Difference between revisions of "Team:Ionis Paris/Cloning Strategy"

 
(18 intermediate revisions by 3 users not shown)
Line 7: Line 7:
 
         <link href='https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans:400,600,700,600italic,400italic,700italic,300,300italic' rel='stylesheet' type='text/css'>
 
         <link href='https://fonts.googleapis.com/css?family=Open+Sans:400,600,700,600italic,400italic,700italic,300,300italic' rel='stylesheet' type='text/css'>
  
−
        <!-- Nos feuilles de style -->
+
  <!-- Nos feuilles de style -->
−
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-test?action=raw&ctype=text/css" />
+
    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css-template?action=raw&ctype=text/css" />
−
        <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css?action=raw&ctype=text/css" />
+
    <!-- Version minifiée dans le bon ordre de toutes les feuilles de style du template -->
 +
    <link rel="stylesheet" type="text/css" href="https://2016.igem.org/Template:IONIS_Paris-style-css?action=raw&ctype=text/css" />
 
    
 
    
 
         <!-- ====BREADCUM START==== -->  
 
         <!-- ====BREADCUM START==== -->  
Line 17: Line 18:
 
                     <div class="col-sm-12">
 
                     <div class="col-sm-12">
 
                         <div class="banner_title">
 
                         <div class="banner_title">
−
                             <h1>Cloning strategy</h1>
+
                             <h1 id="back_to_the_top">Cloning strategy</h1>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 40: Line 41:
 
                                     Part 1 (532 bp)
 
                                     Part 1 (532 bp)
 
                                     </h4>
 
                                     </h4>
−
                                   <figure class="postImg waves-effect">
+
                                    
−
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/69/Cloning_1.1.png" alt="">
+
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/87/T--Ionis_Paris--Cloning_StrategyFig1.png" alt="">
−
                                </figure>
+
<p><i>Figure 1: Biosensor Part 1: (532bp)</i></p>
 +
                               
 
                                   <h4 class="blog_topHd">
 
                                   <h4 class="blog_topHd">
 
                                     Part 2 (1,785 bp)
 
                                     Part 2 (1,785 bp)
 
                                     </h4>
 
                                     </h4>
−
                                 <figure class="postImg waves-effect">
+
                                  
−
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/a3/Cloning_2.2.png" alt="">
+
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/a/ac/T--Ionis_Paris--Cloning_StrategyFig2.png" alt="">
−
                                </figure>
+
<p><i>Figure 2: Biosensor Part 2: (1 785bp)</i></p>
 +
                             
 
                                   <h4 class="blog_topHd">
 
                                   <h4 class="blog_topHd">
 
                                     Part 3 (1,215 bp)
 
                                     Part 3 (1,215 bp)
 
                                     </h4>
 
                                     </h4>
−
                                 <figure class="postImg waves-effect">
+
                                  
−
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e1/Cloning_3.3.png" alt="">
+
                                     <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/71/T--Ionis_Paris--Cloning_StrategyFig3.png" alt="">
−
                                </figure>
+
<p><i>Figure 3: Biosensor Part 3: (1 215 bp)</i></p>
 +
                             
  
−
<p>We began with the amplification of this parts by PCR in order to increase our stock. We used primers O12 and O13, that respectively bind the prefix and the suffix.</p>
+
<p></br>We began with the amplification of this parts by PCR in order to increase our stock. We used primers A12 and A13, that respectively bind the prefix and the suffix.</p>
  
 +
                          <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/19/T--Ionis_Paris--CloningStratTest.png" alt="">
 +
<p><i>Figure 4: Primers A12 and A13</i></p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                  
 
                                  
Line 64: Line 70:
 
                                         Step 2: Storage of our 3 parts in pSB1C3 => BB1, BB2, BB3
 
                                         Step 2: Storage of our 3 parts in pSB1C3 => BB1, BB2, BB3
 
                                     </h4>
 
                                     </h4>
−
                                <p>The second step was to stock our 3 parts in plasmids and then bacteria. For this we digested and ligated our 3 parts in pSB1C3 (forming BB1, BB2, BB3), and transformed these biobricks in E.Coli DH5 alpha in order to amplified them. After a check of correct clones thanks to a PCR colony, we purified our correct biobricks and sequenced them.</p>
 
  
−
                                    <figure class="postImg waves-effect">
+
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/eb/T--Ionis_Paris--CSstep2.jpg" alt="">
−
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b1/Cloning_1.jpg" alt="">
+
<p><i>Figure 5: Part inclusion in pSB1C3</i></p>
−
                                </figure>
+
 
