Difference between revisions of "Team:Ionis Paris/Protocol 11"

 
(8 intermediate revisions by 4 users not shown)
Line 7: Line 7:
 
         <link href='https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans:400,600,700,600italic,400italic,700italic,300,300italic' rel='stylesheet' type='text/css'>
 
         <link href='https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans:400,600,700,600italic,400italic,700italic,300,300italic' rel='stylesheet' type='text/css'>
  
−
        <!-- Nos feuilles de style -->
+
    <!-- Nos feuilles de style -->
−
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-test?action=raw&ctype=text/css" />
+
    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css-template?action=raw&ctype=text/css" />
−
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css?action=raw&ctype=text/css" />
+
    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css?action=raw&ctype=text/css" />
 
          
 
          
 
        
 
        
Line 18: Line 18:
 
                     <div class="col-sm-12">
 
                     <div class="col-sm-12">
 
                         <div class="banner_title" >
 
                         <div class="banner_title" >
−
                             <h1>Protocol 11</h1>
+
                             <h1 id="back_to_the_top">Protocol 11</h1>
 
                              
 
                              
 
                         </div>
 
                         </div>
Line 51: Line 51:
 
                               <h4 class="blog" style="margin-top:20px">
 
                               <h4 class="blog" style="margin-top:20px">
 
                                     Glycerol Freezing Solution (50%)</h4>
 
                                     Glycerol Freezing Solution (50%)</h4>
−
                                     <p>Prepare a 50% glycerol stock solution by mixing 5ml glycerol with 5ml distilled, sterile water.<br/>
+
                                     <p>Prepare a 50% glycerol stock solution by mixing 5mL glycerol with 5mL distilled, sterile water.<br/>
 
Mix well to make sure that you see one uniform solution, and there are no layers present. <br/>
 
Mix well to make sure that you see one uniform solution, and there are no layers present. <br/>
 
</p>
 
</p>
Line 57: Line 57:
  
 
                                 <h4 class="blog" style="margin-top:20px">Bacteria storage</h4>
 
                                 <h4 class="blog" style="margin-top:20px">Bacteria storage</h4>
−
                                     <p>Mix 50 µL of the overnight culture of bacteria of interest with 50 µL 50% glycerol solution (25% glycerol final concentration) into a 2 mL cryotube<br/>
+
                                     <p>Mix 50µL of the overnight culture of bacteria of interest with 50µL 50% glycerol solution (25% glycerol final concentration) into a 2mL cryotube<br/>
−
<b>NB : Snap top tubes are not recommended as they can open unexpectedly at -80°C</b><br/>
+
<i>NB : Snap top tubes are not recommended as they can open unexpectedly at -80°C </i> <br/>
−
Label both the lid and the tube of the cryotube. Frozen tubes are hard to write on and samples stored for long periods at -80°C can lose labels stuck to tube.
+
Label both the lid and the tube of the cryotube. Frozen tubes are hard to write on and samples stored for long periods at -80°C can lose labels stuck to tube.  
 
Store at -80°C
 
Store at -80°C
 
</p>
 
</p>
 
                                 <h4 class="blog" style="margin-top:20px">Bacteria recovery</h4>
 
                                 <h4 class="blog" style="margin-top:20px">Bacteria recovery</h4>
−
                                 <p>Open the tube and use a sterile loop, toothpick or pipette tip to scrape some of the frozen bacteria off of the top. Do not let the glycerol stock unthaw.<br/>
+
                                 <p>Pipet bacteria cells and put it into a 500mL sterile Erlenmeyer containing 100mL of sterile liquid LB medium. Cover with aluminum paper and place the Erlenmeyer in a rotative incubator at 37 Celsius degrees, 120rpm O/N.</p>
−
Either streak the bacteria onto an LB agar plate (see culture medium preparation protocol) and grow your bacteria overnight at the appropriate culture condition. The next day you will be able to start an overnight culture for plasmid DNA prep the following day.<br/>
+
−
Or scrub a bit of bacteria cell and put it into a 500mL sterile Erlenmeyer containing 100mL of sterile liquid LB medium. Cover with aluminum paper and place the Erlenmeyer in a rotative incubator at 37 Celsius degrees, 120rpm.</p>
+
  
  
Line 171: Line 169:
 
                                     <li>
 
                                     <li>
 
                                         <a href="Protocol 12">
 
                                         <a href="Protocol 12">
−
                                             <span>Protocol 12 : Bacterial growth analysis</span>
+
                                             <span>Protocol 12 : Cell survival assay </span>
 
                                            
 
                                            
 
                                         </a>
 
                                         </a>
Line 233: Line 231:
  
 
                                 </ul>
 
                                 </ul>
 +
</aside>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                             <h4 class="sidebar_Hd">Sources</h4>
 
