <i>lsrFG</i>, <i>lsrK</i>, <i>luxS</i>, <i>mtn</i> gene in <i>E.coli K12</i> were searched in NCBI, and primers were designed according to the gene sequences. The primers used in the construction of AI-2 controller are shown in the table below.
 +
                                    <div class="flex-container">
 +
                                        <div class="table-wrapper">
 +
                                            <table class="table-theme-0" style="word-break:break-all">
 +
                                                <caption>Primers used in the construction of AI-2 controller</caption>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td style="min-width:7.5rem">Primer name</td>
 +
                                                    <td>Sequence</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDBFG</i>1-F</td>
 +
                                                    <td>CGACGATGACGATAAGGATCCATGCAAACGAGTGATACCCGC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDBFG</i>1-R</td>
 +
                                                    <td>TGTTTGGCGTTTCCGGCAGCGGTGCGGAGAGC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDBFG</i>2-F</td>
 +
                                                    <td>TGTTTGGCGTTTCCGCGATTG</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDBFG</i>2-R</td>
 +
                                                    <td>GCACTCTCACACCACGTTGCATGGCGCGTTTC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDBFG</i>3-F</td>
 +
                                                    <td>GTGGTGTGAGAGTGCTGAC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDBFG</i>3-R</td>
 +
                                                    <td>ACCAGCTGCAGATCTCGAGCTCGTCACGGCATCAACCCATTGAAC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDB</i>1-F</td>
 +
                                                    <td>CGACGATGACGATAAGGATCCATGCAAACGAGTGATACCCGC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDB</i>1-R</td>
 +
                                                    <td>ACCGGAACCGCCGAGCAAACTAATGCCGCCCAGCAC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDB</i>2-F</td>
 +
                                                    <td>CTCGGCGGTTCCGGTGCGAT</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrACDB</i>2-R</td>
 +
                                                    <td>ACCAGCTGCAGATCTCGAGCTCGTCAGAAATCGTATTTGCCG</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>luxS</i>-F</td>
 +
                                                    <td>ATGACGATAAGGATCCGAGCTCGATGCCGTTGTTAGATAGCTTC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>luxS</i>-R</td>
 +
                                                    <td>GGACTCCCCCGGGGGACTAAATGTGCAGTTCCTGCAACTTC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>mtn</i>-F</td>
 +
                                                    <td>TCCCCCGGGGGAGTCCTCTCCCGCGTGAGAAATAC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>mtn</i>-R</td>
 +
                                                    <td>TATGGTACCAGCTGCAGATCTCTTAGCCATGTGCAAGTTTCTG</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>luxS</i>-Fd</td>
 +
                                                    <td>GGAATTCCCTAAATGTGCAGTTCCTGCAACTTC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>luxS</i>-Rv</td>
 +
                                                    <td>GGGGTACCCCATGCCGTTGTTAGATAGCTTCACAG</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrK</i>-Fd</td>
 +
                                                    <td>GGGGTACCCCATGGCTCGACTCTTTACC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrK</i>-Rv</td>
 +
                                                    <td>GGAATTCCCTATAACCCAGGCGCTTTCC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrFG</i>-Fd</td>
 +
                                                    <td>CGGGATCCCGATGGCAGATTTAGACGATATTAAAGATGG</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrFG</i>-Rv</td>
 +
                                                    <td>GAAGATCTTCTCACGGCATCAACCCATTGAAC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrK</i>-F</td>
 +
                                                    <td>AACTGCAGAACCAATGCATTGGTTTACGGCTAGCTCAGTCCTAGGTATAGTGCTAGCAAAGAGGAGAAAATGGCTCGACTCTTTACC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td><i>lsrK</i>-R</td>
 +
                                                    <td>TTCGAACTATAACCCAGGCGCTTTCC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>BK-JC-F</td>
 +
                                                    <td>TTTCAGTGTATGTCGCGGATGC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>GK-JC-F</td>
 +
                                                    <td>TTGCGCTTCGATGTCTTACAGG</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pTrc-JC-F</td>
 +
                                                    <td>TGGGCACTCGACCGGAATTATC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>pTrc-JC-R</td>
 +
                                                    <td>GCTACTGCCGCCAGGCAAATTC</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </table>
 +
 
 +
                                        </div>
 +
                                    </div>                           
 +
                                </li>
 +
                            </ul>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment14-0">
 +
                            <ol>
 +
                                <li>Construction of pLuxS-Mtn</li>
 +
                            </ol>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment14-1-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                <i>luxS</i> gene was cloned from <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table14-1-1-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table14-1-1-1-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>63<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/f/f7/T--NKU_China--notebook-14-17-01.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of gene <i>luxS</i></span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table14-1-1-1-3">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>mtn</i>-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>mtn</i>-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table14-1-1-1-4">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>63<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>45 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/66/T--NKU_China--notebook-14-17-02.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of gene <i>mtn</i></span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment14-1-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                ClonExpress technique was used to ligate <i>luxS</i> and <i>mtn</i> genes to plasmid pTrcHisB. The recombinant vector pTrc-<i>luxS</i>-<i>mtn</i> was transformed into <i>E.coli K12</i>. After that, verification PCR was performed to select the positive clones.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table14-1-1-2-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table14-1-1-2-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>1 min 30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e4/T--NKU_China--notebook-14-17-03.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                        (NO.3&amp;5&amp;8 are positive results)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment14-1-3">
 +
                            <div class="p">
 +
                                3 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table14-1-3-1-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Sac &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bgl &#8545;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>luxS</i>-<i>mtn</i></td>
 +
                                            <td>6&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/83/T--NKU_China--notebook-14-17-04.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                        (No.1 are linearized pTrcHisB, No.2 are <i>luxS</i>-<i>mtn</i> fragment. )
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="accordion-fragment" id="week15">
 +
                <div class="accordion-header">
 +
                    <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week15 (Aug 22&ndash;Aug 28)
 +
                </div>
 +
                <div class="accordion-content">
 +
                    <div class="tabs" id="tabs15">
 +
                        <ul>
 +
                            <li><a href="#fragment15-0">outline</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-1-1">1.1</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-1-2">1.2</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-1-3">1.3</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-1-4">1.4</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-2-1">2.1</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-2-2">2.2</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-2-3">2.3</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-3-1">3.1</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-3-2">3.2</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment15-3-3">3.3</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                        <div id="fragment15-0">
 +
                            <ol>
 +
                                <li>Construction of pLuxS</li>
 +
                                <li>Construction of pLsrACDB</li>
 +
                                <li>Construction of pLsrACDBFG</li>
 +
                            </ol>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-1-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                <i>luxS</i> gene was cloned from <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table15-1-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-Fd</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i>-Rv</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table15-1-1-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>60<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/bc/T--NKU_China--notebook-14-17-05.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of gene <i>luxS</i></span></div>
 +
                                        </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-1-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                The <i>luxS</i> gene was purified by gel extraction. Then, both the <i>luxS</i> segment and pTrcHisB vector were treated with restriction enzyme. After that, <i>luxS</i> gene was ligated to linearized pTrcHisB, and the ligation product was transformed into <i>E.coli K12</i>.                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="table-wrapper">
 +
                                        <table class="table-theme-4" id="table15-1-2-1">
 +
                                            <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                                <td>4&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>Kpn &#8544;</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>EcoR &#8544;</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td><i>luxS</i></td>
 +
                                                <td>25&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>ddH2O</td>
 +
