Difference between revisions of "Team:Ionis Paris/Protocol 12"

Line 303: Line 303:
 
         <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
 
         <!-- ====END BLOG TABLE==== -->
 
          
 
          
 +
 
         <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
 
         <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
 
         <div class="footer_social">
 
         <div class="footer_social">
Line 309: Line 310:
 
                     <ul class="ft_top clearfix">
 
                     <ul class="ft_top clearfix">
 
                         <li class="waves-effect waves-light">
 
                         <li class="waves-effect waves-light">
                             <a href="#" target="_blank">
+
                             <a href="https://www.facebook.com/ionisigem/?fref=ts" target="_blank">
 
                                 <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
 
                                 <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>  
 
                         </li>  
 
                         <li class="waves-effect waves-light">
 
                         <li class="waves-effect waves-light">
                             <a href="#" target="_blank">
+
                             <a href="https://twitter.com/igem_ionis" target="_blank">
 
                                 <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
 
                                 <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>  
 
                         </li>  
 
                         <li class="waves-effect waves-light">
 
                         <li class="waves-effect waves-light">
                             <a href="#" target="_blank">
+
                             <a href="https://www.youtube.com/channel/UC0RyQsB5YpweSRBYQlAdZDA" target="_blank">
                                 <i class="zmdi zmdi-flickr"></i>Flickr
+
                                 <i class="zmdi zmdi-youtube"></i>youtube
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>  
 
                         </li>  
 
                         <li class="waves-effect waves-light">
 
                         <li class="waves-effect waves-light">
                             <a href="#" target="_blank">
+
                             <a href="https://www.linkedin.com/company/igem-ionis" target="_blank">
 
                                 <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
 
                                 <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
 
                             </a>
 
                             </a>
 
                         </li>  
 
                         </li>  
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                            <a href="#" target="_blank">
+
                                <i class="zmdi zmdi-dribbble"></i>Dribble
+
                            </a>
+
                        </li>
+
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                            <a href="#" target="_blank">
+
                                <i class="zmdi zmdi-vimeo"></i>Vimeo
+
                            </a>
+
                        </li>
+
 
                     </ul>
 
                     </ul>
 
                 </div>
 
                 </div>
Line 351: Line 343:
 
                         <div class="col-xs-12">
 
                         <div class="col-xs-12">
 
                             <div class="scroll_area">
 
                             <div class="scroll_area">
 +
                                <div class="sroll_top">
 +
                                  <a href="#ancre"> <i class="zmdi zmdi-chevron-up btn waves-effect"> </i> </a> 
 +
                                </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
 +
                      <div class="row">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                             <div class="middle_content">
 
                             <div class="middle_content">
                                 <h4>More about us</h4>
+
                                 <h4>IONIS IGEM</h4>
                                 <p>If you’ve followed along and done the steps above, you’ve created a good starting place. You’re going to need to make sure your pages are optimized properly. This will ensure you get your page ranked high in the search engines. ou’re going to need to make sure your pages are optimized properly.
+
                                 <p> We're a group of six different schools from the IONIS Education Group. For this competition we wanted to take advantages of the multiple schools and activity field given by the IONIS education group to create a solid project.</p>
            Read More</p>
+
                               <a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Read More</a>
                               <a href="#">Read More</a>
+
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 +
             
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                             <div class="footer_Widgets">
 
                             <div class="footer_Widgets">
Line 369: Line 365:
 
                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-pin"></i>
                                             <span>Location: Lorance Road 542B,5248 MT, Wordwide Country</span>
+
                                             <span>Location: 66 Rue Guy Môquet, 94800 Villejuif, France</span>
                                        </li>
+
                                        <li><i class="zmdi zmdi-phone"></i>
+
                                            <a href="tel:123-456-7890">Phone: 123-456-7890</a>
+
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 +
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
 
                                         <li><i class="zmdi zmdi-email"></i>
                                             <a href="mailto:contact@domain.com">email: contact@domain.com</a>
+
                                             <a href="mailto:igem.ionis@gmail.com">email: igem.ionis@gmail.com</a>
                                        </li>
+
                                        <li><i class="zmdi zmdi-globe"></i>
+
                                            <a href="#">www.domain.com</a>
+
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 +
                                     
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
                         <div class="col-lg-3 col-md-3 col-sm-5">
+
 