                             <h4 class="sidebar_Hd">Sources</h4>
 
               <p><li><a href="https://www.addgene.org/plasmid-protocols/create-glycerol-stock/
 
               <p><li><a href="https://www.addgene.org/plasmid-protocols/create-glycerol-stock/
−
">Addgene protocol for creating a Glycerol stock</a></li><br>
+
"><font color="DeepPink">Addgene protocol for creating a Glycerol stock</font></a></li><br>
−
                   <li><a href="http://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/protocols/biology/restriction-enzyme-cloning-manual-transformation.html#sthash.FmjdaJmZ.dpuf">Sigma-Aldrich protocol for E.coli manipulations
+
                   <li><a href="http://www.sigmaaldrich.com/technical-documents/protocols/biology/restriction-enzyme-cloning-manual-transformation.html#sthash.FmjdaJmZ.dpuf"><font color="DeepPink">Sigma-Aldrich protocol for E.coli manipulations </font></a> </li></p>
−
</a> </li><br>
+
 
−
                  <li><a href="http://www.addgene.org/plasmid-protocols/dna-ligation/">Addgene protocol for DNA ligation</a> </li><br>
+
                          
−
                <li><a href="http://www.scielo.cl/scielo.php?pid=s0717-34582005000100014&script=sci_arttext"> 
+
−
Tu, Z. et al. An improved system for competent cell preparation and high efficiency plasmid transformation using different Escherichia coli strains. Electronic Journal of Biotechnology 8, (2005).
+
−
</a> </li></p>
+
−
                         </aside>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
                  </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
Line 250: Line 246:
 
         <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
 
         <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
 
          
 
          
−
        <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
+
−
        <div class="footer_social">
+
    <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
−
            <div class="container-fluid">
+
    <div class="footer_social">
−
                <div class="row">
+
        <div class="container-fluid">
−
                    <ul class="ft_top clearfix">
+
            <div class="row">
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                <ul class="ft_top clearfix">
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                                <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
+
                        <a href="https://www.facebook.com/ionisigem/?fref=ts" target="_blank">
−
                            </a>
+
                            <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
−
                        </li>  
+
                        </a>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    </li>
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                                <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
+
                        <a href="https://twitter.com/igem_ionis" target="_blank">
−
                            </a>
+
                            <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
−
                        </li>  
+
                        </a>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    </li>
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                                <i class="zmdi zmdi-flickr"></i>Flickr
+
                        <a href="https://www.youtube.com/channel/UC0RyQsB5YpweSRBYQlAdZDA" target="_blank">
−
                            </a>
+
                            <i class="zmdi zmdi-youtube"></i>youtube
−
                        </li>
+
                        </a>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    </li>
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                                <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
+
                        <a href="https://www.linkedin.com/company/igem-ionis" target="_blank">
−
                            </a>
+
                            <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
−
                        </li>  
+
                        </a>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    </li>
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
 
−
                                <i class="zmdi zmdi-dribbble"></i>Dribble
+
                 </ul>
−
                            </a>
+
−
                        </li>
+
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
−
                                <i class="zmdi zmdi-vimeo"></i>Vimeo
+
−
                            </a>
+
−
                        </li>  
+
−
                    </ul>
+
−
                 </div>
+
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
        <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
+
    </div>
−
       
+
    <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
−
        <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
+
 
−
        <footer class="footer_area">
+
    <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
−
            <div class="footer_middle">
+
    <footer class="footer_area">
−
                <div class="container">
+
        <div class="footer_middle">
−
                    <div class="row">
+
            <div class="container">
−
                        <div class="col-xs-12">
+
                <div class="row">
−
                            <div class="scroll_area">
+
                    <div class="col-xs-12">
 +
                        <div class="scroll_area">
 +
                            <div class="sroll_top">
 +
                                <a href="#ancre"> <i class="zmdi zmdi-chevron-up btn waves-effect"> </i> </a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                             <div class="middle_content">
 
                             <div class="middle_content">
−
                                 <h4>More about us</h4>
+
                                 <h4>iGEM IONIS</h4>
−
                                 <p>If you’ve followed along and done the steps above, you’ve created a good starting place. You’re going to need to make sure your pages are optimized properly. This will ensure you get your page ranked high in the search engines. ou’re going to need to make sure your pages are optimized properly.
+
                                 <p> We're a group of six different schools from the IONIS Education Group. For this
−
            Read More</p>
+
                                    competition we wanted to take advantages of the multiple schools and activity field
−
                              <a href="#">Read More</a>
+
                                    given by the IONIS education group to create a solid project.</p>
 +
                                <a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Read More</a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 +
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                             <div class="footer_Widgets">
 