                                                <td>7&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>Total</td>
 +
                                                <td>40&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="table-wrapper">
 +
                                        <table class="table-theme-4" id="table15-1-2-2">
 +
                                            <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                                <td>4&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>Kpn &#8544;</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>EcoR &#8544;</td>
 +
                                                <td>2&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>pTrcHisB</td>
 +
                                                <td>20&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>ddH2O</td>
 +
                                                <td>12&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>Total</td>
 +
                                                <td>40&mu;L</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table15-1-2-3">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>linearized pTrcHisB</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxS</i></td>
 +
                                            <td>3&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>13&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-1-3">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Verification PCR was performed to select the positive clones.                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table15-1-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table15-1-3-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>50 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/65/T--NKU_China--notebook-14-17-06.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-1-4">
 +
                            <div class="p">
 +
                                One positive strain was chosen to be cultured overnight and plasmid was extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clone was sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table15-1-4-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Kpn &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>EcoR &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>luxS</i></td>
 +
                                            <td>6&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ca/T--NKU_China--notebook-14-17-07.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                        (No.1 is linearized pTrcHisB &plus; <i>luxS</i>, No.2 is plasmid pTrc-<i>luxS</i>. )
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-2-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                The <i>lsrACDBFG</i> sequence was divided into three parts and they were cloned separately. Then the three segments were ligated to the linearized pTrcHisB by ClonExpress technique, and the recombinant vector was transformed into DH5&alpha;.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table15-2-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i>1-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i>1-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table15-2-1-2">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i>2-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDB</i>2-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table15-2-1-3">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>60<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>2 min 20 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b6/T--NKU_China--notebook-14-17-08.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of segment <i>lsrACDB1</i>,<i>lsrACDB1</i>2</span></div>
 +
                                       
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-2-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Verification PCR was performed to select the positive clones.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e1/T--NKU_China--notebook-14-17-09.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-2-3">
 +
                            <div class="p">
 +
                                4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table15-2-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Sac &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>lsrACDB</i></td>
 +
                                            <td>6&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/5/5d/T--NKU_China--notebook-14-17-10.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-3-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                The <i>lsrACDBFG</i> sequence was divided into three parts and they were cloned separately. Then the three segments were ligated to the linearized pTrcHisB by ClonExpress technique, and the recombinant vector was transformed into DH5&alpha;.
 +
                            </div>                           
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table15-3-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDBFG</i>1-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDBFG</i>1-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table15-3-1-2">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDBFG</i>2-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDBFG</i>2-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table15-3-1-3">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDBFG</i>3-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrACDBFG</i>3-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table15-3-1-4">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>2 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/69/T--NKU_China--notebook-14-17-11.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of segment <i>lsrACDBFG</i>1,<i>lsrACDBFG</i>2, <i>lsrACDBFG</i>3</span>
 +
                                        </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-3-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Verification PCR was performed to select the positive clones.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/97/T--NKU_China--notebook-14-17-12.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment15-3-3">
 +
                            <div class="p">
 +
                                4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table15-3-2-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Sac &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>lsrACDB</i></td>
 +
                                            <td>6&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/33/T--NKU_China--notebook-14-17-13.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                        (No.1-4 are linearized pTrcHisB &plus; <i>lsrACDBFG</i>, No.5 is plasmid pTrc-<i>lsrACDBFG</i>.)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="accordion-fragment" id="week16">
 +
                <div class="accordion-header">
 +
                    <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week16 (Aug 29&ndash;Sep 04)
 +
                </div>
 +
                <div class="accordion-content">
 +
                    <div class="tabs" id="tabs16">
 +
                        <ul>
 +
                            <li><a href="#fragment16-0">outline</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-1-1">1.1</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-1-2">1.2</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-1-3">1.3</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-1-4">1.4</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-2-1">2.1</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-2-2">2.2</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-2-3">2.3</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-2-4">2.4</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-3-1">3.1</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-3-2">3.2</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-3-3">3.3</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment16-3-4">3.4</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                        <div id="fragment16-0">
 +
                            <ol>
 +
                                <li>Construction of pLsrFG</li>
 +
                                <li>Construction of pLsrACDBK</li>
 +
                                <li>Construction of pLsrACDBFGK</li>
 +
                            </ol>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-1-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                <i>lsrFG</i> gene was cloned from <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table16-1-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrFG</i>-Fd</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrFG</i>-Rv</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table16-1-1-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>1 min 15 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/5/5c/T--NKU_China--notebook-14-17-14.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of gene <i>lsrFG</i></span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-1-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                The <i>lsrFG</i> gene was purified by gel extraction. Then, both the <i>lsrFG</i> segment and pTrcHisB vector were treated with restriction enzyme. After that, <i>lsrFG</i> gene was ligated to linearized pTrcHisB, and the ligation product was transformed into <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-1-2-1">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bgl &#8545;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrFG</i></td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-1-2-2">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bgl &#8545;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrcHisB</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>12&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table16-1-2-3">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pMD19 T-Simple Vector</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>luxSFG</i></td>
 +
                                            <td>3&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>13&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-1-3">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Verification PCR was performed to select the positive clones.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table16-1-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table16-1-3-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>1 min 30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/5/5b/T--NKU_China--notebook-14-17-15.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                        (NO. 1&amp;3 are positive results)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-1-4">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Two positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-1-4-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BamH &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bgl &#8545;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>lsrFG</i></td>
 +
