Difference between revisions of "Team:Valencia UPV/Notebook"

Revision as of 16:51, 27 August 2016

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18/05/2016

Take glycerinated cultures of C58 Agrobacterium with dsRED from GoldenBraid Collection. Prepare broth culture (5 mL LB + 5 μL kanamycin + 5 μL Rifampin) 1:1000 and incubate overnight at 28°C.

19/05/2016

Refresh previously made culture by inoculating 10 μL in a new culture medium.

20/05/2016

Agroinfiltration in Nicotiana benthamiana of C58 with dsRED.

06/06/2016

Take from the glycerinates of Goldenbraid Collection:

Plasmid	GB Code
pD6B3 α1	GB0015
pD6B3 α2	GB0017
pD6B3 Ω1	GB0019
pD6B3 Ω2	GB0021
pUPD2	GB0307

Prepare liquid culture (3 mL LB + 3 μL antibiotic) 1:1000. Incubate at 37°C overnight.

Experiment with snails:

Let both N. benthamiana leafs with snails overnight at room temperature in separated boxes. We will observe if snails eat the leafs and if appears fluorescence.

15/06/2016

Experiment is over due to snails haven’t eaten leafs enough so we have not been able to see fluorescence.

30/06/2016

Orange DNA Genome Extraction protocol

Take from the glycerinates of GoldenBraid Collection:

Plasmid	GB Code
Promoter 35s:Cas9:nopaline synthase terminator (Tnos)	GB0639
Luciferase (Luc) in pUPD2	GB0096
Tnos in pUPD2	GB0037

01/07/2016

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Promoter 35s:Cas9 : Tnos

Luciferase and nopaline synthase terminator cultures haven’t succeed. Repeat Luc and Tnos cultures.

Primers IG16JUN01 and IG16JUN02 have arrived.

Finish orange DNA Genome Extraction and check DNA concentration with NanoDrop. Concentration is very low so extraction will be done again.

02/07/2016

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Luc in pUPD2
- Tnos in pUPD2

Check orange DNA genome concentration with NanoDrop.

Sample	DNA concentration (ng / μL)
Clemenules1	3153.8
Clemenules 2	4527.9

Perform a PCR to bind linker with luciferase:

Reagent	Volume(μL)	Program
LuciferasepUPD	1	Temperature	Time
Buffer HF	10	98°C	5 minutes
dNTPs	2	98°C	35x	30 seconds
IG16JUN01	2.5	70°C		30 seconds
IG16JUN02	2.5	72°C		1 minute 30 seconds
Taq phusion	0.5	72°C	10 minutes
H₂O milli-Q	31.5	16°C	∞

04/07/2016

Run electrophoresis gel of Clemenules DNA (agarose 1%). 45 mL agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage used is 100 V.

Rice DNA Genome Extraction Protocol

Run electrophoresis gel of Luciferase PCR product. 45 mL agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage used is 100 V.

Ligate Reaction

Transform E. coli DH5α with it. The method that is necessary to carry out this procedure is explained in protocols

Check DNA concentration with NanoDrop.

SAMPLE	DNA Concentration(ng / μL)
Rice Gleva 1	22.8
Rice Gleva 2	17.3

05/07/2016

Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. We have checked that there isn’t DNA.

Repeat: Rice DNA Genome Extraction

Check DNA concentration with NanoDrop.

SAMPLE	DNA Concentration(ng / μL)
Rice Gleva 1	294.9
Rice Gleva 2	193.7

Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. It observed that genome extraction is correctly done.

06/07/2016

Take glycerinated cultures from Goldenbraid Collection:

GB part	Plasmid	Antibiotic	Number GB
psgRNA	pUPD	Ampicillin	0645
U6-26	pUPD	Ampicillin	1001

07/07/2016

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- psgRNA in pUPD2
- U6-26 in pUPD2

Primers IG16JUL01, IG16JUL02, IG16JUL03, IG16JUL04, IG16JUL05, IG16JUL06, IG16JUL07 and IG16JUL08 arrived.

gBlocks of - promoter 35s:5’ region - have arrived.

We perform a PCR of orange and rice Genome Extraction following the protocol

Sample	Initial concentration(ng/μL)	Final concentration(ng/μL)	Initial volume(μL)	Final volume (μL)
Clemenules 1	3153.8	150	4.756	100
Clemenules 2	4527.9	150	3.31	100
Gleva 1	294.9	150	50.8647	100
Gleva 2	193.7	150	77.44	100

Reagent	Volume(μL)	Program
Clemenules DNA 1	1	Temperature	Time
Buffer HF	10	98°C	5 minutes
dNTPs	2	98°C	35x	30 seconds
IG16JUL01 (TFL_For)	2.5	64°C		30 seconds
IG16JUL02 (TFL_Rev)	2.5	72°C		30 seconds
Taq phusion	0.5	72°C	10 minutes
H₂O milli-Q	31.5	16°C	∞

Reagent	Volume(μL)	Program
Gleva DNA	1	Temperature	Time
Buffer HF	10	98°C	5 minutes
dNTPs	2	98°C	35x	30 seconds
IG16JUL03 (Ga20_for)	2.5	72°C		30 seconds
IG16JUL02 (Ga20_rev)	2.5	72°C		30 seconds
Taq phusion	0.5	72°C	10 minutes
H₂O milli-Q	31.5	16°C	∞

Ligate reaction of promoter 35s:5’ region in pUPD2. Following ligation protocol , BsmbI enzyme is used in this reaction.

08/07/2016

Run electrophoresis gel of Clemenules and Gleva PCR products. 45 mL agarose gel at 1 % 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage used is 120 V.

Transform E. coli with the next devise: promoter 35s:5’ region (electroporation 2.5KV). Plating it and incubate overnight at 37°C.

Take glycerinated culture for Georgia collaboration. The devise is promoter 35s:GFP:Tnos (α1 and kanamycin)

09/07/2016

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- promoter 35s:GFP:Tnos

No colonies have grown in the devise promoter 35s:5’ region petri dishes. Repeat transformation procedure, plating again and incubate overnight at 37°C.

11/07/2016

Pick a single E. coli DH5α (promoter 35s:5’ region in pUPD2) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37°C with shaking.

Check Georgia miniprep concentration with NanoDrop (promoter 35s:GFP : Tnos)

Sample	DNA Concentration(ng / μL)	DNA Concentration(ng)
1	105.2	5035.2
2	104.6	5035.2

Targets ligations in pUPD2 (Orange Clemenules and Rice Gleva). Following ligation protocol , BsmbI enzyme is used in this reaction.

12/07/2016

Pick a single E. coli DH5α (target Gleva in pUPD2 and target Clemenules in pUPD2) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it 16 hours at 37°C.

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Promoter 35s:5’region in pUPD2

Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at 37°C

Run electrophoresis gel of the following devise: promoter 35s:5’ region in pUPD2. We remain the samples 1 and 3.

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Rice Gleva target in pUPD2
- Orange Clemenules target in pUPD2

Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at 37°C.

Run electrophoresis gel of the same devise:
- Rice Gleva target in pUPD2
- Orange Clemenules target in pUPD2

Ligation using Golden Braid assembly of the next devise:
- Promoter 35s:5’ region:Target:Luc:Tnos in α1 plasmid.

13/07/2016

E. coli Transformation with the devise:
- Promoter 35s:5’ region:Target:Luc:Tnos in α1 plasmid.

E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic). Incubate overnight at 37°C

14/07/2016

Pick a single E. coli DH5α (promoter 35s:5’ region) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it 16 hours at 37°C.

Primers IG16JUL09, IG16JUL10, IG16JUL11, IG16JUL12, IG16JUL13, IG16JUL14, IG16JUL15 and IG16JUL16 arrived.

Ligation using Golden Braid assembly of the next devises:
- promoter 35s:5’ region:Clemenules target control positive:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Gleva target control positive:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Clemenules target consensus:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Gleva target consensus:Luc:Tnos
- promoter U6-26:sgRNA Clemenules: psgRNA (scaffold)
- promoter U6-26:sgRNA Gleva: psgRNA (scaffold)

Step 1: Annealing of oligonucleotides. Received primers are at 1uM. It is necessary taking to 10 uM.
Mix in an Eppendorf:
18 μL of H₂O milli-Q
1 μL forward primer
1 μL reverse primer

Step 2: Ligation reaction

	Reagent	Volume (μL)
	Target control positive / Target consensus	1
	promoter 35s:5’ region	1
	Luciferase	1
	Tnos	1
	α1 plasmid	1
	BSA10X	1.2
	Ligase Buffer	1.2
	BsaI	1
	T4 ligase	1
	H₂O milli-Q	2.6

	Reagent	Volume (μL)
	sgRNA Clemenules / sgRNA Gleva	1
	promoter U6 -26	1
	psgRNA (scaffold)	1
	α1 plasmid	1
	BSA10X	1.2
	Ligase Buffer	1.2
	BsaI	1
	T4 ligase	1
	H₂O milli-Q	3.6

E. coli Transformation with the devises previously explained.

E. coli plating in 6 plates (6 ligation reactions) with Kanamycin (antibiotic). Incubate overnight at 37°C.

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Promoter 35s:5’ region : CL target : Luc : Tnos (3α1)
- Promoter 35s:5’ region : A target : Luc : Tnos (3α1)

Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at 37°C

15/07/2016

Ligation using Golden Braid assembly of the next devises:
- Promoter 35s:Cas9:Tnos – promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target:Luc:Tnos
- Promoter 35s:Cas9:Tnos – promoter 35s:5’ region:Ga20ox Rice target:Luc:Tnos

E. coli Transformation with the devises previously explained.

Run an electrophoresis gel of the products from the digestion of minipreps. The devises are:
- Promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target:Luc:Tnos (3α1)
- Promoter 35s:5’ region :Ga20ox Rice target:Luc:Tnos (3α1)

Sequencing the following products:
- Promotor 35s:5’ region in pUPD2 → correct

16/07/2016

Transformations in E. coli DH5α with:
- Promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target:Luc:Tnos (3α1)
- Promoter 35s:5’ region:Ga20ox Rice target:Luc:Tnos (3α1)

Plating the last devises in 2 plates with Agrobacterium C58. Incubate 2 days at 28°C.

Minipreps (2 samples for each devise) with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Promoter 35s:5’ region:Clemenules target control positive:Luc:Tnos
- Promoter 35s:5’ region:Gleva target control positive:Luc:Tnos
- Promoter 35s:5’ region:Clemenules target consensus:Luc:Tnos
- Promoter 35s:5’ region:Gleva target consensus:Luc:Tnos
- Promoter U6-26:sgRNA Clemenules:psgRNA (scaffold)
- Promoter U6-26:sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)

Ligation using Golden Braid assembly of the next devises:
- Promotor 35s:Cas9:Tnos – U6:TFL Clemenules sgRNA:psgRNA (scaffold) (Ω1)
- Promotor 35s:Cas9:Tnos – U6: Ga20ox Rice sgRNA:psgRNA (scaffold) (Ω1)

Reagent	Volume (μL)
Promotor 35s:Cas9 : Tnos	1
U6-26:TFL Clemenules sgRNA:psgRNA / U6-26:Ga20ox rice sgRNA:psgRNA	1
3Ω1	1
BSA10X	1.2
Ligase Buffer	1.2
BsmbI	1
T4 ligase	1
H₂O milli-Q	4.6

Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done before. Incubate 1 hour at 37°C. There is a total of twelve minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol .

Run electrophoresis gel of the digestion products.

Lanes	Samples	Verification
1	1 Kb molecular weight marker
2	gRNA Ga20ox 1
3	gRNA Ga20ox 2
4	Ga20ox consensus 1
5	Ga20ox consensus 2
6	Ga20ox knock-out 1
7	Ga20ox knock-out 2
8	TFL consensus 1
9	TFL consensus 2
10	TFL knock-out 1
11	TFL knock-out 2
12	TFL gRNA 1
13	TFL gRNA 2
14	1 Kb molecular weight marker

Pick a single E. coli DH5α colony from the plates that have been incubated overnight. The devises are:
- Promoter 35s:TFL Knock-out:Luc:Tnos (4 samples)
- Promoter U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA (2 samples)

Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it 16 hours at 37°C.

17/07/2016

Transformation in DH5α E. coli with:
- Promoter 35s:Cas9:Tnos – U6:TFL Clemenules sgRNA:psgRNA (scaffold) (Ω1)
- Promoter 35s:Cas9:Tnos – U6:Ga20ox sgRNA:psgRNA (scaffold) (Ω1)

Plating E. coli transformations in plates with LB + agar + IPTG + XGal and incubate it overnight at 37°C.

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Promoter U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA
- Promoter 35s:5’ region:TFL Knock-out:Luc:Tnos (3α1)

Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done before. Incubate 1 hour at 37°C. There is a total of six minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol .

Run an electrophoresis gel of the digestion products.

Lanes	Samples	Verification
1	1 Kb molecular weight marker
2	gRNA Ga20ox 1
3	gRNA Ga20ox 2
4	gRNA Ga20ox 3
5	gRNA Ga20ox 4
6	TFL knock-out 1
7	TFL knock-out 2
8	1 Kb molecular weight marker

However, despite the fact that electrophoresis gel have correctly run, we have decided to repeat the ligation reactions. We have not get the expected results for a gRNA.

Ligation using Golden Braid assembly of the next devises:
- Promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target control positive:Luc:Tnos
- Promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target control positive:Luc:Tnos
- Promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target consensus:Luc:Tnos
- Promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target consensus:Luc:Tnos
- Promoter U6-26:sgRNA Clemenules:psgRNA (scaffold)
- Promoter U6-26:sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)

Reagent	Volume(μL)	Reagent	Volume(μL)
TFL/Ga20ox gRNA	1	promoter 35s:5’region	1
U6-26	1	TFL/Ga20ox consensus TFL/Ga20ox knock-out	1
psgRNA	1	luciferase	1
3α1	1	Tnos	1
BSA10X	1.2	3α1	1
Ligase Buffer	1.2	BSA10X	1.2
BsaI	1	Ligase Buffer	1.2
T4 ligase	1	BsmbI	1
H₂O milli-Q	3.6	T4 ligase	1
		H₂O milli-Q	2.6

18/07/2016

Transformation in DH5α E. coli with ligation products (consensus targets and knock-out targets of TFL and Ga20ox as well as their gRNAs)

Plating E. coli transformations in plates with LB + agar + IPTG + XGal and incubate it overnight at 37°C.

Pick a single Agrobacterium C58 colony from the plates that have been incubating since 16/06/2016. The devises are:
- Promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target:Luc:Tnos (3α1)
- Promoter 35s:5’ region:Ga20ox Rice target:Luc:Tnos (3α1)

Incubate it 48 hours at 28°C.

19/07/2016

Pick transformed E. coli colony from the incubated plates. The devises are:
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target control positive:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target control positive:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target consensus:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target consensus:Luc:Tnos
- promoter U6-26: sgRNA Clemenules:psgRNA (scaffold)
- promoter U6-26: sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)

Incubate it overnight at 37°C.

20/07/2016

Miniprep with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target knock-out:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target control knock-out:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target consensus:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target consensus:Luc:Tnos
- promoter U6-26:sgRNA TFL Clemenules:psgRNA (scaffold)
- promoter U6-26:sgRNA Ga20ox Gleva:psgRNA (scaffold)

Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done before. Incubate 1 hour at 37°C. There is a total of six minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol .

Run an electrophoresis gel of the digestion products. We will keep the minipreps with “1”.

Lanes	Samples	Verification
1	1 Kb molecular weight marker
2	gRNA TFL 1
3	gRNA TFL 2
4	TFL consensus 1
5	TFL consensus 2
6	TFL knock-out 1
7	TFL knock-out 2
8	1 Kb molecular weight marker
9	gRNA Ga20ox 1
10	gRNA Ga20ox 2
11	Ga20ox consensus 1
12	Ga20ox consensus 2
13	Ga20ox knock-out 1
14	Ga20ox knock-out 2
15	1 Kb molecular weight marker

Ligation using Golden Braid assembly of the next devises. Is used the restriction enzyme BsmbI.
- promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA
- Promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA

21/07/2016

Transformations in E. coli DH5α with:
- promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA
- promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA

Incubate 2 hours at 37°C.

Plating E. coli transformation explained before and incubate it at 37°C overnight.

Agrobacterium C58 transformation with:
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target knock-out:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target control knock-out:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target consensus:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target consensus:Luc:Tnos

Incubate 48 hours at 28°C.

22/07/2016

Sequencing reaction:

Reagent	Volume (μL)
Primer in order to sequence	3
Miniprep reaction	5
H₂O milli-Q	6

Sequence	Order
TFL gRNA	210.13.201
Ga20 gRNA	210.13.202

Ordered the necessary primers to sequence: TFL consensus, TFL knockout, Ga20ox consensus and Ga20ox knockout.

E. coli transformations with:
- Promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA: psgRNA

Plating the last devise in plates with Agrobacterium C58. Plates contain spec + IPTG + X-Gal. Incubate 2 days at 28°C.

Pick a single E. coli DH5α (promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA) colony from the plates that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of spectinomycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37°C with shaking.

23/07/2016

Minipreps (4 samples for each devise) with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA
- promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA

Digestion of minipreps with BamHI following digestion protocol . Incubate 1 hour at 37°C.

Run an electrophoresis gel of the digestion products. We will keep the minipreps with the sample number 4 for TFL sgRNA and the sample number 2 for Ga20ox sgRNA.

Pick a single Agrobacterium C58 (promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA ) colony from the plates that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 5 ml of LB medium with 5 μL of spectinomycin and kanamycin in a falcon tube with the colony and incubate it overnight at 28°C with shaking.

Agrobacterium C58 transformations with:
- promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA
- promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA

24/07/2016

Store the next cultures at -80°C:
- promoter 35s:5’ region in pUPD2 (DH5α) number 1
- Linker: luciferase in pUPD2 (DH5α) number 2

25/07/2016

Pick a single Agrobacterium C58 (promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA in 3Ω1 and promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA in 3Ω1 ) colony from the plates that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 5 ml of LB medium with 5 μL of spectinomycin and kanamycin in a falcon tube with the colony and incubate it overnight at 28°C with shaking.