−
                                 </div>
+
                                 <p>The second step was to store our 3 parts in plasmids and then bacteria. For this we digested and ligated our 3 parts in pSB1C3 (forming BB1, BB2, BB3), and transformed these biobricks in E.Coli DH5 alpha in order to amplify them. After a check of correct clones thanks to colony PCR, we purified our correct biobricks and sequenced them.</p>
 +
 
 
                                  
 
                                  
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 76: Line 82:
 
                                       Step 3: Assembling of BB1 with P2 => BB12
 
                                       Step 3: Assembling of BB1 with P2 => BB12
 
                                     </h4>
 
                                     </h4>
−
                                 <p>The third step was to assemble the part 2 with the part 1. For this we digested and ligated the part 2 and BB1, and transformed the obtained biobrick (BB12) in E.Coli DH5 alpha in order to amplified them. After a check of correct clones thanks to a PCR colony, we purified our correct biobricks and sequenced them.
+
 
−
                                </p>
+
                                <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/cd/T--Ionis_Paris--CSstep3.jpg" alt="">
−
                                    <figure class="postImg waves-effect">
+
<p><i>Figure 6: Assembly of Biosensor Part 1 with Biosensor Part 2</i></p>
−
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/91/Cloning_2.jpg" alt="">
+
 
−
                                </figure>
+
                                 <p>The third step was to assemble Part 2 with Part 1.For this we digested and ligated Part 2 and BB1, and transformed the obtained biobrick (BB12) in E.Coli DH5 alpha in order to amplified them. After a check of correct clones thanks to a PCR colony, we purified our correct biobricks and sequenced them.</p>
 +
                             
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                 <div class="blog_top">
 
                                 <div class="blog_top">
Line 86: Line 93:
 
                                     Step 4: Assembling of BB12 with P3 => BB123 (Whole Biosensor)
 
                                     Step 4: Assembling of BB12 with P3 => BB123 (Whole Biosensor)
 
                                     </h4>
 
                                     </h4>
−
                                 <p>The fourth step was to assemble the part 3 with the part 1 and 2. For this we digested and ligated the part 3 and BB12, and transformed the obtained biobrick (BB123) in E.Coli DH5 alpha in order to amplified them. After a check of correct clones thanks to a PCR colony, we purified our correct biobricks and sequenced them.                           </p>
+
 
−
                                    <figure class="postImg waves-effect">
+
                                  <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/0/02/T--Ionis_Paris--CSstep4.jpg" alt="">
−
                                    <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/90/Cloning_3.jpg" alt="">
+
<p><i>Figure 7: Assembly of Biosensor Part 3 to the Biosensor Part 1+2</i></p>
−
                                </figure>
+
 
 +
                                 <p>The fourth step was to assemble Part 3 with Part 1 and 2. For this we digested and ligated Part 3 and BB12, and transformed the obtained biobrick (BB123) in E.Coli DH5 alpha in order to amplify them. After a check of correct clones thanks to a PCR colony, we purified our correct biobricks and sequenced them.</p>
 +
 
 +
<p><b>Please note that all parts and primers can be found in the "Parts and Characterization" page, along with the primer sequences and the sequencing files</b></p>
 +
                           
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                                  
 
                                  
Line 203: Line 214:
 
         <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
 
         <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
 
          
 
          
−
        <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
+
−
        <div class="footer_social">
+
−
            <div class="container-fluid">
+
 
−
                <div class="row">
+
    <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
−
                    <ul class="ft_top clearfix">
+
    <div class="footer_social">
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
        <div class="container-fluid">
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
            <div class="row">
−
                                <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
+
                <ul class="ft_top clearfix">
−
                            </a>
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                        </li>  
+
                        <a href="https://www.facebook.com/ionisigem/?fref=ts" target="_blank">
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                            <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                        </a>
−
                                <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
+
                    </li>
−
                            </a>
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                        </li>  
+
                        <a href="https://twitter.com/igem_ionis" target="_blank">
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                            <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                        </a>
−
                                <i class="zmdi zmdi-flickr"></i>Flickr
+
                    </li>
−
                            </a>
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                        </li>
+
                        <a href="https://www.youtube.com/channel/UC0RyQsB5YpweSRBYQlAdZDA" target="_blank">
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                            <i class="zmdi zmdi-youtube"></i>youtube
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                        </a>
−
                                <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
+
                    </li>
−
                            </a>
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
−
                        </li>  
+
                        <a href="https://www.linkedin.com/company/igem-ionis" target="_blank">
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                            <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
                        </a>
−
                                <i class="zmdi zmdi-dribbble"></i>Dribble
+
                    </li>
−
                            </a>
+
 