                                            <td>6&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b0/T--NKU_China--notebook-14-17-16.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-2-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                <i>lsrK</i> gene was cloned from <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table16-2-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i>-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i>-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table16-2-1-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>55<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>1 min 40 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/85/T--NKU_China--notebook-14-17-17.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of gene <i>lsrK</i></span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-2-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                The <i>lsrK</i> gene was purified by gel extraction. Then, both the <i>lsrK</i> segment and pTrc-<i>lsrACDB</i> vector were treated with restriction enzyme. After that, <i>lsrK</i> gene was ligated to linearized pTrc-<i>lsrACDB</i>, and the ligation product was transformed into <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-2-2-1">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Pst &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BstB &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i></td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-2-2-2">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Pst &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BstB &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>lsrACDB</i></td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table16-2-2-3">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>linearized pTrc-<i>lsrACDB</i></td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i></td>
 +
                                            <td>3&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>13&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-2-3">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Verification PCR was performed to select the positive clones.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table16-2-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BK-JC-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table16-2-3-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>2 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/cb/T--NKU_China--notebook-14-17-18.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                        (NO. 1&amp;3 are positive results)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-2-4">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Two positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-2-4-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Pst &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BstB &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>lsrACDBK</i></td>
 +
                                            <td>6&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/5/56/T--NKU_China--notebook-14-17-19.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-3-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                <i>lsrK</i> gene was cloned from <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table16-3-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i>-F</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i>-R</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table16-3-1-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>55<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>1 min 40 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/85/T--NKU_China--notebook-14-17-17.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of gene <i>lsrK</i></span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-3-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                The <i>lsrK</i> gene was purified by gel extraction. Then, both the <i>lsrK</i> segment and pTrc-<i>lsrACDBFG</i> vector were treated with restriction enzyme. After that, <i>lsrK</i> gene was ligated to linearized pTrc-<i>lsrACDBFG</i>, and the ligation product was transformed into <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-3-2-1">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Pst &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BstB &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i></td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-3-2-2">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Pst &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BstB &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>lsrACDBFG</i></td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>12&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table16-3-2-3">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>linearized pTrc-<i>lsrACDFGB</i></td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i></td>
 +
                                            <td>3&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>13&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-3-3">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Verification PCR was performed to select the positive clones.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table16-3-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>GK-JC-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table16-3-3-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>2 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/78/T--NKU_China--notebook-14-17-20.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                        (NO.3 is positive result)
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment16-3-4">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Two positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table16-3-4-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Pst &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BstB &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>lsrACDBKFGK</i></td>
 +
                                            <td>6&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e2/T--NKU_China--notebook-14-17-21.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="accordion-fragment" id="week17">
 +
                <div class="accordion-header">
 +
                    <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week17 (Sep 05&ndash;Sep 11)
 +
                </div>
 +
                <div class="accordion-content">
 +
                    <div class="tabs" id="tabs17">
 +
                        <ul>
 +
                            <li><a href="#fragment17-0">outline</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment17-1-1">1.1</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment17-1-2">1.2</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment17-1-3">1.3</a></li>
 +
                            <li><a href="#fragment17-1-4">1.4</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                        <div id="fragment17-0">
 +
                            <ol>
 +
                                <li>Construction of pLsrK</li>
 +
                            </ol>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment17-1-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                <i>lsrK</i> gene was cloned from <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table17-1-1-1">
 +
                                        <caption>50&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>PrimeSTAR Max Premix(2&times;)</td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i>-Fd</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i>-Rv</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>E.coli K12</i></td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>19&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>50&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table17-1-2-1">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>55<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>1 min 40 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/2/24/T--NKU_China--notebook-14-17-22.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>PCR cloning product of gene <i>lsrK</i></span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment17-1-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                The <i>lsrK</i> gene was purified by gel extraction. Then, both the <i>lsrK</i> segment and pTrc-<i>lsrACDBFG</i> vector were treated with restriction enzyme. After that, <i>lsrK</i> gene was ligated to linearized pTrc-<i>lsrACDBFG</i>, and the ligation product was transformed into <i>E.coli K12</i>.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table17-1-2-1">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2 &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Kpn &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>EcoR &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i></td>
 +
                                            <td>25&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table17-1-2-2">
 +
                                        <caption>40&mu;L digestion  system &times;2 &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>4&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Pst &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>BstB &#8544;</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-HisB</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>12&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>40&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-3" id="table17-1-2-3">
 +
                                        <caption>20&mu;L ligation system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; DNA Ligase Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>T4 DNA Ligase</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>linearized pTrcHisB</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td><i>lsrK</i></td>
 +
                                            <td>3&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>13&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 16<sup>o</sup>C overnight</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment17-1-3">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Verification PCR was performed to select the positive clones.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-1" id="table17-1-3-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L PCR system &times;2</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>2&times; Taq Master Mix</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-F</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-JC-R</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Bacterium solution</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>7&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <div class="rbrace">&#125;</div>
 +
                                    <table class="table-theme-2" id="table17-1-3-2">
 +
                                        <caption>PCR reaction condition</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>94<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>58<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>30 sec</td>
 +