Incubate it 48 hours at 28°C

Minipreps of Agrobacterium with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target control positive:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target control positive:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target consensus:Luc:Tnos
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target consensus:Luc:Tnos

Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI. Incubate 1 hour at 37°C.

Run an electrophoresis gel of the digestion products.

Lanes	Samples	Verification
1	1 Kb molecular weight marker
2	Target Ga20ox consensus
3	Target Ga20ox Knock-out
4	Target TFL consensus
5	Target TFL knock-out
6	1 Kb molecular weight marker

26/07/2016

Minipreps with E.Z.N.A. ® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- promoter 35s:5’ region:TFL Clemenules target:Luc:Tnos in 3α1 plasmid from C58 Agrobacterium
- promoter 35s:5’ region:Ga20ox Gleva target:Luc:Tnos in 3α1 plasmid from C58 Agrobacterium

Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI. Incubate 1 hour at 37°C.

Run an electrophoresis gel of the digestion products:

Lanes	Samples	Verification
1	1 Kb molecular weight marker
2	promoter 35s:5’ region:Target Ga20ox Rice:Luc:Tnos
3	promoter 35s:5’ region:Target TFL Clemunules:Luc:Tnos
6	1 Kb molecular weight marker

27/07/2016

Received the necessary primers to sequence:

Prepare Agrobacterium cultures: Inoculate a starter culture of 5 ml of LB medium with 5 μL of Kanamycin and 5 μL of rifampin in a 50 ml tube with the colony and incubate it 48 hours at 28°C with shaking. The devises are:
- Promoter 35S : 5’Region : TFL consensus : Luc : Tnos
- Promoter 35S : 5’Region : TFL knockout : Luc : Tnos
- Promoter 35S : 5’Region :TFL target: Luc : Tnos
- Promoter 35S : 5’Region : Ga20 ox consensus : Luc : Tnos
- Promoter 35S : 5’Region : Ga20 ox knockout : Luc : Tnos
- Promoter 35S : 5’Region :Ga20 ox target: Luc : Tnos

Sequencing the last devises to check if these are correct.

28/07/2016

Refresh Agrobacterium tumefaciens cultures with the aim of infiltrating in N.benthamiana on 29/07

Refresh cultures of the devises promoter 35s: 5’ region: TFL target : Luc : Tnos and promoter 35s : 5’ region: Ga20ox target : Luc : Tnos in order to prepare the more Miniprep reaction.

Sequencing results have arrived.

29/07/2016

Miniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Promoter 35s: TFL Target : Luc : Tnos
- Promoter 35s : Ga20 ox Target : Luc : Tnos

Digestion of minipreps with EcoRI following digestion protocol. Incubate 1 hour at 37°C.

Run electrophoresis gel of the digestion products. We will discard this culture because the gel result doesn’t correspond with what we expect.

Agroinfiltration procedure with 9 plants of N.benthamiana following the Agroinfiltration protocol.

01/08/2016

Pick up the samples of infiltrated plants. We keep 3 disks per plant in a Eppendorf tube and we take 2 samples of each plant.

Luciferase assay is made following the correct protocol. After analyzing all the data obtained, it seems that the system works but we must optimized it to increase the signal range. In this way, we will be able to distinguish signal from noise.

Conclusions luciferase assay:
- Eliminate 5’ region of the devise
- Change linker sequence
- Add renilla in luciferase assay
- Change reporter to +1
- Use pless as control
- Use a Wild Type as control
- Devises in cis
- Design a consensus target as longer as the amplified.

02/08/2016

Culture refresh of C58 Agrobacterium to infiltrate on Friday.

Pick a single E. coli DH5α (promoter 35s:5’region:TFL target:Luc:Tnos in α1 and promoter 35s:5’region:Ga20 target: Luc: Tnos in α1) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37°C with shaking.

Targets ligations with Renilla reporters.

Reagent	Volume(μL)
TFL KO/Ga20KO/TFL cons / Ga20 cons	1
Promoter35s: Renilla: Tnos	1
pUPD2	1
BSA10X	1.2
Ligase Buffer	1.2
BsmbI	1
T4 ligase	1
H₂O milli-Q	4.6

03/08/2016

DH5α E. coli transformation with the devises:
- Promoter 35S : 5’ region : TFL KO : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in Ω2
- Promoter 35S : 5’ region : TFL consensus : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in Ω2
- Promoter 35S : 5’ region : Ga20ox KO : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in Ω2
- Promoter 35S : 5’ region : Ga20ox consensus : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in Ω2

E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic). Incubate 16 hours at 37°C

Minipreps with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- promoter 35s:5’region:TFL target:Luc:Tnos in α1
- promoter 35s:5’region:Ga20 target: Luc: Tnos in α1

Pick a single E. coli DH5α (TMV CDS) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37°C with shaking.

Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at 37°C

Run electrophoresis gel of the devises. We remain the samples 1.

Store at -80°C the devises of gTS PCR

Ligate reactions of TFL target and Ga20ox target with Renilla

04/08/2016

Miniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of TMV CDS

Transform DH5 α E. coli with the devise:
- promoter 35s : 5’ region: PCR target: Luc: Tnos - promoter 35s: Renilla: Tnos. After incubating 2 hours, it must be plated.

Refresh C58 Agrobacterium tumefaciens cultures with the aim of infiltrating in N.benthamiana on 05/08.

Pick a single E. coli DH5α (promoter 35S : 5’ region: KO/cons target: Luc:Tnos - promoter35s: renilla: Tnos) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of spectinomycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37°C with shaking.Sequencing TMV empty vector with the primer D09OCT01 (10 uM). 5μL of Miniprep and 9μL of primer (dilution 1:3). Sequencing code of 210.13.300 and 210.13.301.

05/08/2016

Pick a single E. coli DH5α (promoter35s: 5’ region: TFL/Ga20 PCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos ) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37°C with shaking.

Miniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Promoter 35s: 5’ region: TFL PCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos
- promoter35s: 5’ region: Ga20 PCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos
- promoter35s: 5’ region: Ga20 consensus: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos
- promoter35s: 5’ region: Ga20 KO: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos

Digestion of minipreps with EcoRV. Incubate 1 hour at 37°C

Run electrophoresis gel of the digestion products: TFLK01, TFLK02, TFLcons01, TFLcons02, GAK01, GAK02, GAcons01, GAcons02.

Prepare the Agroinfiltration with the correct protocol.

Infiltration cultures:
- Promoter 35s: Luc: Tnos Laboratory controls
- Pnos: Luc: Tnos Laboratory controls
- gTS TFL KO + Cas9 - XT1:XT2 Positive controls
- gTSGa20 KO + Cas9 - XT1:XT2 Positive controls
- gTS TFL PCR + Cas9 - XT1:XT2 Negative controls
- gTS Ga20 PCR + Cas9 - XT1:XT2 Negative controls
- gTS TFL PCR + Cas9 - TFLgRNA Samples
- gTS TFL cons + Cas9 - TFLgRNA Samples
- gTS Ga20 PCR + Cas9 - Ga20gRNA Samples
- gTS Ga20 cons + Cas9 - Ga20gRNA Samples

08/08/2016

Transplant agroinfiltrated plants (Nicotiana benthamiana)

Pick up 6 disks per each plant in order to carry out the luciferase assay on 09/08

09/08/2016

Ligate reaction of:

Miniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- Promoter 35s: 5’ region: TFL/Ga20 PCR: Luc: Tnos – promoter 35s: Renilla: Tnos

Transform in C58 Agrobacterium promoter 35s: Renilla : Tnos (3 α2)

Plating promoter35s: Renilla: Tnos (3α2)

Luciferase assay

Transform the products of ligation in DH5 α. Incubate it at 37°C during 2 hours.

We store at -80°C:

Run electrophoresis gel of: promoter 35s: 5’ region: TFL/Ga20 PCR: Luc: Tnos – promoter 35s: Renilla: Tnos. We keep the Miniprep number 1.

Refresh the cultures of TFL PCR (pUPD2) and Ga20 PCR (pUPD2) because we suspect that these cultures are the correct ones but we are not sure so we want to check them. The cultures that we use to refresh were made on 12/07/2016. It is important to remember that we need them to assemble the gTS with the new linkers.

10/08/2016

Miniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
- TFL / Ga20 PCR in pUPD2

Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at 37°C

Run electrophoresis gel of Miniprep products. We have made a small gel so we have mix 0.45 g of Agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage used is 100V. Both samples are correct.

Pick a single E. coli DH5α (promoter35s: 5’ region: TFL/Ga20 cons: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos - promoter 35s: Cas9: Tnos - U6: TFL/Ga20 gRNA: psgRNA) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37°C with shaking.

We throw out from Golden Braid collection the glycerinate number 1107 (Cas9 - XT1gRNA) and 0549 (promoter 35s: TEV: Tnos)

Ligation reaction of promoter 35s: 5’ region: TFL/ Ga20: Tnos - promoter 35s: Renilla: Tnos + promoter 35s: Cas9: Tnos - U6: TFL/Ga20 gRNA: psgRNA

Devises	Volume(μL)
gTS TFL/ Ga20 - Renilla	1
Cas9 - gRNA	1
3 α 1 plasmid	1.2
Bsa 10x	1.2
Buffer ligase	1
Bsa I	1
T4 ligase	1
H20 milliQ	4.6

5	35s:5’:Ga20cons:Luc:Tnos	3α1	KAN
6	35s:5’:Ga20KO:Luc:Tnos	3α1	KAN
7	35s:5’:TFLcons:Luc:Tnos	3α1	KAN
8	35s:5’:TFLKO:Luc:Tnos	3α1	KAN
9	35s:5’:Ga20cons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos	3Ω2	SPEC
10	35s:5’:Ga20KO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos	3Ω2	SPEC
11	35s:5’:Ga20PCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos	3Ω2	SPEC
12	35s:5’:TFLcons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos	3Ω2	SPEC
13	35s:5’:TFLKO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos	3Ω2	SPEC
14	35s:5’:TFLPCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos	3Ω2	SPEC
15	U6:Ga20sgRNA:psgRNA	3α1	KAN
16	U6:TFLsgRNA:psgRNA	3α1	KAN
17	35s:Cas9:Tnos-U6:Ga20gRNA:psgRNA	3Ω1	SPEC
18	35s:Cas9:Tnos-U6:TFLgRNA:psgRNA	3Ω1	SPEC
19	Ga20PCR	pUPD2	CAM
20	TFLPCR	pUPD2	CAM

U6:Ga20 gRNA: psgRNA - promoter 35s: Cas9: Tnos - Miniprep number 2 was empty. We have resuspended it with 40 μL of H20 milliQ and we have checked the DNA concentration with the Nanodrop. The results show us that the DNA concentration in the Eppendorf was 140 ng/ μL so we have used it.

Promoter35s	pNos
TFLKO	Ga20KO
TFLPCRXT1	Ga20PCRXT1
TFLPCROK	Ga20PCROK
TFLconsOK	Ga20consOK

Devises	Volume (μL)
Promoter 35s : 5’ region: Ga20/TFL KO: Luc: Tnos - promoter 35s: Renilla: Tnos - promoter 35s: hCas9: Tnos: U6: Ga20/TFL gRNA: psgRNA	1
Promoter 35s : 5’ region: Ga20/TFL cons: Luc: Tnos - promoter 35s: Renilla: Tnos - promoter 35s: hCas9: Tnos: U6: Ga20/TFL gRNA: psgRNA	1
3 α 1 plasmid	1.2
Bsa 10X	1.2
Buffer ligase	1
Bsa I	1
T4 ligase	1
H20 milliQ	4.6

Devise	Volume of culture (mL)	Volume of Agroinfiltration solution (mL)
Cas9 - TFL gRNA	0.7	9.3
Cas 9 - Ga20 gRNA	0.7	9.3
Cas 9 - XT1: XT2	0.59	9.41
TFL KO	0.67	9.33
TFL target	0.73	9.27
Ga20 consensus	0.71	9.28
Pnos	0.68	9.32
Promoter 35s : Luc	0.78	9.22
Ga20 target	0.74	9.26
TFL consensus	0.71	9.29
Ga20 - KO	0.73	9.27

Centrifuge the cultures at 3000 rpm during 15 minutes. We discard the supernatant and it is necessary to resuspend in 5mL of Agroinfiltration solution. Let shaking it a RT during 2 hours. OD’s measurement

Reagent	Volume(μL)
35s:5’region: TFL/Ga20 Target: Luc: Tnos	1
Promoter35s: Renilla: Tnos	1
pUPD2	1
BSA10X	1.2
Ligase Buffer	1.2
BsmbI	1
T4 ligase	1
H₂O milli-Q	4.6

1	35S:5’	pUPD2	CAM
2	Linker SAGTI:Luc	pUPD2	CAM
3	35s:5’:TFLPCR:Luc:Tnos	3α1	KAN
4	35s:5’:Ga20PCR:Luc:Tnos	3α1	KAN

Device	Order	Sequencing
TFL target	210.13.250	SNP in the position 652 of the target. Position 1 of the gRNA.
Ga20 ox Target	210.13.253	Same sequence
TFL consensus	210.13.251	Same sequence
TFL KO	210.13.252	Same sequence
Ga20 ox Consensus	210.13.254	Same sequence
Ga20 ox KO	210.13.255	Same sequence

TFL consensus, TFL knockout, Ga20ox consensus and Ga20ox knockout.

