Difference between revisions of "Team:Pretoria UP"

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         <title>NOISE - W&M iGEM</title>
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         <title>WATTS-APTAMER - UP_PRETORIA iGEM</title>
 
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                             Home
 
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                             Project Description
 
                             Project Description
 
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                             Parts
 
                             Parts
 
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                             Results
 
                             Results
 
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                             Modeling
 
                             Modeling
 
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                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab">  
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                             Interlab Study
 
                             Interlab Study
 
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                             Collaboration
 
                             Collaboration
 
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                           Software
 
                           Software
 
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                             Human Practices
 
                             Human Practices
 
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                             <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP#ref">  
 
                             References
 
                             References
 
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                             Medal Criteria
 
                             Medal Criteria
 
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                             Team
 
                             Team
 
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                                         <p class="h1WM" style="font-family:WMSlim-Joe">NOISE</p>
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<image alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/ec/Pretoria_UP_WattsAptamer_Logo_Transparent_White.png" width="850px">
 +
                                         <!--<p class="h1WM" style="font-family:WMSlim-Joe">WATTS-APTAMER</p>-->
  
−
                                         <h5>Characterization of promoter-driven transcriptional noise in E. coli</h5>
+
                                         <h5>Synthetic RNA aptamers for thylakoid tethering in photo-electrobiochemical cells</h5>
 
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                             <video class="bgvid" preload="auto" loop="loop" autoplay="false" muted="muted" volume="0"><source src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/39/WMCYNoise.webm" type="video/webm" responsive-src="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubik_responsive.jpg"><source src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a7/WMCYNoise.mp4" type="video/mp4">Video not supported</video></div>
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                             <video class="bgvid" preload="auto" loop="loop" autoplay="false" muted="muted" volume="0"><source src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/e/e0/PretoriaUP_Okra_Seedling_Time_Lapse.webm" type="video/webm" responsive-src="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/rubik_responsive.jpg"><source src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/1/19/PretoriaUP_Okra_Seedling_Time_Lapse.mp4" type="video/mp4">Video not supported</video></div>
 
                              
 
                              
 
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                                             <div class="title">
 
                                             <div class="title">
  
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                                                 <p class="h2WM">What is noise?</p>
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                                                 <p class="h2WM">Project Abstract</p>
 
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                                                     <div class="separator line-separator">✻</div>
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                                                     <div class="separator line-separator">?</div>
 
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                                                 </div>-->
 
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                                         <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 
                                             <div class="description">
 
                                             <div class="description">
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                                                 <p>As synthetic biologists continue to construct increasingly complex gene regulatory networks, the need for accurate quantitative characterization of their regulatory components becomes more pressing. Despite the BioBrick registry's thorough characterization of the average strength of promoters, there is insufficient description of the variability in their expression. Our project aims to characterize this variability, or noise, for the most commonly used promoters in synthetic biology and provide additional tools for the regulation of these promoters.  
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                                                 <p>The world population consumes approximately 3500 kWh/y/capita, increasing the demand for clean alternative energy. Recent improvements of photo-bioelectrochemical cells (PBEC), which harness electrons from photosynthesis to generate electricity, include synthetic attachment of chloroplast thylakoids to graphene electrodes. However, current attachment techniques require costly chemically synthesized linkers and PBECs are not yet efficient enough for industrial energy generation. In this project, DNA aptamers were designed and evaluated as low-cost biological linkers to tether plant photosystem II (PSII) complexes to graphene foam electrodes. Systematic Evolution of Ligands by EXponential enrichment (SELEX), together with software developed by team Heidelberg 2015 (MAWS and JAWS) were used to develop PSII- and graphene-binding DNA aptamer candidates. This project aims to improve the attachment and orientation of the PSII complex to the graphene electrode for higher electron transfer efficiency, and serves as a prototype for the in planta expression of RNA aptamers for self-assembling thylakoid attachment.</p>
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                                                 <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Description">Read more on our Project Description page.</a>
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                                                 <p><a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Description">Read more on our Project Description page.</a>
 
                                                 </p>
 
                                                 </p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
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                                 <img alt="..." class="parallax-img" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/thumb/a/a8/WMlabBench.jpg/800px-WMlabBench.jpg">
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                                 <img alt="..." class="parallax-img" src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/64/PretoriaUP_LabBottles_1.jpg">
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
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                                 <div class="title animate">
 
