Difference between revisions of "Team:Valencia UPV/Notebook"

Line 3: Line 3:
 
<html>
 
<html>
 
<body>
 
<body>
<section>
+
    <section>
<div class="container">
+
        <div class="container">
<div class="timeline">
+
            <div class="timeline">
<div class="timeline-hline"></div>
+
                <div class="timeline-hline"></div>
<div class="blog-post-item">
+
                <div class="blog-post-item">
<div class="timeline-entry rounded">
+
                    <div class="timeline-entry rounded">
18<span>May</span>
+
                        18<span>May</span>
<div class="timeline-vline"></div>
+
                        <div class="timeline-vline"></div>
</div>
+
                    </div>
<ul class="blog-post-info list-inline">
+
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
<li><span class="font-lato">May 18, 2016</span></li>
+
                        <li><span class="font-lato">May 18, 2016</span></li>
</ul>
+
                    </ul>
<p>Take glycerinated cultures of C58 <i>Agrobacterium</i> with dsRED from
+
                    <p>Take glycerinated cultures of C58 <i>Agrobacterium</i>
GoldenBraid Collection. Prepare broth culture (5 mL LB + 5 μL kanamycin +
+
                    with dsRED from GoldenBraid Collection. Prepare broth
5 μL Rifampin) 1:1000 and incubate overnight at 28^C.<br></p>
+
                    culture (5 mL LB + 5 μL kanamycin + 5 μL Rifampin) 1:1000
</div>
+
                    and incubate overnight at 28^C.<br></p>
<div class="blog-post-item">
+
                </div>
<div class="timeline-entry rounded">
+
                <div class="blog-post-item">
19<span>May</span>
+
                    <div class="timeline-entry rounded">
<div class="timeline-vline"></div>
+
                        19<span>May</span>
</div>
+
                        <div class="timeline-vline"></div>
<ul class="blog-post-info list-inline">
+
                    </div>
<li><span class="font-lato">May 19, 2016</span></li>
+
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
</ul>
+
                        <li><span class="font-lato">May 19, 2016</span></li>
<p>Refresh previously made culture by inoculating 10 μL in a new culture
+
                    </ul>
medium.<br></p>
+
                    <p>Refresh previously made culture by inoculating 10 μL in
</div>
+
                    a new culture medium.<br></p>
<div class="blog-post-item">
+
                </div>
<div class="timeline-entry rounded">
+
                <div class="blog-post-item">
20<span>May</span>
+
                    <div class="timeline-entry rounded">
<div class="timeline-vline"></div>
+
                        20<span>May</span>
</div>
+
                        <div class="timeline-vline"></div>
<ul class="blog-post-info list-inline">
+
                    </div>
<li><span class="font-lato">May 20, 2016</span></li>
+
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
</ul>
+
                        <li><span class="font-lato">May 20, 2016</span></li>
<p><a href="#">Agroinfiltration</a> in <i>Nicotiana benthamiana</i> of C58
+
                    </ul>
with dsRED.<br></p>
+
                    <p>Agroinfiltration in <i>Nicotiana benthamiana</i> of C58
</div>
+
                    with dsRED. href<br></p>
<div class="blog-post-item">
+
                </div>
<div class="timeline-entry rounded">
+
                <div class="blog-post-item">
06<span>Jun</span>
+
                    <div class="timeline-entry rounded">
<div class="timeline-vline"></div>
+
                        06<span>Jun</span>
</div>
+
                        <div class="timeline-vline"></div>
<ul class="blog-post-info list-inline">
+
                    </div>
<li><span class="font-lato">June 06, 2016</span></li>
+
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
</ul>
+
                        <li><span class="font-lato">June 06, 2016</span></li>
<p></p>
+
                    </ul>
<ul>
+
                    <p></p>
<li>Take from the glycerinates of Goldenbraid Collection:</li>
+
                    <ul>
</ul>
+
                        <li>Take from the glycerinates of Goldenbraid
<p><br></p>
+
                        Collection:</li>
<div class="table-responsive" style="width:55%;overflow:inherit">
+
                    </ul>
<table class="table table-bordered table-striped">
+
                    <p></p>
<tr>
+
                    <div class="table-responsive" style=
<th>Plasmid</th>
+
                    "width:55%;overflow:inherit">
<th>GB Code</th>
+
                        <table class="table table-bordered table-striped">
</tr>
+
                            <tr>
<tr>
+
                                <th>Plasmid</th>
<td>pD6B3 α1</td>
+
                                <th>GB Code</th>
<td>GB0015</td>
+
                            </tr>
</tr>
+
                            <tr>
<tr>
+
                                <td>pD6B3 α1</td>
<td>pD6B3 α2</td>
+
                                <td>GB0015</td>
<td>GB0017</td>
+
                            </tr>
</tr>
+
                            <tr>
<tr>
+
                                <td>pD6B3 α2</td>
<td>pD6B3 Ω1</td>
+
                                <td>GB0017</td>
<td>GB0019</td>
+
                            </tr>
</tr>
+
                            <tr>
<tr>
+
                                <td>pD6B3 Ω1</td>
<td>pD6B3 Ω2</td>
+
                                <td>GB0019</td>
<td>GB0021</td>
+
                            </tr>
</tr>
+
                            <tr>
<tr>
+
                                <td>pD6B3 Ω2</td>
<td>pUPD2</td>
+
                                <td>GB0021</td>
<td>GB0307</td>
+
                            </tr>
</tr>
+
                            <tr>
</table>
+
                                <td>pUPD2</td>
</div>
+
                                <td>GB0307</td>
<p><br>
+
                            </tr>
Prepare liquid culture (3 mL LB + 3 μL antibiotic) 1:1000. Incubate at
+
                        </table>
37^C overnight.<br>
+
                    </div>
<br></p>
+
                    <p>Prepare liquid culture (3 mL LB + 3 μL antibiotic)
<ul>
+
                    1:1000. Incubate at 37^C overnight.<br></p>
<li>Experiment with snails:</li>
+
                    <ul>
</ul>
+
                        <li>Experiment with snails:</li>
<p>Two experiments: one with infiltrated <i>Nicotiana benthamiana</i> and
+
                        <li style="list-style: none; display: inline">
another with not infiltrated N.benthamiana (negative control). Lettuce
+
                            <ul>
leafs haven’t been correctly infiltrated and it seems that the expression
+
                                <li>Two experiments: one with infiltrated
level is low.<br>
+
                                <i>Nicotiana benthamiana</i> and another with
Let both <i>N. benthamiana</i> leafs with snails overnight at room
+
                                not infiltrated N.benthamiana (negative
temperature in separated boxes. We will observe if snails eat the leafs
+
                                control). Lettuce leafs haven’t been correctly
and if appears fluorescence.<br>
+
                                infiltrated and it seems that the expression
<br></p>
+
                                level is low.</li>
</div>
+
                                <li>Let both <i>N. benthamiana</i> leafs with
<div class="blog-post-item">
+
                                snails overnight at room temperature in
<div class="timeline-entry rounded">
+
                                separated boxes. We will observe if snails eat
15<span>Jun</span>
+
                                the leafs and if appears fluorescence.</li>
<div class="timeline-vline"></div>
+
                            </ul>
</div>
+
                        </li>
<ul class="blog-post-info list-inline">
+
                    </ul>
<li><span class="font-lato">June 15, 2016</span></li>
+
                    <p></p>
</ul>
+
                </div>
<p>Experiment is over due to snails haven’t eaten leafs enough so we have
+
                <div class="blog-post-item">
not been able to see fluorescence.<br></p>
+
                    <div class="timeline-entry rounded">
</div>
+
                        15<span>Jun</span>
<div class="blog-post-item">
+
                        <div class="timeline-vline"></div>
<div class="timeline-entry rounded">
+
                    </div>
30<span>Jun</span>
+
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
<div class="timeline-vline"></div>
+
                        <li><span class="font-lato">June 15, 2016</span></li>
</div>
+
                    </ul>
<ul class="blog-post-info list-inline">
+
                    <p>Experiment is over due to snails haven’t eaten leafs
<li><span class="font-lato">June 30, 2016</span></li>
+
                    enough so we have not been able to see
</ul>
+
                    fluorescence.<br></p>
<p>Orange DNA Genome Extraction protocol href<br>
+
                </div>
<br></p>
+
                <div class="blog-post-item">
<ul>
+
                    <div class="timeline-entry rounded">
<li>Take from the glycerinates of GoldenBraid Collection:</li>
+
                        30<span>Jun</span>
</ul>
+
                        <div class="timeline-vline"></div>
<p><br></p>
+
                    </div>
<div class="table-responsive" style="width:55%;overflow:inherit">
+
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
<table class="table table-bordered table-striped">
+
                        <li><span class="font-lato">June 30, 2016</span></li>
<tr>
+
                    </ul>
<th>Plasmid</th>
+
                    <p>Orange Clemenules DNA Genome Extraction <a href=
<th>GB Code</th>
+
                    "https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol">protocol</a><br>
</tr>
+
                    </p>
<tr>
+
                    <ul>
<th>omoter 35s:Cas9:nopaline synthase terminator (Tnos)</th>
+
                        <li>Take from the glycerinates of GoldenBraid
<th>GB0639</th>
+
                        Collection:</li>
</tr>
+
                    </ul>
<tr>
+
                    <p></p>
<td>Luciferase (Luc) in pUPD2</td>
+
                    <div class="table-responsive" style=
<td>GB0096</td>
+
                    "width:55%;overflow:inherit">
</tr>
+
                        <table class="table table-bordered table-striped">
<tr>
+
                            <tr>
<td>Tnos in pUPD2</td>
+
                                <th>Plasmid</th>
<td>GB0037</td>
+
                                <th>GB Code</th>
</tr>
+
                            </tr>
</table>
+
                            <tr>
</div>
+
                                <td>35s:Cas9:nopaline synthase terminator
<p><br></p>
+
                                (Tnos)</td>
</div>
+
                                <td>GB0639</td>
<div class="blog-post-item">
+
                            </tr>
<div class="timeline-entry rounded">
+
                            <tr>
01<span>Jul</span>
+
                                <td>Luciferase (Luc) in pUPD2</td>
<div class="timeline-vline"></div>
+
                                <td>GB0096</td>
</div>
+
                            </tr>
<ul class="blog-post-info list-inline">
+
                            <tr>
<li><span class="font-lato">July 01, 2016</span></li>
+
                                <td>Tnos in pUPD2</td>
</ul>
+
                                <td>GB0037</td>
<p>Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:<br>
+
                            </tr>
Promoter 35s:Cas9 : Tnos<br>
+
                        </table>
<br></p>
+
                    </div>
<ul>
+
                    <p></p>
<li>Luciferase and nopaline synthase terminator cultures haven’t succeed.
+
                </div>
Repeat Luc and Tnos cultures.</li>
+
                <div class="blog-post-item">
</ul>
+
                    <div class="timeline-entry rounded">
<p><br>
+
                        01<span>Jul</span>
Primers IG16JUN01 and IG16JUN02 have arrived.<br>
+
                        <div class="timeline-vline"></div>
<br>
+
                    </div>
Finish orange DNA Genome Extraction and check DNA concentration with
+
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
NanoDrop. Concentration is very low so extraction will be done again.<br>
+
                        <li><span class="font-lato">July 01, 2016</span></li>
<br></p>
+
                    </ul>
</div>
+
                    <p>Miniprep of 35s:Cas9:Tnos with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini
</div>
+
                    Kit I, Q(capless) Spin.<br>
</div>
+
                    Luciferase and nopaline synthase terminator cultures
</section>
+
                    haven’t succeed. Repeat Luc and Tnos cultures.<br>
 +
                    Primers IG16JUN01 and IG16JUN02 have arrived.<br>
 +
                    Finish orange DNA Genome Extraction and check DNA
 +
                    concentration with NanoDrop. Concentration is very low so
 +
                    extraction will be done again.<br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        02<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 02, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I,
 +
                        Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Luc in pUPD2</li>
 +
                                <li>Tnos in pUPD2</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Check orange DNA genome concentration with
 +
                    NanoDrop.<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Sample</th>
 +
                                <th>DNA concentration (ng / μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>TFL 1</td>
 +
                                <td>3153.8</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>TFL 2</td>
 +
                                <td>4527.9</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br>
 +
                    Perform a PCR to bind linker SAGTI with luciferase:<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Reagent</th>
 +
                                <th>Volume(μL)</th>
 +
                                <th>Program</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>LuciferasepUPD</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>Temperature</td>
 +
                                <td>Time</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Buffer HF</td>
 +
                                <td>10</td>
 +
                                <td>98^C</td>
 +
                                <td>5 minutes</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>dNTPs</td>
 +
                                <td>2</td>
 +
                                <td>98^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>IG16JUN01</td>
 +
                                <td>2.5</td>
 +
                                <td>70^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>IG16JUN02</td>
 +
                                <td>2.5</td>
 +
                                <td>72^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>1 minute 30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Taq phusion</td>
 +
                                <td>0.5</td>
 +
                                <td>72^C</td>
 +
                                <td>10 minutes</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>31.5</td>
 +
                                <td>16^C</td>
 +
                                <td>∞</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        04<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 04, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Run electrophoresis gel of Clemenules DNA (agarose 1%).
 +
                    45 mL agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE
 +
                    1X. Voltage used is 100 V.<br>
 +
                    Gleva Rice DNA Genome Extraction <a href=
 +
                    "https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol">Protocol</a><br>
  