                                            <td>30 cycles</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>2 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>72<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>10 min</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>16<sup>o</sup>C</td>
 +
                                            <td>&infin;</td>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/30/T--NKU_China--notebook-14-17-23.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Selection of positive clones by PCR</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment17-1-4">
 +
                            <div class="p">
 +
                                4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <div class="table-wrapper">
 +
                                    <table class="table-theme-4" id="table17-1-4-1">
 +
                                        <caption>20&mu;L digestion  system</caption>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>10&times; FastDigest Buffer</td>
 +
                                            <td>2&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Kpn &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>EcoR &#8544;</td>
 +
                                            <td>1&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>pTrc-<i>lsrK</i></td>
 +
                                            <td>6&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>ddH2O</td>
 +
                                            <td>10&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>Total</td>
 +
                                            <td>20&mu;L</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td colspan="2">Reaction condition: 37<sup>o</sup>C for 40 min</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/2/22/T--NKU_China--notebook-14-17-24.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Restriction enzyme digestion verification</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="accordion-fragment" id="week18">
 +
                <div class="accordion-header">
 +
                    <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week18 (Seq 12&ndash;Seq 18)
 +
                </div>
 +
                <div class="accordion-content">
 +
                    <div class="tabs" id="tabs7">
 +
                        <ul>
 +
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment18-1">&#10112;</a></li>
 +
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment18-2">&#10113;</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                        <div id="fragment18-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                We detected the expression of several overexpressed genes at the mRNA level by RT-PCR, and obtained positive results.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/f/f8/T--NKU_China--notebook-18-20-01.png" class="white">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Relative expression of several overexpressed genes at the mRNA level</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment18-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                SDS-PAGE was performed to detect the expression of these genes at the protein level.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/d/d2/T--NKU_China--notebook-18-20-02.png" class="white">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>pTrcHisB, pLuxS, pLuxS-Mtn, pLsrACDB, pLsrACDBFG SDS-PAGE</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="accordion-fragment" id="week19">
 +
                <div class="accordion-header">
 +
                    <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week19 (Seq 19&ndash;Seq 25)
 +
                </div>
 +
                <div class="accordion-content">
 +
                    <div class="tabs" id="tabs7">
 +
                        <ul>
 +
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment19-1">&#10112;</a></li>
 +
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment19-2">&#10113;</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                        <div id="fragment19-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Cultured media of controllers were tested for the presence of AI-2 by inducing luminescence of <i>Vibrio harveyi</i> reporter strain BB170.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/4/4c/T--NKU_China--notebook-18-20-03.jpg">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Relative fluorescence intensity of suppliers at specific times</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/f/f7/T--NKU_China--notebook-18-20-04.jpg">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Relative fluorescence intensity of consumers at specific times</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment19-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                HPLC was performed to detect the production of AI-2 of the strain pLuxS.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/d/d9/T--NKU_China--notebook-18-20-05.png">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>HPLC result of AI-2 production of luxS overexpression strain and negative control</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
            <div class="accordion-fragment" id="week20">
 +
                <div class="accordion-header">
 +
                    <span class="default">&#9758;</span><span class="active">&#9759;</span>&nbsp;Week20 (Seq 26&ndash;Oct 02)
 +
                </div>
 +
                <div class="accordion-content">
 +
                    <div class="tabs" id="tabs7">
 +
                        <ul>
 +
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment20-1">&#10112;</a></li>
 +
                            <li><a class="circle-number" href="#fragment20-2">&#10113;</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                        <div id="fragment20-1">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Biofilm studies and evaluation:<br>
 +
                                pTrcHisB, pLuxS, pLuxSMtn, pLsrACDB, pLsrACDBFG, pLsrACDBK, pLsrACDBFGK were diluted to OD~0.05 and reinoculated at a total volume of 200 &mu;L at a 1:1 (v/v) ratio. IPTG (1 mM) was added at OD ~ 0.4, and biofilms were cultured for ~24 h (&plus;/&minus;30 min) at 30 <sup>o</sup>C in static conditions. After incubation, optical density was read on a plate reader at 600 nm. The supernatant was gently decanted, and each well was washed 3 times with 300 &mu;L of sterile PBS to detach loosely adhered cells. The plate was then incubated at 60 <sup>o</sup>C  with the lid off for 60 min, and afterwards, 250 &mu;L of 0.1% crystal violet was added to each well and incubated for 15 min at room temperature. Crystal violet stain was aspirated with a pipette and excess stain was washed off by gently submerging and mixing in a tray filled with distilled water until washings were free of the stain. After the microplate was airdried, the dye was resolubilized by adding 250 &mu;L of 95% ethanol, and incubated at room temperature with shaking for 30 min. The optical density of each well stained with crystal violet was measured at 540 nm.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/3/33/T--NKU_China--notebook-18-20-06.jpg">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Relative biofilm production of suppliers</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/8b/T--NKU_China--notebook-18-20-07.jpg">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>Relative biofilm production of consumers</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                        <div id="fragment20-2">
 +
                            <div class="p">
 +
                                Cultured media of controllers were tested for the presence of AI-2 by HPLC. AI-2 output and uptake profiles of controllers were drawn according to the HPLC results.
 +
                            </div>
 +
                            <div class="flex-container">
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/ed/T--NKU_China--notebook-18-20-08.jpg">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>AI-2 output profiles of suppliers</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                                <figure>
 +
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/0/04/T--NKU_China--notebook-18-20-09.jpg">
 +
                                    <figcaption>
 +
                                        <div class="p"><span>AI-2 uptake profiles of consumers</span></div>
 +
                                    </figcaption>
 +
                                </figure>
 +
                            </div>
 +
                        </div>
 +
                    </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
     </main>
+
     </div>
 
</body>
 
</body>
 
</html>
 
</html>
 +
{{NKU_China/footer}}

Latest revision as of 16:17, 19 October 2016

50μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 25μL
C2-F 2μL
C2-R 2μL
p-C2 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 15 sec 30 cycles
72oC 30 sec
72oC 10 min
16oC
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
pMD19 T-Simple Vector 1μL
C2-luxS 4μL
ddH2O 12μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
BamH Ⅰ 1μL
T-lsrACDB 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
100μL methylation system
10× BamH Ⅰ methyltransferase Buffer 10μL
BamH Ⅰ methyltransferase 1μL
S-adenosylmethionine 0.5μL
pWH-C2-luxS 80μL
ddH2O 8.5μL
Total 100μL
Reaction condition: 37oC for 1 hour
Groups divided in this experiment
GR286 wild strain as control group
GR286ΔluxS GR286 without luxS gene
pWH-luxS luxS overexpression plasmid in GR286; without induced by xylose
pWH-luxS &plus; xyl luxS overexpression plasmid in GR286; induced by xylose
pWH1520 empty plasmid in GR286 as control group
pHT-lsrACDB lsrACDB overexpression plasmid in GR286ΔluxS
pHT-01 empty plasmid in GR286ΔluxS as control group
Selection of positive clones by colony PCR
(No.1 is positive control, No.2-6 are experimental groups. The result showed that we failed to transformed the plasmid pWH-C2-luxS into GR286)
Laboratory Notes
 Week1 (May 16–May 22)
In order to make sure the efficiency of our "consumer", we should first knock out the luxS gene in our engineering bacteria GR286(a simplified strain of Bacillus amyloliquefaciens LL3). We used a markerless gene replacement method to knock out the luxS gene.
Construction of targeting vector : the upstream and downstream of luxS gene were combined by over-lapping PCR and ligated into plasmid pKSU.
pKSU-ΔluxS was transformed into GR286, and positive clones were selected.
20μL PCR system
2× Taq Master Mix 10μL
pKSU-F 1μL
pKSU-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 1 min 30 sec
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by PCR
The transformants were cultured at 42oC with chloramphenicol to select single-crossover clones.
20μL PCR system
2× Taq Master Mix 10μL
luxS-up-F 1μL
luxS-dn-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
56oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min
72oC 10 min
16oC
Selection of single-crossover clones by PCR
(No.1-4 are single-crossover strains,
No.5 is positive control.)
 Week2 (May 23–May 29)
The single-crossover strains were then cultured in LB medium and passaged every 12 hours for 4 generations.
