Difference between revisions of "Team:TAS Taipei/Software"

 
(2 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 3: Line 3:
  
 
<head>
 
<head>
−
<title>Model - TAS Taipei iGEM Wiki</title>
+
<title>Software - TAS Taipei iGEM Wiki</title>
 
  <style type='text/css'>
 
  <style type='text/css'>
 
       #top_title, #sideMenu{
 
       #top_title, #sideMenu{
Line 67: Line 67:
 
<ul style='margin-left:0px'>
 
<ul style='margin-left:0px'>
 
<li class="dropdown">
 
<li class="dropdown">
−
<a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Description"><h4 class="dropdown-toggle disabled" data-toggle="dropdown"><b>PROJECT</b></h4></a>
+
<a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Background"><h4 class="dropdown-toggle disabled" data-toggle="dropdown"><b>PROJECT</b></h4></a>
 
<div class="dropdown-menu">
 
<div class="dropdown-menu">
 
<div class='subcategories_container'>
 
<div class='subcategories_container'>
 
<div>
 
<div>
−
<h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Description">Background</a></h5>
+
<h5><a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Background">Background</a></h5>
 
</div>
 
</div>
 
<div>
 
<div>
Line 158: Line 158:
 
</li>
 
</li>
 
<li class="dropdown">
 
<li class="dropdown">
−
<a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Safety"><h4 class='dropdown-toggle disabled' data-toggle="dropdown"><b>BIOSAFETY</b></h4></a>
+
<a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Safety"><h4 class='dropdown-toggle disabled' data-toggle="dropdown"><b>SAFETY</b></h4></a>
 
<div class="dropdown-menu">
 
<div class="dropdown-menu">
 
<div style='height:100px;'>
 
<div style='height:100px;'>
Line 228: Line 228:
 
<br>
 
<br>
 
<div class="row card" id='bodycontainer' class='row'>
 
<div class="row card" id='bodycontainer' class='row'>
−
<div class="col-sm-2" style='padding-left:8px;'>
+
<div class="col-sm-2" style='padding-left:5% padding-right:10%'>
−
<div id="category_navbar">
+
−
<ul class="nav nav-list" data-spy="affix" data-offset-top="160" style='-webkit-transform: translateZ(0);width:160px;margin-left:0' >
+
−
<li><a href="#lensmodel">Lens Cataract Model</a></li>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li> <a href="#LensPrevention">Prevention</a></li>
+
−
                            <li> <a href="#LensTreatment">Treatment</a></li>
+
−
                        </ul>
+
−
<li><a href="#construct">Construct</a></li>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li> <a href="#ConstructPrevention">Prevention</a></li>
+
−
                            <li> <a href="#ConstructTreatment">Treatment</a></li>
+
−
                        </ul>
+
−
                        <li><a href="#prototype">Delivery Prototype</a></li>
+
−
                        <ul>
+
−
                            <li> <a href="#step1">Purification</a></li>
+
−
                            <li> <a href="#step2">Nanoparticle</a></li>
+
−
                            <li> <a href="#step2i">Encapsulation</a></li>
+
−
                            <li> <a href="#step2ii">Release</a></li>
+
−
                            <li> <a href="#step3">Application</a></li>
+
−
                        </ul>
+
−
</ul>
+
−
</div>
+
−
 
+
 
</div>
 
</div>
  
Line 257: Line 235:
 
<div class="col-sm-10" style="padding-right:5%">
 
<div class="col-sm-10" style="padding-right:5%">
 
<h1>Software</h1>
 
<h1>Software</h1>
−
                                   
+
                    <div class = "row">
−
                  <div class = "row">
+
 
              <div class="col-sm-12">
 
              <div class="col-sm-12">
−
        <h2 id = 'construct'>Research</h2>
+
                          <div class="row">
−
                            <div class="row">
+
−
                               