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 <html>
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-    <title></title>
-</head>
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+    <div class="row">
-        <button onclick=
+        <div class="col-md-2"></div>
-        "location.href='https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Protocols'"
+        <div class="col-md-8" id="mainContent">
-        type="button">ALICIA PROTOCOLOS POR AQUÍ</button>
+            <button onclick=
-        <p><br></p>
+            "location.href='https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Protocols'"
-        <h3 style="color:green">18/05/2016</h3>
+            type="button">ALICIA PROTOCOLOS POR AQUÍ</button>
-        <p>Take glycerinated cultures of C58 <i>Agrobacterium</i> with dsRED
+            <p><br></p>
-        from GoldenBraid Collection. Prepare broth culture (5 mL LB + 5 &mu;L
+            <h3 style="color:green">18/05/2016</h3>
-        kanamycin + 5 &mu;L Rifampin) 1:1000 and incubate overnight at
+            <p>Take glycerinated cultures of C58 <i>Agrobacterium</i> with
-&deg;C.</p><br>
+            dsRED from GoldenBraid Collection. Prepare broth culture (5 mL LB +
-        <h3 style="color:green">19/05/2016</h3>
+&mu;L kanamycin + 5 &mu;L Rifampin) 1:1000 and incubate overnight
-        <p>Refresh previously made culture by inoculating 10 &mu;L in a new
+            at 28&deg;C.</p><br>
-        culture medium.</p><br>
+            <h3 style="color:green">19/05/2016</h3>
-        <h3 style="color:green">20/05/2016</h3>
+            <p>Refresh previously made culture by inoculating 10 &mu;L in a new
-        <p>Agroinfiltration in <i>Nicotiana benthamiana</i> of C58 with dsRED.
+            culture medium.</p><br>
-        <a href="" target="blank"></a></p><br>
+            <h3 style="color:green">20/05/2016</h3>
-        <h3 style="color:green">06/06/2016</h3>
+            <p>Agroinfiltration in <i>Nicotiana benthamiana</i> of C58 with
-        <ul>
+            dsRED. <a href="" target="blank"></a></p><br>
-             <li>Take from the glycerinates of Goldenbraid Collection:</li>
+             <h3 style="color:green">06/06/2016</h3>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Plasmid</td>
-                    <td>GB Code</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>pD6B3 &alpha;1</td>
-                    <td>GB0015</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>pD6B3 &alpha;2</td>
-                    <td>GB0017</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>pD6B3 &Omega;1</td>
-                    <td>GB0019</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>pD6B3 &Omega;2</td>
-                    <td>GB0021</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>pUPD2</td>
-                    <td>GB0307</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Prepare liquid culture (3 mL LB + 3 &mu;L antibiotic) 1:1000.
-            Incubate at 37&deg;C overnight.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Experiment with snails:</li>
-        </ul>
-        <p>Let both <i>N. benthamiana</i> leafs with snails overnight at room
-        temperature in separated boxes. We will observe if snails eat the leafs
-        and if appears fluorescence.</p><br>
-        <h3 style="color:green">15/06/2016</h3>
-        <p>Experiment is over due to snails haven&rsquo;t eaten leafs enough so
-        we have not been able to see fluorescence.</p><br>
-        <h3 style="color:green">30/06/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Orange DNA Genome Extraction protocol <a href="" target=
-            "blank"></a>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Take from the glycerinates of GoldenBraid Collection:</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Plasmid</td>
-                    <td>GB Code</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Promoter 35s:Cas9:nopaline synthase terminator
-                    (Tnos)</td>
-                    <td>GB0639</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Luciferase (Luc) in pUPD2</td>
-                    <td>GB0096</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Tnos in pUPD2</td>
-                    <td>GB0037</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div><br>
-        <h3 style="color:green">01/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:Cas9 : Tnos</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Luciferase and nopaline synthase terminator cultures
-            haven&rsquo;t succeed. Repeat Luc and Tnos cultures.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Primers IG16JUN01 and IG16JUN02 have arrived.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Finish orange DNA Genome Extraction and check DNA concentration
-            with NanoDrop. Concentration is very low so extraction will be done
-            again.</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">02/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Luc in pUPD2</li>
-                    <li>Tnos in pUPD2</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Check orange DNA genome concentration with NanoDrop.</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Sample</td>
-                    <td>DNA concentration (ng / &mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Clemenules1</td>
-                    <td>3153.8</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Clemenules 2</td>
-                    <td>4527.9</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Perform a PCR to bind linker with luciferase:</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume(&mu;L)</td>
-                    <td colspan="3" style="text-align:center">Program</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>LuciferasepUPD</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>Temperature</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">Time</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Buffer HF</td>
-                    <td>10</td>
-                    <td>98&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">5 minutes</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>dNTPs</td>
-                    <td>2</td>
-                    <td>98&deg;C</td>
-                    <td rowspan="3" style=
-                    "text-align: center; vertical-align: middle;">35x</td>
-                    <td>30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>IG16JUN01</td>
-                    <td>2.5</td>
-                    <td>70&deg;C</td>
-                    <td>30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>IG16JUN02</td>
-                    <td>2.5</td>
-                    <td>72&deg;C</td>
-                    <td>1 minute 30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Taq phusion</td>
-                    <td>0.5</td>
-                    <td>72&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">10 minutes</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>31.5</td>
-                    <td>16&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">&infin;</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div><br>
-        <h3 style="color:green">04/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Run electrophoresis gel of Clemenules DNA (agarose 1%). 45 mL
-            agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage
-            used is 100 V.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Rice DNA Genome Extraction Protocol <a href="" target="blank">
-                </a>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run electrophoresis gel of Luciferase PCR product. 45 mL
-            agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage
-            used is 100 V.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Ligate Reaction</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Transform <i>E. coli</i> DH5&alpha; with it. The method that is
-            necessary to carry out this procedure is explained in protocols
-            <a href="" target="blank"></a>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Check DNA concentration with NanoDrop.</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>SAMPLE</td>
-                    <td>DNA Concentration(ng / &mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Rice Gleva 1</td>
-                    <td>22.8</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Rice Gleva 2</td>
-                    <td>17.3</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div><br>
-        <h3 style="color:green">05/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. We have checked that
-            there isn&rsquo;t DNA.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Repeat: Rice DNA Genome Extraction <a href="" target="blank">
-                </a>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Check DNA concentration with NanoDrop.</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>SAMPLE</td>
-                    <td>DNA Concentration(ng / &mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Rice Gleva 1</td>
-                    <td>294.9</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Rice Gleva 2</td>
-                    <td>193.7</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. It observed that
-            genome extraction is correctly done.</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">06/07/2016</h3>
-        <p>Take glycerinated cultures from Goldenbraid Collection:</p>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>GB part</td>
-                    <td>Plasmid</td>
-                    <td>Antibiotic</td>
-                    <td>Number GB</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>psgRNA</td>
-                    <td>pUPD</td>
-                    <td>Ampicillin</td>
-                    <td>0645</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>U6-26</td>
-                    <td>pUPD</td>
-                    <td>Ampicillin</td>
-                    <td>1001</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div><br>
-        <h3 style="color:green">07/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>psgRNA in pUPD2</li>
-                    <li>U6-26 in pUPD2</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Primers IG16JUL01, IG16JUL02, IG16JUL03, IG16JUL04, IG16JUL05,
-            IG16JUL06, IG16JUL07 and IG16JUL08 arrived.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>gBlocks of - promoter 35s:5&rsquo; region - have arrived.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>We perform a PCR of orange and rice Genome Extraction following
-            the protocol <a href="" target="blank"></a>
-            </li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Sample</td>
-                    <td>Initial concentration(ng/&mu;L)</td>
-                    <td>Final concentration(ng/&mu;L)</td>
-                    <td>Initial volume(&mu;L)</td>
-                    <td>Final volume (&mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Clemenules 1</td>
-                    <td>3153.8</td>
-                    <td>150</td>
-                    <td>4.756</td>
-                    <td>100</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Clemenules 2</td>
-                    <td>4527.9</td>
-                    <td>150</td>
-                    <td>3.31</td>
-                    <td>100</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Gleva 1</td>
-                    <td>294.9</td>
-                    <td>150</td>
-                    <td>50.8647</td>
-                    <td>100</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Gleva 2</td>
-                    <td>193.7</td>
-                    <td>150</td>
-                    <td>77.44</td>
-                    <td>100</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume(&mu;L)</td>
-                    <td colspan="3" style="text-align:center">Program</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Clemenules DNA 1</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>Temperature</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">Time</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Buffer HF</td>
-                    <td>10</td>
-                    <td>98&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">5 minutes</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>dNTPs</td>
-                    <td>2</td>
-                    <td>98&deg;C</td>
-                    <td rowspan="3" style=
-                    "text-align: center; vertical-align: middle;">35x</td>
-                    <td>30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>IG16JUL01 (TFL_For)</td>
-                    <td>2.5</td>
-                    <td>64&deg;C</td>
-                    <td>30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>IG16JUL02 (TFL_Rev)</td>
-                    <td>2.5</td>
-                    <td>72&deg;C</td>
-                    <td>30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Taq phusion</td>
-                    <td>0.5</td>
-                    <td>72&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">10 minutes</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>31.5</td>
-                    <td>16&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">&infin;</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume(&mu;L)</td>
-                    <td colspan="3" style="text-align:center">Program</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Gleva DNA</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>Temperature</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">Time</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Buffer HF</td>
-                    <td>10</td>
-                    <td>98&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">5 minutes</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>dNTPs</td>
-                    <td>2</td>
-                    <td>98&deg;C</td>
-                    <td rowspan="3" style=
-                    "text-align: center; vertical-align: middle;">35x</td>
-                    <td>30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>IG16JUL03 (Ga20_for)</td>
-                    <td>2.5</td>
-                    <td>72&deg;C</td>
-                    <td>30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>IG16JUL02 (Ga20_rev)</td>
-                    <td>2.5</td>
-                    <td>72&deg;C</td>
-                    <td>30 seconds</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Taq phusion</td>
-                    <td>0.5</td>
-                    <td>72&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">10 minutes</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>31.5</td>
-                    <td>16&deg;C</td>
-                    <td colspan="2" style="text-align:center">&infin;</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Ligate reaction of promoter 35s:5&rsquo; region in pUPD2.
-            Following ligation protocol <a href="" target="blank"></a>, BsmbI
-            enzyme is used in this reaction.
-            </li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">08/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Run electrophoresis gel of Clemenules and Gleva PCR products.
-mL agarose gel at 1 % 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X.
-            Voltage used is 120 V.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Transform <i>E. coli</i> with the next devise: promoter
-s:5&rsquo; region (electroporation 2.5KV). Plating it and
-            incubate overnight at 37&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Take glycerinated culture for Georgia collaboration. The devise
-            is promoter 35s:GFP:Tnos (&alpha;1 and kanamycin)</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">09/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:GFP:Tnos</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>No colonies have grown in the devise promoter 35s:5&rsquo;
-            region petri dishes. Repeat transformation procedure, plating again
-            and incubate overnight at 37&deg;C.</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">11/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (promoter 35s:5&rsquo; region
-            in pUPD2) colony from the plate that has been incubated overnight.
-            Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 &mu;L of
-            chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it
-            overnight at 37&deg;C with shaking.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Check Georgia miniprep concentration with NanoDrop (promoter
-s:GFP : Tnos)</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Sample</td>
-                    <td>DNA Concentration(ng / &mu;L)</td>
-                    <td>DNA Concentration(ng)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>1</td>
-                    <td>105.2</td>
-                    <td>5035.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>2</td>
-                    <td>104.6</td>
-                    <td>5035.2</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Targets ligations in pUPD2 (Orange Clemenules and Rice Gleva).
-            Following ligation protocol <a href="" target="blank"></a>, BsmbI
-            enzyme is used in this reaction.
-            </li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">12/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (target Gleva in pUPD2 and
-            target Clemenules in pUPD2) colony from the plate that has been
-            incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB
-            medium with 4 &mu;L of chloramphenicol in a 50 ml tube with the
-            colony and incubate it 16 hours at 37&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo;region in pUPD2</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at
-&deg;C</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run electrophoresis gel of the following devise: promoter
-s:5&rsquo; region in pUPD2. We remain the samples 1 and 3.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Rice Gleva target in pUPD2</li>
-                    <li>Orange Clemenules target in pUPD2</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at
-&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run electrophoresis gel of the same devise:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Rice Gleva target in pUPD2</li>
-                    <li>Orange Clemenules target in pUPD2</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next devise:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Target:Luc:Tnos in
-                    &alpha;1 plasmid.</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">13/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li><i>E. coli</i> Transformation with the devise:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Target:Luc:Tnos in
-                    &alpha;1 plasmid.</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic). Incubate
-            overnight at 37&deg;C</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">14/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (promoter 35s:5&rsquo; region)
-            colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate
-            a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 &mu;L of
-            chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it 16
-            hours at 37&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Primers IG16JUL09, IG16JUL10, IG16JUL11, IG16JUL12, IG16JUL13,
-            IG16JUL14, IG16JUL15 and IG16JUL16 arrived.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next devises:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Clemenules target control
-                    positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Gleva target control
-                    positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Clemenules target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Gleva target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter U6-26:sgRNA Clemenules: psgRNA (scaffold)</li>
-                    <li>promoter U6-26:sgRNA Gleva: psgRNA (scaffold)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Step 1: Annealing of oligonucleotides. Received primers are at
-uM. It is necessary taking to 10 uM.</li>
-            <li style="list-style-type:none">Mix in an Eppendorf:</li>
-            <li style="list-style-type:none">18 &mu;L of H<sub>2</sub>O
-            milli-Q</li>
-            <li style="list-style-type:none">1 &mu;L forward primer</li>
-            <li style="list-style-type:none">1 &mu;L reverse primer</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Step 2: Ligation reaction</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume (&mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>Target control positive / Target consensus</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>promoter 35s:5&rsquo; region</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>Luciferase</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>Tnos</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>&alpha;1 plasmid</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>BSA10X</td>
-                    <td>1.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>Ligase Buffer</td>
-                    <td>1.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>BsaI</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>T4 ligase</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>2.6</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <p></p>
-        <p></p>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume (&mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>sgRNA Clemenules / sgRNA Gleva</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>promoter U6 -26</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>psgRNA (scaffold)</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>&alpha;1 plasmid</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>BSA10X</td>
-                    <td>1.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>Ligase Buffer</td>
-                    <td>1.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>BsaI</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>T4 ligase</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>3.6</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <p></p>
-        <ul>
-            <li><i>E. coli</i> Transformation with the devises previously
-            explained.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>E. coli plating in 6 plates (6 ligation reactions) with
-            Kanamycin (antibiotic). Incubate overnight at 37&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region : CL target : Luc : Tnos
-                    (3&alpha;1)</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region : A target : Luc : Tnos
-                    (3&alpha;1)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at
-&deg;C</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">15/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next devises:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:Cas9:Tnos – promoter 35s:5&rsquo;
-                    region:TFL Clemenules target:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35s:Cas9:Tnos – promoter 35s:5&rsquo;
-                    region:Ga20ox Rice target:Luc:Tnos</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>E. coli Transformation with the devises previously
-            explained.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run an electrophoresis gel of the products from the digestion
-            of minipreps. The devises are:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules
-                    target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region :Ga20ox Rice
-                    target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Sequencing the following products:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promotor 35s:5&rsquo; region in pUPD2 → correct</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">16/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Transformations in <i>E. coli</i> DH5&alpha; with:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules
-                    target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Rice
-                    target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Plating the last devises in 2 plates with <i>Agrobacterium</i>
-            C58. Incubate 2 days at 28&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Minipreps (2 samples for each devise) with E.Z.N.A. &reg;
-            Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Clemenules target control
-                    positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Gleva target control
-                    positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Clemenules target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Gleva target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter U6-26:sgRNA Clemenules:psgRNA (scaffold)</li>
-                    <li>Promoter U6-26:sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next devises:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promotor 35s:Cas9:Tnos – U6:TFL Clemenules sgRNA:psgRNA
-                    (scaffold) (&Omega;1)</li>
-                    <li>Promotor 35s:Cas9:Tnos – U6: Ga20ox Rice sgRNA:psgRNA
-                    (scaffold) (&Omega;1)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume (&mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Promotor 35s:Cas9 : Tnos</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>U6-26:TFL Clemenules sgRNA:psgRNA / U6-26:Ga20ox rice
-                    sgRNA:psgRNA</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>3&Omega;1</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>BSA10X</td>
-                    <td>1.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Ligase Buffer</td>
-                    <td>1.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>BsmbI</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>T4 ligase</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>4.6</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done
-            before. Incubate 1 hour at 37&deg;C. There is a total of twelve
-            minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol
-            <a href="" target="blank"></a>.
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run electrophoresis gel of the digestion products.</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Lanes</td>
-                    <td>Samples</td>
-                    <td>Verification</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>1</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>2</td>
-                    <td>gRNA Ga20ox 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>3</td>
-                    <td>gRNA Ga20ox 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>4</td>
-                    <td>Ga20ox consensus 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>5</td>
-                    <td>Ga20ox consensus 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>6</td>
-                    <td>Ga20ox knock-out 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--Valencia_UPV--cross.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>7</td>
-                    <td>Ga20ox knock-out 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>8</td>
-                    <td>TFL consensus 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--Valencia_UPV--cross.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>9</td>
-                    <td>TFL consensus 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--Valencia_UPV--cross.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>10</td>
-                    <td>TFL knock-out 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>11</td>
-                    <td>TFL knock-out 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>12</td>
-                    <td>TFL gRNA 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>13</td>
-                    <td>TFL gRNA 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>14</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; colony from the plates that
-            have been incubated overnight. The devises are:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:TFL Knock-out:Luc:Tnos (4 samples)</li>
-                    <li>Promoter U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA (2 samples)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 &mu;L
-            of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it 16
-            hours at 37&deg;C.</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">17/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Transformation in DH5&alpha; <i>E. coli</i> with:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:Cas9:Tnos – U6:TFL Clemenules sgRNA:psgRNA
-                    (scaffold) (&Omega;1)</li>
-                    <li>Promoter 35s:Cas9:Tnos – U6:Ga20ox sgRNA:psgRNA
-                    (scaffold) (&Omega;1)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Plating <i>E. coli</i> transformations in plates with LB + agar
-            + IPTG + XGal and incubate it overnight at 37&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Knock-out:Luc:Tnos
-                    (3&alpha;1)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done
-            before. Incubate 1 hour at 37&deg;C. There is a total of six
-            minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol
-            <a href="" target="blank"></a>.
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products.</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Lanes</td>
-                    <td>Samples</td>
-                    <td>Verification</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>1</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>2</td>
-                    <td>gRNA Ga20ox 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>3</td>
-                    <td>gRNA Ga20ox 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>4</td>
-                    <td>gRNA Ga20ox 3</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>5</td>
-                    <td>gRNA Ga20ox 4</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>6</td>
-                    <td>TFL knock-out 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>7</td>
-                    <td>TFL knock-out 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>8</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <p>However, despite the fact that electrophoresis gel have correctly
-        run, we have decided to repeat the ligation reactions. We have not get
-        the expected results for a gRNA.</p>
-        <ul>
-            <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next devises:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    control positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    control positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>Promoter U6-26:sgRNA Clemenules:psgRNA (scaffold)</li>
-                    <li>Promoter U6-26:sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume(&mu;L)</td>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume(&mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>TFL/Ga20ox gRNA</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>promoter 35s:5&rsquo;region</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>U6-26</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>TFL/Ga20ox consensus TFL/Ga20ox knock-out</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>psgRNA</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>luciferase</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>3&alpha;1</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>Tnos</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>BSA10X</td>