                                 <div class="title animate">
 
                                     <p class = "h2WM">Parts</p2>
 
                                     <p class = "h2WM">Parts</p2>
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<div class = "description">                                    <p>In deciding which parts to submit to the iGEM Registry we focused on three main aspects.</p>
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<div class = "description">                                    <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus tincidunt, enim id</p>
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<p><i>First:</i> ensuring our project is as reproducible and extensible as possible. To that end we have submitted all of new composite fluorescent protein parts that we constructed during the project.<br> <i>Second:</i> Making genome integration as straightforward as possible for iGEM teams. In order to accomplish this goal we designed, tested, and validated a new integrator cassette that allows simple genome integration using 3A or Gibson Assembly. <br> <i>Third:</i> Increasing the number of tools available for promoter-mediated regulation in synthetic biology. We created and validated an E. coli codon optimized dCas9 variant and a suite of gRNAs to target the most commonly used promoters in iGEM.  </p>
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<p><i>First:</i> Quisque feugiat imperdiet iaculis. Sed malesuada, felis quis egestas mollis, orci ex fermentum elit, sed varius nisl massa sit amet purus. Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et male.<br> <i>Second:</i> Nullam urna est, aliquam quis gravida id, molestie in eros. Nulla sollicitudin neque vel volutpat sodales. Pellentesque in nibh sapien. Praesent vitae lectus sed ex aliquam aliquam varius at nisl. Sed imperdiet libero justo, eget tincidunt lectus efficitur vitae. Duis convallis, risus quis bibendum vulputate, massa sem aliquet eros, eu venenatis mag. <br> <i>Third:</i> Nullam urna est, aliquam quis gravida id, molestie in eros. Nulla sollicitudin neque vel volutpat sodales. Pellentesque in nibh sapien. Praesent vitae lectus sed ex aliquam aliquam varius at nisl. Sed imperdiet libero justo, eget tincidunt lectus efficitur vitae. Duis convallis, risus quis bibendum vulputate, massa sem aliquet eros, eu venenatis mag   </p>
 
</p></div>
 
</p></div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
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                                     <p class="h2WM">Measurement & Modeling</p>
 
                                     <p class="h2WM">Measurement & Modeling</p>
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                                     <p>We measured noise in fluorescence data for dual-integrated sets of CFP and YFP under three promoters: BBa_R0010, BBa_R0011, and BBa_R0051. We also developed an analytic model of the impact of plasmid copy number fluctuations on transcriptional noise, which revealed that intrinsic noise cannot be accurately measured from reporters on the pSB1X3 plasmid series.</p>
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                                     <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus tincidunt, enim id pellentesque ullamcorper, quam nibh elementum lectus, in laoreet dolor diam pellentesque elit. Nullam at lorem urna. Vestibulum neque sem, viverra ut cursus volutpat, volutpat quis ex. Etiam posuere rutrum lacus, sed feugiat ex ornare pulvinar. .</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
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                                             <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement"><img alt="Click to go to Measurement" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/0f/WMRulerIconColor.png" height= "100" width= "150"/></a>
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                                             <a href = "https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Measurement"><img alt="Click to go to Measurement" src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/0f/WMRulerIconColor.png" height= "100" width= "150"/></a>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
−
                                         <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Measurement">Data & Analysis</a></h3>
+
                                         <h3><a href = "https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Measurement">Data & Analysis</a></h3>
 
                                        
 
                                        
 
                                     </div>
 
                                     </div>
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                                     <div class="card animation-2 add-animation animate">
 
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                                         <div class="icon">
−
                                             <a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling"><img alt="Click to go to the Model." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/72/WMNormalIconColor.png" height= "100" width= "150"/></a>
+
                                             <a href = "https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Modeling"><img alt="Click to go to the Model." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/72/WMNormalIconColor.png" height= "100" width= "150"/></a>
 
                                         </div>
 
                                         </div>
−
                                         <h3><a href = "https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Modeling">Plasmid Fluctuation Model</a></h3>
+
                                         <h3><a href = "https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Modeling">Plasmid Fluctuation Model</a></h3>
 
                                        
 
                                        
 
                                     </div>
 
                                     </div>
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                                         <p class = "h2WM">Human practices</p>
 