 +
                    Run electrophoresis gel of Luciferase PCR product. 45 mL
 +
                    agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X.
 +
                    Voltage used is 100 V.<br>
 +
                    Ligation Reaction of SAGTI:Luciferase into a pUPD2.<br>
 +
                    Transform <i>E. coli</i> DH5α with it. The method that is
 +
                    necessary to carry out this procedure is explained in
 +
                    protocols href<br>
 +
                    Check DNA concentration with NanoDrop.<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>SAMPLE</th>
 +
                                <th>DNA Concentration(ng / μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Rice Gleva 1</td>
 +
                                <td>22.8</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Rice Gleva 2</td>
 +
                                <td>17.3</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        05<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 05, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. We have
 +
                    checked that there isn’t DNA.<br>
 +
                    Repeat: Rice DNA Genome Extraction <a href=
 +
                    "https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol">Protocol</a><br>
 +
 +
                    Check DNA concentration with NanoDrop.<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>SAMPLE</th>
 +
                                <th>DNA Concentration(ng / μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Rice Gleva 1</td>
 +
                                <td>294.9</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Rice Gleva 2</td>
 +
                                <td>193.7</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p>Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. It observed
 +
                    that genome extraction is correctly done.<br>
 +
                    <br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        06<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 06, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Take glycerinated cultures from Goldenbraid
 +
                    Collection:<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>GB part</th>
 +
                                <th>Plasmid</th>
 +
                                <th>Antibiotic</th>
 +
                                <th>Number GB</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>psgRNA</td>
 +
                                <td>pUPD</td>
 +
                                <td>Ampicillin</td>
 +
                                <td>0645</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>U6-26</td>
 +
                                <td>pUPD</td>
 +
                                <td>Ampicillin</td>
 +
                                <td>1001</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        07<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 07, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I,
 +
                        Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>psgRNA in pUPD2</li>
 +
                                <li>U6-26 in pUPD2</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Primers IG16JUL01, IG16JUL02, IG16JUL03, IG16JUL04,
 +
                    IG16JUL05, IG16JUL06, IG16JUL07 and IG16JUL08 arrived.<br>
 +
                    gBlocks of - 35s:5’ region - have arrived.<br>
 +
                    We perform a PCR of Clemenules Orange and Gleva Rice Genome
 +
                    Extraction following the <a href=
 +
                    "https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol">protocol</a>.
 +
                    We want to obtain a fragment of the gene TFL of the orange
 +
                    DNA extraction and the gene Ga20ox of the rice DNA
 +
                    extraction.<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Sample</th>
 +
                                <th>Initial concentration(ng/μL)</th>
 +
                                <th>Final concentration(ng/μL)</th>
 +
                                <th>Initial volume(μL)</th>
 +
                                <th>Final volume (μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>TFL 1</td>
 +
                                <td>3153.8</td>
 +
                                <td>150</td>
 +
                                <td>4.756</td>
 +
                                <td>100</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>TFL 2</td>
 +
                                <td>4527.9</td>
 +
                                <td>150</td>
 +
                                <td>3.31</td>
 +
                                <td>100</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Ga20ox 1</td>
 +
                                <td>294.9</td>
 +
                                <td>150</td>
 +
                                <td>50.8647</td>
 +
                                <td>100</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Ga20ox 2</td>
 +
                                <td>193.7</td>
 +
                                <td>150</td>
 +
                                <td>77.44</td>
 +
                                <td>100</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>REAGENT</th>
 +
                                <th>VOLUME(μL)</th>
 +
                                <th>PROGRAM</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>TFL DNA 1</td>
 +
                                <td>TEMPERATURE</td>
 +
                                <td>TIME</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Buffer HF</td>
 +
                                <td>10</td>
 +
                                <td>98^C</td>
 +
                                <td>5 minutes</td>
 +
                                <td></td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>dNTPs</td>
 +
                                <td>2</td>
 +
                                <td>98^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>IG16JUL01 (TFL_For)</td>
 +
                                <td>2.5</td>
 +
                                <td>64^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>IG16JUL02 (TFL_Rev)</td>
 +
                                <td>2.5</td>
 +
                                <td>72^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Taq phusion</td>
 +
                                <td>0.5</td>
 +
                                <td>72^C</td>
 +
                                <td>10 minutes</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>31.5</td>
 +
                                <td>16^C</td>
 +
                                <td>∞</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>REAGENT</th>
 +
                                <th>VOLUME(μL)</th>
 +
                                <th>PROGRAM</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Ga20ox DNA</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>TEMPERATURE</td>
 +
                                <td>TIME</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Buffer HF</td>
 +
                                <td>10</td>
 +
                                <td>98^C</td>
 +
                                <td>5 minutes</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>dNTPs</td>
 +
                                <td>2</td>
 +
                                <td>98^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>IG16JUL03 (Ga20_for)</td>
 +
                                <td>2.5</td>
 +
                                <td>72^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>IG16JUL02 (Ga20_rev)</td>
 +
                                <td>2.5</td>
 +
                                <td>72^C</td>
 +
                                <td>35x</td>
 +
                                <td>30 seconds</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Taq phusion</td>
 +
                                <td>0.5</td>
 +
                                <td>72^C</td>
 +
                                <td>10 minutes</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>31.5</td>
 +
                                <td>16^C</td>
 +
                                <td>∞</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p>Ligate reaction of 35s:5’ region in pUPD2. Following
 +
                    <a href=
 +
                    "https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol">ligation
 +
                    protocol</a>, BsmbI enzyme is used in this reaction.<br>
 +
                    <br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        08<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 08, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Run electrophoresis gel of TFL and Ga20ox PCR products.
 +
                    45 mL agarose gel at 1 % 0.45 g of agarose with 45 mL of
 +
                    TAE 1X. Voltage used is 120 V.<br>
 +
                    Transform <i>E. coli</i> with the next part: 35s:5’ region
 +
                    (electroporation 2.5KV). Plating it and incubate overnight
 +
                    at 37^C.<br>
 +
                    Take glycerinated culture for Georgia collaboration. The
 +
                    part is 35s:GFP:Tnos (α1 and kanamycin).<br>
 +
                    <br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        09<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 09, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
 +
                    Spin of 35s:GFP:Tnos<br>
 +
                    No colonies have grown in the 35s:5’ region petri dishes.
 +
                    Repeat transformation procedure, plating again and incubate
 +
                    overnight at 37^C.<br>
 +
                    <br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        11<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 11, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Pick a single E. coli DH5α (35s:5’ region in pUPD2)
 +
                    colony from the plate that has been incubated overnight.
 +
                    Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL
 +
                    of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and
 +
                    incubate it overnight at 37^C with shaking.<br>
 +
                    Check Georgia miniprep concentration with NanoDrop
 +
                    (35s:GFP:Tnos)<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Sample</th>
 +
                                <th>DNA Concentration(ng / μL)</th>
 +
                                <th>DNA Concentration(ng)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>105.2</td>
 +
                                <td>5035.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>2</td>
 +
                                <td>104.6</td>
 +
                                <td>5035.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p>Targets ligations in pUPD2 (Orange TFL and Rice Ga20ox).
 +
                    Following <a href=
 +
                    "https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol">ligation
 +
                    protocol</a>, BsmbI enzyme is used in this reaction.<br>
 +
                    <br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        12<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 12, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Pick a single E. coli DH5α (target Ga20ox in pUPD2 and
 +
                    target TFL in pUPD2) colony from the plate that has been
 +
                    incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of
 +
                    LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with
 +
                    the colony and incubate it 16 hours at 37^C.<br>
 +
                    Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless)
 +
                    Spin of 35s:5’region in pUPD2<br>
 +
                    Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at
 +
                    37^C<br>
 +
                    Run electrophoresis gel of the following part: 35s:5’
 +
                    region in pUPD2. We remain the samples 1 and 3.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I,
 +
                        Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ga20ox PCR in pUPD2</li>
 +
                                <li>TFL PCR in pUPD2</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at
 +
                    37^C.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Run electrophoresis gel of the same part:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Ga20ox PCR in pUPD2</li>
 +
                                <li>TFL PCR in pUPD2</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Ligation using Golden Braid assembly of the device
 +
                    35s:5’region:TFL PCR:Luc:Tnos and
 +
                    35s:5’region:Ga20oxPCR:Luc:Tnos in α1 plasmid.<br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        13<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 13, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p><i>E. coli</i> Transformation with the device
 +
                    35s:5’region:TFL PCR:Luc:Tnos and
 +
                    35s:5’region:Ga20oxPCR:Luc:Tnos in α1 plasmid.<br>
 +
                    E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic).
 +
                    Incubate overnight at 37^C<br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        14<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 14, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Pick a single E. coli DH5α (35s:5’ region) colony from
 +
                    the plate that has been incubated overnight. Inoculate a
 +
                    starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of
 +
                    chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and
 +
                    incubate it 16 hours at 37^C.<br>
 +
                    Primers IG16JUL09, IG16JUL10, IG16JUL11, IG16JUL12,
 +
                    IG16JUL13, IG16JUL14, IG16JUL15 and IG16JUL16
 +
                    arrived.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
 +
                        devices:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL PCR control
 +
                                positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20oxPCR control
 +
                                positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL PCR
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox PCR
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>U6-26:sgRNA TFL: psgRNA (scaffold)</li>
 +
                                <li>U6-26:sgRNA Ga20ox: psgRNA (scaffold)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Step 1: Annealing of oligonucleotides. Received
 +
                        primers are at 1uM. It is necessary taking to 10
 +
                        uM.</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>Mix in an Eppendorf:</li>
 +
                                <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li>8 μL of H<sub>2</sub>O milli-Q</li>
 +
                                        <li>1 μL forward primer</li>
 +
                                        <li>1 μL reverse primer</li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                        <li>Step 2: Ligation reaction</li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Reagent</th>
 +
                                <th>Volume (μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>TFL target control + / Ga20ox target
 +
                                control + / TFL target consensus / Ga20ox
 +
                                target consensus</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>35s:5’ region</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Luciferase</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Tnos</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>α1 plasmid</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>BSA10X</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Ligase Buffer</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>BsaI</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>T4 ligase</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>2.6</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Reagent</th>
 +
                                <th>Volume (μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>sgRNA TFL / sgRNA Ga20ox</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>U6 -26</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>psgRNA (scaffold)</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>α1 plasmid</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>BSA10X</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Ligase Buffer</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>BsaI</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>T4 ligase</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>3.6</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br>
 +
                    <i>E. coli</i> Transformation with the devices previously
 +
                    explained.<br>
 +
                    E. coli plating in 6 plates (6 ligation reactions) with
 +
                    Kanamycin (antibiotic). Incubate overnight at 37^C.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I,
 +
                        Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region : TFL PCR : Luc : Tnos
 +
                                (3α1)</li>
 +
                                <li>35s:5’ region : Ga20ox PCR : Luc : Tnos
 +
                                (3α1)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at
 +
                    37^C<br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        15<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 15, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
 +
                        devices:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:Cas9:Tnos – 35s:5’ region:TFL
 +
                                PCR:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:Cas9:Tnos – 35s:5’ region:Ga20ox
 +
                                PCR:Luc:Tnos</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>E. coli Transformation with the devices previously
 +
                    explained.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Run an electrophoresis gel of the products from the
 +
                        digestion of minipreps. The devices are:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos (3α1)</li>
 +
                                <li>35s:5’ region :Ga20ox PCR:Luc:Tnos
 +
                                (3α1)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Sequencing 35s:5’region in pUPD2 → correct<br>
 +
                    <br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        16<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 16, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Transformations in <i>E. coli</i> DH5α with:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos (3α1)</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox PCR:Luc:Tnos
 +
                                (3α1)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Plating the last devices in 2 plates with
 +
                    <i>Agrobacterium</i> C58. Incubate 2 days at 28^C.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Minipreps (2 samples for each device) with E.Z.N.A
 +
                        ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL target control
 +
                                positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox target control
 +
                                positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL target
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox target
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>U6-26:sgRNA TFL:psgRNA (scaffold)</li>
 +
                                <li>U6-26:sgRNA Ga20ox:psgRNA (scaffold)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
 +
                        devices:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:Cas9:Tnos – U6:TFL sgRNA:psgRNA
 +
                                (scaffold) (Ω1)</li>
 +
                                <li>35s:Cas9:Tnos – U6: Ga20ox sgRNA:psgRNA
 +
                                (scaffold) (Ω1)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Reagent</th>
 +
                                <th>Volume (μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Promotor 35s:Cas9 : Tnos</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>U6-26:TFL sgRNA:psgRNA / U6-26:Ga20ox
 +
                                sgRNA:psgRNA</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>3Ω1</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>BSA10X</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Ligase Buffer</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>BsmbI</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>T4 ligase</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>4.6</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been
 +
                    done before. Incubate 1 hour at 37^C. There is a total of
 +
                    twelve minipreps. It has been followed the Miniprep
 +
                    {digestion protocol
 +
                    path:https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol].<br>
 +
 +
                    Run electrophoresis gel of the digestion products.<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Lanes</th>
 +
                                <th>Samples</th>
 +
                                <th>Verification</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>2</td>
 +
                                <td>gRNA Ga20ox 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>3</td>
 +
                                <td>gRNA Ga20ox 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>4</td>
 +
                                <td>Ga20ox consensus 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>5</td>
 +
                                <td>Ga20ox consensus 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>6</td>
 +
                                <td>Ga20ox knock-out 1</td>
 +
                                <td>-</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>7</td>
 +
                                <td>Ga20ox knock-out 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>8</td>
 +
                                <td>TFL consensus 1</td>
 +
                                <td>-</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>9</td>
 +
                                <td>TFL consensus 2</td>
 +
                                <td>-</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>10</td>
 +
                                <td>TFL knock-out 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>11</td>
 +
                                <td>TFL knock-out 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>12</td>
 +
                                <td>TFL gRNA 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>13</td>
 +
                                <td>TFL gRNA 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>14</td>
 +
                                <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Pick a single E. coli DH5α colony from the plates
 +
                        that have been incubated overnight. The devices
 +
                        are:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:TFL Knock-out:Luc:Tnos (4 samples)</li>
 +
                                <li>U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA (2 samples)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4
 +
                    μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and
 +
                    incubate it 16 hours at 37^C.<br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        17<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 17, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Transformation in DH5α <i>E. coli</i> with:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:Cas9:Tnos – U6:TFL sgRNA:psgRNA
 +
                                (scaffold) (Ω1)</li>
 +
                                <li>35s:Cas9:Tnos – U6:Ga20ox sgRNA:psgRNA
 +
                                (scaffold) (Ω1)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Plating <i>E. coli</i> transformations in plates with LB
 +
                    + agar + IPTG + XGal and incubate it overnight at
 +
                    37^C.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I,
 +
                        Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL Knock-out:Luc:Tnos
 +
                                (3α1)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been
 +
                    done before. Incubate 1 hour at 37^C. There is a total of
 +
                    six minipreps. It has been followed the Miniprep digestion
 +
                    protocol href.<br>
 +
                    Run an electrophoresis gel of the digestion
 +
                    products.<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Lanes</th>
 +
                                <th>Samples</th>
 +
                                <th>Verification</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>2</td>
 +
                                <td>gRNA Ga20ox 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>3</td>
 +
                                <td>gRNA Ga20ox 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>4</td>
 +
                                <td>gRNA Ga20ox 3</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>5</td>
 +
                                <td>gRNA Ga20ox 4</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>6</td>
 +
                                <td>TFL knock-out 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>7</td>
 +
                                <td>TFL knock-out 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>8</td>
 +
                                <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p>However, despite the fact that electrophoresis gel have
 +
                    correctly run, we have decided to repeat the ligation
 +
                    reactions. We have not get the expected results for a
 +
                    gRNA.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
 +
                        devices:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL target control
 +
                                positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox target control
 +
                                positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL target
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox target
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>U6-26:sgRNA TFL:psgRNA (scaffold)</li>
 +
                                <li>U6-26:sgRNA Ga20ox:psgRNA (scaffold)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Reagent</th>
 +
                                <th>Volume(μL)</th>
 +
                                <th>Reagent</th>
 +
                                <th>Volume(μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>TFL/Ga20ox gRNA</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>35s:5’region</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>U6-26</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>TFL/Ga20ox consensus TFL/Ga20ox
 +
                                knock-out</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>psgRNA</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>luciferase</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>3α1</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>Tnos</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>BSA10X</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                                <td>3α1</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Ligase Buffer</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                                <td>BSA10X</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>BsaI</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>Ligase Buffer</td>
 +
                                <td>1.2</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>T4 ligase</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>BsmbI</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>3.6</td>
 +
                                <td>T4 ligase</td>
 +
                                <td>1</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>2.6</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        18<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 18, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Transformation in DH5α <i>E. coli</i> with ligation
 +
                    products (consensus targets and knock-out targets of TFL
 +
                    and Ga20ox as well as their gRNAs)<br>
 +
                    Plating <i>E. coli</i> transformations in plates with LB +
 +
                    agar + IPTG + XGal and incubate it overnight at
 +
                    37^C.<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 colony from
 +
                        the plates that have been incubating since 16/06/2016.
 +
                        The devices are:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos (3α1)</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox PCR:Luc:Tnos
 +
                                (3α1)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Incubate it 48 hours at 28^C.<br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        19<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 19, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Pick transformed <i>E. coli</i> colony from the
 +
                        incubated plates. The devices are:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL target control
 +
                                positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox target control
 +
                                positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL target
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox target
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>U6-26: sgRNA TFL:psgRNA (scaffold)</li>
 +
                                <li>U6-26: sgRNA Ga20ox:psgRNA (scaffold)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Incubate it overnight at 37^C.<br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        20<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 20, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I,
 +
                        Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL target
 +
                                knock-out:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox target control
 +
                                knock-out:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:TFL target
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox target
 +
                                consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                <li>U6-26:sgRNA TFL:psgRNA (scaffold)</li>
 +
                                <li>U6-26:sgRNA Ga20ox:psgRNA (scaffold)</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Digestion of the minipreps with EcoRI which have been
 +
                    done before. Incubate 1 hour at 37^C. There is a total of
 +
                    six minipreps. It has been followed the Miniprep {digestion
 +
                    protocol
 +
                    path:https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol].<br>
 +
 +
                    Run an electrophoresis gel of the digestion products. We
 +
                    will keep the minipreps with “1”.<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Lanes</th>
 +
                                <th>Samples</th>
 +
                                <th>Verification</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>1</td>
 +
                                <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>2</td>
 +
                                <td>gRNA TFL 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>3</td>
 +
                                <td>gRNA TFL 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>4</td>
 +
                                <td>TFL consensus 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>5</td>
 +
                                <td>TFL consensus 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>6</td>
 +
                                <td>TFL knock-out 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>7</td>
 +
                                <td>TFL knock-out 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>8</td>
 +
                                <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>9</td>
 +
                                <td>gRNA Ga20ox 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>10</td>
 +
                                <td>gRNA Ga20ox 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>11</td>
 +
                                <td>Ga20ox consensus 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>12</td>
 +
                                <td>Ga20ox consensus 2</td>
 +
                                <td>-</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>13</td>
 +
                                <td>Ga20ox knock-out 1</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>14</td>
 +
                                <td>Ga20ox knock-out 2</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>15</td>
 +
                                <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                <td>correct</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Ligation using Golden Braid assembly of the next
 +
                        devices. Is used the restriction enzyme BsmbI.</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL
 +
                                sgRNA:psgRNA</li>
 +
                                <li>35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
 +
                                sgRNA:psgRNA</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        21<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 21, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Transformations in <i>E. coli</i> DH5α with:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL
 +
                                sgRNA:psgRNA</li>