-                    <td>1.2</td>
-                    <td>3&alpha;1</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Ligase Buffer</td>
-                    <td>1.2</td>
-                    <td>BSA10X</td>
-                    <td>1.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>BsaI</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>Ligase Buffer</td>
-                    <td>1.2</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>T4 ligase</td>
-                    <td>1</td>
-                    <td>BsmbI</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>3.6</td>
-                    <td>T4 ligase</td>
-                    <td>1</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td></td>
-                    <td></td>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>2.6</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div><br>
-        <h3 style="color:green">18/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Transformation in DH5α <i>E. coli</i> with ligation products
-            (consensus targets and knock-out targets of TFL and Ga20ox as well
-            as their gRNAs)</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Plating <i>E. coli</i> transformations in plates with LB + agar
-            + IPTG + XGal and incubate it overnight at 37&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 colony from the plates
-            that have been incubating since 16/06/2016. The devises are:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules
-                    target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
-                    <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Rice
-                    target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Incubate it 48 hours at 28&deg;C.</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">19/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Pick transformed <i>E. coli</i> colony from the incubated
-            plates. The devises are:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    control positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    control positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter U6-26: sgRNA Clemenules:psgRNA (scaffold)</li>
-                    <li>promoter U6-26: sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Incubate it overnight at 37&deg;C.</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">20/07/2016</h3>
-        <p></p>
-        <ul>
-            <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    knock-out:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    control knock-out:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter U6-26:sgRNA TFL Clemenules:psgRNA
-                    (scaffold)</li>
-                    <li>promoter U6-26:sgRNA Ga20ox Gleva:psgRNA
-                    (scaffold)</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done
-            before. Incubate 1 hour at 37&deg;C. There is a total of six
-            minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol
-            <a href="" target="blank"></a>.
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products. We will
-            keep the minipreps with “1”.</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Lanes</td>
-                    <td>Samples</td>
-                    <td>Verification</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>1</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>2</td>
-                    <td>gRNA TFL 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>3</td>
-                    <td>gRNA TFL 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>4</td>
-                    <td>TFL consensus 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>5</td>
-                    <td>TFL consensus 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>6</td>
-                    <td>TFL knock-out 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>7</td>
-                    <td>TFL knock-out 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>8</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>9</td>
-                    <td>gRNA Ga20ox 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>10</td>
-                    <td>gRNA Ga20ox 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>11</td>
-                    <td>Ga20ox consensus 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>12</td>
-                    <td>Ga20ox consensus 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--Valencia_UPV--cross.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>13</td>
-                    <td>Ga20ox knock-out 1</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>14</td>
-                    <td>Ga20ox knock-out 2</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>15</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next devises. Is
-            used the restriction enzyme BsmbI.</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA</li>
-                    <li>Promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
-                    sgRNA:psgRNA</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">21/07/2016</h3>
-        <p></p>
-        <ul>
-            <li>Transformations in <i>E. coli</i> DH5&alpha; with:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA</li>
-                    <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
-                    sgRNA:psgRNA</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <p>Incubate 2 hours at 37&deg;C.</p>
-        <ul>
-            <li>Plating <i>E. coli</i> transformation explained before and
-            incubate it at 37&deg;C overnight.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li><i>Agrobacterium</i> C58 transformation with:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    knock-out:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    control knock-out:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <p>Incubate 48 hours at 28&deg;C.</p>
-        <p></p><br>
-        <h3 style="color:green">22/07/2016</h3>
-        <p></p>
-        <ul>
-            <li>Sequencing reaction:</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Reagent</td>
-                    <td>Volume (&mu;L)</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Primer in order to sequence</td>
-                    <td>3</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Miniprep reaction</td>
-                    <td>5</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                    <td>6</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Sequence</td>
-                    <td>Order</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>TFL gRNA</td>
-                    <td>210.13.201</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Ga20 gRNA</td>
-                    <td>210.13.202</td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div>
-        <ul>
-            <li>Ordered the necessary primers to sequence: TFL consensus, TFL
-            knockout, Ga20ox consensus and Ga20ox knockout.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li><i>E. coli</i> transformations with:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>Promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA: psgRNA</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Plating the last devise in plates with <i>Agrobacterium</i>
-            C58. Plates contain spec + IPTG + X-Gal. Incubate 2 days at
-&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Pick a single <i>E. coli</i> DH5α (promoter 35s:Cas 9:Tnos –
-            U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
-            sgRNA:psgRNA) colony from the plates that has been incubated
-            overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4
-            &mu;L of spectinomycin in a 50 ml tube with the colony and incubate
-            it overnight at 37&deg;C with shaking.</li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">23/07/2016</h3>
-        <p></p>
-        <ul>
-            <li>Minipreps (4 samples for each devise) with E.Z.N.A. &reg;
-            Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA</li>
-                    <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
-                    sgRNA:psgRNA</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Digestion of minipreps with BamHI following digestion protocol
-            <a href="" target="blank"></a>. Incubate 1 hour at 37&deg;C.
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products. We will
-            keep the minipreps with the sample number 4 for TFL sgRNA and the
-            sample number 2 for Ga20ox sgRNA.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 (promoter 35s:Cas 9:Tnos
-            – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
-            sgRNA:psgRNA ) colony from the plates that has been incubated
-            overnight. Inoculate a starter culture of 5 ml of LB medium with 5
-            &mu;L of spectinomycin and kanamycin in a falcon tube with the
-            colony and incubate it overnight at 28&deg;C with shaking.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li><i>Agrobacterium</i> C58 transformations with:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA</li>
-                    <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
-                    sgRNA:psgRNA</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">24/07/2016</h3>
-        <p></p>
-        <ul>
-            <li>Store the next cultures at -80&deg;C:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region in pUPD2 (DH5α) number
-</li>
-                    <li>Linker: luciferase in pUPD2 (DH5α) number 2</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul><br>
-        <h3 style="color:green">25/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 (promoter 35s:Cas 9:Tnos
-            – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA in 3&Omega;1 and promoter 35s:Cas 9:Tnos –
-            U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA in 3&Omega;1 ) colony from the plates
-            that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 5
-            ml of LB medium with 5 &mu;L of spectinomycin and kanamycin in a
-            falcon tube with the colony and incubate it overnight at 28&deg;C
-            with shaking.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Incubate it 48 hours at 28&deg;C</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Minipreps of <i>Agrobacterium</i> with E.Z.N.A. &reg; Plasmid
-            Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    control positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    control positive:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                    consensus:Luc:Tnos</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI.
-            Incubate 1 hour at 37&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products.</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Lanes</td>
-                    <td>Samples</td>
-                    <td>Verification</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>1</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>2</td>
-                    <td>Target Ga20ox consensus</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>3</td>
-                    <td>Target Ga20ox Knock-out</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>4</td>
-                    <td>Target TFL consensus</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>5</td>
-                    <td>Target TFL knock-out</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>6</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div><br>
-        <h3 style="color:green">26/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Minipreps with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
-            Spin of:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul class="ul_2">
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules
-                    target:Luc:Tnos in 3&alpha;1 plasmid from C58
-                    <i>Agrobacterium</i></li>
-                    <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva
-                    target:Luc:Tnos in 3&alpha;1 plasmid from C58
-                    <i>Agrobacterium</i></li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI.
-            Incubate 1 hour at 37&deg;C.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products:</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Lanes</td>
-                    <td>Samples</td>
-                    <td>Verification</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>1</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>2</td>
-                    <td>promoter 35s:5&rsquo; region:Target Ga20ox
-                    Rice:Luc:Tnos</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>3</td>
-                    <td>promoter 35s:5&rsquo; region:Target TFL
-                    Clemunules:Luc:Tnos</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>6</td>
-                    <td>1 Kb molecular weight marker</td>
-                    <td><img class="check_img" src=
-                    "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
-                </tr>
-            </table>
-        </div><br>
-        <h3 style="color:green">27/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Received the necessary primers to sequence:</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Prepare <i>Agrobacterium</i> cultures: Inoculate a starter
-            culture of 5 ml of LB medium with 5 &mu;L of Kanamycin and 5 &mu;L
-            of rifampin in a 50 ml tube with the colony and incubate it 48
-            hours at 28&deg;C with shaking. The devises are:</li>
-            <li style="list-style: none; display: inline">
-                <ul>
-                    <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region : TFL consensus : Luc :
-                    Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region : TFL knockout : Luc :
-                    Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region :TFL target: Luc :
-                    Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region : Ga20 ox consensus : Luc
-                    : Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region : Ga20 ox knockout : Luc
-                    : Tnos</li>
-                    <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region :Ga20 ox target: Luc :
-                    Tnos</li>
-                </ul>
-            </li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Sequencing the last devises to check if these are correct.</li>
-        </ul>
-        <h3 style="color:green">28/07/2016</h3>
-        <ul>
-            <li>Refresh <i><i>Agrobacterium</i> tumefaciens</i> cultures with
-            the aim of infiltrating in N.benthamiana on 29/07</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Refresh cultures of the devises promoter 35s: 5&rsquo; region:
-            TFL target : Luc : Tnos and promoter 35s : 5&rsquo; region: Ga20ox
-            target : Luc : Tnos in order to prepare the more Miniprep
-            reaction.</li>
-        </ul>
-        <ul>
-            <li>Sequencing results have arrived.</li>
-        </ul>
-        <div>
-            <h3 style="color:green">29/07/2016</h3>
              <ul>
-                 <li>Miniprep with E.Z.N.A &reg;.® Plasmid Mini Kit I,
+                <li>Take from the glycerinates of Goldenbraid Collection:</li>
-                Q(capless) Spin of:</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Plasmid</td>
+                        <td>GB Code</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>pD6B3 &alpha;1</td>
+                        <td>GB0015</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>pD6B3 &alpha;2</td>
+                        <td>GB0017</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>pD6B3 &Omega;1</td>
+                        <td>GB0019</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>pD6B3 &Omega;2</td>
+                        <td>GB0021</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>pUPD2</td>
+                        <td>GB0307</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <ul>
+                <li>Prepare liquid culture (3 mL LB + 3 &mu;L antibiotic)
+:1000. Incubate at 37&deg;C overnight.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Experiment with snails:</li>
+            </ul>
+            <p>Let both <i>N. benthamiana</i> leafs with snails overnight at
+            room temperature in separated boxes. We will observe if snails eat
+            the leafs and if appears fluorescence.</p><br>
+            <h3 style="color:green">15/06/2016</h3>
+            <p>Experiment is over due to snails haven&rsquo;t eaten leafs
+            enough so we have not been able to see fluorescence.</p><br>
+            <h3 style="color:green">30/06/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Orange DNA Genome Extraction protocol <a href=""
+                    target="blank"></a>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Take from the glycerinates of GoldenBraid Collection:</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Plasmid</td>
+                        <td>GB Code</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Promoter 35s:Cas9:nopaline synthase terminator
+                        (Tnos)</td>
+                        <td>GB0639</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Luciferase (Luc) in pUPD2</td>
+                        <td>GB0096</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Tnos in pUPD2</td>
+                        <td>GB0037</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div><br>
+            <h3 style="color:green">01/07/2016</h3>
+            <ul>
+                 <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
                  <li style="list-style: none; display: inline">
-                     <ul>
+                     <ul class="ul_2">
-                         <li>Promoter 35s: TFL Target : Luc : Tnos</li>
+                         <li>Promoter 35s:Cas9 : Tnos</li>
-                        <li>Promoter 35s : Ga20 ox Target : Luc : Tnos</li>
                      </ul>
                  </li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Digestion of minipreps with EcoRI following digestion
+                 <li>Luciferase and nopaline synthase terminator cultures
-                 protocol. Incubate 1 hour at 37&deg;C.</li>
+                 haven&rsquo;t succeed. Repeat Luc and Tnos cultures.</li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Run electrophoresis gel of the digestion products. We will
+                 <li>Primers IG16JUN01 and IG16JUN02 have arrived.</li>
-                discard this culture because the gel result doesn&rsquo;t
-                correspond with what we expect.</li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Agroinfiltration procedure with 9 plants of N.benthamiana
+                 <li>Finish orange DNA Genome Extraction and check DNA
-                 following the Agroinfiltration protocol.</li>
+                concentration with NanoDrop. Concentration is very low so
+                 extraction will be done again.</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">02/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Luc in pUPD2</li>
+                        <li>Tnos in pUPD2</li>
+                    </ul>
+                </li>
              </ul>
-            <h3 style="color:green">01/08/2016</h3>
              <ul>
-                 <li>Pick up the samples of infiltrated plants. We keep 3 disks
+                 <li>Check orange DNA genome concentration with NanoDrop.</li>
-                per plant in a Eppendorf tube and we take 2 samples of each
-                plant.</li>
              </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Sample</td>
+                        <td>DNA concentration (ng / &mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Clemenules1</td>
+                        <td>3153.8</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Clemenules 2</td>
+                        <td>4527.9</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
              <ul>
-                 <li>Luciferase assay is made following the correct protocol.
+                 <li>Perform a PCR to bind linker with luciferase:</li>
-                After analyzing all the data obtained, it seems that the system
-                works but we must optimized it to increase the signal range. In
-                this way, we will be able to distinguish signal from
-                noise.</li>
              </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Reagent</td>
+                        <td>Volume(&mu;L)</td>
+                        <td colspan="3" style="text-align:center">Program</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>LuciferasepUPD</td>
+                        <td>1</td>
+                        <td>Temperature</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">Time</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Buffer HF</td>
+                        <td>10</td>
+                        <td>98&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">5
+                        minutes</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>dNTPs</td>
+                        <td>2</td>
+                        <td>98&deg;C</td>
+                        <td rowspan="3" style=
+                        "text-align: center; vertical-align: middle;">35x</td>
+                        <td>30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>IG16JUN01</td>
+                        <td>2.5</td>
+                        <td>70&deg;C</td>
+                        <td>30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>IG16JUN02</td>
+                        <td>2.5</td>
+                        <td>72&deg;C</td>
+                        <td>1 minute 30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Taq phusion</td>
+                        <td>0.5</td>
+                        <td>72&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">10
+                        minutes</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                        <td>31.5</td>
+                        <td>16&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">&infin;</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div><br>
+            <h3 style="color:green">04/07/2016</h3>
              <ul>
-                 <li>Conclusions luciferase assay:</li>
+                 <li>Run electrophoresis gel of Clemenules DNA (agarose 1%). 45
+                mL agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X.
+                Voltage used is 100 V.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Rice DNA Genome Extraction Protocol <a href="" target=
+                "blank"></a>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run electrophoresis gel of Luciferase PCR product. 45 mL
+                agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X.
+                Voltage used is 100 V.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Ligate Reaction</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Transform <i>E. coli</i> DH5&alpha; with it. The method
+                that is necessary to carry out this procedure is explained in
+                protocols <a href="" target="blank"></a>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Check DNA concentration with NanoDrop.</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>SAMPLE</td>
+                        <td>DNA Concentration(ng / &mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Rice Gleva 1</td>
+                        <td>22.8</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Rice Gleva 2</td>
+                        <td>17.3</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div><br>
+            <h3 style="color:green">05/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. We have checked
+                that there isn&rsquo;t DNA.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Repeat: Rice DNA Genome Extraction <a href="" target=
+                "blank"></a>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Check DNA concentration with NanoDrop.</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>SAMPLE</td>
+                        <td>DNA Concentration(ng / &mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Rice Gleva 1</td>
+                        <td>294.9</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Rice Gleva 2</td>
+                        <td>193.7</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <ul>
+                <li>Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. It observed that
+                genome extraction is correctly done.</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">06/07/2016</h3>
+            <p>Take glycerinated cultures from Goldenbraid Collection:</p>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>GB part</td>
+                        <td>Plasmid</td>
+                        <td>Antibiotic</td>
+                        <td>Number GB</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>psgRNA</td>
+                        <td>pUPD</td>
+                        <td>Ampicillin</td>
+                        <td>0645</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>U6-26</td>
+                        <td>pUPD</td>
+                        <td>Ampicillin</td>
+                        <td>1001</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div><br>
+            <h3 style="color:green">07/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
                  <li style="list-style: none; display: inline">
-                     <ul>
+                     <ul class="ul_2">
-                         <li>Eliminate 5&rsquo; region of the devise</li>
+                         <li>psgRNA in pUPD2</li>
-                        <li>Change linker sequence</li>
+                         <li>U6-26 in pUPD2</li>
-                        <li>Add renilla in luciferase assay</li>
-                         <li>Change reporter to +1</li>
-                        <li>Use pless as control</li>
-                        <li>Use a Wild Type as control</li>
-                        <li>Devises in cis</li>
-                        <li>Design a consensus target as longer as the
-                        amplified.</li>
                      </ul>
                  </li>
              </ul>
-            <h3 style="color:green">02/08/2016</h3>
              <ul>
-                 <li>Culture refresh of C58 <i>Agrobacterium</i> to infiltrate
+                 <li>Primers IG16JUL01, IG16JUL02, IG16JUL03, IG16JUL04,
-                 on Friday.</li>
+                 IG16JUL05, IG16JUL06, IG16JUL07 and IG16JUL08 arrived.</li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (promoter
+                 <li>gBlocks of - promoter 35s:5&rsquo; region - have
-s:5&rsquo;region:TFL target:Luc:Tnos in &alpha;1 and promoter
+                 arrived.</li>
-s:5&rsquo;region:Ga20 target: Luc: Tnos in &alpha;1) colony
-                from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a
-                starter culture of 4 ml of LB medium with 4 &mu;L of kanamycin
-                in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at
-&deg;C with shaking.</li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Targets ligations with Renilla reporters.</li>
+                 <li>We perform a PCR of orange and rice Genome Extraction
+                following the protocol <a href="" target="blank"></a>
+                </li>
              </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Sample</td>
+                        <td>Initial concentration(ng/&mu;L)</td>
+                        <td>Final concentration(ng/&mu;L)</td>
+                        <td>Initial volume(&mu;L)</td>
+                        <td>Final volume (&mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Clemenules 1</td>
+                        <td>3153.8</td>
+                        <td>150</td>
+                        <td>4.756</td>
+                        <td>100</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Clemenules 2</td>
+                        <td>4527.9</td>
+                        <td>150</td>
+                        <td>3.31</td>
+                        <td>100</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Gleva 1</td>
+                        <td>294.9</td>
+                        <td>150</td>
+                        <td>50.8647</td>
+                        <td>100</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Gleva 2</td>
+                        <td>193.7</td>
+                        <td>150</td>
+                        <td>77.44</td>
+                        <td>100</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
              <div>
                  <table>
@@ Line 1,824: / Line 375: @@
                          <td>Reagent</td>
                          <td>Volume(&mu;L)</td>
+                        <td colspan="3" style="text-align:center">Program</td>
                      </tr>
                      <tr>
-                         <td>TFL KO/Ga20KO/TFL cons / Ga20 cons</td>
+                         <td>Clemenules DNA 1</td>
                          <td>1</td>
+                        <td>Temperature</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">Time</td>
                      </tr>
                      <tr>
-                         <td>Promoter35s: Renilla: Tnos</td>
+                         <td>Buffer HF</td>
+                        <td>10</td>
+                        <td>98&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">5
+                        minutes</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>dNTPs</td>
+                        <td>2</td>
+                        <td>98&deg;C</td>
+                        <td rowspan="3" style=
+                        "text-align: center; vertical-align: middle;">35x</td>
+                        <td>30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>IG16JUL01 (TFL_For)</td>
+                        <td>2.5</td>
+                        <td>64&deg;C</td>
+                        <td>30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>IG16JUL02 (TFL_Rev)</td>
+                        <td>2.5</td>
+                        <td>72&deg;C</td>
+                        <td>30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Taq phusion</td>
+                        <td>0.5</td>
+                        <td>72&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">10
+                        minutes</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                        <td>31.5</td>
+                        <td>16&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">&infin;</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Reagent</td>
+                        <td>Volume(&mu;L)</td>
+                        <td colspan="3" style="text-align:center">Program</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Gleva DNA</td>
                          <td>1</td>
+                        <td>Temperature</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">Time</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Buffer HF</td>
+                        <td>10</td>
+                        <td>98&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">5