The last generation was cultured in medium with 5-fluorouracil to select double-crossover clones. Regretfully, we didn't get the double-crossover clones.
20μL PCR system
2× Taq Master Mix 10μL
luxS-up-F 1μL
luxS-dn-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
56oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min
72oC 10 min
16oC
Selection of double-crossover clones by PCR
(No.1-5 are experimental groups, No.6 is wild GR286. The result showed that we failed to get the double-crossover clones.)
 Week3 (May 30–Jun 05)
Transformants were cultured at 42oC with chloramphenicol again and the single-crossover clones were selected successfully.
20μL PCR system
2× Taq Master Mix 10μL
luxS-up-F 1μL
luxS-dn-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
56oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min
72oC 10 min
16oC
Selection of single-crossover clones by PCR
(No.1&2&4 are single-crossover strains,No.5 is positive control. )
The single-crossover strains were then cultured in LB medium and passaged every 12 hours for 4 generations.
The last generation was cultured in medium with 5-fluorouracil to select double-crossover clones. We finally obtained our aimed strain—GR286ΔluxS.
20μL PCR system
2× Taq Master Mix 10μL
luxS-up-F 1μL
luxS-dn-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
56oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min
72oC 10 min
16oC
Selection of ΔluxS clones by PCR
(The No.4 is the aimed strain&horbar;GR286ΔluxS)
 Week4 (Jun 06–Jun 12)
The GR286ΔluxS strain was cultured and made competent for future use.
The lsrACDB gene from Bacillus thuringiensis was cloned and ligated to T-vector.
50μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 25μL
lsrACDB-F 2μL
lsrACDB-R 2μL
Bacterium solution 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
57oC 30 sec 30 cycles
72oC 4 min 30 sec
72oC 10 min
16oC
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
pMD19 T-Simple Vector 1μL
lsrACDB 3μL
ddH2O 13μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
The T-lsrACDB was transformed into DH5α and plate was coated, and then positive clones were selected.
20μL PCR system
2× Taq Master Mix 10μL
M13F 1μL
M13R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
59oC 30 sec 30 cycles
72oC 4 min 30 sec
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by PCR
(No. 3&4 are positive results)
After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were then sequenced. Unfortunately, the sequencing result showed some mutations inside the target gene.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
BamH Ⅰ 1μL
T-lsrACDB 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
(No.1 are lsrACDB fragement, No.2 are linearized T-vector.)
The gene cloning process was repeated but there were still some mutations.
We finally decided to request the gene company to synthesize the lsrACDB gene.
 Week5 (Jun 13–Jun 19)
This week, we started to construct another controller―supplier.
A strong promoter C2 was cloned from former kit and luxS gene was cloned from GR286.
50μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 25μL
C2-F 2μL
C2-R 2μL
p-C2 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 15 sec 30 cycles
72oC 30 sec
72oC 10 min
16oC
50μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 25μL
luxS-F 2μL
luxS-R 2μL
Bacterium solution 1μL
GR286 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
59oC 30 sec 30 cycles
72oC 30 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of promoter C2 and gene luxS
(NO.1&2 are C2, No.3&4 are luxS)
Two segments were fused together by fusion PCR and ligated into T-vector. After that, the vector was transformed into DH5α.
50μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 25μL
C2-F 2μL
luxS-R 2μL
C2 2μL
luxS 2μL
ddH2O 17μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
59oC 30 sec 30 cycles
72oC 40 sec
72oC 10 min
16oC
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
pMD19 T-Simple Vector 1μL
C2-luxS 4μL
ddH2O 12μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
Positive clones were selected by colony PCR.
20μL PCR system
2× Taq Master Mix 10μL
M13-F 1μL
M13-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
59oC 30 sec 30 cycles
72oC 40 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of promoter C2 and gene luxS
4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
BamH Ⅰ 1μL
T-lsrACDB 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
(No.1 are linearized T-vector, No.2 are C2-luxS fragment.)
 Week6 (Jun 20–Jun 26)
The sequencing result showed that there was a correct strain and thus it could be used for the following experiments. We obtained the correct plasmid T-C2-luxS from DH5α. Then the fragment C2-luxS was obtained by digestion and gel extraction.
40μL digestion system
10× FastDigest Buffer 4μL
BamH Ⅰ 2μL
T-C2-luxS 25μL
ddH2O 9μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
The C2-luxS fragment was ligated to linearized plasmid pWH1520, and then the ligation product was transformed into DH5α.
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
pMD19 T-Simple Vector 1μL
C2-luxS 5μL
ddH2O 11μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
The plasmid pWH-C2-luxS was extracted from DH5α. To prevent the plasmid from DAM&DCM methylation, we transformed it into E.coli JM110.
The plasmid pWH-C2-luxS was extracted from JM110,and then it was treated with BamH Ⅰ methylase.
100μL methylation system
10× BamH Ⅰ methyltransferase Buffer 10μL
BamH Ⅰ methyltransferase 1μL
S-adenosylmethionine 0.5μL
pWH-C2-luxS 80μL
ddH2O 8.5μL
Total 100μL
Reaction condition: 37oC for 1 hour
The plasmid was transformed into GR286 by electroporation.[Failed]
Selection of positive clones by colony PCR
(No.1 is positive control, No.2-6 are experimental groups. The result showed that we failed to transformed the plasmid pWH-C2-luxS into GR286)
 Week7 (Jun 27–Jul 03)
This week, we tried to use different voltages to transform the plasmid. Sadly, all of these attempts rendered negative results.
We considered whether the luxS gene is toxic for GR286, and the bacteria tends to reject the gene when a strong promoter is inserted upstream of it. So, we planned to use inducible promoter to reconstruct our expression vector.
The plasmid pWH1520 contains a strong xylA promoter originating from Bacillus megaterium, and transcription initiated by this promoter is xylose-inducible. Also, the gene of interest carries its own ribosome binding sequence (RBS) and translation initiation codon. Based on these points, we redesigned primers.
 Week8 (Jul 04–Jul 10)
luxS gene was cloned from GR286 using our new primers.
50μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 25μL
YD-luxS-F 2μL
YD-luxS-R 2μL
Bacterium solution 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 40 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of gene luxS
The luxS fragment was purified by gel extraction, and ligated into linearized pWH1520. Then the vector was transformed into DH5α.
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
BamH Ⅰ 2μL
pWH1520 25μL
ddH2O 9μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
linearized pWH1520 1μL
luxS 3μL
ddH2O 13μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
Positive clones were selected by colony PCR.