+
 
                                 <div class="col-sm-12">
 
                                 <div class="col-sm-12">
−
                                <h3 id="ConstructPrevention"></h3>
+
                                    <h2 id="software">Generalized Nanoparticle Customizer</h2>
−
                                     <br>
+
                                     <p>We built a nanoparticle customizer, which allows you to track the concentration and rates of drug delivery to any part of the body using nanoparticles. You can customize your own design of nanoparticles, and analyze its function inside the body. </p>
−
                                <h3>Professional Help</h3>
+
                                   
−
                                <p>
+
                                    <p>These software tools are based off our model results. The specific equations used in this calculator can be found, in the collapsible details in the Model page.</p>
−
                                    In order to improve how we develop our prototype we needed to get in contact with experts in the fields of eye surgery and cataracts research. Our first step was to contact eye doctors to discuss any problems associated with current cataracts treatment. Finally, while developing our project we realized that cataracts is a major issue in pets and other animals as well as people. As a result, we contacted local veterinarians to discuss what pet owners do when their pets contract cataracts. As our project developed, we needed more specific information regarding our genes of interest, cataracts development, and our delivery mechanism. We contacted scientists doing research similar to our own to get their opinion on our projects progress.
+
                                   
−
                                </p>
+
                                    <p>This computational software can be used by future iGEM teams who are interested in using nanoparticles to efficiently deliver their synthesized proteins. The calculational tool is programmed on a Google Spreadsheet. Click the button below to visit the spreadsheet. Please make a copy of the spreadsheet to freely use it.</p>
 +
                                   
 +
                                    <a href="https://docs.google.com/spreadsheets/d/1kOSX_8kB_JrRxCTKfz8-xIw6D3ocg9k6pY2wdRickec/edit?usp=sharing"><button type="button" class="btn btn-primary btn-lg">Click to visit our Nanoparticle Customizer!</button></a>
 +
                                   
 +
                                   
 
                                 </div>
 
                                 </div>
−
                               
+
                             </div>  
−
                             </div>
+
                           <h2 id="software">Cataract - Specific Calculator Tool</h2>
−
                           <br><br>
+
                          <p>We also built two calculators, one for prevention, one for treatment, that is specific to our project.</p>
−
                             <div class="row">
+
                           
−
                                <div class="col-sm-12">
+
 
−
                                    <h3 id="ConstructPrevention"></h3>
+
                             <div style = "border-style:solid; text-align:center; padding:20px" class="col-sm-12">
 +
                                    <div class="row">
 +
                                    <h2 style = "padding:0">CALCULATOR</h2>
 +
 
 +
                                        <div class="col-sm-6">
 +
                                        <h3 style="padding:0">Prevention</h3>
 +
                                        <script>
 +
                                            function round(value, decimals) {
 +
                                                return Number(Math.round(value+'e'+decimals)+'e-'+decimals);
 +
                                            }
 +
                                            calculateee = function(){
 +
                                                var XInputLOCSP = document.getElementById("inputLOCS").value;
 +
                                                var XCrystDamP = -0.04559+0.3627*(XInputLOCSP)-0.06248*Math.pow(XInputLOCSP,2)+0.03313*Math.pow(XInputLOCSP,3);
 +
                                                var XGSRP = 171.9*Math.exp(-5.497*XCrystDamP)+41.23*Math.exp(-0.955*XCrystDamP)+27.01;
 +
                                                var XNPConcP = (XGSRP/10-1)/((0.04555-7.9*Math.pow(10,-6)*200));
 +
                                                var XEyedropP = XNPConcP/14.04;
 +
                                                var XResultP = XEyedropP*50/100;
 +
 
 +
                                                XInputLOCSPid.innerHTML = round(XInputLOCSP,1);
 +
                                                XCrysDamPid.innerHTML = round(XCrystDamP,4);
 +
                                                XGSRPid.innerHTML = round(XGSRP,2);
 +
                                                XNPConcPid.innerHTML = round(XNPConcP,2);
 +
                                                XEyedropPid.innerHTML = round(XEyedropP,2);
 +
                                                XResultPid.innerHTML = round(XResultP,2);
 +
 
 +
 
 +
                                            }
 +
                                        </script>
 +
 
 +
 
 +
                                        <span style="width:70%">LOCS Score Threshold:  </span><input id = "inputLOCS" type="text" style="width:30%">
 +
 