+                        minutes</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>dNTPs</td>
+                        <td>2</td>
+                        <td>98&deg;C</td>
+                        <td rowspan="3" style=
+                        "text-align: center; vertical-align: middle;">35x</td>
+                        <td>30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>IG16JUL03 (Ga20_for)</td>
+                        <td>2.5</td>
+                        <td>72&deg;C</td>
+                        <td>30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>IG16JUL02 (Ga20_rev)</td>
+                        <td>2.5</td>
+                        <td>72&deg;C</td>
+                        <td>30 seconds</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Taq phusion</td>
+                        <td>0.5</td>
+                        <td>72&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">10
+                        minutes</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                        <td>31.5</td>
+                        <td>16&deg;C</td>
+                        <td colspan="2" style="text-align:center">&infin;</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <ul>
+                <li>Ligate reaction of promoter 35s:5&rsquo; region in pUPD2.
+                Following ligation protocol <a href="" target="blank"></a>,
+                BsmbI enzyme is used in this reaction.
+                </li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">08/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Run electrophoresis gel of Clemenules and Gleva PCR
+                products. 45 mL agarose gel at 1 % 0.45 g of agarose with 45 mL
+                of TAE 1X. Voltage used is 120 V.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Transform <i>E. coli</i> with the next devise: promoter
+s:5&rsquo; region (electroporation 2.5KV). Plating it and
+                incubate overnight at 37&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Take glycerinated culture for Georgia collaboration. The
+                devise is promoter 35s:GFP:Tnos (&alpha;1 and kanamycin)</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">09/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:GFP:Tnos</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>No colonies have grown in the devise promoter 35s:5&rsquo;
+                region petri dishes. Repeat transformation procedure, plating
+                again and incubate overnight at 37&deg;C.</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">11/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (promoter 35s:5&rsquo;
+                region in pUPD2) colony from the plate that has been incubated
+                overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium
+                with 4 &mu;L of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony
+                and incubate it overnight at 37&deg;C with shaking.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Check Georgia miniprep concentration with NanoDrop
+                (promoter 35s:GFP : Tnos)</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Sample</td>
+                        <td>DNA Concentration(ng / &mu;L)</td>
+                        <td>DNA Concentration(ng)</td>
                      </tr>
                      <tr>
-                         <td>pUPD2</td>
+                         <td>1</td>
+                        <td>105.2</td>
+                        <td>5035.2</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>2</td>
+                        <td>104.6</td>
+                        <td>5035.2</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <ul>
+                <li>Targets ligations in pUPD2 (Orange Clemenules and Rice
+                Gleva). Following ligation protocol <a href="" target="blank">
+                    </a>, BsmbI enzyme is used in this reaction.
+                </li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">12/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (target Gleva in pUPD2 and
+                target Clemenules in pUPD2) colony from the plate that has been
+                incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB
+                medium with 4 &mu;L of chloramphenicol in a 50 ml tube with the
+                colony and incubate it 16 hours at 37&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo;region in pUPD2</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at
+&deg;C</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run electrophoresis gel of the following devise: promoter
+s:5&rsquo; region in pUPD2. We remain the samples 1 and
+.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Rice Gleva target in pUPD2</li>
+                        <li>Orange Clemenules target in pUPD2</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at
+&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run electrophoresis gel of the same devise:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Rice Gleva target in pUPD2</li>
+                        <li>Orange Clemenules target in pUPD2</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
+                devise:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Target:Luc:Tnos in
+                        &alpha;1 plasmid.</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">13/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li><i>E. coli</i> Transformation with the devise:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Target:Luc:Tnos in
+                        &alpha;1 plasmid.</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic).
+                Incubate overnight at 37&deg;C</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">14/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (promoter 35s:5&rsquo;
+                region) colony from the plate that has been incubated
+                overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium
+                with 4 &mu;L of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony
+                and incubate it 16 hours at 37&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Primers IG16JUL09, IG16JUL10, IG16JUL11, IG16JUL12,
+                IG16JUL13, IG16JUL14, IG16JUL15 and IG16JUL16 arrived.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
+                devises:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Clemenules target
+                        control positive:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Gleva target control
+                        positive:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Clemenules target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Gleva target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter U6-26:sgRNA Clemenules: psgRNA
+                        (scaffold)</li>
+                        <li>promoter U6-26:sgRNA Gleva: psgRNA (scaffold)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Step 1: Annealing of oligonucleotides. Received primers are
+                at 1uM. It is necessary taking to 10 uM.</li>
+                <li style="list-style-type:none">Mix in an Eppendorf:</li>
+                <li style="list-style-type:none">18 &mu;L of H<sub>2</sub>O
+                milli-Q</li>
+                <li style="list-style-type:none">1 &mu;L forward primer</li>
+                <li style="list-style-type:none">1 &mu;L reverse primer</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Step 2: Ligation reaction</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>Reagent</td>
+                        <td>Volume (&mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>Target control positive / Target consensus</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>promoter 35s:5&rsquo; region</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>Luciferase</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>Tnos</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>&alpha;1 plasmid</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>BSA10X</td>
+                        <td>1.2</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>Ligase Buffer</td>
+                        <td>1.2</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>BsaI</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>T4 ligase</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                        <td>2.6</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <p></p>
+            <p></p>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>Reagent</td>
+                        <td>Volume (&mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>sgRNA Clemenules / sgRNA Gleva</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>promoter U6 -26</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>psgRNA (scaffold)</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>&alpha;1 plasmid</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>BSA10X</td>
+                        <td>1.2</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>Ligase Buffer</td>
+                        <td>1.2</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>BsaI</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>T4 ligase</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                        <td>3.6</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <p></p>
+            <ul>
+                <li><i>E. coli</i> Transformation with the devises previously
+                explained.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>E. coli plating in 6 plates (6 ligation reactions) with
+                Kanamycin (antibiotic). Incubate overnight at 37&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region : CL target : Luc :
+                        Tnos (3&alpha;1)</li>
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region : A target : Luc :
+                        Tnos (3&alpha;1)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at
+&deg;C</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">15/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
+                devises:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:Cas9:Tnos – promoter 35s:5&rsquo;
+                        region:TFL Clemenules target:Luc:Tnos</li>
+                        <li>Promoter 35s:Cas9:Tnos – promoter 35s:5&rsquo;
+                        region:Ga20ox Rice target:Luc:Tnos</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>E. coli Transformation with the devises previously
+                explained.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run an electrophoresis gel of the products from the
+                digestion of minipreps. The devises are:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules
+                        target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region :Ga20ox Rice
+                        target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Sequencing the following products:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promotor 35s:5&rsquo; region in pUPD2 →
+                        correct</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">16/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Transformations in <i>E. coli</i> DH5&alpha; with:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules
+                        target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Rice
+                        target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Plating the last devises in 2 plates with
+                <i>Agrobacterium</i> C58. Incubate 2 days at 28&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Minipreps (2 samples for each devise) with E.Z.N.A. &reg;
+                Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Clemenules target
+                        control positive:Luc:Tnos</li>
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Gleva target control
+                        positive:Luc:Tnos</li>
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Clemenules target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Gleva target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>Promoter U6-26:sgRNA Clemenules:psgRNA
+                        (scaffold)</li>
+                        <li>Promoter U6-26:sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
+                devises:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promotor 35s:Cas9:Tnos – U6:TFL Clemenules
+                        sgRNA:psgRNA (scaffold) (&Omega;1)</li>
+                        <li>Promotor 35s:Cas9:Tnos – U6: Ga20ox Rice
+                        sgRNA:psgRNA (scaffold) (&Omega;1)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Reagent</td>
+                        <td>Volume (&mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Promotor 35s:Cas9 : Tnos</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>U6-26:TFL Clemenules sgRNA:psgRNA / U6-26:Ga20ox
+                        rice sgRNA:psgRNA</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>3&Omega;1</td>
                          <td>1</td>
                      </tr>
@@ Line 1,859: / Line 935: @@
                  </table>
              </div>
-            <h3 style="color:green">03/08/2016</h3>
              <ul>
-                 <li>DH5&alpha; <i>E. coli</i> transformation with the
+                 <li>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done
+                before. Incubate 1 hour at 37&deg;C. There is a total of twelve
+                minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol
+                <a href="" target="blank"></a>.
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run electrophoresis gel of the digestion products.</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Lanes</td>
+                        <td>Samples</td>
+                        <td>Verification</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>1</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>2</td>
+                        <td>gRNA Ga20ox 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>3</td>
+                        <td>gRNA Ga20ox 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>4</td>
+                        <td>Ga20ox consensus 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>5</td>
+                        <td>Ga20ox consensus 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>6</td>
+                        <td>Ga20ox knock-out 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--Valencia_UPV--cross.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>7</td>
+                        <td>Ga20ox knock-out 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>8</td>
+                        <td>TFL consensus 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--Valencia_UPV--cross.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>9</td>
+                        <td>TFL consensus 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--Valencia_UPV--cross.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>10</td>
+                        <td>TFL knock-out 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>11</td>
+                        <td>TFL knock-out 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>12</td>
+                        <td>TFL gRNA 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>13</td>
+                        <td>TFL gRNA 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>14</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <ul>
+                <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; colony from the plates
+                that have been incubated overnight. The devises are:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:TFL Knock-out:Luc:Tnos (4
+                        samples)</li>
+                        <li>Promoter U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA (2 samples)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4
+                &mu;L of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate
+                it 16 hours at 37&deg;C.</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">17/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Transformation in DH5&alpha; <i>E. coli</i> with:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:Cas9:Tnos – U6:TFL Clemenules
+                        sgRNA:psgRNA (scaffold) (&Omega;1)</li>
+                        <li>Promoter 35s:Cas9:Tnos – U6:Ga20ox sgRNA:psgRNA
+                        (scaffold) (&Omega;1)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Plating <i>E. coli</i> transformations in plates with LB +
+                agar + IPTG + XGal and incubate it overnight at 37&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA</li>
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Knock-out:Luc:Tnos
+                        (3&alpha;1)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done
+                before. Incubate 1 hour at 37&deg;C. There is a total of six
+                minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol
+                <a href="" target="blank"></a>.
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products.</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Lanes</td>
+                        <td>Samples</td>
+                        <td>Verification</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>1</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>2</td>
+                        <td>gRNA Ga20ox 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>3</td>
+                        <td>gRNA Ga20ox 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>4</td>
+                        <td>gRNA Ga20ox 3</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>5</td>
+                        <td>gRNA Ga20ox 4</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>6</td>
+                        <td>TFL knock-out 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>7</td>
+                        <td>TFL knock-out 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>8</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <p>However, despite the fact that electrophoresis gel have
+            correctly run, we have decided to repeat the ligation reactions. We
+            have not get the expected results for a gRNA.</p>
+            <ul>
+                <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
                  devises:</li>
                  <li style="list-style: none; display: inline">
-                     <ul>
+                     <ul class="ul_2">
-                         <li>Promoter 35S : 5&rsquo; region : TFL KO : Luc :
+                         <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                         Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in &Omega;2</li>
+                         control positive:Luc:Tnos</li>
-                         <li>Promoter 35S : 5&rsquo; region : TFL consensus :
+                         <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                         Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in &Omega;2</li>
+                         control positive:Luc:Tnos</li>
-                         <li>Promoter 35S : 5&rsquo; region : Ga20ox KO : Luc :
+                         <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
-                         Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in &Omega;2</li>
+                         consensus:Luc:Tnos</li>
-                         <li>Promoter 35S : 5&rsquo; region : Ga20ox consensus :
+                         <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
-                         Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in &Omega;2</li>
+                         consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>Promoter U6-26:sgRNA Clemenules:psgRNA
+                        (scaffold)</li>
+                        <li>Promoter U6-26:sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)</li>
                      </ul>
                  </li>
              </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Reagent</td>
+                        <td>Volume(&mu;L)</td>
+                        <td>Reagent</td>
+                        <td>Volume(&mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>TFL/Ga20ox gRNA</td>
+                        <td>1</td>
+                        <td>promoter 35s:5&rsquo;region</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>U6-26</td>
+                        <td>1</td>
+                        <td>TFL/Ga20ox consensus TFL/Ga20ox knock-out</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>psgRNA</td>
+                        <td>1</td>
+                        <td>luciferase</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>3&alpha;1</td>
+                        <td>1</td>
+                        <td>Tnos</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>BSA10X</td>
+                        <td>1.2</td>
+                        <td>3&alpha;1</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Ligase Buffer</td>
+                        <td>1.2</td>
+                        <td>BSA10X</td>
+                        <td>1.2</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>BsaI</td>
+                        <td>1</td>
+                        <td>Ligase Buffer</td>
+                        <td>1.2</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>T4 ligase</td>
+                        <td>1</td>
+                        <td>BsmbI</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                        <td>3.6</td>
+                        <td>T4 ligase</td>
+                        <td>1</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td></td>
+                        <td></td>
+                        <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                        <td>2.6</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div><br>
+            <h3 style="color:green">18/07/2016</h3>
              <ul>
-                 <li>E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic).
+                 <li>Transformation in DH5α <i>E. coli</i> with ligation
-                 Incubate 16 hours at 37&deg;C</li>
+                products (consensus targets and knock-out targets of TFL and
+                 Ga20ox as well as their gRNAs)</li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Minipreps with E.Z.N.A &reg;.® Plasmid Mini Kit I,
+                <li>Plating <i>E. coli</i> transformations in plates with LB +
+                agar + IPTG + XGal and incubate it overnight at 37&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 colony from the
+                plates that have been incubating since 16/06/2016. The devises
+                are:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules
+                        target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
+                        <li>Promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Rice
+                        target:Luc:Tnos (3&alpha;1)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Incubate it 48 hours at 28&deg;C.</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">19/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Pick transformed <i>E. coli</i> colony from the incubated
+                plates. The devises are:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
+                        control positive:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
+                        control positive:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter U6-26: sgRNA Clemenules:psgRNA
+                        (scaffold)</li>
+                        <li>promoter U6-26: sgRNA Gleva:psgRNA (scaffold)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Incubate it overnight at 37&deg;C.</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">20/07/2016</h3>
+            <p></p>
+            <ul>
+                <li>Miniprep with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
+                Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
+                        knock-out:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
+                        control knock-out:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter U6-26:sgRNA TFL Clemenules:psgRNA
+                        (scaffold)</li>
+                        <li>promoter U6-26:sgRNA Ga20ox Gleva:psgRNA
+                        (scaffold)</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done
+                before. Incubate 1 hour at 37&deg;C. There is a total of six
+                minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol
+                <a href="" target="blank"></a>.
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products. We
+                will keep the minipreps with “1”.</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Lanes</td>
+                        <td>Samples</td>
+                        <td>Verification</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>1</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>2</td>
+                        <td>gRNA TFL 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>3</td>
+                        <td>gRNA TFL 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>4</td>
+                        <td>TFL consensus 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>5</td>
+                        <td>TFL consensus 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>6</td>
+                        <td>TFL knock-out 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>7</td>
+                        <td>TFL knock-out 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>8</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>9</td>
+                        <td>gRNA Ga20ox 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>10</td>
+                        <td>gRNA Ga20ox 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>11</td>
+                        <td>Ga20ox consensus 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>12</td>
+                        <td>Ga20ox consensus 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/7/7a/T--Valencia_UPV--cross.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>13</td>
+                        <td>Ga20ox knock-out 1</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>14</td>
+                        <td>Ga20ox knock-out 2</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>15</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <ul>
+                <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next devises.
+                Is used the restriction enzyme BsmbI.</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL
+                        sgRNA:psgRNA</li>
+                        <li>Promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
+                        sgRNA:psgRNA</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">21/07/2016</h3>
+            <p></p>
+            <ul>
+                <li>Transformations in <i>E. coli</i> DH5&alpha; with:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL
+                        sgRNA:psgRNA</li>
+                        <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
+                        sgRNA:psgRNA</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <p>Incubate 2 hours at 37&deg;C.</p>
+            <ul>
+                <li>Plating <i>E. coli</i> transformation explained before and
+                incubate it at 37&deg;C overnight.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li><i>Agrobacterium</i> C58 transformation with:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
+                        knock-out:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
+                        control knock-out:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <p>Incubate 48 hours at 28&deg;C.</p>
+            <p></p><br>
+            <h3 style="color:green">22/07/2016</h3>
+            <p></p>
+            <ul>
+                <li>Sequencing reaction:</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Reagent</td>
+                        <td>Volume (&mu;L)</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Primer in order to sequence</td>
+                        <td>3</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Miniprep reaction</td>
+                        <td>5</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                        <td>6</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Sequence</td>
+                        <td>Order</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>TFL gRNA</td>
+                        <td>210.13.201</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>Ga20 gRNA</td>
+                        <td>210.13.202</td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div>
+            <ul>
+                <li>Ordered the necessary primers to sequence: TFL consensus,
+                TFL knockout, Ga20ox consensus and Ga20ox knockout.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li><i>E. coli</i> transformations with:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>Promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:
+                        psgRNA</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Plating the last devise in plates with <i>Agrobacterium</i>
+                C58. Plates contain spec + IPTG + X-Gal. Incubate 2 days at
+&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Pick a single <i>E. coli</i> DH5α (promoter 35s:Cas 9:Tnos
+                – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and promoter 35s:Cas 9:Tnos –
+                U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA) colony from the plates that has been
+                incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB
+                medium with 4 &mu;L of spectinomycin in a 50 ml tube with the
+                colony and incubate it overnight at 37&deg;C with shaking.</li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">23/07/2016</h3>
+            <p></p>
+            <ul>
+                 <li>Minipreps (4 samples for each devise) with E.Z.N.A. &reg;
+                Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL
+                        sgRNA:psgRNA</li>
+                        <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
+                        sgRNA:psgRNA</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Digestion of minipreps with BamHI following digestion
+                protocol <a href="" target="blank"></a>. Incubate 1 hour at
+&deg;C.
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products. We
+                will keep the minipreps with the sample number 4 for TFL sgRNA
+                and the sample number 2 for Ga20ox sgRNA.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 (promoter 35s:Cas
+:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and promoter 35s:Cas 9:Tnos –
+                U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA ) colony from the plates that has
+                been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 5 ml
+                of LB medium with 5 &mu;L of spectinomycin and kanamycin in a
+                falcon tube with the colony and incubate it overnight at
+&deg;C with shaking.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li><i>Agrobacterium</i> C58 transformations with:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL
+                        sgRNA:psgRNA</li>
+                        <li>promoter 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
+                        sgRNA:psgRNA</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">24/07/2016</h3>
+            <p></p>
+            <ul>