20μL PCR system
2× Taq Master Mix 10μL
pWH-F 1μL
pWH-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 40 sec
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by colony PCR
4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
BamH Ⅰ 1μL
pWH-luxs 10μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
(No.1 are linearized pWH1520, No.2 are luxS fragments.)
 Week9 (Jul 11–Jul 17)
The sequencing result showed there's three positive strains. So one positive strain was chosen to be used for the following experiments. The pWH-luxS plasmid was extracted from the chosen strain. To prevent the plasmid from DAM&DCM methylation, we transformed it into E.coli JM110.
the plasmid pWH-luxS was extracted from JM110,and it was treated withBamH Ⅰ methylase.
100μL methylation system
10× BamH Ⅰ methyltransferase Buffer 10μL
BamH Ⅰ methyltransferase 1μL
S-adenosylmethionine 0.5μL
pWH-C2-luxS 80μL
ddH2O 8.5μL
Total 100μL
Reaction condition: 37oC for 1 hour
The plasmid was transformed into GR286 by electroporation, and positive clones were selected.
Selection of positive clones by colony PCR
The construction of supplier was accomplished!
 Week10 (Jul 18–Jul 24)
We have received the product of synthetic lsrACDB gene. We first used restriction-ligation method to ligate lsrACDB to plasmid pWH1520, but we failed to select positive after several tries.
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
linearized pWH1520 1μL
lsrACDB 3μL
ddH2O 13μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
Considering that the lsrACDB gene is a large fragment (4500bp), we used ClonExpress technique to clone the gene again to improve the efficiency of ligation. The lsrACDB sequence was divided into two parts and they were cloned separately. Then the two segments were ligated to the plasmid pWH1520 and the recombinant vector was transformed into DH5α. After that, verification PCR was used to select the positive clones. However, we didn't get a good result.
Selection of positive clones by colony PCR
(No.6 is positive control, No.1-5 are experimental groups)
 Week11 (Jul 25–Jul 31)
We learnt a new method called circular polymerase extension cloning (CPEC) for high-throughput cloning of complex and combinatorial DNA libraries, and we decided to use this method to try to ligate our lsrACDB gene. It's encouraging that we succeeded to ligate the lsrACDB gene to the plasmid pHT-01.
Selection of positive clones by colony PCR
(No.3-6 are positive clones)
Restriction enzyme digestion verification
(No.2&3 are positive results.)
 Week12 (Aug 1–Aug 7)
Since we have already successfully constructed "supplier" and part of "consumer", we decided to measure the growth curve to explore the function of our "controller".
Groups divided in this experiment
GR286 wild strain as control group
GR286ΔluxS GR286 without luxS gene
pWH-luxS luxS overexpression plasmid in GR286; without induced by xylose
pWH-luxS &plus; xyl luxS overexpression plasmid in GR286; induced by xylose
pWH1520 empty plasmid in GR286 as control group
pHT-lsrACDB lsrACDB overexpression plasmid in GR286ΔluxS
pHT-01 empty plasmid in GR286ΔluxS as control group
OD600 of different groups at specific times
Growth curve of GR286 and GR286ΔluxS
Growth curve of pWH-luxS, pWH-luxS &plus; xyl and pWH1520
Growth curve of pHT-lsrACDB and pHT-01
Cultured media of our supplier was tested for the presence of AI-2 by inducing luminescence of Vibrio harveyi reporter strain BB170.
Fluorescence intensity of different groups at specific times
Relative fluorescence intensity of different groups
 Week13 (Aug 8–Aug 14)
For our consumer, we should also overexpress the lsrK and lsrFG gene for phosphorylating and degrading phosphorylated AI-2. We used ClonExpress technique to clone the two genes and ligate them to plasmid pHT-01 successfully.
Restriction enzyme digestion verification
(No.1&3&4 are positive results. )
We co-cultured the supplier with BB170 and tested the fluorescence intensity to explore the function of supplier. (negative result)
Fluorescence intensity of BB170 and co-culture medium
 Week14 (Aug 15–Aug 21)
Since the controller we constructed with GR286 did not demonstrate positive results, we decided to substitute GR286 with Escherichia coli whose AI-2 metabolic pathway had been elucidated as the chassis of our controller.
  • The strains to be constructed are shown in the tables below.
    AI-2 supplier
    LuxS Mtn
    pTrcHisB Native Native
    pLuxS Induced Native
    pLuxS-Mtn Induced Induced
    AI-2 consumer
    LsrACDB LsrK LsrFG
    pTrcHisB Native Native Native
    pLsrACDB Induced Native Native
    pLsrFG Native Native Induced
    pLsrK Native Induced Native
    pLsrACDBFG Induced Native Induced
    pLsrACDBK Induced Constitutive Native
    plsrACDBFGK Induced Constitutive Induced
  • The sequences of lsrACDB, lsrFG, lsrK, luxS, mtn gene in E.coli K12 were searched in NCBI, and primers were designed according to the gene sequences. The primers used in the construction of AI-2 controller are shown in the table below.
    Primers used in the construction of AI-2 controller
    Primer name Sequence
    lsrACDBFG1-F CGACGATGACGATAAGGATCCATGCAAACGAGTGATACCCGC
    lsrACDBFG1-R TGTTTGGCGTTTCCGGCAGCGGTGCGGAGAGC
    lsrACDBFG2-F TGTTTGGCGTTTCCGCGATTG
    lsrACDBFG2-R GCACTCTCACACCACGTTGCATGGCGCGTTTC
    lsrACDBFG3-F GTGGTGTGAGAGTGCTGAC
    lsrACDBFG3-R ACCAGCTGCAGATCTCGAGCTCGTCACGGCATCAACCCATTGAAC
    lsrACDB1-F CGACGATGACGATAAGGATCCATGCAAACGAGTGATACCCGC
    lsrACDB1-R ACCGGAACCGCCGAGCAAACTAATGCCGCCCAGCAC
    lsrACDB2-F CTCGGCGGTTCCGGTGCGAT
    lsrACDB2-R ACCAGCTGCAGATCTCGAGCTCGTCAGAAATCGTATTTGCCG
    luxS-F ATGACGATAAGGATCCGAGCTCGATGCCGTTGTTAGATAGCTTC
    luxS-R GGACTCCCCCGGGGGACTAAATGTGCAGTTCCTGCAACTTC
    mtn-F TCCCCCGGGGGAGTCCTCTCCCGCGTGAGAAATAC
    mtn-R TATGGTACCAGCTGCAGATCTCTTAGCCATGTGCAAGTTTCTG
    luxS-Fd GGAATTCCCTAAATGTGCAGTTCCTGCAACTTC
    luxS-Rv GGGGTACCCCATGCCGTTGTTAGATAGCTTCACAG
    lsrK-Fd GGGGTACCCCATGGCTCGACTCTTTACC
    lsrK-Rv GGAATTCCCTATAACCCAGGCGCTTTCC
    lsrFG-Fd CGGGATCCCGATGGCAGATTTAGACGATATTAAAGATGG
    lsrFG-Rv GAAGATCTTCTCACGGCATCAACCCATTGAAC
    lsrK-F AACTGCAGAACCAATGCATTGGTTTACGGCTAGCTCAGTCCTAGGTATAGTGCTAGCAAAGAGGAGAAAATGGCTCGACTCTTTACC
    lsrK-R TTCGAACTATAACCCAGGCGCTTTCC
    BK-JC-F TTTCAGTGTATGTCGCGGATGC
    GK-JC-F TTGCGCTTCGATGTCTTACAGG
    pTrc-JC-F TGGGCACTCGACCGGAATTATC
    pTrc-JC-R GCTACTGCCGCCAGGCAAATTC
  1. Construction of pLuxS-Mtn
luxS gene was cloned from E.coli K12.