 +
                                        <br><span style="font-size:13px">We guarentee that by applying this prevention eyedrop daily, your LOCS score will remain below your threshold for 50 years.</span>
 +
                                        <br><button onclick = "calculateee()">Calculate!</button><br>
 
                                         <br>
 
                                         <br>
−
                                    <h4>Contact with Eye Doctors</h4>
+
                                        <span>Prevention Results </span>
−
                                    <p>
+
 
−
                                        Eye doctors are on the front lines, delivering cataracts surgery, some privately and others for charity in organizations such as the Himalayan Cataracts Projects. We contacted local Taiwanese Eye Doctors to ask them about cataracts surgery. Here is a list of the doctors we contacted along with the information they provided:
+
                                        <table class="table table-hover fixed" style="font:16px">
−
                                    </p>
+
                                            <col width="150px" />
−
                                </div>
+
                                            <col width="150px" />
−
                               
+
                                            <col width="100px" />
−
                               
+
                                            <thead>
−
                            </div>
+
                                                <tr>
−
                            <div class="row">
+
                                                    <th>Variable</th>
−
                                <div class="col-sm-6">
+
                                                    <th>Value</th>
−
                                    <h3 id="ConstructPrevention"></h3>
+
                                                    <th>Source</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody align="right">
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Allowable LOCS</td>
 +
                                                    <td> <span id="XInputLOCSPid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></td>
 +
 
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Crystallin Damage</td>
 +
                                                    <td> <span id="XCrysDamPid">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>&nbsp; c.d.</td>
 +
 
 +
                                                    <td>Model 1</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>GSR Maintained</td>
 +
                                                    <td> <span id="XGSRPid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; uM</td>
 +
 
 +
                                                    <td>Model 2</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Nanoparticle Conc.</td>
 +
                                                    <td> <span id="XNPConcPid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; uM</td>
 +
 
 +
                                                    <td>Model 3</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Eyedrop Conc.</td>
 +
                                                    <td> <span id="XEyedropPid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; mM</td>
 +
 
 +
                                                    <td>Model 4</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Eyedrop Result</td>
 +
                                                    <td> <span id="XResultPid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; mg/mL</td>
 +
 
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                        </table>
 +
 
 +
                                    </div>
 +
                                        <div class="col-sm-6">
 +
                                        <h3 style="padding:0">Treatment</h3>
 +
                                        <script>
 +
                                            function round(value, decimals) {
 +
                                                return Number(Math.round(value+'e'+decimals)+'e-'+decimals);
 +
                                            }
 +
                                            calculateeeT = function(){
 +
                                                var XInputLOCST = document.getElementById("inputLOCSTget").value;
 +
                                                var XCrysDamT = -0.04559+0.3627*(XInputLOCST)-0.06248*Math.pow(XInputLOCST,2)+0.03313*Math.pow(XInputLOCST,3);
 +
                                                var XAbsorbanceT = XCrysDamT/9.276;
 +
                                                var XCH25HT = XAbsorbanceT/0.228;
 +
 
 +
                                                var XEyedropT = XCH25HT/14.04/0.001;
 +
                                                var XResultT = XEyedropT*50/1000;
 +
                                                var XNumofEyedropT = Math.ceil(XResultT/0.75);
 +
 
 +
                                                XInputLOCSTid.innerHTML = round(XInputLOCST,1);
 +
                                                XCrysDamTid.innerHTML = round(XCrysDamT,4);
 +
                                                XAbsorbanceTid.innerHTML = round(XAbsorbanceT,3)
 +
                                                XCH25HTid.innerHTML = round(XCH25HT,2);
 +
 
 +
                                                XEyedropTid.innerHTML = round(XEyedropT,2);
 +
                                                XResultTid.innerHTML = round(XResultT,2);
 +
                                                XNumofEyeDropTid.innerHTML = XNumofEyedropT;
 +
 
 +
 
 +
                                            }
 +
                                        </script>
 +
 
 +
 
 +
                                        <span style="width:70%">Your current LOCS Score:  </span><input id = "inputLOCSTget" type="text" style="width:30%">
 +
 