 +
                                <li>35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
 +
                                sgRNA:psgRNA</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Incubate 2 hours at 37^C.<br>
 +
                    Plating <i>E. coli</i> transformation explained before and
 +
                    incubate it at 37^C overnight.<br>
 +
                    #<i>Agrobacterium</i> C58 transformation with:<br></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>#35s:5’ region:TFL target knock-out:Luc:Tnos</li>
 +
                        <li>35s:5’ region:Ga20ox target control
 +
                        knock-out:Luc:Tnos</li>
 +
                        <li>35s:5’ region:TFL target consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                        <li>35s:5’ region:Ga20ox target consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Incubate 48 hours at 28^C.<br>
 +
                    <br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        22<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 22, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p>Sequencing reaction:<br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Reagent</th>
 +
                                <th>Volume (μL)</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Primer in order to sequence</td>
 +
                                <td>3</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Miniprep reaction</td>
 +
                                <td>5</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>H<sub>2</sub>O milli-Q</td>
 +
                                <td>6</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p><br></p>
 +
                    <div class="table-responsive" style=
 +
                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                            <tr>
 +
                                <th>Sequence</th>
 +
                                <th>Order</th>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>TFL gRNA</td>
 +
                                <td>210.13.201</td>
 +
                            </tr>
 +
                            <tr>
 +
                                <td>Ga20oxgRNA</td>
 +
                                <td>210.13.202</td>
 +
                            </tr>
 +
                        </table>
 +
                    </div>
 +
                    <p>Ordered the necessary primers to sequence: TFL
 +
                    consensus, TFL knockout, Ga20ox consensus and Ga20ox
 +
                    knockout.<br>
 +
                    <i>E. coli</i> transformations with 35s:Cas 9:Tnos –
 +
                    U6-26:TFL sgRNA: psgRNA<br>
 +
                    Plating the last device in plates with <i>Agrobacterium</i>
 +
                    C58. Plates contain spec + IPTG + X-Gal. Incubate 2 days at
 +
                    28^C.<br>
 +
                    Pick a single <i>E. coli</i> DH5α (35s:Cas 9:Tnos –
 +
                    U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
 +
                    sgRNA:psgRNA) colony from the plates that has been
 +
                    incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of
 +
                    LB medium with 4 μL of spectinomycin in a 50 ml tube with
 +
                    the colony and incubate it overnight at 37^C with
 +
                    shaking.<br>
 +
                    <br></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        23<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 23, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>#Minipreps (4 samples for each device) with E.Z.N.A
 +
                        ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>#35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL
 +
                                sgRNA:psgRNA</li>
 +
                                <li>35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
 +
                                sgRNA:psgRNA</li>
 +
                            </ul>
 +
                            <p></p>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>Digestion of minipreps with BamHI following digestion
 +
                    protocol href. Incubate 1 hour at 37^C.<br>
 +
                    Run an electrophoresis gel of the digestion products. We
 +
                    will keep the minipreps with the sample number 4 for TFL
 +
                    sgRNA and the sample number 2 for Ga20ox sgRNA.<br>
 +
                    Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 (35s:Cas 9:Tnos –
 +
                    U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox
 +
                    sgRNA:psgRNA ) colony from the plates that has been
 +
                    incubated overnight. Inoculate a starter culture of 5 ml of
 +
                    LB medium with 5 μL of spectinomycin and kanamycin in a
 +
                    falcon tube with the colony and incubate it overnight at
 +
                    28^C with shaking.<br>
 +
                    #<i>Agrobacterium</i> C58 transformations with:<br>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>#35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA</li>
 +
                        <li style="list-style: none">35s:Cas 9:Tnos –
 +
                        U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA<br></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        24<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 24, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>#Store the next cultures at -80^C:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>#35s:5’ region in pUPD2 (DH5α) number
 +
                                1</li>
 +
                                <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li>#SAGTI: luciferase in pUPD2 (DH5α)
 +
                                        number 2</li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        25<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 25, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Pick a single <i>Agrobacterium</i> C58 (35s:Cas
 +
                        9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA in 3Ω1 and 35s:Cas
 +
                        9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA in 3Ω1 ) colony from
 +
                        the plates that has been incubated overnight. Inoculate
 +
                        a starter culture of 5 ml of LB medium with 5 μL of
 +
                        spectinomycin and kanamycin in a falcon tube with the
 +
                        colony and incubate it overnight at 28^C with
 +
                        shaking.</li>
 +
                        <li>Incubate it 48 hours at 28^C</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>inipreps of <i>Agrobacterium</i> with
 +
                                E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin
 +
                                of:</li>
 +
                                <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                                    <ul>
 +
                                        <li>5s:5’ region:TFL target control
 +
                                        positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                        <li>35s:5’ region:Ga20ox target control
 +
                                        positive:Luc:Tnos</li>
 +
                                        <li>35s:5’ region:TFL target
 +
                                        consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                        <li>35s:5’ region:Ga20ox target
 +
                                        consensus:Luc:Tnos</li>
 +
                                    </ul>
 +
                                </li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                        <li>Digestion of minipreps with the restriction enzyme
 +
                        EcoRI. Incubate 1 hour at 37^C.</li>
 +
                        <li>Run an electrophoresis gel of the digestion
 +
                        products.</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <div class="table-responsive" style=
 +
                            "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                <table class=
 +
                                "table table-bordered table-striped">
 +
                                    <tr>
 +
                                        <th>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>Lanes</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </th>
 +
                                        <th>Samples</th>
 +
                                        <th>Verification</th>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>1</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>2</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>Target Ga20ox consensus</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>3</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>Target Ga20ox Knock-out</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>4</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>Target TFL consensus</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>5</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>Target TFL knock-out</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>6</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                    </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <p></p>
 +
                        </li>
 +
                        <li></li>
 +
                    </ul>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        26<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 26, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>inipreps with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I,
 +
                        Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>5s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos in 3α1
 +
                                plasmid from C58 <i>Agrobacterium</i></li>
 +
                                <li>35s:5’ region:Ga20ox PCR:Luc:Tnos in 3α1
 +
                                plasmid from C58 <i>Agrobacterium</i></li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Digestion of minipreps with the restriction enzyme
 +
                        EcoRI. Incubate 1 hour at 37^C.</li>
 +
                        <li>Run an electrophoresis gel of the digestion
 +
                        products:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <div class="table-responsive" style=
 +
                            "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                <table class=
 +
                                "table table-bordered table-striped">
 +
                                    <tr>
 +
                                        <th>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>Lanes</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </th>
 +
                                        <th>Samples</th>
 +
                                        <th>Verification</th>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>1</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                        <td></td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>2</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>35s:5’ region:PCR Ga20ox
 +
                                        :Luc:Tnos</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>3</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>35s:5’ region:PCR TFL
 +
                                        Clemunules:Luc:Tnos</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>6</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                        <td>correct</td>
 +
                                        <td></td>
 +
                                    </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                            <p></p>
 +
                        </li>
 +
                        <li></li>
 +
                    </ul>
 +
                </div>
 +
                <div class="blog-post-item">
 +
                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                        26<span>Jul</span>
 +
                        <div class="timeline-vline"></div>
 +
                    </div>
 +
                    <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                        <li><span class="font-lato">July 26, 2016</span></li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>equencing products have arrived:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>6-26:Ga20ox gRNA:psgRNA in α1 -
 +
                                correct</li>
 +
                                <li>U6-26:TFL gRNA:psgRNA in α1 - correct</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <p></p>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>inipreps with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I,
 +
                        Q(capless) Spin of:</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <ul>
 +
                                <li>5s:5’ region: Ga20ox PCR : Luc : Tnos in
 +
                                α1</li>
 +
                                <li>35s:5’ region: TFL PCR : Luc : Tnos in
 +
                                α1</li>
 +
                            </ul>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                    <ul>
 +
                        <li>Digestion of minipreps with the restriction enzyme
 +
                        EcoRI. Incubate 1 hour at 37^.</li>
 +
                        <li>Run electrophoresis gel of the digestion
 +
                        products.</li>
 +
                        <li style="list-style: none; display: inline">
 +
                            <div class="table-responsive" style=
 +
                            "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                <div class="table-responsive" style=
 +
                                "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                    <div class="blog-post-item">
 +
                                        <div class="timeline-entry rounded">
 +
                                            27<span>Jul</span>
 +
                                            <div class="timeline-vline"></div>
 +
                                        </div>
 +
                                        <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                                            <li><span class="font-lato">July
 +
                                            27, 2016</span></li>
 +
                                        </ul>
 +
                                        <p></p>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="blog-post-item">
 +
                                        <div class="timeline-entry rounded">
 +
                                            28<span>Jul</span>
 +
                                            <div class="timeline-vline"></div>
 +
                                        </div>
 +
                                        <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                                            <li><span class="font-lato">July
 +
                                            28, 2016</span></li>
 +
                                        </ul>
 +
                                        <p></p>
 +
                                    </div>
 +
                                    <div class="table-responsive" style=
 +
                                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                        <div class="table-responsive" style=
 +
                                        "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                            <div class="blog-post-item">
 +
                                                <div class=
 +
                                                "timeline-entry rounded">
 +
                                                    29<span>Jul</span>
 +
                                                    <div class=
 +
                                                    "timeline-vline"></div>
 +
                                                </div>
 +
                                                <ul class=
 +
                                                "blog-post-info list-inline">
 +
                                                    <li><span class=
 +
                                                    "font-lato">July 29,
 +
                                                    2016</span></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                                <p></p>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="blog-post-item">
 +
                                                <div class=
 +
                                                "timeline-entry rounded">
 +
                                                    01<span>Aug</span>
 +
                                                    <div class=
 +
                                                    "timeline-vline"></div>
 +
                                                </div>
 +
                                                <ul class=
 +
                                                "blog-post-info list-inline">
 +
                                                    <li><span class=
 +
                                                    "font-lato">August 01,
 +
                                                    2016</span></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                                <p></p>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="blog-post-item">
 +
                                                <div class=
 +
                                                "timeline-entry rounded">
 +
                                                    02<span>Aug</span>
 +
                                                    <div class=
 +
                                                    "timeline-vline"></div>
 +
                                                </div>
 +
                                                <ul class=
 +
                                                "blog-post-info list-inline">
 +
                                                    <li><span class=
 +
                                                    "font-lato">August 02,
 +
                                                    2016</span></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                                <p></p>
 +
                                            </div>
 +
                                            <div class="table-responsive"
 +
                                            style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                <div class="table-responsive"
 +
                                                style=
 +
                                                "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                    <div class=
 +
                                                    "blog-post-item">
 +
                                                        <div class=
 +
                                                        "timeline-entry rounded">
 +
                                                        03<span>Aug</span>
 +
                                                            <div class=
 +
                                                            "timeline-vline">
 +
                                                            </div>
 +
                                                        </div>
 +
                                                        <ul class=
 +
                                                        "blog-post-info list-inline">
 +
                                                        <li><span class=
 +
                                                        "font-lato">August 03,
 +
                                                        2016</span></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                        <p></p>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <div class=
 +
                                                    "table-responsive" style=
 +
                                                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                    <div class=
 +
                                                    "table-responsive"
 +
                                                        style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                        <div class=
 +
                                                        "table-responsive"
 +
                                                        style=
 +
                                                        "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                            <div class=
 +
                                                            "table-responsive"
 +
                                                                style=
 +
                                                                "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                <div class=
 +
                                                                "blog-post-item">
 +
                                                                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                                                                        04<span>Aug</span>
 +
                                                                            <div class="timeline-vline">
 +
                                                                            </div>
 +
                                                                        </div>
 +
                                                                        <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                                                                        <li>
 +
                                                                            <span class="font-lato">
 +
                                                                            August
 +
                                                                            04,
 +
                                                                            2016</span></li>
 +
                                                                        </ul>
 +
                                                                        <p></p>
 +
                                                                    </div>
 +
                                                                    <div class=
 +
                                                                    "blog-post-item">
 +
                                                                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                                                                        05<span>Aug</span>
 +
                                                                            <div class="timeline-vline">
 +
                                                                            </div>
 +
                                                                        </div>
 +
                                                                        <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                                                                        <li>
 +
                                                                            <span class="font-lato">
 +
                                                                            August
 +
                                                                            05,
 +
                                                                            2016</span></li>
 +
                                                                        </ul>
 +
                                                                        <p></p>
 +
                                                                    </div>
 +
                                                                    <div class=
 +
                                                                    "table-responsive"
 +
                                                                    style=
 +
                                                                    "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                    <div class="table-responsive"
 +
                                                                        style=
 +
                                                                        "width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                        <div class="blog-post-item">
 +
                                                                            <div class="timeline-entry rounded">
 +
                                                                                08<span>Aug</span>
 +
                                                                                    <div class="timeline-vline">
 +
                                                                                    </div>
 +
                                                                                </div>
 +
                                                                                <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    <span class="font-lato">
 +
                                                                                    August
 +
                                                                                    08,
 +
                                                                                    2016</span></li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                                <p>
 +
                                                                                </p>
 +
                                                                            </div>
 +
                                                                            <div class="blog-post-item">
 +
                                                                            <div class="timeline-entry rounded">
 +
                                                                                09<span>Aug</span>
 +
                                                                                    <div class="timeline-vline">
 +
                                                                                    </div>
 +
                                                                                </div>
 +
                                                                                <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    <span class="font-lato">
 +
                                                                                    August
 +
                                                                                    09,
 +
                                                                                    2016</span></li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                                <p>
 +
                                                                                </p>
 +
                                                                            </div>
 +
                                                                            <div class="table-responsive"
 +
                                                                            style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                            <div class="table-responsive"
 +
                                                                                style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                                <div class="table-responsive"
 +
                                                                                    style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                                    <div class="table-responsive"
 +
                                                                                        style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                                        <div class="table-responsive"
 +
                                                                                            style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                                            <div class="table-responsive"
 +
                                                                                                style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                                                <div class="blog-post-item">
 +
                                                                                                    <div class="timeline-entry rounded">
 +
                                                                                                        10<span>Aug</span>
 +
                                                                                                            <div class="timeline-vline">
 +
                                                                                                            </div>
 +
                                                                                                        </div>
 +
                                                                                                        <ul class="blog-post-info list-inline">
 +
                                                                                                        <li>
 +
                                                                                                            <span class="font-lato">
 +
                                                                                                            August
 +
                                                                                                            10,
 +
                                                                                                            2016</span></li>
 +
                                                                                                        </ul>
 +
                                                                                                        <p>
 +
                                                                                                        </p>
 +
                                                                                                    </div>
 +
                                                                                                    <div class="table-responsive"
 +
                                                                                                    style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                                                    <div class="table-responsive"
 +
                                                                                                        style="width:55%;overflow:inherit">
 +
                                                                                                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                                                            </table>
 +
                                                                                                        </div>
 +
                                                                                                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        devices</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                Volume
 +
                                                                                                                (μL)</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        gTS
 +
                                                                                                                        TFL/
 +
                                                                                                                        Ga20ox-
 +
                                                                                                                        Renilla</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                1</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        Cas9
 +
                                                                                                                        -
 +
                                                                                                                        gRNA</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                1</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        3
 +
                                                                                                                        α
 +
                                                                                                                        1
 +
                                                                                                                        plasmid</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                1.2</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        Bsa
 +
                                                                                                                        10x</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                1.2</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        Buffer
 +
                                                                                                                        ligase</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                1</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        Bsa
 +
                                                                                                                        I</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                1</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        T4
 +
                                                                                                                        ligase</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                1</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                            <td>
 +
                                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                                        H20
 +