+                <li>Store the next cultures at -80&deg;C:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region in pUPD2 (DH5α) number
+</li>
+                        <li>Linker: luciferase in pUPD2 (DH5α) number 2</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul><br>
+            <h3 style="color:green">25/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 (promoter 35s:Cas
+:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA in 3&Omega;1 and promoter
+s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA in 3&Omega;1 )
+                colony from the plates that has been incubated overnight.
+                Inoculate a starter culture of 5 ml of LB medium with 5 &mu;L
+                of spectinomycin and kanamycin in a falcon tube with the colony
+                and incubate it overnight at 28&deg;C with shaking.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Incubate it 48 hours at 28&deg;C</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Minipreps of <i>Agrobacterium</i> with E.Z.N.A. &reg;
+                Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
+                        control positive:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
+                        control positive:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva target
+                        consensus:Luc:Tnos</li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI.
+                Incubate 1 hour at 37&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products.</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Lanes</td>
+                        <td>Samples</td>
+                        <td>Verification</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>1</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>2</td>
+                        <td>Target Ga20ox consensus</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>3</td>
+                        <td>Target Ga20ox Knock-out</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>4</td>
+                        <td>Target TFL consensus</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>5</td>
+                        <td>Target TFL knock-out</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>6</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div><br>
+            <h3 style="color:green">26/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Minipreps with E.Z.N.A. &reg; Plasmid Mini Kit I,
                  Q(capless) Spin of:</li>
+                <li style="list-style: none; display: inline">
+                    <ul class="ul_2">
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:TFL Clemenules
+                        target:Luc:Tnos in 3&alpha;1 plasmid from C58
+                        <i>Agrobacterium</i></li>
+                        <li>promoter 35s:5&rsquo; region:Ga20ox Gleva
+                        target:Luc:Tnos in 3&alpha;1 plasmid from C58
+                        <i>Agrobacterium</i></li>
+                    </ul>
+                </li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI.
+                Incubate 1 hour at 37&deg;C.</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Run an electrophoresis gel of the digestion products:</li>
+            </ul>
+            <div>
+                <table>
+                    <tr>
+                        <td>Lanes</td>
+                        <td>Samples</td>
+                        <td>Verification</td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>1</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>2</td>
+                        <td>promoter 35s:5&rsquo; region:Target Ga20ox
+                        Rice:Luc:Tnos</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>3</td>
+                        <td>promoter 35s:5&rsquo; region:Target TFL
+                        Clemunules:Luc:Tnos</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                    <tr>
+                        <td>6</td>
+                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
+                        <td><img class="check_img" src=
+                        "https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b7/T--Valencia_UPV--check.png"></td>
+                    </tr>
+                </table>
+            </div><br>
+            <h3 style="color:green">27/07/2016</h3>
+            <ul>
+                <li>Received the necessary primers to sequence:</li>
+            </ul>
+            <ul>
+                <li>Prepare <i>Agrobacterium</i> cultures: Inoculate a starter
+                culture of 5 ml of LB medium with 5 &mu;L of Kanamycin and 5
+                &mu;L of rifampin in a 50 ml tube with the colony and incubate
+                it 48 hours at 28&deg;C with shaking. The devises are:</li>
                  <li style="list-style: none; display: inline">
                      <ul>
-                         <li>promoter 35s:5&rsquo;region:TFL target:Luc:Tnos in
+                         <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region : TFL consensus : Luc
-                         &alpha;1</li>
+                        : Tnos</li>
-                         <li>promoter 35s:5&rsquo;region:Ga20 target: Luc: Tnos
+                        <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region : TFL knockout : Luc
-                         in &alpha;1</li>
+                        : Tnos</li>
+                        <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region :TFL target: Luc :
+                        Tnos</li>
+                         <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region : Ga20 ox consensus :
+                        Luc : Tnos</li>
+                         <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region : Ga20 ox knockout :
+                        Luc : Tnos</li>
+                         <li>Promoter 35S : 5&rsquo;Region :Ga20 ox target: Luc
+                        : Tnos</li>
                      </ul>
                  </li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (TMV CDS) colony from the
+                 <li>Sequencing the last devises to check if these are
-                 plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter
+                 correct.</li>
-                culture of 4 ml of LB medium with 4 &mu;L of kanamycin in a 50
-                ml tube with the colony and incubate it overnight at 37&deg;C
-                with shaking.</li>
              </ul>
+            <h3 style="color:green">28/07/2016</h3>
              <ul>
-                 <li>Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at
+                 <li>Refresh <i><i>Agrobacterium</i> tumefaciens</i> cultures
-&deg;C</li>
+                 with the aim of infiltrating in N.benthamiana on 29/07</li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Run electrophoresis gel of the devises. We remain the
+                 <li>Refresh cultures of the devises promoter 35s: 5&rsquo;
-                 samples 1.</li>
+                region: TFL target : Luc : Tnos and promoter 35s : 5&rsquo;
+                region: Ga20ox target : Luc : Tnos in order to prepare the more
+                 Miniprep reaction.</li>
              </ul>
              <ul>
-                 <li>Store at -80&deg;C the devises of gTS PCR</li>
+                 <li>Sequencing results have arrived.</li>
              </ul>
              <div>
+                <h3 style="color:green">29/07/2016</h3>
+                <ul>
+                    <li>Miniprep with E.Z.N.A &reg;.® Plasmid Mini Kit I,
+                    Q(capless) Spin of:</li>
+                    <li style="list-style: none; display: inline">
+                        <ul>
+                            <li>Promoter 35s: TFL Target : Luc : Tnos</li>
+                            <li>Promoter 35s : Ga20 ox Target : Luc : Tnos</li>
+                        </ul>
+                    </li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Digestion of minipreps with EcoRI following digestion
+                    protocol. Incubate 1 hour at 37&deg;C.</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Run electrophoresis gel of the digestion products. We
+                    will discard this culture because the gel result
+                    doesn&rsquo;t correspond with what we expect.</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Agroinfiltration procedure with 9 plants of
+                    N.benthamiana following the Agroinfiltration protocol.</li>
+                </ul>
+                <h3 style="color:green">01/08/2016</h3>
+                <ul>
+                    <li>Pick up the samples of infiltrated plants. We keep 3
+                    disks per plant in a Eppendorf tube and we take 2 samples
+                    of each plant.</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Luciferase assay is made following the correct
+                    protocol. After analyzing all the data obtained, it seems
+                    that the system works but we must optimized it to increase
+                    the signal range. In this way, we will be able to
+                    distinguish signal from noise.</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Conclusions luciferase assay:</li>
+                    <li style="list-style: none; display: inline">
+                        <ul>
+                            <li>Eliminate 5&rsquo; region of the devise</li>
+                            <li>Change linker sequence</li>
+                            <li>Add renilla in luciferase assay</li>
+                            <li>Change reporter to +1</li>
+                            <li>Use pless as control</li>
+                            <li>Use a Wild Type as control</li>
+                            <li>Devises in cis</li>
+                            <li>Design a consensus target as longer as the
+                            amplified.</li>
+                        </ul>
+                    </li>
+                </ul>
+                <h3 style="color:green">02/08/2016</h3>
+                <ul>
+                    <li>Culture refresh of C58 <i>Agrobacterium</i> to
+                    infiltrate on Friday.</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (promoter
+s:5&rsquo;region:TFL target:Luc:Tnos in &alpha;1 and
+                    promoter 35s:5&rsquo;region:Ga20 target: Luc: Tnos in
+                    &alpha;1) colony from the plate that has been incubated
+                    overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium
+                    with 4 &mu;L of kanamycin in a 50 ml tube with the colony
+                    and incubate it overnight at 37&deg;C with shaking.</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Targets ligations with Renilla reporters.</li>
+                </ul>
+                <div>
+                    <table>
+                        <tr>
+                            <td>Reagent</td>
+                            <td>Volume(&mu;L)</td>
+                        </tr>
+                        <tr>
+                            <td>TFL KO/Ga20KO/TFL cons / Ga20 cons</td>
+                            <td>1</td>
+                        </tr>
+                        <tr>
+                            <td>Promoter35s: Renilla: Tnos</td>
+                            <td>1</td>
+                        </tr>
+                        <tr>
+                            <td>pUPD2</td>
+                            <td>1</td>
+                        </tr>
+                        <tr>
+                            <td>BSA10X</td>
+                            <td>1.2</td>
+                        </tr>
+                        <tr>
+                            <td>Ligase Buffer</td>
+                            <td>1.2</td>
+                        </tr>
+                        <tr>
+                            <td>BsmbI</td>
+                            <td>1</td>
+                        </tr>
+                        <tr>
+                            <td>T4 ligase</td>
+                            <td>1</td>
+                        </tr>
+                        <tr>
+                            <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                            <td>4.6</td>
+                        </tr>
+                    </table>
+                </div>
+                <h3 style="color:green">03/08/2016</h3>
+                <ul>
+                    <li>DH5&alpha; <i>E. coli</i> transformation with the
+                    devises:</li>
+                    <li style="list-style: none; display: inline">
+                        <ul>
+                            <li>Promoter 35S : 5&rsquo; region : TFL KO : Luc :
+                            Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in &Omega;2</li>
+                            <li>Promoter 35S : 5&rsquo; region : TFL consensus
+                            : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in
+                            &Omega;2</li>
+                            <li>Promoter 35S : 5&rsquo; region : Ga20ox KO :
+                            Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in
+                            &Omega;2</li>
+                            <li>Promoter 35S : 5&rsquo; region : Ga20ox
+                            consensus : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos
+                            in &Omega;2</li>
+                        </ul>
+                    </li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic).
+                    Incubate 16 hours at 37&deg;C</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Minipreps with E.Z.N.A &reg;.® Plasmid Mini Kit I,
+                    Q(capless) Spin of:</li>
+                    <li style="list-style: none; display: inline">
+                        <ul>
+                            <li>promoter 35s:5&rsquo;region:TFL target:Luc:Tnos
+                            in &alpha;1</li>
+                            <li>promoter 35s:5&rsquo;region:Ga20 target: Luc:
+                            Tnos in &alpha;1</li>
+                        </ul>
+                    </li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (TMV CDS) colony from
+                    the plate that has been incubated overnight. Inoculate a
+                    starter culture of 4 ml of LB medium with 4 &mu;L of
+                    kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it
+                    overnight at 37&deg;C with shaking.</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at
+&deg;C</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Run electrophoresis gel of the devises. We remain the
+                    samples 1.</li>
+                </ul>
+                <ul>
+                    <li>Store at -80&deg;C the devises of gTS PCR</li>
+                </ul>
                  <div>
-                    <ul>
-                        <li>Ligate reactions of TFL target and Ga20ox target
-                        with Renilla</li>
-                    </ul>
                      <div>
+                        <ul>
+                            <li>Ligate reactions of TFL target and Ga20ox
+                            target with Renilla</li>
+                        </ul>
                          <div>
-                            <h3 style="color:green">04/08/2016</h3>
-                            <ul>
-                                <li>Miniprep with E.Z.N.A &reg;.® Plasmid Mini
-                                Kit I, Q(capless) Spin of TMV CDS</li>
-                            </ul>
-                            <ul>
-                                <li>Transform DH5 &alpha; <i>E. coli</i> with
-                                the devise:</li>
-                                <li style="list-style: none; display: inline">
-                                    <ul>
-                                        <li>promoter 35s : 5&rsquo; region: PCR
-                                        target: Luc: Tnos - promoter 35s:
-                                        Renilla: Tnos. After incubating 2
-                                        hours, it must be plated.</li>
-                                    </ul>
-                                </li>
-                            </ul>
-                            <ul>
-                                <li>Refresh C58 <i><i>Agrobacterium</i>
-                                tumefaciens</i> cultures with the aim of
-                                infiltrating in N.benthamiana on 05/08.</li>
-                            </ul>
-                            <ul>
-                                <li>Pick a single E. coli DH5&alpha; (promoter
-S : 5&rsquo; region: KO/cons target: Luc:Tnos
-                                - promoter35s: renilla: Tnos) colony from the
-                                plate that has been incubated overnight.
-                                Inoculate a starter culture of 4 ml of LB
-                                medium with 4 &mu;L of spectinomycin in a 50 ml
-                                tube with the colony and incubate it overnight
-                                at 37&deg;C with shaking.Sequencing TMV empty
-                                vector with the primer D09OCT01 (10 uM). 5&mu;L
-                                of Miniprep and 9&mu;L of primer (dilution
-:3). Sequencing code of 210.13.300 and
-.13.301.</li>
-                            </ul>
-                            <h3 style="color:green">05/08/2016</h3>
-                            <ul>
-                                <li>Pick a single E. coli DH5&alpha;
-                                (promoter35s: 5&rsquo; region: TFL/Ga20 PCR:
-                                Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos ) colony
-                                from the plate that has been incubated
-                                overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml
-                                of LB medium with 4 &mu;L of kanamycin in a 50
-                                ml tube with the colony and incubate it
-                                overnight at 37&deg;C with shaking.</li>
-                            </ul>
-                            <ul>
-                                <li>Miniprep with E.Z.N.A &reg;.® Plasmid Mini
-                                Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
-                                <li style="list-style: none; display: inline">
-                                    <ul>
-                                        <li>Promoter 35s: 5&rsquo; region: TFL
-                                        PCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla:
-                                        Tnos</li>
-                                        <li>promoter35s: 5&rsquo; region: Ga20
-                                        PCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla:
-                                        Tnos</li>
-                                        <li>promoter35s: 5&rsquo; region: Ga20
-                                        consensus: Luc: Tnos - promoter35s:
-                                        Renilla: Tnos</li>
-                                        <li>promoter35s: 5&rsquo; region: Ga20
-                                        KO: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla:
-                                        Tnos</li>
-                                    </ul>
-                                </li>
-                            </ul>
-                            <ul>
-                                <li>Digestion of minipreps with EcoRV. Incubate
-hour at 37&deg;C</li>
-                            </ul>
-                            <ul>
-                                <li>Run electrophoresis gel of the digestion
-                                products: TFLK01, TFLK02, TFLcons01, TFLcons02,
-                                GAK01, GAK02, GAcons01, GAcons02.</li>
-                            </ul>
-                            <ul>
-                                <li>Prepare the Agroinfiltration with the
-                                correct protocol.</li>
-                            </ul>
                              <div>
+                                <h3 style="color:green">04/08/2016</h3>
+                                <ul>
+                                    <li>Miniprep with E.Z.N.A &reg;.® Plasmid
+                                    Mini Kit I, Q(capless) Spin of TMV CDS</li>
+                                </ul>
+                                <ul>
+                                    <li>Transform DH5 &alpha; <i>E. coli</i>
+                                    with the devise:</li>
+                                    <li style=
+                                    "list-style: none; display: inline">
+                                        <ul>
+                                            <li>promoter 35s : 5&rsquo; region:
+                                            PCR target: Luc: Tnos - promoter
+s: Renilla: Tnos. After
+                                            incubating 2 hours, it must be
+                                            plated.</li>
+                                        </ul>
+                                    </li>
+                                </ul>
+                                <ul>
+                                    <li>Refresh C58 <i><i>Agrobacterium</i>
+                                    tumefaciens</i> cultures with the aim of
+                                    infiltrating in N.benthamiana on
+/08.</li>
+                                </ul>
+                                <ul>
+                                    <li>Pick a single E. coli DH5&alpha;
+                                    (promoter 35S : 5&rsquo; region: KO/cons
+                                    target: Luc:Tnos - promoter35s: renilla:
+                                    Tnos) colony from the plate that has been
+                                    incubated overnight. Inoculate a starter
+                                    culture of 4 ml of LB medium with 4 &mu;L
+                                    of spectinomycin in a 50 ml tube with the
+                                    colony and incubate it overnight at
+&deg;C with shaking.Sequencing TMV empty
+                                    vector with the primer D09OCT01 (10 uM).
+&mu;L of Miniprep and 9&mu;L of primer
+                                    (dilution 1:3). Sequencing code of
+.13.300 and 210.13.301.</li>
+                                </ul>
+                                <h3 style="color:green">05/08/2016</h3>
+                                <ul>
+                                    <li>Pick a single E. coli DH5&alpha;
+                                    (promoter35s: 5&rsquo; region: TFL/Ga20
+                                    PCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos
+                                    ) colony from the plate that has been
+                                    incubated overnight. Inoculate a starter
+                                    culture of 4 ml of LB medium with 4 &mu;L
+                                    of kanamycin in a 50 ml tube with the
+                                    colony and incubate it overnight at
+&deg;C with shaking.</li>
+                                </ul>
+                                <ul>
+                                    <li>Miniprep with E.Z.N.A &reg;.® Plasmid
+                                    Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
+                                    <li style=
+                                    "list-style: none; display: inline">
+                                        <ul>
+                                            <li>Promoter 35s: 5&rsquo; region:
+                                            TFL PCR: Luc: Tnos - promoter35s:
+                                            Renilla: Tnos</li>
+                                            <li>promoter35s: 5&rsquo; region:
+                                            Ga20 PCR: Luc: Tnos - promoter35s:
+                                            Renilla: Tnos</li>
+                                            <li>promoter35s: 5&rsquo; region:
+                                            Ga20 consensus: Luc: Tnos -
+                                            promoter35s: Renilla: Tnos</li>
+                                            <li>promoter35s: 5&rsquo; region:
+                                            Ga20 KO: Luc: Tnos - promoter35s:
+                                            Renilla: Tnos</li>
+                                        </ul>
+                                    </li>
+                                </ul>
+                                <ul>
+                                    <li>Digestion of minipreps with EcoRV.
+                                    Incubate 1 hour at 37&deg;C</li>
+                                </ul>
+                                <ul>
+                                    <li>Run electrophoresis gel of the
+                                    digestion products: TFLK01, TFLK02,
+                                    TFLcons01, TFLcons02, GAK01, GAK02,
+                                    GAcons01, GAcons02.</li>
+                                </ul>
+                                <ul>
+                                    <li>Prepare the Agroinfiltration with the
+                                    correct protocol.</li>
+                                </ul>
                                  <div>
-                                    <ul>
-                                        <li>Infiltration cultures:</li>
-                                        <li style=
-                                        "list-style: none; display: inline">
-                                            <ul>
-                                                <li>Promoter 35s: Luc: Tnos
-                                                Laboratory controls</li>
-                                                <li>Pnos: Luc: Tnos Laboratory
-                                                controls</li>
-                                                <li>gTS TFL KO + Cas9 - XT1:XT2
-                                                Positive controls</li>
-                                                <li>gTSGa20 KO + Cas9 - XT1:XT2
-                                                Positive controls</li>
-                                                <li>gTS TFL PCR + Cas9 -
-                                                XT1:XT2 Negative controls</li>
-                                                <li>gTS Ga20 PCR + Cas9 -
-                                                XT1:XT2 Negative controls</li>
-                                                <li>gTS TFL PCR + Cas9 -
-                                                TFLgRNA Samples</li>
-                                                <li>gTS TFL cons + Cas9 -
-                                                TFLgRNA Samples</li>
-                                                <li>gTS Ga20 PCR + Cas9 -
-                                                Ga20gRNA Samples</li>
-                                                <li>gTS Ga20 cons + Cas9 -
-                                                Ga20gRNA Samples</li>
-                                            </ul>
-                                        </li>
-                                    </ul>
-                                    <h3 style="color:green">08/08/2016</h3>
-                                    <ul>
-                                        <li>Transplant agroinfiltrated plants
-                                        (<i>Nicotiana benthamiana</i>)</li>
-                                    </ul>
-                                    <ul>
-                                        <li>Pick up 6 disks per each plant in
-                                        order to carry out the luciferase assay
-                                        on 09/08</li>
-                                    </ul>
-                                    <h3 style="color:green">09/08/2016</h3>
-                                    <ul>
-                                        <li>Ligate reaction of:</li>
-                                    </ul>
                                      <div>
                                          <ul>
-                                             <li>Miniprep with E.Z.N.A &reg;.®
+                                             <li>Infiltration cultures:</li>
-                                            Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin
-                                            of:</li>
                                              <li style=
                                              "list-style: none; display: inline">
                                              <ul>
-                                                     <li>Promoter 35s: 5&rsquo;
+                                                     <li>Promoter 35s: Luc: Tnos
-                                                     region: TFL/Ga20 PCR: Luc:
+                                                     Laboratory controls</li>
-                                                     Tnos – promoter 35s:
+                                                    <li>Pnos: Luc: Tnos
-                                                     Renilla: Tnos</li>
+                                                     Laboratory controls</li>
+                                                    <li>gTS TFL KO + Cas9 -
+                                                    XT1:XT2 Positive
+                                                     controls</li>
+                                                    <li>gTSGa20 KO + Cas9 -
+                                                    XT1:XT2 Positive
+                                                    controls</li>
+                                                    <li>gTS TFL PCR + Cas9 -
+                                                    XT1:XT2 Negative
+                                                    controls</li>
+                                                    <li>gTS Ga20 PCR + Cas9 -
+                                                    XT1:XT2 Negative
+                                                    controls</li>
+                                                    <li>gTS TFL PCR + Cas9 -
+                                                    TFLgRNA Samples</li>
+                                                    <li>gTS TFL cons + Cas9 -
+                                                    TFLgRNA Samples</li>
+                                                    <li>gTS Ga20 PCR + Cas9 -
+                                                    Ga20gRNA Samples</li>
+                                                    <li>gTS Ga20 cons + Cas9 -
+                                                    Ga20gRNA Samples</li>
                                                  </ul>
                                              </li>
                                          </ul>
+                                        <h3 style="color:green">08/08/2016</h3>
                                          <ul>
-                                             <li>Transform in C58
+                                             <li>Transplant agroinfiltrated
-                                             <i>Agrobacterium</i> promoter 35s:
+                                             plants (<i>Nicotiana
-                                            Renilla : Tnos (3 &alpha;2)</li>
+                                            benthamiana</i>)</li>