                                         <p class = "h2WM">Human practices</p>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
−
<p>Our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Human Practices effort</a> was a multi-faceted outreach approach to science literacy, focusing specifically on spreading a basic understanding of synthetic biology to the general public. We collaborated with numerous organizations to host nine educational Synthetic Biology workshops for the public (from first graders to adults!) and to implement our <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices#curriculum">educational 24-activity Synthetic Biology booklet</a> into schools worldwide, to further sustain our efforts for years to come.</p>
+
<p>Our <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Human_Practices">Human Practices effort</a> Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus tincidunt, enim id pellentesque ullamcorper, quam nibh elementum lectus, in laoreet dolor diam pellentesque elit. Nullam at lorem urna. Vestibulum neque sem, viverra ut cursus volutpat, volutpat quis ex. Etiam posuere rutrum lacus, sed feugiat ex ornare pulvinar. .</p>
 
                                     <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
 
                                     <div class="col-md-10 col-md-offset-1">
 
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                                                         <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
+
                                                         <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Human_Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/2/28/WMSpeechIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
−
                                                     <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Adult Communication</a></h3>
+
                                                     <h3><a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Human_Practices">Adult Communication</a></h3>
 
                                                 </div>
 
                                                 </div>
 
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−
                                                         <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/07/WMBooksIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
+
                                                         <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Human_Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/0/07/WMBooksIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
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                                                     <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Youth Education</a></h3>
+
                                                     <h3><a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Human_Practices">Youth Education</a></h3>
 
                                                 </div>
 
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                                                         <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
+
                                                         <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Human_Practices"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/3/3e/WMTimeIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
−
                                                     <h3><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Practices">Long-Term Sustainability</a></h3>
+
                                                     <h3><a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Human_Practices">Long-Term Sustainability</a></h3>
 
                                                 </div>
 
                                                 </div>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
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                                                         <p class="h2WM">Collaboration</p>
 
                                                         <p class="h2WM">Collaboration</p>
 
                     <!--                                    <div class="separator-container">
 
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                                                         </div>-->
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                                                         <p>W&M iGEM met and exceeded iGEM's collaboration requirements by collaborating with other researchers in four main ways: creating a pen pal program to connect teams with similar projects, participating in the interlab measurement study, interviewing the general public to provide data to future teams about how to communicate synthetic biology, and collaborating on individual research projects with iGEM teams from University of Georgia, University of Maryland, and Cambridge. </p>
+
                                                         <p>Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus tincidunt, enim id pellentesque ullamcorper, quam nibh elementum lectus, in laoreet dolor diam pellentesque elit. Nullam at lorem urna. Vestibulum neque sem, viverra ut cursus volutpat, volutpat quis ex. Etiam posuere rutrum lacus, sed feugiat ex ornare pulvinar. . </p>
 
                                                     </div>
 
                                                     </div>
 
                                                 </div>
 
                                                 </div>
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                                                         <div class="project">
 
                                                         <div class="project">
 
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c8/WmInter.jpg">
 
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/c/c8/WmInter.jpg">
−
                                                             <a class="over-area color-green" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Interlab">
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                                                             <a class="over-area color-green" href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Interlab">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                     <h4>Interlab Study</h4>
 
                                                                     <h4>Interlab Study</h4>
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                                                         <div class="project">
 
                                                         <div class="project">
 
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6f/Wmpenpal.jpg">
 
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/6/6f/Wmpenpal.jpg">
−
                                                             <a class="over-area color-black" href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations#penpals">
+
                                                             <a class="over-area color-black" href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Collaborations#penpals">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                     <h4>PenPal Program</h4>
 
                                                                     <h4>PenPal Program</h4>
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                                                         <div class="project">
 
                                                         <div class="project">
 
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/af/WmCollCam.png">                                     
 
                                                             <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/af/WmCollCam.png">                                     
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                                                             <a class="over-area color-blue " href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Collaborations#otherteams">
+
                                                             <a class="over-area color-blue " href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Collaborations#otherteams">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                 <div class="content">
 
                                                                     <h4>With Other Teams</h4>
 
                                                                     <h4>With Other Teams</h4>
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                                         <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 
                                         <div class="col-md-7 col-md-offset-1">
 
                                             <div class="content">
 
                                             <div class="content">
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                                                 <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Medal_Criteria">We're very proud of all of our accomplishments from over the summer! Click here to learn more about what we did to reach our goals.</a></p>
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                                                 <p><a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Medal_Criteria">We're very proud of all of our accomplishments! Click here to learn more about what we did to reach our goals.</a></p>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
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−
<!--End Medal Criteria -->                  
+
<!--End Medal Criteria -->    
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<!--Software starts here! -->
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                                                <p><a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Software">Click here to check out the software we made to help us make sense of sequencing results of complex parts!</a> </p>
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                                                <p class="h2WM">Software</p>
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<!--End software -->
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                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
 