                                                                                                                        milliQ</li>
 +
                                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                                </td>
 +
                                                                                                                <td>
 +
                                                                                                                4.6</td>
 +
                                                                                                            </tr>
 +
                                                                                                        </table>
 +
                                                                                                    </div>
 +
                                                                                                    <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    Run
 +
                                                                                                                    electrophoresis
 +
                                                                                                                    gel
 +
                                                                                                                    of:
 +
                                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                                    5’
 +
                                                                                                                    region:
 +
                                                                                                                    TFL/Ga20oxPCR:
 +
                                                                                                                    Luc:
 +
                                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                                    –
 +
                                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                                    Renilla:
 +
                                                                                                                    Tnos.
 +
                                                                                                                    We
 +
                                                                                                                    keep
 +
                                                                                                                    the
 +
                                                                                                                    Miniprep
 +
                                                                                                                    number
 +
                                                                                                                    1.</li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    Refresh
 +
                                                                                                                    the
 +
                                                                                                                    cultures
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    TFL
 +
                                                                                                                    PCR
 +
                                                                                                                    (pUPD2)
 +
                                                                                                                    and
 +
                                                                                                                    Ga20oxPCR
 +
                                                                                                                    (pUPD2)
 +
                                                                                                                    because
 +
                                                                                                                    we
 +
                                                                                                                    suspect
 +
                                                                                                                    that
 +
                                                                                                                    these
 +
                                                                                                                    cultures
 +
                                                                                                                    are
 +
                                                                                                                    the
 +
                                                                                                                    correct
 +
                                                                                                                    ones
 +
                                                                                                                    but
 +
                                                                                                                    we
 +
                                                                                                                    are
 +
                                                                                                                    not
 +
                                                                                                                    sure
 +
                                                                                                                    so
 +
                                                                                                                    we
 +
                                                                                                                    want
 +
                                                                                                                    to
 +
                                                                                                                    check
 +
                                                                                                                    them.
 +
                                                                                                                    The
 +
                                                                                                                    cultures
 +
                                                                                                                    that
 +
                                                                                                                    we
 +
                                                                                                                    use
 +
                                                                                                                    to
 +
                                                                                                                    refresh
 +
                                                                                                                    were
 +
                                                                                                                    made
 +
                                                                                                                    on
 +
                                                                                                                    12/07/2016.
 +
                                                                                                                    It
 +
                                                                                                                    is
 +
                                                                                                                    important
 +
                                                                                                                    to
 +
                                                                                                                    remember
 +
                                                                                                                    that
 +
                                                                                                                    we
 +
                                                                                                                    need
 +
                                                                                                                    them
 +
                                                                                                                    to
 +
                                                                                                                    assemble
 +
                                                                                                                    the
 +
                                                                                                                    gTS
 +
                                                                                                                    with
 +
                                                                                                                    the
 +
                                                                                                                    new
 +
                                                                                                                    linkers.</li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    </li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    Miniprep
 +
                                                                                                                    with
 +
                                                                                                                    E.Z.N.A
 +
                                                                                                                    ®.®
 +
                                                                                                                    Plasmid
 +
                                                                                                                    Mini
 +
                                                                                                                    Kit
 +
                                                                                                                    I,
 +
                                                                                                                    Q(capless)
 +
                                                                                                                    Spin
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    TFL
 +
                                                                                                                    /
 +
                                                                                                                    Ga20oxPCR
 +
                                                                                                                    in
 +
                                                                                                                    pUPD2</li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    Digestion
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    minipreps
 +
                                                                                                                    with
 +
                                                                                                                    NotI.
 +
                                                                                                                    Incubate
 +
                                                                                                                    1
 +
                                                                                                                    hour
 +
                                                                                                                    at
 +
                                                                                                                    37^</li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    Run
 +
                                                                                                                    electrophoresis
 +
                                                                                                                    gel
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    Miniprep
 +
                                                                                                                    products.
 +
                                                                                                                    We
 +
                                                                                                                    have
 +
                                                                                                                    made
 +
                                                                                                                    a
 +
                                                                                                                    small
 +
                                                                                                                    gel
 +
                                                                                                                    so
 +
                                                                                                                    we
 +
                                                                                                                    have
 +
                                                                                                                    mix
 +
                                                                                                                    0.45
 +
                                                                                                                    g
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    Agarose
 +
                                                                                                                    with
 +
                                                                                                                    45
 +
                                                                                                                    mL
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    TAE
 +
                                                                                                                    1X.
 +
                                                                                                                    Voltage
 +
                                                                                                                    used
 +
                                                                                                                    is
 +
                                                                                                                    100V.
 +
                                                                                                                    Both
 +
                                                                                                                    samples
 +
                                                                                                                    are
 +
                                                                                                                    correct.</li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    Pick
 +
                                                                                                                    a
 +
                                                                                                                    single
 +
                                                                                                                    E.
 +
                                                                                                                    coli
 +
                                                                                                                    DH5α
 +
                                                                                                                    (promoter35s:
 +
                                                                                                                    5’
 +
                                                                                                                    region:
 +
                                                                                                                    TFL/Ga20oxcons:
 +
                                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                                    -
 +
                                                                                                                    promoter35s:
 +
                                                                                                                    Renilla:
 +
                                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                                    -
 +
                                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                                    Cas9:
 +
                                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                                    -
 +
                                                                                                                    U6:
 +
                                                                                                                    TFL/Ga20oxgRNA:
 +
                                                                                                                    psgRNA)
 +
                                                                                                                    colony
 +
                                                                                                                    from
 +
                                                                                                                    the
 +
                                                                                                                    plate
 +
                                                                                                                    that
 +
                                                                                                                    has
 +
                                                                                                                    been
 +
                                                                                                                    incubated
 +
                                                                                                                    overnight.
 +
                                                                                                                    Inoculate
 +
                                                                                                                    a
 +
                                                                                                                    starter
 +
                                                                                                                    culture
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    4
 +
                                                                                                                    ml
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    LB
 +
                                                                                                                    medium
 +
                                                                                                                    with
 +
                                                                                                                    4
 +
                                                                                                                    μL
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    chloramphenicol
 +
                                                                                                                    in
 +
                                                                                                                    a
 +
                                                                                                                    50
 +
                                                                                                                    ml
 +
                                                                                                                    tube
 +
                                                                                                                    with
 +
                                                                                                                    the
 +
                                                                                                                    colony
 +
                                                                                                                    and
 +
                                                                                                                    incubate
 +
                                                                                                                    it
 +
                                                                                                                    overnight
 +
                                                                                                                    at
 +
                                                                                                                    37^
 +
                                                                                                                    with
 +
                                                                                                                    shaking.</li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    We
 +
                                                                                                                    throw
 +
                                                                                                                    out
 +
                                                                                                                    from
 +
                                                                                                                    Golden
 +
                                                                                                                    Braid
 +
                                                                                                                    collection
 +
                                                                                                                    the
 +
                                                                                                                    glycerinate
 +
                                                                                                                    number
 +
                                                                                                                    1107
 +
                                                                                                                    (Cas9
 +
                                                                                                                    -
 +
                                                                                                                    XT1gRNA)
 +
                                                                                                                    and
 +
                                                                                                                    0549
 +
                                                                                                                    (35s:
 +
                                                                                                                    TEV:
 +
                                                                                                                    Tnos)</li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                        <tr>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                                <li>
 +
                                                                                                                    Ligation
 +
                                                                                                                    reaction
 +
                                                                                                                    of
 +
                                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                                    5’
 +
                                                                                                                    region:
 +
                                                                                                                    TFL/
 +
                                                                                                                    Ga20:
 +
                                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                                    -
 +
                                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                                    Renilla:
 +
                                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                                    +
 +
                                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                                    Cas9:
 +
                                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                                    -
 +
                                                                                                                    U6:
 +
                                                                                                                    TFL/Ga20oxgRNA:
 +
                                                                                                                    psgRNA</li>
 +
                                                                                                                </ul>
 +
                                                                                                            </td>
 +
                                                                                                        </tr>
 +
                                                                                                    </table>
 +
                                                                                                </div>
 +
                                                                                                <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                                                <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                5</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:Ga20cons:Luc:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3α1</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        KAN</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                6</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:Ga20KO:Luc:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3α1</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        KAN</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                7</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:TFLcons:Luc:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3α1</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        KAN</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                8</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:TFLKO:Luc:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3α1</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        KAN</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                9</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:Ga20cons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3Ω2</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        SPEC</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                10</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:Ga20KO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3Ω2</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        SPEC</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                11</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:Ga20PCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3Ω2</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        SPEC</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                12</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:TFLcons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3Ω2</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        SPEC</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                13</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:TFLKO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3Ω2</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        SPEC</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                14</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:5’:TFLPCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3Ω2</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        SPEC</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                15</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        U6:Ga20sgRNA:psgRNA</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3α1</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        KAN</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                16</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        U6:TFLsgRNA:psgRNA</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3α1</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        KAN</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                17</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:Cas9:Tnos-U6:Ga20gRNA:psgRNA</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3Ω1</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        SPEC</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                18</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        35s:Cas9:Tnos-U6:TFLgRNA:psgRNA</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        3Ω1</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        SPEC</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                19</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        Ga20PCR</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        pUPD2</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        CAM</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                    <tr>
 +
                                                                                                    <td>
 +
                                                                                                        <ul>
 +
                                                                                                            <li>
 +
                                                                                                                20</li>
 +
                                                                                                            </ul>
 +
                                                                                                        </td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        TFLPCR</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        pUPD2</td>
 +
                                                                                                        <td>
 +
                                                                                                        CAM</td>
 +
                                                                                                    </tr>
 +
                                                                                                </table>
 +
                                                                                            </div>
 +
                                                                                            <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                                            <tr>
 +
                                                                                                <td>
 +
                                                                                                    <ul>
 +
                                                                                                        <li>
 +
                                                                                                            Transform
 +
