Difference between revisions of "Team:Ionis Paris/Protocol 8"

Line 209: Line 209:
 
          
 
          
 
   
 
   
        <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
+
    <!-- ====START SOCIAL Link==== -->
        <div class="footer_social">
+
    <div class="footer_social">
            <div class="container-fluid">
+
        <div class="container-fluid">
                <div class="row">
+
            <div class="row">
                    <ul class="ft_top clearfix">
+
                <ul class="ft_top clearfix">
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
                            <a href="https://www.facebook.com/ionisigem/?fref=ts" target="_blank">
+
                        <a href="https://www.facebook.com/ionisigem/?fref=ts" target="_blank">
                                <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
+
                            <i class="zmdi zmdi-facebook "></i>Facebook
                            </a>
+
                        </a>
                        </li>  
+
                    </li>
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
                            <a href="https://twitter.com/igem_ionis" target="_blank">
+
                        <a href="https://twitter.com/igem_ionis" target="_blank">
                                <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
+
                            <i class="zmdi zmdi-twitter"></i>Twitter
                            </a>
+
                        </a>
                        </li>  
+
                    </li>
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
                            <a href="https://www.youtube.com/channel/UC0RyQsB5YpweSRBYQlAdZDA" target="_blank">
+
                        <a href="https://www.youtube.com/channel/UC0RyQsB5YpweSRBYQlAdZDA" target="_blank">
                                <i class="zmdi zmdi-youtube"></i>youtube
+
                            <i class="zmdi zmdi-youtube"></i>youtube
                            </a>
+
                        </a>
                        </li>  
+
                    </li>
                        <li class="waves-effect waves-light">
+
                    <li class="waves-effect waves-light">
                            <a href="https://www.linkedin.com/company/igem-ionis" target="_blank">
+
                        <a href="https://www.linkedin.com/company/igem-ionis" target="_blank">
                                <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
+
                            <i class="zmdi zmdi-linkedin"></i>LinkedIn
                            </a>
+
                        </a>
                        </li>  
+
                    </li>
+
 
                    </ul>
+
                </ul>
                </div>
+
 
             </div>
 
             </div>
 
         </div>
 
         </div>
        <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
+
    </div>
       
+
    <!-- ====END FOOTER TOP==== -->
        <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
+
 
        <footer class="footer_area">
+
    <!-- ====START FOOTER AREA==== -->
            <div class="footer_middle">
+
    <footer class="footer_area">
                <div class="container">
+
        <div class="footer_middle">
                    <div class="row">
+
            <div class="container">
                        <div class="col-xs-12">
+
                <div class="row">
                            <div class="scroll_area">
+
                    <div class="col-xs-12">
                                <div class="sroll_top">
+
                        <div class="scroll_area">
                                  <a href="#back_to_the_top"> <i class="zmdi zmdi-chevron-up btn waves-effect"> </i> </a
+
                            <div class="sroll_top">
                                </div>
+
                                <a href="#ancre"> <i class="zmdi zmdi-chevron-up btn waves-effect"> </i> </a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 +
                </div>
 +
                <div class="row">
 
                     <div class="row">
 
                     <div class="row">
                      <div class="row">
 
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                         <div class="col-lg-5 col-md-5 col-sm-12">
 
                             <div class="middle_content">
 
                             <div class="middle_content">
                                 <h4>IONIS IGEM</h4>
+
                                 <h4>iGEM IONIS</h4>
                                 <p> We're a group of six different schools from the IONIS Education Group. For this competition we wanted to take advantages of the multiple schools and activity field given by the IONIS education group to create a solid project.</p>
+
                                 <p> We're a group of six different schools from the IONIS Education Group. For this
                              <a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Read More</a>
+
                                    competition we wanted to take advantages of the multiple schools and activity field
 +
                                    given by the IONIS education group to create a solid project.</p>
 +
                                <a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Read More</a>
 
                             </div>
 
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
             
+
 
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                         <div class="col-lg-3 col-lg-offset-1 col-md-4 col-sm-7">
 
                             <div class="footer_Widgets">
 
                             <div class="footer_Widgets">
Line 276: Line 278:
 