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
luxS-F 2μL
luxS-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
63oC 30 sec 30 cycles
72oC 30 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of gene luxS
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
mtn-F 2μL
mtn-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
63oC 30sec 30 cycles
72oC 45 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of gene mtn
ClonExpress technique was used to ligate luxS and mtn genes to plasmid pTrcHisB. The recombinant vector pTrc-luxS-mtn was transformed into E.coli K12. After that, verification PCR was performed to select the positive clones.
20μL PCR system
PrimeSTAR Max Premix(2×) 10μL
pTrc-JC-F 1μL
pTrc-JC-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30sec 30 cycles
72oC 1 min 30 sec
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by PCR
(NO.3&5&8 are positive results)
3 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
Sac Ⅰ 1μL
Bgl Ⅱ 1μL
pTrc-luxS-mtn 6μL
ddH2O 10μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
(No.1 are linearized pTrcHisB, No.2 are luxS-mtn fragment. )
 Week15 (Aug 22–Aug 28)
  1. Construction of pLuxS
  2. Construction of pLsrACDB
  3. Construction of pLsrACDBFG
luxS gene was cloned from E.coli K12.
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
luxS-Fd 2μL
luxS-Rv 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
60oC 30 sec 30 cycles
72oC 30 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of gene luxS
The luxS gene was purified by gel extraction. Then, both the luxS segment and pTrcHisB vector were treated with restriction enzyme. After that, luxS gene was ligated to linearized pTrcHisB, and the ligation product was transformed into E.coli K12.
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
Kpn Ⅰ 2μL
EcoR Ⅰ 2μL
luxS 25μL
ddH2O 7μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
Kpn Ⅰ 2μL
EcoR Ⅰ 2μL
pTrcHisB 20μL
ddH2O 12μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
linearized pTrcHisB 1μL
luxS 3μL
ddH2O 13μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
Verification PCR was performed to select the positive clones.
20μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 10μL
pTrc-JC-F 1μL
pTrc-JC-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30sec 30 cycles
72oC 50 sec
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by PCR
One positive strain was chosen to be cultured overnight and plasmid was extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clone was sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
Kpn Ⅰ 1μL
EcoR Ⅰ 1μL
pTrc-luxS 6μL
ddH2O 10μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
(No.1 is linearized pTrcHisB &plus; luxS, No.2 is plasmid pTrc-luxS. )
The lsrACDBFG sequence was divided into three parts and they were cloned separately. Then the three segments were ligated to the linearized pTrcHisB by ClonExpress technique, and the recombinant vector was transformed into DH5α.
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrACDB1-F 2μL
lsrACDB1-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrACDB2-F 2μL
lsrACDB2-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
60oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min 20 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of segment lsrACDB1,lsrACDB12
Verification PCR was performed to select the positive clones.
Selection of positive clones by PCR
4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
BamH Ⅰ 1μL
Sac Ⅰ 1μL
pTrc-lsrACDB 6μL
ddH2O 10μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
The lsrACDBFG sequence was divided into three parts and they were cloned separately. Then the three segments were ligated to the linearized pTrcHisB by ClonExpress technique, and the recombinant vector was transformed into DH5α.
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrACDBFG1-F 2μL
lsrACDBFG1-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrACDBFG2-F 2μL
lsrACDBFG2-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrACDBFG3-F 2μL
lsrACDBFG3-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of segment lsrACDBFG1,lsrACDBFG2, lsrACDBFG3
Verification PCR was performed to select the positive clones.
Selection of positive clones by PCR
4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
BamH Ⅰ 1μL
Sac Ⅰ 1μL
pTrc-lsrACDB 6μL
ddH2O 10μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
(No.1-4 are linearized pTrcHisB &plus; lsrACDBFG, No.5 is plasmid pTrc-lsrACDBFG.)
 Week16 (Aug 29–Sep 04)
  1. Construction of pLsrFG
  2. Construction of pLsrACDBK
  3. Construction of pLsrACDBFGK
lsrFG gene was cloned from E.coli K12.
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrFG-Fd 2μL
lsrFG-Rv 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 1 min 15 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of gene lsrFG
The lsrFG gene was purified by gel extraction. Then, both the lsrFG segment and pTrcHisB vector were treated with restriction enzyme. After that, lsrFG gene was ligated to linearized pTrcHisB, and the ligation product was transformed into E.coli K12.
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
BamH Ⅰ 2μL
Bgl Ⅱ 2μL
lsrFG 25μL
ddH2O 7μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
BamH Ⅰ 2μL
Bgl Ⅱ 2μL
pTrcHisB 20μL
ddH2O 12μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
pMD19 T-Simple Vector 1μL
luxSFG 3μL
ddH2O 13μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
Verification PCR was performed to select the positive clones.
20μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 10μL
pTrc-JC-F 1μL
pTrc-JC-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 1 min 30 sec
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by PCR
(NO. 1&3 are positive results)
Two positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
BamH Ⅰ 1μL
Bgl Ⅱ 1μL
pTrc-lsrFG 6μL
ddH2O 10μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
lsrK gene was cloned from E.coli K12.
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrK-F 2μL
lsrK-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
55oC 30 sec 30 cycles
72oC 1 min 40 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of gene lsrK
The lsrK gene was purified by gel extraction. Then, both the lsrK segment and pTrc-lsrACDB vector were treated with restriction enzyme. After that, lsrK gene was ligated to linearized pTrc-lsrACDB, and the ligation product was transformed into E.coli K12.