                                                                                                            the
 +
                                                                                                            products
 +
                                                                                                            of
 +
                                                                                                            ligation
 +
                                                                                                            in
 +
                                                                                                            DH5
 +
                                                                                                            α.
 +
                                                                                                            Incubate
 +
                                                                                                            it
 +
                                                                                                            at
 +
                                                                                                            37^
 +
                                                                                                            during
 +
                                                                                                            2
 +
                                                                                                            hours.</li>
 +
                                                                                                        </ul>
 +
                                                                                                    </td>
 +
                                                                                                </tr>
 +
                                                                                                <tr>
 +
                                                                                                <td>
 +
                                                                                                    <ul>
 +
                                                                                                        <li>
 +
                                                                                                            We
 +
                                                                                                            store
 +
                                                                                                            at
 +
                                                                                                            -80^:</li>
 +
                                                                                                        </ul>
 +
                                                                                                    </td>
 +
                                                                                                </tr>
 +
                                                                                            </table>
 +
                                                                                        </div>
 +
                                                                                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                                        <tr>
 +
                                                                                            <td>
 +
                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                        Promoter35s</li>
 +
                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                </td>
 +
                                                                                                <td>
 +
                                                                                                pNos</td>
 +
                                                                                            </tr>
 +
                                                                                            <tr>
 +
                                                                                            <td>
 +
                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                        TFLKO</li>
 +
                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                </td>
 +
                                                                                                <td>
 +
                                                                                                Ga20KO</td>
 +
                                                                                            </tr>
 +
                                                                                            <tr>
 +
                                                                                            <td>
 +
                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                        TFLPCRXT1</li>
 +
                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                </td>
 +
                                                                                                <td>
 +
                                                                                                Ga20PCRXT1</td>
 +
                                                                                            </tr>
 +
                                                                                            <tr>
 +
                                                                                            <td>
 +
                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                        TFLPCROK</li>
 +
                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                </td>
 +
                                                                                                <td>
 +
                                                                                                Ga20PCROK</td>
 +
                                                                                            </tr>
 +
                                                                                            <tr>
 +
                                                                                            <td>
 +
                                                                                                <ul>
 +
                                                                                                    <li>
 +
                                                                                                        TFLconsOK</li>
 +
                                                                                                    </ul>
 +
                                                                                                </td>
 +
                                                                                                <td>
 +
                                                                                                Ga20consOK</td>
 +
                                                                                            </tr>
 +
                                                                                        </table>
 +
                                                                                    </div>
 +
                                                                                    <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                <li>
 +
                                                                                                    U6:Ga20oxgRNA:
 +
                                                                                                    psgRNA
 +
                                                                                                    -
 +
                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                    Cas9:
 +
                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                    -
 +
                                                                                                    Miniprep
 +
                                                                                                    number
 +
                                                                                                    2
 +
                                                                                                    was
 +
                                                                                                    empty.
 +
                                                                                                    We
 +
                                                                                                    have
 +
                                                                                                    resuspended
 +
                                                                                                    it
 +
                                                                                                    with
 +
                                                                                                    40
 +
                                                                                                    μL
 +
                                                                                                    of
 +
                                                                                                    H20
 +
                                                                                                    milliQ
 +
                                                                                                    and
 +
                                                                                                    we
 +
                                                                                                    have
 +
                                                                                                    checked
 +
                                                                                                    the
 +
                                                                                                    DNA
 +
                                                                                                    concentration
 +
                                                                                                    with
 +
                                                                                                    the
 +
                                                                                                    Nanodrop.
 +
                                                                                                    The
 +
                                                                                                    results
 +
                                                                                                    show
 +
                                                                                                    us
 +
                                                                                                    that
 +
                                                                                                    the
 +
                                                                                                    DNA
 +
                                                                                                    concentration
 +
                                                                                                    in
 +
                                                                                                    the
 +
                                                                                                    Eppendorf
 +
                                                                                                    was
 +
                                                                                                    140
 +
                                                                                                    ng/
 +
                                                                                                    μL
 +
                                                                                                    so
 +
                                                                                                    we
 +
                                                                                                    have
 +
                                                                                                    used
 +
                                                                                                    it.</li>
 +
                                                                                                </ul>
 +
                                                                                            </td>
 +
                                                                                        </tr>
 +
                                                                                        <tr>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                <li>
 +
                                                                                                    Miniprep
 +
                                                                                                    with
 +
                                                                                                    E.Z.N.A
 +
                                                                                                    ®.®
 +
                                                                                                    Plasmid
 +
                                                                                                    Mini
 +
                                                                                                    Kit
 +
                                                                                                    I,
 +
                                                                                                    Q(capless)
 +
                                                                                                    Spin
 +
                                                                                                    of
 +
                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                    5’
 +
                                                                                                    region:
 +
                                                                                                    TFL/Ga20oxPCR:
 +
                                                                                                    Luc:
 +
                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                    –
 +
                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                    Renilla:
 +
                                                                                                    Tnos</li>
 +
                                                                                                </ul>
 +
                                                                                            </td>
 +
                                                                                        </tr>
 +
                                                                                        <tr>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                <li>
 +
                                                                                                    Transform
 +
                                                                                                    in
 +
                                                                                                    C58
 +
                                                                                                    <i>
 +
                                                                                                    Agrobacterium</i>
 +
                                                                                                    35s:
 +
                                                                                                    Renilla
 +
                                                                                                    :
 +
                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                    (3
 +
                                                                                                    α2)</li>
 +
                                                                                                </ul>
 +
                                                                                            </td>
 +
                                                                                        </tr>
 +
                                                                                        <tr>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                <li>
 +
                                                                                                    Plating
 +
                                                                                                    promoter35s:
 +
                                                                                                    Renilla:
 +
                                                                                                    Tnos
 +
                                                                                                    (3α2)</li>
 +
                                                                                                </ul>
 +
                                                                                            </td>
 +
                                                                                        </tr>
 +
                                                                                        <tr>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                            <ul>
 +
                                                                                                <li>
 +
                                                                                                    Luciferase
 +
                                                                                                    assay</li>
 +
                                                                                                </ul>
 +
                                                                                            </td>
 +
                                                                                        </tr>
 +
                                                                                    </table>
 +
                                                                                </div>
 +
                                                                                <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                devices</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        Volume
 +
                                                                                        (μL)</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                35s
 +
                                                                                                :
 +
                                                                                                5’
 +
                                                                                                region:
 +
                                                                                                Ga20/TFL
 +
                                                                                                KO:
 +
                                                                                                Luc:
 +
                                                                                                Tnos
 +
                                                                                                -
 +
                                                                                                35s:
 +
                                                                                                Renilla:
 +
                                                                                                Tnos
 +
                                                                                                -
 +
                                                                                                35s:
 +
                                                                                                hCas9:
 +
                                                                                                Tnos:
 +
                                                                                                U6:
 +
                                                                                                Ga20/TFL
 +
                                                                                                gRNA:
 +
                                                                                                psgRNA</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        1</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                35s
 +
                                                                                                :
 +
                                                                                                5’
 +
                                                                                                region:
 +
                                                                                                Ga20/TFL
 +
                                                                                                cons:
 +
                                                                                                Luc:
 +
                                                                                                Tnos
 +
                                                                                                -
 +
                                                                                                35s:
 +
                                                                                                Renilla:
 +
                                                                                                Tnos
 +
                                                                                                -
 +
                                                                                                35s:
 +
                                                                                                hCas9:
 +
                                                                                                Tnos:
 +
                                                                                                U6:
 +
                                                                                                Ga20/TFL
 +
                                                                                                gRNA:
 +
                                                                                                psgRNA</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        1</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                3
 +
                                                                                                α
 +
                                                                                                1
 +
                                                                                                plasmid</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        1.2</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                Bsa
 +
                                                                                                10X</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        1.2</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                Buffer
 +
                                                                                                ligase</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        1</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                Bsa
 +
                                                                                                I</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        1</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                T4
 +
                                                                                                ligase</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        1</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                    <tr>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                            <li>
 +
                                                                                                H20
 +
                                                                                                milliQ</li>
 +
                                                                                            </ul>
 +
                                                                                        </td>
 +
                                                                                        <td>
 +
                                                                                        4.6</td>
 +
                                                                                    </tr>
 +
                                                                                </table>
 +
                                                                            </div>
 +
                                                                            <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <p></p>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            nfiltration
 +
                                                                                            cultures:</li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <p></p>
 +
                                                                                        <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            5s:
 +
                                                                                            Luc:
 +
                                                                                            Tnos</li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Laboratory
 +
                                                                                    controls</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Pnos:
 +
                                                                                    Luc:
 +
                                                                                    Tnos</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Laboratory
 +
                                                                                    controls</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    gTS
 +
                                                                                    TFL
 +
                                                                                    KO
 +
                                                                                    +
 +
                                                                                    Cas9
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    XT1:XT2</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Positive
 +
                                                                                    controls</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    gTSGa20oxKO
 +
                                                                                    +
 +
                                                                                    Cas9
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    XT1:XT2</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Positive
 +
                                                                                    controls</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    gTS
 +
                                                                                    TFL
 +
                                                                                    PCR
 +
                                                                                    +
 +
                                                                                    Cas9
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    XT1:XT2</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Negative
 +
                                                                                    controls</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    gTS
 +
                                                                                    Ga20oxPCR
 +
                                                                                    +
 +
                                                                                    Cas9
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    XT1:XT2</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Negative
 +
                                                                                    controls</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    gTS
 +
                                                                                    TFL
 +
                                                                                    PCR
 +
                                                                                    +
 +
                                                                                    Cas9
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    TFLgRNA</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Samples</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    gTS
 +
                                                                                    TFL
 +
                                                                                    cons
 +
                                                                                    +
 +
                                                                                    Cas9
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    TFLgRNA</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Samples</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    gTS
 +
                                                                                    Ga20oxPCR
 +
                                                                                    +
 +
                                                                                    Cas9
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    Ga20gRNA</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Samples</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            </li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    gTS
 +
                                                                                    Ga20oxcons
 +
                                                                                    +
 +
                                                                                    Cas9
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    Ga20gRNA</td>
 +
                                                                                    <td>
 +
                                                                                    Samples</td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            Transplant
 +
                                                                                            agroinfiltrated
 +
                                                                                            plants
 +
                                                                                            (<i>Nicotiana
 +
                                                                                            benthamiana</i>)</li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            Pick
 +
                                                                                            up
 +
                                                                                            6
 +
                                                                                            disks
 +
                                                                                            per
 +
                                                                                            each
 +
                                                                                            plant
 +
                                                                                            in
 +
                                                                                            order
 +
                                                                                            to
 +
                                                                                            carry
 +
                                                                                            out
 +
                                                                                            the
 +
                                                                                            luciferase
 +
                                                                                            assay
 +
                                                                                            on
 +
                                                                                            09/08</li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                                <tr>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                    <ul>