−
                        </li>
+
                 </ul>
−
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
−
                            <a href="#" target="_blank">
+
−
                                <i class="zmdi zmdi-vimeo"></i>Vimeo
+
−
                            </a>
+
−
                        </li>  
+
−
                    </ul>
+
−
                 </div>
+
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
−
        <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
+
    </div>
−
       
+
    <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
−
      <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
+
 
−
        <footer class="footer_area">
+
    <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
−
            <div class="footer_middle">
+
    <footer class="footer_area">
−
                <div class="container">
+
        <div class="footer_middle">
−
                    <div class="row">
+
            <div class="container">
−
                        <div class="col-xs-12">
+
                <div class="row">
−
                            <div class="scroll_area">
+
                    <div class="col-xs-12">
−
                                  
+
                        <div class="scroll_area">
 +
                            <div class="sroll_top">
 +
                                 <a href="#ancre"> <i class="zmdi zmdi-chevron-up btn waves-effect"> </i> </a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                             <div class="middle_content">
 
                             <div class="middle_content">
−
                                 <h4>More about us</h4>
+
                                 <h4>iGEM IONIS</h4>
−
                                 <p>If you’ve followed along and done the steps above, you’ve created a good starting place. You’re going to need to make sure your pages are optimized properly. This will ensure you get your page ranked high in the search engines. ou’re going to need to make sure your pages are optimized properly.
+
                                 <p> We're a group of six different schools from the IONIS Education Group. For this
−
            Read More</p>
+
                                    competition we wanted to take advantage of the multiple schools and fields of activity
−
                              <a href="#">Read More</a>
+
                                    given by the IONIS education group to create a solid project.</p>
 +
                                <a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Read More</a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 +
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                             <div class="footer_Widgets">
 
                             <div class="footer_Widgets">
Line 270: Line 280:
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
−
                                             <span>Location: Lorance Road 542B,5248 MT, Wordwide Country</span>
+
                                             <span>Location: 66 Rue Guy Môquet, 94800 Villejuif, France</span>
−
                                        </li>
+
−
                                        <li><i class="zmdi zmdi-phone"></i>
+
−
                                            <a href="tel:123-456-7890">Phone: 123-456-7890</a>
+
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 +
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
−
                                             <a href="mailto:contact@domain.com">email: contact@domain.com</a>
+
                                             <a href="mailto:igem.ionis@gmail.com">email: igem.ionis@gmail.com</a>
−
                                        </li>
+
−
                                        <li><i class="zmdi zmdi-globe"></i>
+
−
                                            <a href="#">www.domain.com</a>
+
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 +
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
−
                        <div class="col-lg-3 col-md-3 col-sm-5">
+
                    <div class="col-lg-3 col-md-3 col-sm-5">
 
                             <div class="footer_Widgets">
 
                             <div class="footer_Widgets">
−
                                 <h4>Galleries</h4>
+
                                 <h4>Download the app</h4>
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
                                 <a href="https://itunes.apple.com/us/app/quantifly/id1166875690?ls=1&mt=8"
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                  target="_blank" style="target-new: tab;">
−
                                    <img src="img/gallery_1.jpg" alt="" />
+
                                    <figure class="widget_gallery">
−
                                    <figcaption>
+
                                        <div class="RXcircleEffect"></div>
−
                                         <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_1.jpg" data-gall="group_4">
+
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/8/8d/IONIS_IGEM_paris_logo_apple.png"
 +
                                            alt="" />
 +
                                         <figcaption>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
−
                                         </a>
+
                                         </figcaption>
−
                                     </figcaption>
+
                                     </figure>
−
                                 </figure>
+
                                 </a>
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
                                 <a href="https://play.google.com/store/apps/details?id=fr.plnech.quantifly&hl=en"
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                  target="_blank" style="target-new: tab;">
−
                                    <img src="img/gallery_2.jpg" alt="" />
+
                                    <figure class="widget_gallery">
−
                                    <figcaption>
+
                                        <div class="RXcircleEffect"></div>
−
                                         <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_2.jpg" data-gall="group_4">
+
                                        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/65/IONIS_IGEM_paris_google_play.png"
 +
                                            alt="" />
 +
                                         <figcaption>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
 