                             <div class="footer_Widgets">
Line 316: Line 310:
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
−
                                             <span>Location: Lorance Road 542B,5248 MT, Wordwide Country</span>
+
                                             <span>Location: 66 Rue Guy Môquet, 94800 Villejuif, France</span>
−
                                        </li>
+
−
                                        <li><i class="zmdi zmdi-phone"></i>
+
−
                                            <a href="tel:123-456-7890">Phone: 123-456-7890</a>
+
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 +
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
−
                                             <a href="mailto:contact@domain.com">email: contact@domain.com</a>
+
                                             <a href="mailto:igem.ionis@gmail.com">email: igem.ionis@gmail.com</a>
−
                                        </li>
+
−
                                        <li><i class="zmdi zmdi-globe"></i>
+
−
                                            <a href="#">www.domain.com</a>
+
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 +
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                        <div class="col-lg-3 col-md-3 col-sm-5">
+
                    <div class="col-lg-3 col-md-3 col-sm-5">
 
                             <div class="footer_Widgets">
 
                             <div class="footer_Widgets">
−
                                 <h4>Galleries</h4>
+
                                 <h4>Download the app</h4>
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
                                 <a href="https://itunes.apple.com/us/app/quantifly/id1166875690?ls=1&mt=8"
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                  target="_blank" style="target-new: tab;">
−
                                    <img src="img/gallery_1.jpg" alt="" />
+
                                    <figure class="widget_gallery">
−
                                    <figcaption>
+
                                        <div class="RXcircleEffect"></div>
−
                                         <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_1.jpg" data-gall="group_4">
+
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/8d/IONIS_IGEM_paris_logo_apple.png"
 +
                                            alt="" />
 +
                                         <figcaption>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
−
                                         </a>
+
                                         </figcaption>
−
                                     </figcaption>
+
                                     </figure>
−
                                 </figure>
+
                                 </a>
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
                                 <a href="https://play.google.com/store/apps/details?id=fr.plnech.quantifly&hl=en"
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                  target="_blank" style="target-new: tab;">
−
                                    <img src="img/gallery_2.jpg" alt="" />
+
                                    <figure class="widget_gallery">
−
                                    <figcaption>
+
                                        <div class="RXcircleEffect"></div>
−
                                         <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_2.jpg" data-gall="group_4">
+
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/65/IONIS_IGEM_paris_google_play.png"
 +
                                            alt="" />
 +
                                         <figcaption>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
−
                                         </a>
+
                                         </figcaption>
−
                                    </figcaption>
+
                                     </figure>
−
                                </figure>
+
                                 </a>
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
 
−
                                     <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                       
−
                                    <img src="img/gallery_3.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_3.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_4.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_4.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_5.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_5.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_6.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_6.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>  
 
                         </div>  
 +
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
Line 399: Line 361:
 
                             <div class="col-md-7 fix_p_l">
 
                             <div class="col-md-7 fix_p_l">
 
                                 <nav>
 
                                 <nav>
−
                                     <ul class="ft_bottom">    
+
                                     <ul class="ft_bottom">
−
                                         <li><a href="#">Home</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris">Home</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Services</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Working_at_La_Paillasse">in the Lab</a></li>
−
                                         <li><a href="#"> About </a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Measurement"> Side Projects</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Portfolio</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Parts">Results</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Blog </a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/HPintro">Human
−
                                         <li><a href="#">Contact US</a></li>
+
                                            Practice</a></li>
 +
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Team</a></li>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </nav>
 
                                 </nav>
Line 411: Line 374:
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
−
                                     <p>©2016 Design by <a href="https://www.behance.net/googoling">Faridul Haque</a> and Develop by <a href="http://themeebit.com">ThemeeBiT</a>.</p>  
+
                                     <p>©IONIS_IGEM_2016</a>.</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                             </div>
+
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
             </div>            
+
             </div>
−
        </footer>
+
    </footer>
−
        <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
+
    <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
−
       
+
 
−
     
+
    <!-- ====Google Maps API==== -->
−
        <!-- Nos scripts -->
+
    <script src="https://maps.googleapis.com/maps/api/js"></script>
−
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
 
−
     
+
    <!-- Nos scripts -->
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 19:54, 19 October 2016

Protocol 11 : Glycerol storage

Aim: Safely store cells at -80°C

Following steps will be performed under a class II PSM

Glycerol Freezing Solution (50%)

Prepare a 50% glycerol stock solution by mixing 5mL glycerol with 5mL distilled, sterile water.
Mix well to make sure that you see one uniform solution, and there are no layers present.

Bacteria storage

Mix 50µL of the overnight culture of bacteria of interest with 50µL 50% glycerol solution (25% glycerol final concentration) into a 2mL cryotube
NB : Snap top tubes are not recommended as they can open unexpectedly at -80°C
Label both the lid and the tube of the cryotube. Frozen tubes are hard to write on and samples stored for long periods at -80°C can lose labels stuck to tube. Store at -80°C

Bacteria recovery

Pipet bacteria cells and put it into a 500mL sterile Erlenmeyer containing 100mL of sterile liquid LB medium. Cover with aluminum paper and place the Erlenmeyer in a rotative incubator at 37 Celsius degrees, 120rpm O/N.

Sources

  • Addgene protocol for creating a Glycerol stock

  • Sigma-Aldrich protocol for E.coli manipulations