 +
                                                                                        <li>
 +
                                                                                            Ligate
 +
                                                                                            reaction
 +
                                                                                            of:</li>
 +
                                                                                        </ul>
 +
                                                                                    </td>
 +
                                                                                </tr>
 +
                                                                            </table>
 +
                                                                        </div>
 +
                                                                        <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        device</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                Volume
 +
                                                                                of
 +
                                                                                culture
 +
                                                                                (mL)</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                Volume
 +
                                                                                of
 +
                                                                                Agroinfiltration
 +
                                                                                solution
 +
                                                                                (mL)</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        Cas9
 +
                                                                                        -
 +
                                                                                        TFL
 +
                                                                                        gRNA</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.7</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.3</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        Cas
 +
                                                                                        9
 +
                                                                                        -
 +
                                                                                        Ga20oxgRNA</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.7</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.3</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        Cas
 +
                                                                                        9
 +
                                                                                        -
 +
                                                                                        XT1:
 +
                                                                                        XT2</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.59</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.41</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        TFL
 +
                                                                                        KO</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.67</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.33</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        TFL
 +
                                                                                        PCR</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.73</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.27</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        Ga20oxconsensus</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.71</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.28</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        Pnos</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.68</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.32</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        35s
 +
                                                                                        :
 +
                                                                                        Luc</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.78</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.22</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        Ga20oxPCR</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.74</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.26</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        TFL
 +
                                                                                        consensus</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.71</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.29</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                            <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                    <li>
 +
                                                                                        Ga20ox-
 +
                                                                                        KO</li>
 +
                                                                                    </ul>
 +
                                                                                </td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                0.73</td>
 +
                                                                                <td>
 +
                                                                                9.27</td>
 +
                                                                            </tr>
 +
                                                                        </table>
 +
                                                                    </div>
 +
                                                                    <table class="table table-bordered table-striped">
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Miniprep
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    E.Z.N.A
 +
                                                                                    ®.®
 +
                                                                                    Plasmid
 +
                                                                                    Mini
 +
                                                                                    Kit
 +
                                                                                    I,
 +
                                                                                    Q(capless)
 +
                                                                                    Spin
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    TMV
 +
                                                                                    CDS</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Transform
 +
                                                                                    DH5
 +
                                                                                    α
 +
                                                                                    <i>
 +
                                                                                    E.
 +
                                                                                    coli</i>
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    device
 +
                                                                                    35s
 +
                                                                                    :
 +
                                                                                    5’
 +
                                                                                    region:
 +
                                                                                    PCR
 +
                                                                                    PCR:
 +
                                                                                    Luc:
 +
                                                                                    Tnos
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    35s:
 +
                                                                                    Renilla:
 +
                                                                                    Tnos.
 +
                                                                                    After
 +
                                                                                    incubating
 +
                                                                                    2
 +
                                                                                    hours,
 +
                                                                                    it
 +
                                                                                    must
 +
                                                                                    be
 +
                                                                                    plated.</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Refresh
 +
                                                                                    C58
 +
                                                                                    <i>
 +
                                                                                    <i>
 +
                                                                                    Agrobacterium</i>
 +
                                                                                    tumefaciens</i>
 +
                                                                                    cultures
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    aim
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    infiltrating
 +
                                                                                    in
 +
                                                                                    N.benthamiana
 +
                                                                                    on
 +
                                                                                    05/08.</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Pick
 +
                                                                                    a
 +
                                                                                    single
 +
                                                                                    E.
 +
                                                                                    coli
 +
                                                                                    DH5α
 +
                                                                                    (35S
 +
                                                                                    :
 +
                                                                                    5’
 +
                                                                                    region:
 +
                                                                                    KO/cons
 +
                                                                                    target:
 +
                                                                                    Luc:Tnos
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    promoter35s:
 +
                                                                                    renilla:
 +
                                                                                    Tnos)
 +
                                                                                    colony
 +
                                                                                    from
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    plate
 +
                                                                                    that
 +
                                                                                    has
 +
                                                                                    been
 +
                                                                                    incubated
 +
                                                                                    overnight.
 +
                                                                                    Inoculate
 +
                                                                                    a
 +
                                                                                    starter
 +
                                                                                    culture
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    4
 +
                                                                                    ml
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    LB
 +
                                                                                    medium
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    4
 +
                                                                                    μL
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    spectinomycin
 +
                                                                                    in
 +
                                                                                    a
 +
                                                                                    50
 +
                                                                                    ml
 +
                                                                                    tube
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    colony
 +
                                                                                    and
 +
                                                                                    incubate
 +
                                                                                    it
 +
                                                                                    overnight
 +
                                                                                    at
 +
                                                                                    37^
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    shaking.Sequencing
 +
                                                                                    TMV
 +
                                                                                    empty
 +
                                                                                    vector
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    primer
 +
                                                                                    D09OCT01
 +
                                                                                    (10
 +
                                                                                    uM).
 +
                                                                                    5μL
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    Miniprep
 +
                                                                                    and
 +
                                                                                    9μL
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    primer
 +
                                                                                    (dilution
 +
                                                                                    1:3).
 +
                                                                                    Sequencing
 +
                                                                                    code
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    210.13.300
 +
                                                                                    and
 +
                                                                                    210.13.301.</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Pick
 +
                                                                                    a
 +
                                                                                    single
 +
                                                                                    E.
 +
                                                                                    coli
 +
                                                                                    DH5α
 +
                                                                                    (promoter35s:
 +
                                                                                    5’
 +
                                                                                    region:
 +
                                                                                    TFL/Ga20oxPCR:
 +
                                                                                    Luc:
 +
                                                                                    Tnos
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    promoter35s:
 +
                                                                                    Renilla:
 +
                                                                                    Tnos
 +
                                                                                    )
 +
                                                                                    colony
 +
                                                                                    from
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    plate
 +
                                                                                    that
 +
                                                                                    has
 +
                                                                                    been
 +
                                                                                    incubated
 +
                                                                                    overnight.
 +
                                                                                    Inoculate
 +
                                                                                    a
 +
                                                                                    starter
 +
                                                                                    culture
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    4
 +
                                                                                    ml
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    LB
 +
                                                                                    medium
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    4
 +
                                                                                    μL
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    kanamycin
 +
                                                                                    in
 +
                                                                                    a
 +
                                                                                    50
 +
                                                                                    ml
 +
                                                                                    tube
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    colony
 +
                                                                                    and
 +
                                                                                    incubate
 +
                                                                                    it
 +
                                                                                    overnight
 +
                                                                                    at
 +
                                                                                    37^
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    shaking.</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <p></p>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    iniprep
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    E.Z.N.A
 +
                                                                                    ®.®
 +
                                                                                    Plasmid
 +
                                                                                    Mini
 +
                                                                                    Kit
 +
                                                                                    I,
 +
                                                                                    Q(capless)
 +
                                                                                    Spin
 +
                                                                                    of:</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <p></p>
 +
                                                                                <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    5s:
 +
                                                                                    5’
 +
                                                                                    region:
 +
                                                                                    TFL
 +
                                                                                    PCR:
 +
                                                                                    Luc:
 +
                                                                                    Tnos
 +
                                                                                    -
 +
                                                                                    promoter35s:
 +
                                                                                    Renilla:
 +
                                                                                    Tnos</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    </li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            35s:
 +
                                                                            5’
 +
                                                                            region:
 +
                                                                            Ga20oxPCR:
 +
                                                                            Luc:
 +
                                                                            Tnos
 +
                                                                            -
 +
                                                                            promoter35s:
 +
                                                                            Renilla:
 +
                                                                            Tnos</td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    </li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            35s:
 +
                                                                            5’
 +
                                                                            region:
 +
                                                                            Ga20oxconsensus:
 +
                                                                            Luc:
 +
                                                                            Tnos
 +
                                                                            -
 +
                                                                            promoter35s:
 +
                                                                            Renilla:
 +
                                                                            Tnos</td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    </li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            35s:
 +
                                                                            5’
 +
                                                                            region:
 +
                                                                            Ga20oxKO:
 +
                                                                            Luc:
 +
                                                                            Tnos
 +
                                                                            -
 +
                                                                            promoter35s:
 +
                                                                            Renilla:
 +
                                                                            Tnos</td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Digestion
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    minipreps
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    EcoRV.
 +
                                                                                    Incubate
 +
                                                                                    1
 +
                                                                                    hour
 +
                                                                                    at
 +
                                                                                    37^</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Run
 +
                                                                                    electrophoresis
 +
                                                                                    gel
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    digestion
 +
                                                                                    products:
 +
                                                                                    TFLK01,
 +
                                                                                    TFLK02,
 +
                                                                                    TFLcons01,
 +
                                                                                    TFLcons02,
 +
                                                                                    GAK01,
 +
                                                                                    GAK02,
 +
                                                                                    GAcons01,
 +
                                                                                    GAcons02.</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Prepare
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    Agroinfiltration
 +
                                                                                    with
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    correct
 +
                                                                                    protocol.</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                        <tr>
 +
                                                                            <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                                <li>
 +
                                                                                    Centrifuge
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    cultures
 +
                                                                                    at
 +
                                                                                    3000
 +
                                                                                    rpm
 +
                                                                                    during
 +
                                                                                    15
 +
                                                                                    minutes.
 +
                                                                                    We
 +
                                                                                    discard
 +
                                                                                    the
 +
                                                                                    supernatant
 +
                                                                                    and
 +
                                                                                    it
 +
                                                                                    is
 +
                                                                                    necessary
 +
                                                                                    to
 +
                                                                                    resuspend
 +
                                                                                    in
 +
                                                                                    5mL
 +
                                                                                    of
 +
                                                                                    Agroinfiltration
 +
                                                                                    solution.
 +
                                                                                    Let
 +
                                                                                    shaking
 +
                                                                                    it
 +
                                                                                    a
 +
                                                                                    RT
 +
                                                                                    during
 +
                                                                                    2
 +
                                                                                    hours.
 +
                                                                                    OD’s
 +
                                                                                    measurement</li>
 +
                                                                                </ul>
 +
                                                                            </td>
 +
                                                                        </tr>
 +
                                                                    </table>
 +
                                                                </div>
 +
                                                                <table class=
 +
                                                                "table table-bordered table-striped">
 +
                                                                <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                Reagent</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        Volume(μL)</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                35s:5’region:
 +
                                                                                TFL/Ga20oxPCR:
 +
                                                                                Luc:
 +
                                                                                Tnos</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        1</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                Promoter35s:
 +
                                                                                Renilla:
 +
                                                                                Tnos</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        1</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                pUPD2</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        1</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                BSA10X</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        1.2</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                Ligase
 +
                                                                                Buffer</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        1.2</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                BsmbI</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        1</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                T4
 +
                                                                                ligase</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        1</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                    <tr>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                            <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                                H<sub>2</sub>O
 +
                                                                                milli-Q</li>
 +
                                                                            </ul>
 +
                                                                        </td>
 +
                                                                        <td>
 +
                                                                        4.6</td>
 +
                                                                    </tr>
 +
                                                                </table>
 +
                                                            </div>
 +
                                                            <table class=
 +
                                                            "table table-bordered table-striped">
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                    <td>