 +
                                        <br><span style="font-size:13px">By applying the following treatment, leaving an hour before each dose of eyedrops, we guarentee that it will lower your LOCS score to essentially 0.</span>
 +
                                        <br><button onclick = "calculateeeT()">Calculate!</button><br>
 
                                         <br>
 
                                         <br>
−
                                    <p>
+
                                        <span>Treatment Results </span>
−
                                         Dr. Wei-Chi Wu is a retina specialist and an associate professor at Chang Gung memorial hospital in Taiwan. According to Dr. Wu current cataracts surgery methods are efficient and effective, but are not without their issues. Besides the issue of price, there can also be several different post-surgery complications such as infection, hemorrhaging, or secondary glaucoma. In regards to our project, he said one of the biggest issues we would face is non-invasive delivery. Currently, injections and incisions are the only methods for delivery because all current potential methods of noninvasive delivery either lack efficiency or induce with side effects.
+
 
−
                                    </p>
+
                                         <table class="table table-hover fixed" style="font:16px"> 
−
                                </div>
+
                                            <col width="150px" />
−
                                <figure class = "col-sm-6">
+
                                            <col width="150px" />
−
        <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/67/T--TAS_Taipei--GSR_Construct_Experimental.jpg">
+
                                            <col width="100px" />
−
                                    <figcaption class='darkblue'><b>Figure X. </b>Full Construct.</figcaption>
+
                                            <thead>
−
                                </figure>
+
                                                <tr>
 +
                                                    <th>Variable</th>
 +
                                                    <th>Value</th>
 +
                                                    <th>Source</th>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </thead>
 +
                                            <tbody align="right">
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Allowable LOCS</td>
 +
                                                    <td> <span id="XInputLOCSTid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span></td>
 +
 
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Crystallin Damage</td>
 +
                                                    <td> <span id="XCrysDamTid">&nbsp;&nbsp;&nbsp; </span>&nbsp; c.d.</td>
 +
 
 +
                                                    <td>Model 2</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Absorbance</td>
 +
                                                    <td> <span id="XAbsorbanceTid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; a.u.</td>
 +
 
 +
                                                    <td>Model 1</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>CH25H</td>
 +
                                                    <td> <span id="XCH25HTid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; uM</td>
 +
 
 +
                                                    <td>Model 5</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Eyedrop Conc.</td>
 +
                                                    <td> <span id="XEyedropTid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; uM</td>
 +
 
 +
                                                    <td>Model 4</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>Eyedrop Result</td>
 +
                                                    <td> <span id="XResultTid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; mg/mL</td>
 +
                                                       
 +
                                                    <td>Model 4</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td># of Eyedrops</td>
 +
                                                    <td> <span id="XNumofEyeDropTid">&nbsp;&nbsp;&nbsp;</span>&nbsp; drops</td>
 +
 
 +
                                                    <td>(of 0.8 mg/mL eyedrop)</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </tbody>
 +
                                        </table>
 +
 
 +
                                    </div>
 +
                                  </div>
 +
                            </div>  
 
                                  
 
                                  
 +
                                       
 +
                         
 +
 +
                            </div>
 
                                  
 
                                  
−
                             </div>
+
 
 +
 
 +
           
 +
                           
 +
                           
 +
                               
 +
                              
 
                            
 
                            
−
                    </div>
+
                        </div> <!-- Container -->
−
                </div>
+
                      
−
                     <br><br     
+
 
                  
 
                  
−
                    <div class = "row">
+
               
−
  <div class="col-sm-12">
+
               
−
<h3>Citations</h3>
+
                   
−
        <br> <br>  <br>  <br>  <br>  <br>  <br>  <br>           
+
−
  </div>
+
−
    </div>
+
 