                                             <i class="zmdi zmdi-link"></i>
−
                                         </a>
+
                                         </figcaption>
−
                                    </figcaption>
+
                                     </figure>
−
                                </figure>
+
                                 </a>
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
 
−
                                     <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                       
−
                                    <img src="img/gallery_3.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_3.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                 <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_4.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_4.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_5.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_5.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
−
                                <figure class="widget_gallery">
+
−
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
−
                                    <img src="img/gallery_6.jpg" alt="" />
+
−
                                    <figcaption>
+
−
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_6.jpg" data-gall="group_4">
+
−
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
−
                                        </a>
+
−
                                    </figcaption>
+
−
                                </figure>
+
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>  
 
                         </div>  
 +
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
Line 353: Line 331:
 
                             <div class="col-md-7 fix_p_l">
 
                             <div class="col-md-7 fix_p_l">
 
                                 <nav>
 
                                 <nav>
−
                                     <ul class="ft_bottom">    
+
                                     <ul class="ft_bottom">
−
                                         <li><a href="#">Home</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris">Home</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Services</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Working_at_La_Paillasse">in the Lab</a></li>
−
                                         <li><a href="#"> About </a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Measurement"> Side Projects</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Portfolio</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Parts">Results</a></li>
−
                                         <li><a href="#">Blog </a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/HPintro">Human
−
                                         <li><a href="#">Contact US</a></li>
+
                                            Practice</a></li>
 +
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Team</a></li>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </nav>
 
                                 </nav>
Line 365: Line 344:
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
−
                                     <p>©2016 Design by <a href="https://www.behance.net/googoling">Faridul Haque</a> and Develop by <a href="http://themeebit.com">ThemeeBiT</a>.</p>  
+
                                     <p>©IONIS_IGEM_2016</a>.</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                             </div>
+
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
−
             </div>            
+
             </div>
−
        </footer>
+
    </footer>
−
        <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
+
    <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
−
       
+
 
−
     
+
    <!-- ====Google Maps API==== -->
−
        <!-- Nos scripts -->
+
    <script src="https://maps.googleapis.com/maps/api/js"></script>
−
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
 
−
     
+
    <!-- Nos scripts -->
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 
 
</html>
 
</html>

Latest revision as of 20:54, 19 October 2016

Step 1: Synthesis of DNA parts

In order to obtain synthesized DNA fragments without error, we chose to synthesis our big biosensor part of 3,305 bp in 3 smaller parts between 500 bp and 1,800 bp that we planned to then assemble together in the pSB1C3 backbone.

Part 1 (532 bp)

Figure 1: Biosensor Part 1: (532bp)

Part 2 (1,785 bp)

Figure 2: Biosensor Part 2: (1 785bp)

Part 3 (1,215 bp)

Figure 3: Biosensor Part 3: (1 215 bp)


We began with the amplification of this parts by PCR in order to increase our stock. We used primers A12 and A13, that respectively bind the prefix and the suffix.

Figure 4: Primers A12 and A13

Step 2: Storage of our 3 parts in pSB1C3 => BB1, BB2, BB3

Figure 5: Part inclusion in pSB1C3

The second step was to store our 3 parts in plasmids and then bacteria. For this we digested and ligated our 3 parts in pSB1C3 (forming BB1, BB2, BB3), and transformed these biobricks in E.Coli DH5 alpha in order to amplify them. After a check of correct clones thanks to colony PCR, we purified our correct biobricks and sequenced them.

Step 3: Assembling of BB1 with P2 => BB12

Figure 6: Assembly of Biosensor Part 1 with Biosensor Part 2

The third step was to assemble Part 2 with Part 1.For this we digested and ligated Part 2 and BB1, and transformed the obtained biobrick (BB12) in E.Coli DH5 alpha in order to amplified them. After a check of correct clones thanks to a PCR colony, we purified our correct biobricks and sequenced them.

Step 4: Assembling of BB12 with P3 => BB123 (Whole Biosensor)

Figure 7: Assembly of Biosensor Part 3 to the Biosensor Part 1+2

The fourth step was to assemble Part 3 with Part 1 and 2. For this we digested and ligated Part 3 and BB12, and transformed the obtained biobrick (BB123) in E.Coli DH5 alpha in order to amplify them. After a check of correct clones thanks to a PCR colony, we purified our correct biobricks and sequenced them.

Please note that all parts and primers can be found in the "Parts and Characterization" page, along with the primer sequences and the sequencing files