Difference between revisions of "Team:Ionis Paris/Protocol 9"

 
(6 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 7: Line 7:
 
         <link href='https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans:400,600,700,600italic,400italic,700italic,300,300italic' rel='stylesheet' type='text/css'>
 
         <link href='https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans:400,600,700,600italic,400italic,700italic,300,300italic' rel='stylesheet' type='text/css'>
  
−
        <!-- Nos feuilles de style -->
+
    <!-- Nos feuilles de style -->
−
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-test?action=raw&ctype=text/css" />
+
    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css-template?action=raw&ctype=text/css" />
−
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css?action=raw&ctype=text/css" />
+
    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css?action=raw&ctype=text/css" />
 
          
 
          
 
        
 
        
Line 18: Line 18:
 
                     <div class="col-sm-12">
 
                     <div class="col-sm-12">
 
                         <div class="banner_title" >
 
                         <div class="banner_title" >
−
                             <h1>Protocol 9</h1>
+
                             <h1 id="back_to_the_top">Protocol 9</h1>
 
                              
 
                              
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 48: Line 48:
 
                                  
 
                                  
 
                                       <div class="blog_top">
 
                                       <div class="blog_top">
−
                                 <br/><p>Centrifuge the bacterial O/N mini-cultures (1 to 5 mL) at 9000 rpm for 3 min at room temperature to pellet cells. Discard the supernatant.<br/></p>
+
                                 <br/><p>
−
<p>Resuspend the pellet in 200 μL Plasmid Resuspension Buffer (B1). Vortex or pipet to ensure cells are completely resuspended. There should be no visible clumps.<br/> </p>
+
From the bacterial O/N minicultures, take 500µL that will serve to make bacteria storage at -80°C.
−
<p>Lyse cells by adding 200 μl Plasmid Lysis Buffer (B2). Invert tube immediately and gently 5–6 times until color changes to dark pink and the solution is clear and viscous. Do not vortex! Incubate for 1 min.<br/></p>
+
(See the appropriate protocol, Protocol 11 : Glycerol storage) <br/><br/>
−
<p>Neutralize the lysate by adding 400 μl of Plasmid Neutralization Buffer (B3). Gently invert tube until color is uniformly yellow and a precipitate forms. Do not vortex! Incubate for 2 min.<br/>
+
Centrifuge the remaining bacterial O/N mini-cultures (1 to 5 mL) at 13000 rpm for 1 min at room temperature to pellet cells. Discard the supernatant.<br/></p>
−
Clarify the lysate by spinning for 4 min at 13000 rpm.</p>
+
<p>Resuspend the pellet in 200μL Plasmid Resuspension Buffer (B1). Vortex or pipet to ensure cells are completely resuspended. There should be no visible clumps.<br/> </p>
 +
<p>Lyse cells by adding 200μl Plasmid Lysis Buffer (B2). Invert tube immediately and gently 5–6 times until color changes to dark pink and the solution is clear and viscous. Do not vortex! Incubate for 1 min.<br/></p>
 +
<p>Neutralize the lysate by adding 400μl of Plasmid Neutralization Buffer (B3). Gently invert tube until color is uniformly yellow and a precipitate forms. Do not vortex! Incubate for 2 min.<br/>
 +
Clarify the lysate by spinning for 5 min at 13000 rpm.</p>
 
<p>Carefully transfer supernatant to the spin column and centrifuge for 1 min. Discard flow-through.<br/></p>
 
<p>Carefully transfer supernatant to the spin column and centrifuge for 1 min. Discard flow-through.<br/></p>
−
<p>Re-insert column in the collection tube and add 200 μl of Plasmid Wash Buffer 1. Plasmid Wash Buffer 1 removes RNA, protein and endotoxin. Centrifuge for 1 min. Discard the flow-through. <br/></p>
+
<p>Re-insert column in the collection tube and add 200μl of Plasmid Wash Buffer 1. Plasmid Wash Buffer 1 removes RNA, protein and endotoxin. Centrifuge for 1 min. Discard the flow-through. <br/></p>
−
<p>Add 400 μl of Plasmid Wash Buffer 2 and centrifuge for 1 min. <br/></p>
+
<p>Add 400μl of Plasmid Wash Buffer 2 and centrifuge for 1 min. <br/></p>
 
<p>Transfer column to a clean 1.5 mL microfuge tube. Use care to ensure that the tip of the column has not come into contact with the flow-through. If there is any doubt, re-spin the column for 1 min before inserting it into the clean microfuge tube. <br/></p>
 
<p>Transfer column to a clean 1.5 mL microfuge tube. Use care to ensure that the tip of the column has not come into contact with the flow-through. If there is any doubt, re-spin the column for 1 min before inserting it into the clean microfuge tube. <br/></p>
−
<p>Add ≥ 30 μl DNA Elution Buffer to the center of the matrix. Wait for 1 min, then spin for 1 min to elute DNA.
+
<p>Add 50μl DNA Elution Buffer to the center of the matrix. Wait for 1 min, then spin for 1 min to elute DNA.
 