             </div>
 
             </div>
 
</div>
 
</div>
Line 344: Line 493:
 
var nowRadius = 0
 
var nowRadius = 0
 
$(function() {
 
$(function() {
−
     if (screen.width < 1400)
+
     if (screen.width > 1800)
−
       document.body.style.zoom="72%"; // zoom in or out feature
+
       $("#slideoutco").fadeOut(0);
−
    else if (screen.width < 1500)
+
−
      document.body.style.zoom = "77%";
+
−
    else if (screen.width < 1600)
+
−
      document.body.style.zoom="83%";
+
−
    else if (screen.width < 1700)
+
−
      document.body.style.zoom="90%";
+
−
    else if (screen.width < 1800)
+
−
      document.body.style.zoom="96%";
+
−
    else document.body.style.zoom="100%";
+
 
     $({blurRadius: 0}).animate({blurRadius: 10}, {
 
     $({blurRadius: 0}).animate({blurRadius: 10}, {
 
         duration: 20000,
 
         duration: 20000,
Line 609: Line 749:
 
     <div id="slidecontentco">
 
     <div id="slidecontentco">
 
         <div id="slidecontenttext" class="alert alert-danger">
 
         <div id="slidecontenttext" class="alert alert-danger">
−
             <p style="font-size:14px !important"> <a href="#" class="close" data-dismiss="alert" style="font:18px">&times;</a>
+
             <p style="font-size:14px !important"> <a href="#" class="close" data-dismiss="alert">&times;</a>
−
                 <strong>The tutorial is disabled.</strong> &#160; &#160; &#160; &#160; &#160;<a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Wiki_Standard_Pages#Animation"><button  type="button" class="btn btn-danger btn-sm">?</button> </a><span style="font-size:14px"><br>Turn off prevention eyedrops to activate the animation. For a full tutorial, click the question mark. </span></p>
+
                 <strong>Zoom out to see animation.</strong> &#160; &#160; &#160; &#160; &#160;<a href="https://2016.igem.org/Team:TAS_Taipei/Wiki_Standard_Pages#Animation"><button  type="button" class="btn btn-danger btn-sm">?</button> </a><span style="font-size:14px"><br>Your screen resolution is too low unless you zoom out </span></p>
 
              
 
              
 
         </div>
 
         </div>
 
     </div>
 
     </div>
 
</div>
 
</div>
 +
  
 
<javascript>
 
<javascript>

Latest revision as of 01:54, 20 October 2016

Software - TAS Taipei iGEM Wiki




C◎UNTERACTS

Software

Generalized Nanoparticle Customizer

We built a nanoparticle customizer, which allows you to track the concentration and rates of drug delivery to any part of the body using nanoparticles. You can customize your own design of nanoparticles, and analyze its function inside the body.

These software tools are based off our model results. The specific equations used in this calculator can be found, in the collapsible details in the Model page.

This computational software can be used by future iGEM teams who are interested in using nanoparticles to efficiently deliver their synthesized proteins. The calculational tool is programmed on a Google Spreadsheet. Click the button below to visit the spreadsheet. Please make a copy of the spreadsheet to freely use it.

Cataract - Specific Calculator Tool

We also built two calculators, one for prevention, one for treatment, that is specific to our project.

CALCULATOR

Prevention

LOCS Score Threshold:
We guarentee that by applying this prevention eyedrop daily, your LOCS score will remain below your threshold for 50 years.


Prevention Results
Variable Value Source
Allowable LOCS    
Crystallin Damage       c.d. Model 1
GSR Maintained      uM Model 2
Nanoparticle Conc.      uM Model 3
Eyedrop Conc.      mM Model 4
Eyedrop Result      mg/mL

Treatment

Your current LOCS Score:
By applying the following treatment, leaving an hour before each dose of eyedrops, we guarentee that it will lower your LOCS score to essentially 0.


Treatment Results
Variable Value Source
Allowable LOCS    
Crystallin Damage       c.d. Model 2
Absorbance      a.u. Model 1
CH25H      uM Model 5
Eyedrop Conc.      uM Model 4
Eyedrop Result      mg/mL Model 4
# of Eyedrops      drops (of 0.8 mg/mL eyedrop)



Prevention

GSR Eyedrop

Treatment

25HC Eyedrop

LOCS: 0      


Eyedrops




× Zoom out to see animation.          
Your screen resolution is too low unless you zoom out