                                          </ul>
                                          <ul>
-                                             <li>Plating promoter35s: Renilla:
+                                             <li>Pick up 6 disks per each plant
-                                             Tnos (3&alpha;2)</li>
+                                             in order to carry out the
+                                            luciferase assay on 09/08</li>
                                          </ul>
+                                        <h3 style="color:green">09/08/2016</h3>
                                          <ul>
-                                             <li>Luciferase assay</li>
+                                             <li>Ligate reaction of:</li>
                                          </ul>
                                          <div>
                                              <ul>
-                                                 <li>Transform the products of
+                                                 <li>Miniprep with E.Z.N.A
-                                                 ligation in DH5 &alpha;.
+                                                 &reg;.® Plasmid Mini Kit I,
-                                                 Incubate it at 37&deg;C during
+                                                 Q(capless) Spin of:</li>
-hours.</li>
+                                                <li style=
+                                                "list-style: none; display: inline">
+                                                <ul>
+                                                        <li>Promoter 35s:
+&rsquo; region:
+                                                        TFL/Ga20 PCR: Luc: Tnos
+                                                        – promoter 35s:
+                                                        Renilla: Tnos</li>
+                                                    </ul>
+                                                 </li>
                                              </ul>
                                              <ul>
-                                                 <li>We store at -80&deg;C:</li>
+                                                 <li>Transform in C58
+                                                <i>Agrobacterium</i> promoter
+s: Renilla : Tnos (3
+                                                &alpha;2)</li>
+                                            </ul>
+                                            <ul>
+                                                <li>Plating promoter35s:
+                                                Renilla: Tnos (3&alpha;2)</li>
+                                            </ul>
+                                            <ul>
+                                                <li>Luciferase assay</li>
                                              </ul>
                                              <div>
+                                                <ul>
+                                                    <li>Transform the products
+                                                    of ligation in DH5 &alpha;.
+                                                    Incubate it at 37&deg;C
+                                                    during 2 hours.</li>
+                                                </ul>
+                                                <ul>
+                                                    <li>We store at
+                                                    -80&deg;C:</li>
+                                                </ul>
                                                  <div>
-                                                    <ul>
-                                                        <li>Run electrophoresis
-                                                        gel of: promoter 35s:
-&rsquo; region:
-                                                        TFL/Ga20 PCR: Luc: Tnos
-                                                        – promoter 35s:
-                                                        Renilla: Tnos. We keep
-                                                        the Miniprep number
-.</li>
-                                                    </ul>
-                                                    <ul>
-                                                        <li>Refresh the
-                                                        cultures of TFL PCR
-                                                        (pUPD2) and Ga20 PCR
-                                                        (pUPD2) because we
-                                                        suspect that these
-                                                        cultures are the
-                                                        correct ones but we are
-                                                        not sure so we want to
-                                                        check them. The
-                                                        cultures that we use to
-                                                        refresh were made on
-/07/2016. It is
-                                                        important to remember
-                                                        that we need them to
-                                                        assemble the gTS with
-                                                        the new linkers.</li>
-                                                    </ul>
-                                                    <h3 style="color:green">
-/08/2016</h3>
-                                                    <ul>
-                                                        <li>Miniprep with
-                                                        E.Z.N.A &reg;.® Plasmid
-                                                        Mini Kit I, Q(capless)
-                                                        Spin of:</li>
-                                                        <li style=
-                                                        "list-style: none; display: inline">
-                                                        <ul>
-                                                                <li>TFL / Ga20
-                                                                PCR in
-                                                                pUPD2</li>
-                                                            </ul>
-                                                        </li>
-                                                    </ul>
-                                                    <ul>
-                                                        <li>Digestion of
-                                                        minipreps with NotI.
-                                                        Incubate 1 hour at
-&deg;C</li>
-                                                    </ul>
-                                                    <ul>
-                                                        <li>Run electrophoresis
-                                                        gel of Miniprep
-                                                        products. We have made
-                                                        a small gel so we have
-                                                        mix 0.45 g of Agarose
-                                                        with 45 mL of TAE 1X.
-                                                        Voltage used is 100V.
-                                                        Both samples are
-                                                        correct.</li>
-                                                    </ul>
-                                                    <ul>
-                                                        <li>Pick a single E.
-                                                        coli DH5&alpha;
-                                                        (promoter35s: 5&rsquo;
-                                                        region: TFL/Ga20 cons:
-                                                        Tnos - promoter35s:
-                                                        Renilla: Tnos -
-                                                        promoter 35s: Cas9:
-                                                        Tnos - U6: TFL/Ga20
-                                                        gRNA: psgRNA) colony
-                                                        from the plate that has
-                                                        been incubated
-                                                        overnight. Inoculate a
-                                                        starter culture of 4 ml
-                                                        of LB medium with 4
-                                                        &mu;L of
-                                                        chloramphenicol in a 50
-                                                        ml tube with the colony
-                                                        and incubate it
-                                                        overnight at 37&deg;C
-                                                        with shaking.</li>
-                                                    </ul>
-                                                    <ul>
-                                                        <li>We throw out from
-                                                        Golden Braid collection
-                                                        the glycerinate number
-(Cas9 - XT1gRNA)
-                                                        and 0549 (promoter 35s:
-                                                        TEV: Tnos)</li>
-                                                    </ul>
-                                                    <ul>
-                                                        <li>Ligation reaction
-                                                        of promoter 35s:
-&rsquo; region: TFL/
-                                                        Ga20: Tnos - promoter
-s: Renilla: Tnos +
-                                                        promoter 35s: Cas9:
-                                                        Tnos - U6: TFL/Ga20
-                                                        gRNA: psgRNA</li>
-                                                    </ul>
                                                      <div>
+                                                        <ul>
+                                                            <li>Run
+                                                            electrophoresis gel
+                                                            of: promoter 35s:
+&rsquo; region:
+                                                            TFL/Ga20 PCR: Luc:
+                                                            Tnos – promoter
+s: Renilla: Tnos.
+                                                            We keep the
+                                                            Miniprep number
+.</li>
+                                                        </ul>
+                                                        <ul>
+                                                            <li>Refresh the
+                                                            cultures of TFL PCR
+                                                            (pUPD2) and Ga20
+                                                            PCR (pUPD2) because
+                                                            we suspect that
+                                                            these cultures are
+                                                            the correct ones
+                                                            but we are not sure
+                                                            so we want to check
+                                                            them. The cultures
+                                                            that we use to
+                                                            refresh were made
+                                                            on 12/07/2016. It
+                                                            is important to
+                                                            remember that we
+                                                            need them to
+                                                            assemble the gTS
+                                                            with the new
+                                                            linkers.</li>
+                                                        </ul>
+                                                        <h3 style=
+                                                        "color:green">
+/08/2016</h3>
+                                                        <ul>
+                                                            <li>Miniprep with
+                                                            E.Z.N.A &reg;.®
+                                                            Plasmid Mini Kit I,
+                                                            Q(capless) Spin
+                                                            of:</li>
+                                                            <li style=
+                                                            "list-style: none; display: inline">
+                                                            <ul>
+                                                                    <li>TFL /
+                                                                    Ga20 PCR in
+                                                                    pUPD2</li>
+                                                                </ul>
+                                                            </li>
+                                                        </ul>
+                                                        <ul>
+                                                            <li>Digestion of
+                                                            minipreps with
+                                                            NotI. Incubate 1
+                                                            hour at
+&deg;C</li>
+                                                        </ul>
+                                                        <ul>
+                                                            <li>Run
+                                                            electrophoresis gel
+                                                            of Miniprep
+                                                            products. We have
+                                                            made a small gel so
+                                                            we have mix 0.45 g
+                                                            of Agarose with 45
+                                                            mL of TAE 1X.
+                                                            Voltage used is
+V. Both samples
+                                                            are correct.</li>
+                                                        </ul>
+                                                        <ul>
+                                                            <li>Pick a single
+                                                            E. coli DH5&alpha;
+                                                            (promoter35s:
+&rsquo; region:
+                                                            TFL/Ga20 cons: Tnos
+                                                            - promoter35s:
+                                                            Renilla: Tnos -
+                                                            promoter 35s: Cas9:
+                                                            Tnos - U6: TFL/Ga20
+                                                            gRNA: psgRNA)
+                                                            colony from the
+                                                            plate that has been
+                                                            incubated
+                                                            overnight.
+                                                            Inoculate a starter
+                                                            culture of 4 ml of
+                                                            LB medium with 4
+                                                            &mu;L of
+                                                            chloramphenicol in
+                                                            a 50 ml tube with
+                                                            the colony and
+                                                            incubate it
+                                                            overnight at
+&deg;C with
+                                                            shaking.</li>
+                                                        </ul>
+                                                        <ul>
+                                                            <li>We throw out
+                                                            from Golden Braid
+                                                            collection the
+                                                            glycerinate number
+(Cas9 -
+                                                            XT1gRNA) and 0549
+                                                            (promoter 35s: TEV:
+                                                            Tnos)</li>
+                                                        </ul>
+                                                        <ul>
+                                                            <li>Ligation
+                                                            reaction of
+                                                            promoter 35s:
+&rsquo; region:
+                                                            TFL/ Ga20: Tnos -
+                                                            promoter 35s:
+                                                            Renilla: Tnos +
+                                                            promoter 35s: Cas9:
+                                                            Tnos - U6: TFL/Ga20
+                                                            gRNA: psgRNA</li>
+                                                        </ul>
+                                                        <div>
+                                                            <table>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>
+                                                                    Devises</td>
+                                                                    <td>
+                                                                    Volume(&mu;L)</td>
+                                                                </tr>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>gTS
+                                                                    TFL/ Ga20 -
+                                                                    Renilla</td>
+                                                                    <td>1</td>
+                                                                </tr>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>Cas9 -
+                                                                    gRNA</td>
+                                                                    <td>1</td>
+                                                                </tr>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>3
+                                                                    &alpha; 1
+                                                                    plasmid</td>
+                                                                    <td>
+.2</td>
+                                                                </tr>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>Bsa
+x</td>
+                                                                    <td>
+.2</td>
+                                                                </tr>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>Buffer
+                                                                    ligase</td>
+                                                                    <td>1</td>
+                                                                </tr>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>Bsa
+                                                                    I</td>
+                                                                    <td>1</td>
+                                                                </tr>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>T4
+                                                                    ligase</td>
+                                                                    <td>1</td>
+                                                                </tr>
+                                                                <tr>
+                                                                    <td>H20
+                                                                    milliQ</td>
+                                                                    <td>
+.6</td>
+                                                                </tr>
+                                                            </table>
+                                                        </div>
                                                          <table>
-                                                       <tr>
+                                                            <tr>
-                                                             <td>Devises</td>
+                                                                <td>5</td>
-                                                             <td>Volume(&mu;L)</td>
+                                                                <td>
-                                                        </tr>
+s:5&rsquo;:Ga20cons:Luc:Tnos</td>
-                                                        <tr>
+                                                                <td>
-                                                             <td>gTS TFL/ Ga20 -
+&alpha;1</td>
-                                                             Renilla</td>
+                                                                <td>KAN</td>
-                                                             <td>1</td>
+                                                             </tr>
-                                                        </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>6</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:Ga20KO:Luc:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&alpha;1</td>
+                                                                <td>KAN</td>
+                                                             </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>7</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:TFLcons:Luc:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&alpha;1</td>
+                                                                <td>KAN</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>8</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:TFLKO:Luc:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&alpha;1</td>
+                                                                <td>KAN</td>
+                                                             </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>9</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:Ga20cons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&Omega;2</td>
+                                                                <td>SPEC</td>
+                                                             </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>10</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:Ga20KO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&Omega;2</td>
+                                                                <td>SPEC</td>
+                                                             </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>11</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:Ga20PCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&Omega;2</td>
+                                                                <td>SPEC</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>12</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:TFLcons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&Omega;2</td>
+                                                                <td>SPEC</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>13</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:TFLKO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&Omega;2</td>
+                                                                <td>SPEC</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>14</td>
+                                                                <td>
+s:5&rsquo;:TFLPCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
+                                                                <td>
+&Omega;2</td>
+                                                                <td>SPEC</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>15</td>
+                                                                <td>
+                                                                U6:Ga20sgRNA:psgRNA</td>
+                                                                <td>
+&alpha;1</td>
+                                                                <td>KAN</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>16</td>
+                                                                <td>
+                                                                U6:TFLsgRNA:psgRNA</td>
+                                                                <td>
+&alpha;1</td>
+                                                                <td>KAN</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>17</td>
+                                                                <td>
+s:Cas9:Tnos-U6:Ga20gRNA:psgRNA</td>
+                                                                <td>
+&Omega;1</td>
+                                                                <td>SPEC</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>18</td>
+                                                                <td>
+s:Cas9:Tnos-U6:TFLgRNA:psgRNA</td>
+                                                                <td>
+&Omega;1</td>
+                                                                <td>SPEC</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>19</td>
+                                                                <td>
+                                                                Ga20PCR</td>
+                                                                <td>pUPD2</td>
+                                                                <td>CAM</td>
+                                                            </tr>
+                                                            <tr>
+                                                                <td>20</td>
+                                                                <td>TFLPCR</td>
+                                                                <td>pUPD2</td>
+                                                                <td>CAM</td>
+                                                            </tr>
+                                                        </table>
+                                                    </div>
+                                                    <table>
                                                          <tr>
-                                                             <td>Cas9 -
+                                                             <td>U6:Ga20 gRNA:
-                                                             gRNA</td>
+                                                            psgRNA - promoter
-                                                             <td>1</td>
+s: Cas9: Tnos -
+                                                             Miniprep number 2
+                                                            was empty. We have
+                                                            resuspended it with
+&mu;L of H20
+                                                            milliQ and we have
+                                                            checked the DNA
+                                                            concentration with
+                                                            the Nanodrop. The
+                                                            results show us
+                                                            that the DNA
+                                                            concentration in
+                                                            the Eppendorf was
+ng/ &mu;L so we
+                                                             have used it.</td>
                                                          </tr>
                                                          <tr>
-                                                             <td>3 &alpha; 1
+                                                             <td></td>
-                                                            plasmid</td>
-                                                            <td>1.2</td>
                                                          </tr>
                                                          <tr>
-                                                             <td>Bsa 10x</td>
+                                                             <td>
-                                                             <td>1.2</td>
+                                                            Promoter35s</td>
+                                                             <td>pNos</td>
                                                          </tr>
                                                          <tr>
-                                                             <td>Buffer
+                                                             <td>TFLKO</td>
-                                                            ligase</td>
+                                                             <td>Ga20KO</td>
-                                                             <td>1</td>
                                                          </tr>
                                                          <tr>
-                                                             <td>Bsa I</td>
+                                                             <td>TFLPCRXT1</td>
-                                                             <td>1</td>
+                                                             <td>Ga20PCRXT1</td>