 +
                                                                        <ul>
 +
                                                                            <li>
 +
                                                                            Ligate
 +
                                                                            reactions
 +
                                                                            of
 +
                                                                            TFL
 +
                                                                            PCR
 +
                                                                            and
 +
                                                                            Ga20ox
 +
                                                                            PCR
 +
                                                                            with
 +
                                                                            Renilla</li>
 +
                                                                        </ul>
 +
                                                                    </td>
 +
                                                                </tr>
 +
                                                            </table>
 +
                                                        </div>
 +
                                                        <table class=
 +
                                                        "table table-bordered table-striped">
 +
                                                        <tr>
 +
                                                                <td>
 +
                                                                    <ul>
 +
                                                                        <li>
 +
                                                                        1</li>
 +
                                                                    </ul>
 +
                                                                </td>
 +
                                                                <td>35S:5’</td>
 +
                                                                <td>pUPD2</td>
 +
                                                                <td>CAM</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>
 +
                                                                    <ul>
 +
                                                                        <li>
 +
                                                                        2</li>
 +
                                                                    </ul>
 +
                                                                </td>
 +
                                                                <td>
 +
                                                                SAGTI:Luc</td>
 +
                                                                <td>pUPD2</td>
 +
                                                                <td>CAM</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>
 +
                                                                    <ul>
 +
                                                                        <li>
 +
                                                                        3</li>
 +
                                                                    </ul>
 +
                                                                </td>
 +
                                                                <td>
 +
                                                                35s:5’:TFLPCR:Luc:Tnos</td>
 +
                                                                <td>3α1</td>
 +
                                                                <td>KAN</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                            <tr>
 +
                                                                <td>
 +
                                                                    <ul>
 +
                                                                        <li>
 +
                                                                        4</li>
 +
                                                                    </ul>
 +
                                                                </td>
 +
                                                                <td>
 +
                                                                35s:5’:Ga20PCR:Luc:Tnos</td>
 +
                                                                <td>3α1</td>
 +
                                                                <td>KAN</td>
 +
                                                            </tr>
 +
                                                        </table>
 +
                                                    </div>
 +
                                                    <table class=
 +
                                                    "table table-bordered table-striped">
 +
                                                    <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <p></p>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>H5α
 +
                                                                    <i>E.
 +
                                                                    coli</i>
 +
                                                                    transformation
 +
                                                                    with the
 +
                                                                    devices:</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <p></p>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>5S : 5’
 +
                                                                    region :
 +
                                                                    TFL KO :
 +
                                                                    Luc : Tnos
 +
                                                                    -
 +
                                                                    promoter35s:
 +
                                                                    Renilla:Tnos
 +
                                                                    in Ω2</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li></li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                            <td>35S : 5’ region
 +
                                                            : TFL consensus :
 +
                                                            Luc : Tnos -
 +
                                                            promoter35s:
 +
                                                            Renilla:Tnos in
 +
                                                            Ω2</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li></li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                            <td>35S : 5’ region
 +
                                                            : Ga20ox KO : Luc :
 +
                                                            Tnos - promoter35s:
 +
                                                            Renilla:Tnos in
 +
                                                            Ω2</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li></li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                            <td>35S : 5’ region
 +
                                                            : Ga20ox consensus
 +
                                                            : Luc : Tnos -
 +
                                                            promoter35s:
 +
                                                            Renilla:Tnos in
 +
                                                            Ω2</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>E. coli
 +
                                                                    plating in
 +
                                                                    plates with
 +
                                                                    Kanamycin
 +
                                                                    (antibiotic).
 +
                                                                    Incubate 16
 +
                                                                    hours at
 +
                                                                    37^</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <p></p>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>
 +
                                                                    inipreps
 +
                                                                    with
 +
                                                                    E.Z.N.A ®.®
 +
                                                                    Plasmid
 +
                                                                    Mini Kit I,
 +
                                                                    Q(capless)
 +
                                                                    Spin
 +
                                                                    of:</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <p></p>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>
 +
                                                                    5s:5’region:TFL
 +
                                                                    PCR:Luc:Tnos
 +
                                                                    in α1</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li></li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                            <td>
 +
                                                            35s:5’region:Ga20oxPCR:
 +
                                                            Luc: Tnos in
 +
                                                            α1</td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td></td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>Pick a
 +
                                                                    single E.
 +
                                                                    coli DH5α
 +
                                                                    (TMV CDS)
 +
                                                                    colony from
 +
                                                                    the plate
 +
                                                                    that has
 +
                                                                    been
 +
                                                                    incubated
 +
                                                                    overnight.
 +
                                                                    Inoculate a
 +
                                                                    starter
 +
                                                                    culture of
 +
                                                                    4 ml of LB
 +
                                                                    medium with
 +
                                                                    4 μL of
 +
                                                                    kanamycin
 +
                                                                    in a 50 ml
 +
                                                                    tube with
 +
                                                                    the colony
 +
                                                                    and
 +
                                                                    incubate it
 +
                                                                    overnight
 +
                                                                    at 37^ with
 +
                                                                    shaking.</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>
 +
                                                                    Digestion
 +
                                                                    of
 +
                                                                    minipreps
 +
                                                                    with EcoRI.
 +
                                                                    Incubate 1
 +
                                                                    hour at
 +
                                                                    37^</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>Run
 +
                                                                    electrophoresis
 +
                                                                    gel of the
 +
                                                                    devices. We
 +
                                                                    remain the
 +
                                                                    samples
 +
                                                                    1.</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                        <tr>
 +
                                                            <td>
 +
                                                                <ul>
 +
                                                                    <li>Store
 +
                                                                    at -80^ the
 +
                                                                    devices of
 +
                                                                    gTS
 +
                                                                    PCR</li>
 +
                                                                </ul>
 +
                                                            </td>
 +
                                                        </tr>
 +
                                                    </table>
 +
                                                </div>
 +
                                                <table class=
 +
                                                "table table-bordered table-striped">
 +
                                                <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>
 +
                                                                Reagent</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>Volume(μL)</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>TFL
 +
                                                                KO/Ga20KO/TFL
 +
                                                                cons /
 +
                                                                Ga20oxcons</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>1</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>
 +
                                                                Promoter35s:
 +
                                                                Renilla:
 +
                                                                Tnos</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>1</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>pUPD2</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>1</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>BSA10X</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>1.2</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>Ligase
 +
                                                                Buffer</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>1.2</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>BsmbI</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>1</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>T4
 +
                                                                ligase</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>1</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                    <tr>
 +
                                                        <td>
 +
                                                            <ul>
 +
                                                                <li>
 +
                                                                H<sub>2</sub>O
 +
                                                                milli-Q</li>
 +
                                                            </ul>
 +
                                                        </td>
 +
                                                        <td>4.6</td>
 +
                                                    </tr>
 +
                                                </table>
 +
                                            </div>
 +
                                            <table class=
 +
                                            "table table-bordered table-striped">
 +
                                            <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <p></p>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>iniprep with
 +
                                                            E.Z.N.A ®.® Plasmid
 +
                                                            Mini Kit I,
 +
                                                            Q(capless) Spin
 +
                                                            of:</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <p></p>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>5s: TFL PCR :
 +
                                                            Luc : Tnos</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td>35s : Ga20ox PCR : Luc
 +
                                                    : Tnos</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>Digestion of
 +
                                                            minipreps with
 +
                                                            EcoRI following
 +
                                                            digestion protocol.
 +
                                                            Incubate 1 hour at
 +
                                                            37^.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>Run
 +
                                                            electrophoresis gel
 +
                                                            of the digestion
 +
                                                            products. We will
 +
                                                            discard this
 +
                                                            culture because the
 +
                                                            gel result doesn’t
 +
                                                            correspond with
 +
                                                            what we
 +
                                                            expect.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>
 +
                                                            Agroinfiltration
 +
                                                            procedure with 9
 +
                                                            plants of
 +
                                                            N.benthamiana
 +
                                                            following the
 +
                                                            Agroinfiltration
 +
                                                            protocol.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>Pick up the
 +
                                                            samples of
 +
                                                            infiltrated plants.
 +
                                                            We keep 3 disks per
 +
                                                            plant in a
 +
                                                            Eppendorf tube and
 +
                                                            we take 2 samples
 +
                                                            of each plant.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>Luciferase
 +
                                                            assay is made
 +
                                                            following the
 +
                                                            correct protocol.
 +
                                                            After analyzing all
 +
                                                            the data obtained,
 +
                                                            it seems that the
 +
                                                            system works but we
 +
                                                            must optimized it
 +
                                                            to increase the
 +
                                                            signal range. In
 +
                                                            this way, we will
 +
                                                            be able to
 +
                                                            distinguish signal
 +
                                                            from noise.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <p></p>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>onclusions
 +
                                                            luciferase
 +
                                                            assay:</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <p></p>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>liminate 5’
 +
                                                            region of the
 +
                                                            device</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td>Change linker
 +
                                                    sequence</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td>Add renilla in
 +
                                                    luciferase assay</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td>Change reporter to
 +
                                                    +1</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td>Use pLess as
 +
                                                    control</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td>Use a Wild Type as
 +
                                                    control</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td>Insert devices in
 +
                                                    cis</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li></li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                    <td>Design a consensus
 +
                                                    target as longer as the
 +
                                                    amplified.</td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td></td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>Culture refresh
 +
                                                            of C58
 +
                                                            <i>Agrobacterium</i>
 +
                                                            to infiltrate on
 +
                                                            Friday.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>Pick a single
 +
                                                            E. coli DH5α
 +
                                                            (35s:5’region:TFL
 +
                                                            PCR:Luc:Tnos in α1
 +
                                                            and
 +
                                                            35s:5’region:Ga20oxPCR:
 +
                                                            Luc: Tnos in α1)
 +
                                                            colony from the
 +
                                                            plate that has been
 +
                                                            incubated
 +
                                                            overnight.
 +
                                                            Inoculate a starter
 +
                                                            culture of 4 ml of
 +
                                                            LB medium with 4 μL
 +
                                                            of kanamycin in a
 +
                                                            50 ml tube with the
 +
                                                            colony and incubate
 +
                                                            it overnight at 37^
 +
                                                            with shaking.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                                <tr>
 +
                                                    <td>
 +
                                                        <ul>
 +
                                                            <li>Targets
 +
                                                            ligations with
 +
                                                            Renilla
 +
                                                            reporters.</li>
 +
                                                        </ul>
 +
                                                    </td>
 +
                                                </tr>
 +
                                            </table>
 +
                                        </div>
 +
                                        <table class=
 +
                                        "table table-bordered table-striped">
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li>Device</li>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                </td>
 +
                                                <td>Order</td>
 +
                                                <td>Sequencing</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li>TFL PCR</li>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                </td>
 +
                                                <td>210.13.250</td>
 +
                                                <td>SNP in the position 652 of
 +
                                                the target. Position 1 of the
 +
                                                gRNA. GA</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li>Ga20ox PCR</li>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                </td>
 +
                                                <td>210.13.253</td>
 +
                                                <td>Same sequence</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li>TFL consensus</li>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                </td>
 +
                                                <td>210.13.251</td>
 +
                                                <td>Same sequence</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li>TFL KO</li>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                </td>
 +
                                                <td>210.13.252</td>
 +
                                                <td>Same sequence</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li>Ga20ox
 +
                                                        Consensus</li>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                </td>
 +
                                                <td>210.13.254</td>
 +
                                                <td>Same sequence</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                            <tr>
 +
                                                <td>
 +
                                                    <ul>
 +
                                                        <li>Ga20ox KO</li>
 +
                                                    </ul>
 +
                                                </td>
 +
                                                <td>210.13.255</td>
 +
                                                <td>Same sequence</td>
 +
                                            </tr>
 +
                                        </table>
 +
                                    </div>
 +
                                    <table class=
 +
                                    "table table-bordered table-striped">
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>Received the necessary
 +
                                                    primers to sequence: TFL
 +
                                                    consensus, TFL knockout,
 +
                                                    Ga20ox consensus and Ga20ox
 +
                                                    knockout.</li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <p></p>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>repare
 +
                                                    <i>Agrobacterium</i>
 +
                                                    cultures: Inoculate a
 +
                                                    starter culture of 5 ml of
 +
                                                    LB medium with 5 μL of
 +
                                                    Kanamycin and 5 μL of
 +
                                                    rifampin in a 50 ml tube
 +
                                                    with the colony and
 +
                                                    incubate it 48 hours at 28^
 +
                                                    with shaking. The devices
 +
                                                    are:</li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <p></p>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>5S : 5’Region : TFL
 +
                                                    consensus : Luc : Tnos</li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                            <td>35S : 5’Region : TFL knockout :
 +
                                            Luc : Tnos</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                            <td>35S : 5’Region :TFL PCR: Luc :
 +
                                            Tnos</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                            <td>35S : 5’Region : Ga20ox
 +
                                            consensus : Luc : Tnos</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                            <td>35S : 5’Region : Ga20ox
 +
                                            knockout : Luc : Tnos</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                            <td>35S : 5’Region :Ga20ox PCR: Luc
 +
                                            : Tnos</td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td></td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>Sequencing the last
 +
                                                    devices to check if these
 +
                                                    are correct.</li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li></li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>Refresh
 +
                                                    <i><i>Agrobacterium</i>
 +
                                                    tumefaciens</i> cultures
 +
                                                    with the aim of
 +
                                                    infiltrating in
 +
                                                    N.benthamiana on 29/07</li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>Refresh cultures of the
 +
                                                    devices 35s: 5’ region: TFL
 +
                                                    PCR : Luc : Tnos and 35s :
 +
                                                    5’ region: Ga20ox PCR : Luc
 +
                                                    : Tnos in order to prepare
 +
                                                    the more Miniprep
 +
                                                    reaction.</li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                        <tr>
 +
                                            <td>
 +
                                                <ul>
 +
                                                    <li>Sequencing results have
 +
                                                    arrived.</li>
 +
                                                </ul>
 +
                                            </td>
 +
                                        </tr>
 +
                                    </table>
 +
                                </div>
 +
                                <table class=
 +
                                "table table-bordered table-striped">
 +
                                    <tr>
 +
                                        <th>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>Lanes</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </th>
 +
                                        <th>Samples</th>
 +
                                        <th>Verification</th>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>1</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>1 Kb molecular weight marker</td>
 +
                                        <td></td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>2</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>TFL PCR</td>
 +
                                        <td></td>
 +
                                    </tr>
 +
                                    <tr>
 +
                                        <td>
 +
                                            <ul>
 +
                                                <li>3</li>
 +
                                            </ul>
 +
                                        </td>
 +
                                        <td>Ga20ox PCR</td>
 +
                                        <td></td>
 +
                                    </tr>
 +
                                </table>
 +
                            </div>
 +
                        </li>
 +
                    </ul>
 +
                </div>
 +
            </div>
 +
        </div>
 +
    </section>
 