Store the purified DNA at -20°C</p>
 
Store the purified DNA at -20°C</p>
 
                                      
 
                                      
Line 137: Line 140:
 
                                     </li>
 
                                     </li>
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 +
</aside>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                           <h4 class="sidebar_Hd">Sources</h4>   
 
                           <h4 class="sidebar_Hd">Sources</h4>   
 
                         <p><li><a href="https://www.neb.com/protocols/2015/11/20/monarch-plasmid-dna-miniprep-kit-protocol-t1010
 
                         <p><li><a href="https://www.neb.com/protocols/2015/11/20/monarch-plasmid-dna-miniprep-kit-protocol-t1010
−
">NEB Miniprep Protocol</a></li></p>
+
"><font color="DeepPink">NEB Miniprep Protocol</font></a></li></p>
−
                         </aside>
+
                          
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 148: Line 152:
 
         <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
 
         <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
 
          
 
          
−
        <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
+
−
        <div class="footer_social">
+
  <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
−
            <div class="container-fluid">
+
    <div class="footer_social">
−
                <div class="row">
+
        <div class="container-fluid">
−
                    <ul class="ft_top clearfix">
+
            <div class="row">
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                <ul class="ft_top clearfix">
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                                <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
+
                        <a href="https://www.facebook.com/ionisigem/?fref=ts" target="_blank">
−
                            </a>
+
                            <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
−
                        </li>  
+
                        </a>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    </li>
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                                <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
+
                        <a href="https://twitter.com/igem_ionis" target="_blank">
−
                            </a>
+
                            <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
−
                        </li>  
+
                        </a>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    </li>
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                                <i class="zmdi zmdi-flickr"></i>Flickr
+
                        <a href="https://www.youtube.com/channel/UC0RyQsB5YpweSRBYQlAdZDA" target="_blank">
−
                            </a>
+
                            <i class="zmdi zmdi-youtube"></i>youtube
−
                        </li>
+
                        </a>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    </li>
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                                <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
+
                        <a href="https://www.linkedin.com/company/igem-ionis" target="_blank">
−
                            </a>
+
                            <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
−
                        </li>  
+
                        </a>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    </li>
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
 
−
                                <i class="zmdi zmdi-dribbble"></i>Dribble
+
                 </ul>
−
                            </a>
+
−
                        </li>
+
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
−
                                <i class="zmdi zmdi-vimeo"></i>Vimeo
+
−
                            </a>
+
−
                        </li>  
+
−
                    </ul>
+
−
                 </div>
+
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
        <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
+
    </div>
−
       
+
    <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
−
        <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
+
 
−
        <footer class="footer_area">
+
    <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
−
            <div class="footer_middle">
+
    <footer class="footer_area">
−
                <div class="container">
+
        <div class="footer_middle">
−
                    <div class="row">
+
            <div class="container">
−
                        <div class="col-xs-12">
+
                <div class="row">
−
                            <div class="scroll_area">
+
                    <div class="col-xs-12">
 +
                        <div class="scroll_area">
 +
                            <div class="sroll_top">
 +
                                <a href="#ancre"> <i class="zmdi zmdi-chevron-up btn waves-effect"> </i> </a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                             <div class="middle_content">
 
                             <div class="middle_content">
−
                                 <h4>More about us</h4>
+
                                 <h4>iGEM IONIS</h4>
−
                                 <p>If you’ve followed along and done the steps above, you’ve created a good starting place. You’re going to need to make sure your pages are optimized properly. This will ensure you get your page ranked high in the search engines. ou’re going to need to make sure your pages are optimized properly.
+
                                 <p> We're a group of six different schools from the IONIS Education Group. For this
−
            Read More</p>
+
                                    competition we wanted to take advantages of the multiple schools and activity field
−
                              <a href="#">Read More</a>
+
                                    given by the IONIS education group to create a solid project.</p>
 +
                                <a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Read More</a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 +
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                             <div class="footer_Widgets">
 
                             <div class="footer_Widgets">
Line 214: Line 216:
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
−
                                             <span>Location: Lorance Road 542B,5248 MT, Wordwide Country</span>
+
                                             <span>Location: 66 Rue Guy Môquet, 94800 Villejuif, France</span>
−
                                        </li>
+
−
                                        <li><i class="zmdi zmdi-phone"></i>
+
−
                                            <a href="tel:123-456-7890">Phone: 123-456-7890</a>
+
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 +
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
−
                                             <a href="mailto:contact@domain.com">email: contact@domain.com</a>
+
                                             <a href="mailto:igem.ionis@gmail.com">email: igem.ionis@gmail.com</a>
−
                                        </li>
+
−
                                        <li><i class="zmdi zmdi-globe"></i>
+
−
                                            <a href="#">www.domain.com</a>
+
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 +
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                        <div class="col-lg-3 col-md-3 col-sm-5">
+
                    <div class="col-lg-3 col-md-3 col-sm-5">
 