                                                          </tr>
                                                          <tr>
-                                                             <td>T4 ligase</td>
+                                                             <td>TFLPCROK</td>
-                                                             <td>1</td>
+                                                             <td>Ga20PCROK</td>
                                                          </tr>
                                                          <tr>
-                                                             <td>H20 milliQ</td>
+                                                             <td>TFLconsOK</td>
-                                                             <td>4.6</td>
+                                                             <td>Ga20consOK</td>
                                                          </tr>
                                                      </table>
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                                                  <table>
                                                      <tr>
-                                                         <td>5</td>
+                                                         <td>Devises</td>
-                                                         <td>
+                                                         <td>Volume (&mu;L)</td>
-s:5&rsquo;:Ga20cons:Luc:Tnos</td>
-                                                        <td>3&alpha;1</td>
-                                                        <td>KAN</td>
                                                      </tr>
                                                      <tr>
-                                                         <td>6</td>
+                                                         <td>Promoter 35s :
-                                                        <td>
+&rsquo; region:
-s:5&rsquo;:Ga20KO:Luc:Tnos</td>
+                                                        Ga20/TFL KO: Luc: Tnos
-                                                         <td>3&alpha;1</td>
+                                                        - promoter 35s:
-                                                         <td>KAN</td>
+                                                        Renilla: Tnos -
+                                                        promoter 35s: hCas9:
+                                                        Tnos: U6: Ga20/TFL
+                                                         gRNA: psgRNA</td>
+                                                         <td>1</td>
                                                      </tr>
                                                      <tr>
-                                                         <td>7</td>
+                                                         <td>Promoter 35s :
-                                                        <td>
+&rsquo; region:
-s:5&rsquo;:TFLcons:Luc:Tnos</td>
+                                                        Ga20/TFL cons: Luc:
-                                                         <td>3&alpha;1</td>
+                                                        Tnos - promoter 35s:
-                                                         <td>KAN</td>
+                                                        Renilla: Tnos -
+                                                        promoter 35s: hCas9:
+                                                        Tnos: U6: Ga20/TFL
+                                                         gRNA: psgRNA</td>
+                                                         <td>1</td>
                                                      </tr>
                                                      <tr>
-                                                        <td>8</td>
+                                                         <td>3 &alpha; 1
-                                                        <td>
+                                                        plasmid</td>
-s:5&rsquo;:TFLKO:Luc:Tnos</td>
+                                                         <td>1.2</td>
-                                                         <td>3&alpha;1</td>
-                                                         <td>KAN</td>
                                                      </tr>
                                                      <tr>
-                                                         <td>9</td>
+                                                         <td>Bsa 10X</td>
-                                                         <td>
+                                                         <td>1.2</td>
-s:5&rsquo;:Ga20cons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
-                                                        <td>3&Omega;2</td>
-                                                        <td>SPEC</td>
                                                      </tr>
                                                      <tr>
-                                                         <td>10</td>
+                                                         <td>Buffer ligase</td>
-                                                         <td>
+                                                         <td>1</td>
-s:5&rsquo;:Ga20KO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
-                                                        <td>3&Omega;2</td>
-                                                        <td>SPEC</td>
                                                      </tr>
                                                      <tr>
-                                                         <td>11</td>
+                                                         <td>Bsa I</td>
-                                                         <td>
+                                                         <td>1</td>
-s:5&rsquo;:Ga20PCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
-                                                        <td>3&Omega;2</td>
-                                                        <td>SPEC</td>
                                                      </tr>
                                                      <tr>
-                                                         <td>12</td>
+                                                         <td>T4 ligase</td>
-                                                         <td>
+                                                         <td>1</td>
-s:5&rsquo;:TFLcons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
-                                                        <td>3&Omega;2</td>
-                                                        <td>SPEC</td>
                                                      </tr>
                                                      <tr>
-                                                         <td>13</td>
+                                                         <td>H20 milliQ</td>
-                                                         <td>
+                                                         <td>4.6</td>
-s:5&rsquo;:TFLKO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
-                                                        <td>3&Omega;2</td>
-                                                        <td>SPEC</td>
-                                                    </tr>
-                                                    <tr>
-                                                        <td>14</td>
-                                                        <td>
-s:5&rsquo;:TFLPCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
-                                                        <td>3&Omega;2</td>
-                                                        <td>SPEC</td>
-                                                    </tr>
-                                                    <tr>
-                                                        <td>15</td>
-                                                        <td>
-                                                        U6:Ga20sgRNA:psgRNA</td>
-                                                        <td>3&alpha;1</td>
-                                                        <td>KAN</td>
-                                                    </tr>
-                                                    <tr>
-                                                        <td>16</td>
-                                                        <td>
-                                                        U6:TFLsgRNA:psgRNA</td>
-                                                        <td>3&alpha;1</td>
-                                                        <td>KAN</td>
-                                                    </tr>
-                                                    <tr>
-                                                        <td>17</td>
-                                                        <td>
-s:Cas9:Tnos-U6:Ga20gRNA:psgRNA</td>
-                                                        <td>3&Omega;1</td>
-                                                        <td>SPEC</td>
-                                                    </tr>
-                                                    <tr>
-                                                        <td>18</td>
-                                                        <td>
-s:Cas9:Tnos-U6:TFLgRNA:psgRNA</td>
-                                                        <td>3&Omega;1</td>
-                                                        <td>SPEC</td>
-                                                    </tr>
-                                                    <tr>
-                                                        <td>19</td>
-                                                        <td>Ga20PCR</td>
-                                                        <td>pUPD2</td>
-                                                        <td>CAM</td>
-                                                    </tr>
-                                                    <tr>
-                                                        <td>20</td>
-                                                        <td>TFLPCR</td>
-                                                        <td>pUPD2</td>
-                                                        <td>CAM</td>
                                                      </tr>
                                                  </table>
                                              </div>
+                                             <table>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Devise</td>
+                                                    <td>Volume of culture
+                                                    (mL)</td>
+                                                    <td>Volume of
+                                                    Agroinfiltration solution
+                                                    (mL)</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Cas9 - TFL gRNA</td>
+                                                    <td>0.7</td>
+                                                    <td>9.3</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Cas 9 - Ga20 gRNA</td>
+                                                    <td>0.7</td>
+                                                    <td>9.3</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Cas 9 - XT1: XT2</td>
+                                                    <td>0.59</td>
+                                                    <td>9.41</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>TFL KO</td>
+                                                    <td>0.67</td>
+                                                    <td>9.33</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>TFL target</td>
+                                                    <td>0.73</td>
+                                                    <td>9.27</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Ga20 consensus</td>
+                                                    <td>0.71</td>
+                                                    <td>9.28</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Pnos</td>
+                                                    <td>0.68</td>
+                                                    <td>9.32</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Promoter 35s : Luc</td>
+                                                    <td>0.78</td>
+                                                    <td>9.22</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Ga20 target</td>
+                                                    <td>0.74</td>
+                                                    <td>9.26</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>TFL consensus</td>
+                                                    <td>0.71</td>
+                                                    <td>9.29</td>
+                                                </tr>
+                                                <tr>
+                                                    <td>Ga20 - KO</td>
+                                                    <td>0.73</td>
+                                                    <td>9.27</td>
+                                                </tr>
+                                            </table>
+                                        </div>
+                                        <table>
                                              <tr>
-                                                 <td>U6:Ga20 gRNA: psgRNA -
+                                                 <td>Centrifuge the cultures at
-                                                 promoter 35s: Cas9: Tnos -
+rpm during 15 minutes. We
-                                                Miniprep number 2 was empty. We
+                                                 discard the supernatant and it
-                                                 have resuspended it with 40
+                                                 is necessary to resuspend in
-                                                 &mu;L of H20 milliQ and we have
+mL of Agroinfiltration
-                                                 checked the DNA concentration
+                                                 solution. Let shaking it a RT
-                                                 with the Nanodrop. The results
+                                                 during 2 hours. OD&rsquo;s
-                                                 show us that the DNA
+                                                 measurement</td>
-                                                concentration in the Eppendorf
-                                                was 140 ng/ &mu;L so we have
-                                                 used it.</td>
                                              </tr>
-                                            <table>
                                              <tr>
-                                                 <td>Promoter35s</td>
+                                                 <td></td>
-                                                <td>pNos</td>
                                              </tr>
                                              <tr>
-                                                 <td>TFLKO</td>
+                                                 <td>Reagent</td>
-                                                 <td>Ga20KO</td>
+                                                 <td>Volume(&mu;L)</td>
                                              </tr>
                                              <tr>
-                                                 <td>TFLPCRXT1</td>
+                                                 <td>35s:5&rsquo;region:
-                                                 <td>Ga20PCRXT1</td>
+                                                TFL/Ga20 Target: Luc: Tnos</td>
+                                                 <td>1</td>
                                              </tr>
                                              <tr>
-                                                 <td>TFLPCROK</td>
+                                                 <td>Promoter35s: Renilla:
-                                                 <td>Ga20PCROK</td>
+                                                Tnos</td>
+                                                 <td>1</td>
                                              </tr>
                                              <tr>
-                                                 <td>TFLconsOK</td>
+                                                 <td>pUPD2</td>
-                                                 <td>Ga20consOK</td>
+                                                 <td>1</td>
+                                            </tr>
+                                            <tr>
+                                                <td>BSA10X</td>
+                                                <td>1.2</td>
+                                            </tr>
+                                            <tr>
+                                                <td>Ligase Buffer</td>
+                                                <td>1.2</td>
+                                            </tr>
+                                            <tr>
+                                                <td>BsmbI</td>
+                                                <td>1</td>
+                                            </tr>
+                                            <tr>
+                                                <td>T4 ligase</td>
+                                                <td>1</td>
+                                            </tr>
+                                            <tr>
+                                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
+                                                <td>4.6</td>
                                              </tr>
                                          </table>
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                                      <table>
                                          <tr>
-                                            <td>Devises</td>
-                                            <td>Volume (&mu;L)</td>
-                                        </tr>
-                                        <tr>
-                                            <td>Promoter 35s : 5&rsquo; region:
-                                            Ga20/TFL KO: Luc: Tnos - promoter
-s: Renilla: Tnos - promoter 35s:
-                                            hCas9: Tnos: U6: Ga20/TFL gRNA:
-                                            psgRNA</td>
                                              <td>1</td>
+                                            <td>35S:5&rsquo;</td>
+                                            <td>pUPD2</td>
+                                            <td>CAM</td>
                                          </tr>
                                          <tr>
-                                             <td>Promoter 35s : 5&rsquo; region:
+                                             <td>2</td>
-                                             Ga20/TFL cons: Luc: Tnos - promoter
+                                             <td>Linker SAGTI:Luc</td>
-s: Renilla: Tnos - promoter 35s:
+                                             <td>pUPD2</td>
-                                            hCas9: Tnos: U6: Ga20/TFL gRNA:
+                                             <td>CAM</td>
-                                             psgRNA</td>
-                                             <td>1</td>
                                          </tr>
                                          <tr>
-                                             <td>3 &alpha; 1 plasmid</td>
+                                            <td>3</td>
-                                             <td>1.2</td>
+                                            <td>
+s:5&rsquo;:TFLPCR:Luc:Tnos</td>
+                                             <td>3&alpha;1</td>
+                                             <td>KAN</td>
                                          </tr>
                                          <tr>
-                                             <td>Bsa 10X</td>
+                                             <td>4</td>
-                                             <td>1.2</td>
+                                             <td>
-                                        </tr>
+s:5&rsquo;:Ga20PCR:Luc:Tnos</td>
-                                        <tr>
+                                             <td>3&alpha;1</td>
-                                             <td>Buffer ligase</td>
+                                             <td>KAN</td>
-                                             <td>1</td>
-                                        </tr>
-                                        <tr>
-                                             <td>Bsa I</td>
-                                            <td>1</td>
-                                        </tr>
-                                        <tr>
-                                            <td>T4 ligase</td>
-                                            <td>1</td>
-                                        </tr>
-                                        <tr>
-                                            <td>H20 milliQ</td>
-                                            <td>4.6</td>
                                          </tr>
                                      </table>
@@ Line 2,425: / Line 2,679: @@
                                  <table>
                                      <tr>
-                                         <td>Devise</td>
+                                         <td>Device</td>
-                                         <td>Volume of culture (mL)</td>
+                                         <td>Order</td>
-                                         <td>Volume of Agroinfiltration solution
+                                         <td>Sequencing</td>
-                                        (mL)</td>
                                      </tr>
                                      <tr>
-                                         <td>Cas9 - TFL gRNA</td>
+                                         <td>TFL target</td>
-                                         <td>0.7</td>
+                                         <td>210.13.250</td>
-                                         <td>9.3</td>
+                                         <td>SNP in the position 652 of the
+                                        target. Position 1 of the gRNA.</td>
                                      </tr>
                                      <tr>
-                                         <td>Cas 9 - Ga20 gRNA</td>
+                                         <td>Ga20 ox Target</td>
-                                         <td>0.7</td>
+                                         <td>210.13.253</td>
-                                         <td>9.3</td>
+                                         <td>Same sequence</td>
                                      </tr>
                                      <tr>
-                                         <td>Cas 9 - XT1: XT2</td>
+                                         <td>TFL consensus</td>
-                                         <td>0.59</td>
+                                         <td>210.13.251</td>
-                                         <td>9.41</td>
+                                         <td>Same sequence</td>
                                      </tr>
                                      <tr>
                                          <td>TFL KO</td>
-                                         <td>0.67</td>
+                                         <td>210.13.252</td>
-                                         <td>9.33</td>
+                                         <td>Same sequence</td>
                                      </tr>
                                      <tr>
-                                         <td>TFL target</td>
+                                         <td>Ga20 ox Consensus</td>
-                                         <td>0.73</td>
+                                         <td>210.13.254</td>
-                                         <td>9.27</td>
+                                         <td>Same sequence</td>
                                      </tr>
                                      <tr>
-                                         <td>Ga20 consensus</td>
+                                         <td>Ga20 ox KO</td>
-                                         <td>0.71</td>
+                                         <td>210.13.255</td>
-                                         <td>9.28</td>
+                                         <td>Same sequence</td>
                                      </tr>
+                                </table>
+                            </div>
+                            <div>
+                                <table>
                                      <tr>
-                                         <td>Pnos</td>
+                                         <td>TFL consensus, TFL knockout, Ga20ox
-                                         <td>0.68</td>
+                                         consensus and Ga20ox knockout.</td>
-                                        <td>9.32</td>
                                      </tr>
-                                    <tr>
+                                </table>{{:Team:Valencia_UPV/Templates:generaljs}}
-                                        <td>Promoter 35s : Luc</td>
+                                 {{:Team:Valencia_UPV/Templates:generalcss}}
-                                        <td>0.78</td>
-                                        <td>9.22</td>
-                                    </tr>
-                                    <tr>
-                                        <td>Ga20 target</td>
-                                        <td>0.74</td>
-                                        <td>9.26</td>
-                                    </tr>
-                                    <tr>
-                                        <td>TFL consensus</td>
-                                        <td>0.71</td>
-                                        <td>9.29</td>
-                                    </tr>
-                                    <tr>
-                                        <td>Ga20 - KO</td>
-                                        <td>0.73</td>
-                                        <td>9.27</td>
-                                    </tr>
-                                 </table>
                              </div>
-                                <tr>
-                                    <td>Centrifuge the cultures at 3000 rpm
-                                    during 15 minutes. We discard the
-                                    supernatant and it is necessary to
-                                    resuspend in 5mL of Agroinfiltration
-                                    solution. Let shaking it a RT during 2
-                                    hours. OD&rsquo;s measurement</td>
-                                </tr>
                          </div>
-                        <table>
-                            <tr>
-                                <td>Reagent</td>
-                                <td>Volume(&mu;L)</td>
-                            </tr>
-                            <tr>
-                                <td>35s:5&rsquo;region: TFL/Ga20 Target: Luc:
-                                Tnos</td>
-                                <td>1</td>
-                            </tr>
-                            <tr>
-                                <td>Promoter35s: Renilla: Tnos</td>
-                                <td>1</td>
-                            </tr>
-                            <tr>
-                                <td>pUPD2</td>
-                                <td>1</td>
-                            </tr>
-                            <tr>
-                                <td>BSA10X</td>
-                                <td>1.2</td>
-                            </tr>
-                            <tr>
-                                <td>Ligase Buffer</td>
-                                <td>1.2</td>
-                            </tr>
-                            <tr>
-                                <td>BsmbI</td>
-                                <td>1</td>
-                            </tr>
-                            <tr>
-                                <td>T4 ligase</td>
-                                <td>1</td>
-                            </tr>
-                            <tr>
-                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
-                                <td>4.6</td>
-                            </tr>
-                        </table>
                      </div>
+                 </div>
-                <table>
-                    <tr>
-                        <td>1</td>
-                        <td>35S:5&rsquo;</td>
-                        <td>pUPD2</td>
-                        <td>CAM</td>
-                    </tr>
-                    <tr>
-                        <td>2</td>
-                        <td>Linker SAGTI:Luc</td>
-                        <td>pUPD2</td>
-                        <td>CAM</td>
-                    </tr>
-                    <tr>
-                        <td>3</td>
-                        <td>35s:5&rsquo;:TFLPCR:Luc:Tnos</td>
-                        <td>3&alpha;1</td>
-                        <td>KAN</td>
-                    </tr>
-                    <tr>
-                        <td>4</td>
-                        <td>35s:5&rsquo;:Ga20PCR:Luc:Tnos</td>
-                        <td>3&alpha;1</td>
-                        <td>KAN</td>
-                    </tr>
-                 </table>
              </div>
-            <table>
-                <tr>
-                    <td>Device</td>
-                    <td>Order</td>
-                    <td>Sequencing</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>TFL target</td>
-                    <td>210.13.250</td>
-                    <td>SNP in the position 652 of the target. Position 1 of
-                    the gRNA.</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Ga20 ox Target</td>
-                    <td>210.13.253</td>
-                    <td>Same sequence</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>TFL consensus</td>
-                    <td>210.13.251</td>
-                    <td>Same sequence</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>TFL KO</td>
-                    <td>210.13.252</td>
-                    <td>Same sequence</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Ga20 ox Consensus</td>
-                    <td>210.13.254</td>
-                    <td>Same sequence</td>
-                </tr>
-                <tr>
-                    <td>Ga20 ox KO</td>
-                    <td>210.13.255</td>
-                    <td>Same sequence</td>
-                </tr>
-            </table>
          </div>
-         <div>
+         <div class="col-md-2"></div>
-            <tr>
+    </div>
-                <td>TFL consensus, TFL knockout, Ga20ox consensus and Ga20ox
-                knockout.</td>
-            </tr>
-       </div>
-</div>
 </body>
 </html>
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