                         <!-- Section "Team" example 1: Title & Full Image -->
Line 454: Line 423:
 
                                         <p class="h2WM">Team</p>
 
                                         <p class="h2WM">Team</p>
 
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                                         </div>-->
 
<div class="content">
 
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                                         <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Team"><p>Click here to learn more about our team.</p></a>
+
                                         <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Team"><p>Click here to learn more about our team.</p></a>
 
</div>
 
</div>
 
                                     </div>
 
                                     </div>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
 
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                             <div><br><br><br><br><br><br><br><br><br>
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                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/f/f5/WmTeam15a.png">
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                                 <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/9f/Pretoria_UP_Team_1.jpeg" width="100%">
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                         <!-- End Section "Team" example 1: Description & Full Image -->
 
                         <!-- End Section "Team" example 1: Description & Full Image -->
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<!--Software starts here! -->
 
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<div class="title">
 
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<p class="h2WM">2015 Jamboree Results</p>
 
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                                            <div class="content">
 
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                                                <p><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/b/b7/WM_Wins.jpg" width=600px> </p>
 
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                                            <div class="content" style="vertical-align:middle;">
 
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                                                <p>Undergraduate Grand Prize Winner<br><br>Best in Track: Measurement<br><br>Best Education & Public Engagement<br><br>Best Presentation<br><br>Nominee: Best Mathematical Model</p>
 
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<!--End software -->
 
  
 
                         <!-- Section "ref" example 2: Text & Icons -->
 
                         <!-- Section "ref" example 2: Text & Icons -->
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                                         <p class="h2WM">References</p>
 
                                         <p class="h2WM">References</p>
 
  <!--                                      <div class="separator-container">
 
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                                             <div class="separator line-separator">✻</div>
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                                             <div class="separator line-separator">?</div>
 
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                                             <div class="icon">
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                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Notebook"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/></a>
+
                                                 <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Notebook"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/a6/WMNotebookIconColor.png" height= "100" width= "90"/></a>
 
                                             </div>
 
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                                             <h3>
 
                                             <h3>
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<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Notebook">  
+
<a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Notebook">  
 
                             Notebook</a></h3>
 
                             Notebook</a></h3>
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
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                                             <div class="icon">
−
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Safety"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
+
                                                 <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Safety"><img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/7/79/WMGogglesIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Safety">  
+
<a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Safety">  
 
                             Safety</a></h3>
 
                             Safety</a></h3>
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
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−
                                                 <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Attributions"> <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
+
                                                 <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Attributions"> <img alt="..." src="https://static.igem.org/mediawiki/2015/a/aa/WMTUIconColor.png" height= "100" width= "100"/></a>
 
                                             </div>
 
                                             </div>
 
                                             <h3>
 
                                             <h3>
−
<a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary/Attributions">  
+
<a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP/Attributions">  
 
                             Attributions</a></h3>
 
                             Attributions</a></h3>
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
 
<!--                                            <h5 class="text-gray">explain</h5>-->
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                                     <ul>
 
                                     <ul>
 
                                         <li>
 
                                         <li>
−
                                             <a href="https://2015.igem.org/Team:William_and_Mary">
+
                                             <a href="https://2016.igem.org/Team:Pretoria_UP">
 
                                                 Home
 
                                                 Home
 
                                             </a>
 
                                             </a>
 
                                         </li>
 
                                         </li>
 
                                         <li>
 
                                         <li>
−
                                             <a href="mailto:igem@wm.edu">
+
                                             <a href="mailto:PretoriaUPiGEM@gmail.com">
 
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                                                 Contact
 
                                             </a>
 
                                             </a>
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                                 <div class="copyright">
−
                                     © 2015 William & Mary iGEM
+
                                     2016 UP_Pretoria iGEM
 
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Return to Team:William and Mary.
 

Revision as of 12:38, 16 August 2016

WATTS-APTAMER - UP_PRETORIA iGEM

...
Synthetic RNA aptamers for thylakoid tethering in photo-electrobiochemical cells

Parts

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First: Quisque feugiat imperdiet iaculis. Sed malesuada, felis quis egestas mollis, orci ex fermentum elit, sed varius nisl massa sit amet purus. Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et male.
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Measurement & Modeling

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