                             <div class="footer_Widgets">
 
                             <div class="footer_Widgets">
−
                                 <h4>Galleries</h4>
+
                                 <h4>Download the app</h4>
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
                                 <a href="https://itunes.apple.com/us/app/quantifly/id1166875690?ls=1&mt=8"
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                  target="_blank" style="target-new: tab;">
−
                                    <img src="img/gallery_1.jpg" alt="" />
+
                                    <figure class="widget_gallery">
−
                                    <figcaption>
+
                                        <div class="RXcircleEffect"></div>
−
                                         <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_1.jpg" data-gall="group_4">
+
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/8d/IONIS_IGEM_paris_logo_apple.png"
 +
                                            alt="" />
 +
                                         <figcaption>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
−
                                         </a>
+
                                         </figcaption>
−
                                     </figcaption>
+
                                     </figure>
−
                                 </figure>
+
                                 </a>
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
                                 <a href="https://play.google.com/store/apps/details?id=fr.plnech.quantifly&hl=en"
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                  target="_blank" style="target-new: tab;">
−
                                    <img src="img/gallery_2.jpg" alt="" />
+
                                    <figure class="widget_gallery">
−
                                    <figcaption>
+
                                        <div class="RXcircleEffect"></div>
−
                                         <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_2.jpg" data-gall="group_4">
+
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/65/IONIS_IGEM_paris_google_play.png"
 +
                                            alt="" />
 +
                                         <figcaption>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
−
                                         </a>
+
                                         </figcaption>
−
                                    </figcaption>
+
                                     </figure>
−
                                </figure>
+
                                 </a>
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
 
−
                                     <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                       
−
                                    <img src="img/gallery_3.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_3.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_4.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_4.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_5.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_5.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_6.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_6.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>  
 
                         </div>  
 +
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
Line 297: Line 267:
 
                             <div class="col-md-7 fix_p_l">
 
                             <div class="col-md-7 fix_p_l">
 
                                 <nav>
 
                                 <nav>
−
                                     <ul class="ft_bottom">    
+
                                     <ul class="ft_bottom">
−
                                         <li><a href="#">Home</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris">Home</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Services</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Working_at_La_Paillasse">in the Lab</a></li>
−
                                         <li><a href="#"> About </a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Measurement"> Side Projects</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Portfolio</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Parts">Results</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Blog </a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/HPintro">Human
−
                                         <li><a href="#">Contact US</a></li>
+
                                            Practice</a></li>
 +
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Team</a></li>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </nav>
 
                                 </nav>
Line 309: Line 280:
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
−
                                     <p>©2016 Design by <a href="https://www.behance.net/googoling">Faridul Haque</a> and Develop by <a href="http://themeebit.com">ThemeeBiT</a>.</p>  
+
                                     <p>©IONIS_IGEM_2016</a>.</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                             </div>
+
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
             </div>            
+
             </div>
−
        </footer>
+
    </footer>
−
        <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
+
    <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
−
       
+
 
−
     
+
    <!-- ====Google Maps API==== -->
−
        <!-- Nos scripts -->
+
    <script src="https://maps.googleapis.com/maps/api/js"></script>
−
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
 
−
     
+
    <!-- Nos scripts -->
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 19:53, 19 October 2016

Protocol 9: Miniprep

Aim: Extract and purify plasmidic DNA from transformed bacteria


From the bacterial O/N minicultures, take 500µL that will serve to make bacteria storage at -80°C. (See the appropriate protocol, Protocol 11 : Glycerol storage)

Centrifuge the remaining bacterial O/N mini-cultures (1 to 5 mL) at 13000 rpm for 1 min at room temperature to pellet cells. Discard the supernatant.

Resuspend the pellet in 200μL Plasmid Resuspension Buffer (B1). Vortex or pipet to ensure cells are completely resuspended. There should be no visible clumps.

Lyse cells by adding 200μl Plasmid Lysis Buffer (B2). Invert tube immediately and gently 5–6 times until color changes to dark pink and the solution is clear and viscous. Do not vortex! Incubate for 1 min.

Neutralize the lysate by adding 400μl of Plasmid Neutralization Buffer (B3). Gently invert tube until color is uniformly yellow and a precipitate forms. Do not vortex! Incubate for 2 min.
Clarify the lysate by spinning for 5 min at 13000 rpm.

Carefully transfer supernatant to the spin column and centrifuge for 1 min. Discard flow-through.

Re-insert column in the collection tube and add 200μl of Plasmid Wash Buffer 1. Plasmid Wash Buffer 1 removes RNA, protein and endotoxin. Centrifuge for 1 min. Discard the flow-through.

Add 400μl of Plasmid Wash Buffer 2 and centrifuge for 1 min.

Transfer column to a clean 1.5 mL microfuge tube. Use care to ensure that the tip of the column has not come into contact with the flow-through. If there is any doubt, re-spin the column for 1 min before inserting it into the clean microfuge tube.

Add 50μl DNA Elution Buffer to the center of the matrix. Wait for 1 min, then spin for 1 min to elute DNA. Store the purified DNA at -20°C

Sources

  • NEB Miniprep Protocol