                            <div class="footer_Widgets">
+
                          
                                <h4>Galleries</h4>
+
 
                                <figure class="widget_gallery">
+
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                    <img src="img/gallery_1.jpg" alt="" />
+
                                    <figcaption>
+
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_1.jpg" data-gall="group_4">
+
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
                                        </a>
+
                                    </figcaption>
+
                                </figure>
+
                                <figure class="widget_gallery">
+
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                    <img src="img/gallery_2.jpg" alt="" />
+
                                    <figcaption>
+
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_2.jpg" data-gall="group_4">
+
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
                                        </a>
+
                                    </figcaption>
+
                                </figure>
+
                                <figure class="widget_gallery">
+
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                    <img src="img/gallery_3.jpg" alt="" />
+
                                    <figcaption>
+
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_3.jpg" data-gall="group_4">
+
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
                                        </a>
+
                                    </figcaption>
+
                                </figure>
+
                                <figure class="widget_gallery">
+
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                    <img src="img/gallery_4.jpg" alt="" />
+
                                    <figcaption>
+
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_4.jpg" data-gall="group_4">
+
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
                                        </a>
+
                                    </figcaption>
+
                                </figure>
+
                                <figure class="widget_gallery">
+
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                    <img src="img/gallery_5.jpg" alt="" />
+
                                    <figcaption>
+
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_5.jpg" data-gall="group_4">
+
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
                                        </a>
+
                                    </figcaption>
+
                                </figure>
+
                                <figure class="widget_gallery">
+
                                    <div class="RXcircleEffect"></div>
+
                                    <img src="img/gallery_6.jpg" alt="" />
+
                                    <figcaption>
+
                                        <a class="veno vbox-item" href="img/gallery_6.jpg" data-gall="group_4">
+
                                            <i class="zmdi zmdi-link"></i>
+
                                        </a>
+
                                    </figcaption>
+
                                </figure>
+
                            </div>
+
                        </div>
+
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
 
                 </div>
 
                 </div>
 
             </div>
 
             </div>
Line 453: Line 390:
 
                                 <nav>
 
                                 <nav>
 
                                     <ul class="ft_bottom">       
 
                                     <ul class="ft_bottom">       
                                         <li><a href="#">Home</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris">Home</a></li>
                                         <li><a href="#">Services</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/At_the_lab.html">At the Lab</a></li>
                                         <li><a href="#"> About </a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/CelloCad"> Side Projects</a></li>
                                         <li><a href="#">Portfolio</a></li>
+
                                         <li><a href="Results">Results</a></li>
                                         <li><a href="#">Blog </a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Human_Practice">Human Practice</a></li>
                                         <li><a href="#">Contact US</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team.html">Team</a></li>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </nav>
 
                                 </nav>
Line 464: Line 401:
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
                                     <p>©2016 Design by <a href="https://www.behance.net/googoling">Faridul Haque</a> and Develop by <a href="http://themeebit.com">ThemeeBiT</a>.</p>   
+
                                     <p>©IONIS_IGEM_2016</a>.</p>   
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
                             </div>   
 
                             </div>   
Line 473: Line 410:
 
         </footer>
 
         </footer>
 
         <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
 
         <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
       
 
 
        
 
        
 
         <!-- Nos scripts -->
 
         <!-- Nos scripts -->
 +
<!-- TODO: Debug these scripts
 +
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS_Venobox&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS_MDB&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS_Carousel&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
-->
 
         <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 
         <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
 +
 +
 
        
 
        
 
</html>
 
</html>

Revision as of 12:35, 16 October 2016

Protocol 12: Cell Survival assay

Aim: Assess the impact of toluene on a bacteria population

Warning: in order to get proper result analysis, it is better to perform 3 replicates for each toluene concentration

Toluene preparation: stock solutions

100mg/L: Dilution of absolute liquid toluene (Cm= 867g/L) to obtain a final toluene concentration at 100mg/L: Add 11,53uL of toluene into 100mL Ethanol (calculations done from toluene's molecular weight)
100µg/L: Dilute 10µL of the first stock solution into 10mL of Ethanol

Inoculation

From 1 UFC: Resuspend colony in 20 mL of LB medium containing chloramphenicol at 25µg/mL but free of toluene and grow over night.
When turbidity is high, inoculate the appropriate volume of bacteria culture to liquid LB medium containing chloramphenicol to reach 0,1 OD in the flask (100mL). Incubate culture at 37°C and 250 rpm .
When the OD reach 0.1, separate the initial bacterial culture to several falcon tubes (5mL in each tube) and add toluene to reach the desired toluene concentration.

C0 Control C1 C2 C3
LB (mL) 10 10 10 LB (mL) 10
Toluene from stock solution 100µg/L (µL) 0 0,5 50 Toluene from stock solution 100mg/L (mL) 0,5
Obtain concentration (ng/L) 0 5 500 Obtain concentration (mg/L) 5

Incubate culture at 37°C and 250 rpm. Regularly measure the OD with a spectrophotometer

OD measurement over time (at t=0, t=30min, t=1h, t=2h…)

NB: The blank must be the clean liquid LB medium
NB : Samples must be diluted if OD is too high (>1)
  For each culture:

  • Pipette 100ul of culture and dilute in 900uL LB medium used for the culture (dilution 1/10)

  • Make the blank

  • Measure OD

  • Multiply OD of samples with dilution factor (10 times here)