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
Pst Ⅰ 2μL
BstB Ⅰ 2μL
lsrK 25μL
ddH2O 7μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
Pst Ⅰ 2μL
BstB Ⅰ 2μL
pTrc-lsrACDB 25μL
ddH2O 7μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
linearized pTrc-lsrACDB 1μL
lsrK 3μL
ddH2O 13μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
Verification PCR was performed to select the positive clones.
20μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 10μL
BK-JC-F 1μL
pTrc-JC-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by PCR
(NO. 1&3 are positive results)
Two positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
Pst Ⅰ 1μL
BstB Ⅰ 1μL
pTrc-lsrACDBK 6μL
ddH2O 10μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
lsrK gene was cloned from E.coli K12.
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrK-F 2μL
lsrK-R 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
55oC 30 sec 30 cycles
72oC 1 min 40 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of gene lsrK
The lsrK gene was purified by gel extraction. Then, both the lsrK segment and pTrc-lsrACDBFG vector were treated with restriction enzyme. After that, lsrK gene was ligated to linearized pTrc-lsrACDBFG, and the ligation product was transformed into E.coli K12.
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
Pst Ⅰ 2μL
BstB Ⅰ 2μL
lsrK 25μL
ddH2O 7μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
40μL digestion system ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
Pst Ⅰ 2μL
BstB Ⅰ 2μL
pTrc-lsrACDBFG 20μL
ddH2O 12μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
linearized pTrc-lsrACDFGB 1μL
lsrK 3μL
ddH2O 13μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
Verification PCR was performed to select the positive clones.
20μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 10μL
GK-JC-F 1μL
pTrc-JC-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by PCR
(NO.3 is positive result)
Two positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
Pst Ⅰ 1μL
BstB Ⅰ 1μL
pTrc-lsrACDBKFGK 6μL
ddH2O 10μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
 Week17 (Sep 05–Sep 11)
  1. Construction of pLsrK
lsrK gene was cloned from E.coli K12.
50μL PCR system ×2
PrimeSTAR Max Premix(2×) 25μL
lsrK-Fd 2μL
lsrK-Rv 2μL
E.coli K12 2μL
ddH2O 19μL
Total 50μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
55oC 30 sec 30 cycles
72oC 1 min 40 sec
72oC 10 min
16oC
PCR cloning product of gene lsrK
The lsrK gene was purified by gel extraction. Then, both the lsrK segment and pTrc-lsrACDBFG vector were treated with restriction enzyme. After that, lsrK gene was ligated to linearized pTrc-lsrACDBFG, and the ligation product was transformed into E.coli K12.
40μL digestion system ×2 ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
Kpn Ⅰ 2μL
EcoR Ⅰ 2μL
lsrK 25μL
ddH2O 7μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
40μL digestion system ×2 ×2
10× FastDigest Buffer 4μL
Pst Ⅰ 2μL
BstB Ⅰ 2μL
pTrc-HisB 20μL
ddH2O 12μL
Total 40μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
20μL ligation system
10× DNA Ligase Buffer 2μL
T4 DNA Ligase 1μL
linearized pTrcHisB 1μL
lsrK 3μL
ddH2O 13μL
Total 20μL
Reaction condition: 16oC overnight
Verification PCR was performed to select the positive clones.
20μL PCR system ×2
2× Taq Master Mix 10μL
pTrc-JC-F 1μL
pTrc-JC-R 1μL
Bacterium solution 1μL
ddH2O 7μL
Total 20μL
}
PCR reaction condition
94oC 10 min
94oC 30 sec
58oC 30 sec 30 cycles
72oC 2 min
72oC 10 min
16oC
Selection of positive clones by PCR
4 positive strains were chosen to be cultured overnight and plasmids were extracted. After restriction enzyme digestion verification, the positive clones were sequenced.
20μL digestion system
10× FastDigest Buffer 2μL
Kpn Ⅰ 1μL
EcoR Ⅰ 1μL
pTrc-lsrK 6μL
ddH2O 10μL
Total 20μL
Reaction condition: 37oC for 40 min
Restriction enzyme digestion verification
 Week18 (Seq 12–Seq 18)
We detected the expression of several overexpressed genes at the mRNA level by RT-PCR, and obtained positive results.
Relative expression of several overexpressed genes at the mRNA level
SDS-PAGE was performed to detect the expression of these genes at the protein level.
pTrcHisB, pLuxS, pLuxS-Mtn, pLsrACDB, pLsrACDBFG SDS-PAGE
 Week19 (Seq 19–Seq 25)
Cultured media of controllers were tested for the presence of AI-2 by inducing luminescence of Vibrio harveyi reporter strain BB170.
Relative fluorescence intensity of suppliers at specific times
Relative fluorescence intensity of consumers at specific times
HPLC was performed to detect the production of AI-2 of the strain pLuxS.
HPLC result of AI-2 production of luxS overexpression strain and negative control
 Week20 (Seq 26–Oct 02)
Biofilm studies and evaluation:
pTrcHisB, pLuxS, pLuxSMtn, pLsrACDB, pLsrACDBFG, pLsrACDBK, pLsrACDBFGK were diluted to OD~0.05 and reinoculated at a total volume of 200 μL at a 1:1 (v/v) ratio. IPTG (1 mM) was added at OD ~ 0.4, and biofilms were cultured for ~24 h (&plus;/−30 min) at 30 oC in static conditions. After incubation, optical density was read on a plate reader at 600 nm. The supernatant was gently decanted, and each well was washed 3 times with 300 μL of sterile PBS to detach loosely adhered cells. The plate was then incubated at 60 oC with the lid off for 60 min, and afterwards, 250 μL of 0.1% crystal violet was added to each well and incubated for 15 min at room temperature. Crystal violet stain was aspirated with a pipette and excess stain was washed off by gently submerging and mixing in a tray filled with distilled water until washings were free of the stain. After the microplate was airdried, the dye was resolubilized by adding 250 μL of 95% ethanol, and incubated at room temperature with shaking for 30 min. The optical density of each well stained with crystal violet was measured at 540 nm.
Relative biofilm production of suppliers
Relative biofilm production of consumers
Cultured media of controllers were tested for the presence of AI-2 by HPLC. AI-2 output and uptake profiles of controllers were drawn according to the HPLC results.
AI-2 output profiles of suppliers
AI-2 uptake profiles of consumers