                                             <a href="mailto:igem.ionis@gmail.com">email: igem.ionis@gmail.com</a>
 
                                             <a href="mailto:igem.ionis@gmail.com">email: igem.ionis@gmail.com</a>
 
                                         </li>
 
                                         </li>
                                     
+
 
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
Line 282: Line 284:
 
                         </div>
 
                         </div>
  
                       
 
  
 
                     </div>
 
                     </div>
Line 294: Line 295:
 
                             <div class="col-md-7 fix_p_l">
 
                             <div class="col-md-7 fix_p_l">
 
                                 <nav>
 
                                 <nav>
                                     <ul class="ft_bottom">    
+
                                     <ul class="ft_bottom">
 
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris">Home</a></li>
 
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris">Home</a></li>
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/At_the_lab.html">At the Lab</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Working_at_La_Paillasse">in the Lab</a></li>
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/CelloCad"> Side Projects</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Measurement"> Side Projects</a></li>
                                         <li><a href="Results">Results</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Parts">Results</a></li>
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Human_Practice">Human Practice</a></li>
+
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/HPintro">Human
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team.html">Team</a></li>
+
                                            Practice</a></li>
 +
                                         <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Ionis_Paris/Team">Team</a></li>
 
                                     </ul>
 
                                     </ul>
 
                                 </nav>
 
                                 </nav>
Line 306: Line 308:
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                             <div class="col-md-5 fix_p">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
 
                                 <div class="ft_paragraph">
                                     <p>©IONIS_IGEM_2016</a>.</p>  
+
                                     <p>©IONIS_IGEM_2016</a>.</p>
 
                                 </div>
 
                                 </div>
                             </div>
+
                             </div>
 
                         </div>
 
                         </div>
 
                     </div>
 
                     </div>
 
                 </div>
 
                 </div>
             </div>            
+
             </div>
        </footer>
+
    </footer>
        <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
+
    <!-- ====END FOOTER AREA==== -->
     
+
 
        <!-- Nos scripts -->
+
    <!-- ====Google Maps API==== -->
<!-- TODO: Debug these scripts
+
    <script src="https://maps.googleapis.com/maps/api/js"></script>
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS_Venobox&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS_MDB&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS_Carousel&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
-->
+
        <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
+
  
 +
    <!-- Nos scripts -->
 +
    <script type="text/javascript" src="https://2016.igem.org/wiki/index.php?title=Template:IONIS_PARIS_JS&action=raw&ctype=text/javascript"></script>
  
     
 
 
</html>
 
</html>

Revision as of 11:11, 18 October 2016

Protocol 8 : Colony PCR

Aim: DNA Fragment amplification from bacteria colonies

Realize a mix by adding the following component in a 1,5mL Eppendorf tube. 50µL of mix must be made per desired PCR reaction)
NB : All components must be vortexed before use

Component Final concentration
Nuclease-free water
10X Standard Taq reaction Buffer 1X
10mM dNTPs 200µM
10µM Forward primer 0.2µM (0.05-1µM)
10µM Reverse primer 0.2µM (0.05-1µM)
Taq polymerase 5 units/50µL PCR

Add 50µL of the mix in each 0,2mL PCR tubes.
Pick a colony, add a stab of it into a PCR tube and put the rest of the colony on a new annotated and divided into square petri dish
Gently mix and spin down microcentrifuge PCR tubes. Transfer PCR tubes to a PCR machine with the block preheated to 95°C
Set the following parameters for the PCR reaction :

  • Lid Temperature: 95°C

  • Initial denaturation : 95°C 5 min

  • 25 cycles of :
    - 95°C 30 s
    - Tm* 1 min
    - 68°C; 1 min per kB (amplification)

  • Final extension : 68°C for 5 min

  • Hold at 4°C

  • *precise Tm for each primer

    Gel purification : Run samples on an electrophoresis gel to check cloning efficiency.
    See the appropriate protocol (Protocol 3 : Electrophoresis )

    Realize a bacterial miniculture of the colony with satisfying PCR results. Inoculate the colony grown on the divided into square petri dish into a 50mL Falcon tube with 5mL LB + appropriate antibiotic (chloramphenicol at 25µg/mL).
    This will serve for the subsequent miniprep. See the appropriate protocol (Protocol 9 : Miniprep )