</body>
 
</body>
 +
 
</html>
 
</html>
  
 
{{:Team:Valencia_UPV/Templates:footerUPV}}
 
{{:Team:Valencia_UPV/Templates:footerUPV}}

Revision as of 18:21, 1 October 2016

18May

Take glycerinated cultures of C58 Agrobacterium with dsRED from GoldenBraid Collection. Prepare broth culture (5 mL LB + 5 μL kanamycin + 5 μL Rifampin) 1:1000 and incubate overnight at 28^C.

19May

Refresh previously made culture by inoculating 10 μL in a new culture medium.

20May

Agroinfiltration in Nicotiana benthamiana of C58 with dsRED. href

06Jun

  • Take from the glycerinates of Goldenbraid Collection:

Plasmid GB Code
pD6B3 α1 GB0015
pD6B3 α2 GB0017
pD6B3 Ω1 GB0019
pD6B3 Ω2 GB0021
pUPD2 GB0307

Prepare liquid culture (3 mL LB + 3 μL antibiotic) 1:1000. Incubate at 37^C overnight.

  • Experiment with snails:
    • Two experiments: one with infiltrated Nicotiana benthamiana and another with not infiltrated N.benthamiana (negative control). Lettuce leafs haven’t been correctly infiltrated and it seems that the expression level is low.
    • Let both N. benthamiana leafs with snails overnight at room temperature in separated boxes. We will observe if snails eat the leafs and if appears fluorescence.

15Jun

Experiment is over due to snails haven’t eaten leafs enough so we have not been able to see fluorescence.

30Jun

Orange Clemenules DNA Genome Extraction protocol

  • Take from the glycerinates of GoldenBraid Collection:

Plasmid GB Code
35s:Cas9:nopaline synthase terminator (Tnos) GB0639
Luciferase (Luc) in pUPD2 GB0096
Tnos in pUPD2 GB0037

01Jul

Miniprep of 35s:Cas9:Tnos with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin.
Luciferase and nopaline synthase terminator cultures haven’t succeed. Repeat Luc and Tnos cultures.
Primers IG16JUN01 and IG16JUN02 have arrived.
Finish orange DNA Genome Extraction and check DNA concentration with NanoDrop. Concentration is very low so extraction will be done again.

02Jul

  • Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • Luc in pUPD2
    • Tnos in pUPD2

Check orange DNA genome concentration with NanoDrop.

Sample DNA concentration (ng / μL)
TFL 1 3153.8
TFL 2 4527.9


Perform a PCR to bind linker SAGTI with luciferase:

Reagent Volume(μL) Program
LuciferasepUPD 1 Temperature Time
Buffer HF 10 98^C 5 minutes
dNTPs 2 98^C 35x 30 seconds
IG16JUN01 2.5 70^C 35x 30 seconds
IG16JUN02 2.5 72^C 35x 1 minute 30 seconds
Taq phusion 0.5 72^C 10 minutes
H2O milli-Q 31.5 16^C

04Jul

Run electrophoresis gel of Clemenules DNA (agarose 1%). 45 mL agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage used is 100 V.
Gleva Rice DNA Genome Extraction Protocol
Run electrophoresis gel of Luciferase PCR product. 45 mL agarose gel at 1% 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage used is 100 V.
Ligation Reaction of SAGTI:Luciferase into a pUPD2.
Transform E. coli DH5α with it. The method that is necessary to carry out this procedure is explained in protocols href
Check DNA concentration with NanoDrop.

SAMPLE DNA Concentration(ng / μL)
Rice Gleva 1 22.8
Rice Gleva 2 17.3


05Jul

Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. We have checked that there isn’t DNA.
Repeat: Rice DNA Genome Extraction Protocol
Check DNA concentration with NanoDrop.

SAMPLE DNA Concentration(ng / μL)
Rice Gleva 1 294.9
Rice Gleva 2 193.7

Run electrophoresis gel of Gleva rice DNA. It observed that genome extraction is correctly done.

06Jul

Take glycerinated cultures from Goldenbraid Collection:

GB part Plasmid Antibiotic Number GB
psgRNA pUPD Ampicillin 0645
U6-26 pUPD Ampicillin 1001


07Jul

  • Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • psgRNA in pUPD2
    • U6-26 in pUPD2

Primers IG16JUL01, IG16JUL02, IG16JUL03, IG16JUL04, IG16JUL05, IG16JUL06, IG16JUL07 and IG16JUL08 arrived.
gBlocks of - 35s:5’ region - have arrived.
We perform a PCR of Clemenules Orange and Gleva Rice Genome Extraction following the protocol. We want to obtain a fragment of the gene TFL of the orange DNA extraction and the gene Ga20ox of the rice DNA extraction.

Sample Initial concentration(ng/μL) Final concentration(ng/μL) Initial volume(μL) Final volume (μL)
TFL 1 3153.8 150 4.756 100
TFL 2 4527.9 150 3.31 100
Ga20ox 1 294.9 150 50.8647 100
Ga20ox 2 193.7 150 77.44 100


REAGENT VOLUME(μL) PROGRAM
TFL DNA 1 TEMPERATURE TIME
Buffer HF 10 98^C 5 minutes
dNTPs 2 98^C 35x 30 seconds
IG16JUL01 (TFL_For) 2.5 64^C 35x 30 seconds
IG16JUL02 (TFL_Rev) 2.5 72^C 35x 30 seconds
Taq phusion 0.5 72^C 10 minutes
H2O milli-Q 31.5 16^C


REAGENT VOLUME(μL) PROGRAM
Ga20ox DNA 1 TEMPERATURE TIME
Buffer HF 10 98^C 5 minutes
dNTPs 2 98^C 35x 30 seconds
IG16JUL03 (Ga20_for) 2.5 72^C 35x 30 seconds
IG16JUL02 (Ga20_rev) 2.5 72^C 35x 30 seconds
Taq phusion 0.5 72^C 10 minutes
H2O milli-Q 31.5 16^C

Ligate reaction of 35s:5’ region in pUPD2. Following ligation protocol, BsmbI enzyme is used in this reaction.

08Jul

Run electrophoresis gel of TFL and Ga20ox PCR products. 45 mL agarose gel at 1 % 0.45 g of agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage used is 120 V.
Transform E. coli with the next part: 35s:5’ region (electroporation 2.5KV). Plating it and incubate overnight at 37^C.
Take glycerinated culture for Georgia collaboration. The part is 35s:GFP:Tnos (α1 and kanamycin).

09Jul

Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of 35s:GFP:Tnos
No colonies have grown in the 35s:5’ region petri dishes. Repeat transformation procedure, plating again and incubate overnight at 37^C.

11Jul

Pick a single E. coli DH5α (35s:5’ region in pUPD2) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37^C with shaking.
Check Georgia miniprep concentration with NanoDrop (35s:GFP:Tnos)

Sample DNA Concentration(ng / μL) DNA Concentration(ng)
1 105.2 5035.2
2 104.6 5035.2

Targets ligations in pUPD2 (Orange TFL and Rice Ga20ox). Following ligation protocol, BsmbI enzyme is used in this reaction.

12Jul

Pick a single E. coli DH5α (target Ga20ox in pUPD2 and target TFL in pUPD2) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it 16 hours at 37^C.
Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of 35s:5’region in pUPD2
Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at 37^C
Run electrophoresis gel of the following part: 35s:5’ region in pUPD2. We remain the samples 1 and 3.

  • Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • Ga20ox PCR in pUPD2
    • TFL PCR in pUPD2

Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at 37^C.

  • Run electrophoresis gel of the same part:
    • Ga20ox PCR in pUPD2
    • TFL PCR in pUPD2

Ligation using Golden Braid assembly of the device 35s:5’region:TFL PCR:Luc:Tnos and 35s:5’region:Ga20oxPCR:Luc:Tnos in α1 plasmid.

13Jul

E. coli Transformation with the device 35s:5’region:TFL PCR:Luc:Tnos and 35s:5’region:Ga20oxPCR:Luc:Tnos in α1 plasmid.
E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic). Incubate overnight at 37^C

14Jul

Pick a single E. coli DH5α (35s:5’ region) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it 16 hours at 37^C.
Primers IG16JUL09, IG16JUL10, IG16JUL11, IG16JUL12, IG16JUL13, IG16JUL14, IG16JUL15 and IG16JUL16 arrived.

  • Ligation using Golden Braid assembly of the next devices:
    • 35s:5’ region:TFL PCR control positive:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20oxPCR control positive:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:TFL PCR consensus:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox PCR consensus:Luc:Tnos
    • U6-26:sgRNA TFL: psgRNA (scaffold)
    • U6-26:sgRNA Ga20ox: psgRNA (scaffold)

  • Step 1: Annealing of oligonucleotides. Received primers are at 1uM. It is necessary taking to 10 uM.
    • Mix in an Eppendorf:
      • 8 μL of H2O milli-Q
      • 1 μL forward primer
      • 1 μL reverse primer
  • Step 2: Ligation reaction

Reagent Volume (μL)
TFL target control + / Ga20ox target control + / TFL target consensus / Ga20ox target consensus 1
35s:5’ region 1
Luciferase 1
Tnos 1
α1 plasmid 1
BSA10X 1.2
Ligase Buffer 1.2
BsaI 1
T4 ligase 1
H2O milli-Q 2.6


Reagent Volume (μL)
sgRNA TFL / sgRNA Ga20ox 1
U6 -26 1
psgRNA (scaffold) 1
α1 plasmid 1
BSA10X 1.2
Ligase Buffer 1.2
BsaI 1
T4 ligase 1
H2O milli-Q 3.6


E. coli Transformation with the devices previously explained.
E. coli plating in 6 plates (6 ligation reactions) with Kanamycin (antibiotic). Incubate overnight at 37^C.

  • Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • 35s:5’ region : TFL PCR : Luc : Tnos (3α1)
    • 35s:5’ region : Ga20ox PCR : Luc : Tnos (3α1)

Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at 37^C

15Jul

  • Ligation using Golden Braid assembly of the next devices:
    • 35s:Cas9:Tnos – 35s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos
    • 35s:Cas9:Tnos – 35s:5’ region:Ga20ox PCR:Luc:Tnos

E. coli Transformation with the devices previously explained.

  • Run an electrophoresis gel of the products from the digestion of minipreps. The devices are:
    • 35s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos (3α1)
    • 35s:5’ region :Ga20ox PCR:Luc:Tnos (3α1)

Sequencing 35s:5’region in pUPD2 → correct

16Jul

  • Transformations in E. coli DH5α with:
    • 35s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos (3α1)
    • 35s:5’ region:Ga20ox PCR:Luc:Tnos (3α1)

Plating the last devices in 2 plates with Agrobacterium C58. Incubate 2 days at 28^C.

  • Minipreps (2 samples for each device) with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • 35s:5’ region:TFL target control positive:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox target control positive:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:TFL target consensus:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox target consensus:Luc:Tnos
    • U6-26:sgRNA TFL:psgRNA (scaffold)
    • U6-26:sgRNA Ga20ox:psgRNA (scaffold)

  • Ligation using Golden Braid assembly of the next devices:
    • 35s:Cas9:Tnos – U6:TFL sgRNA:psgRNA (scaffold) (Ω1)
    • 35s:Cas9:Tnos – U6: Ga20ox sgRNA:psgRNA (scaffold) (Ω1)

Reagent Volume (μL)
Promotor 35s:Cas9 : Tnos 1
U6-26:TFL sgRNA:psgRNA / U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA 1
3Ω1 1
BSA10X 1.2
Ligase Buffer 1.2
BsmbI 1
T4 ligase 1
H2O milli-Q 4.6

Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done before. Incubate 1 hour at 37^C. There is a total of twelve minipreps. It has been followed the Miniprep {digestion protocol path:https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol].
Run electrophoresis gel of the digestion products.

Lanes Samples Verification
1 1 Kb molecular weight marker correct
2 gRNA Ga20ox 1 correct
3 gRNA Ga20ox 2 correct
4 Ga20ox consensus 1 correct
5 Ga20ox consensus 2 correct
6 Ga20ox knock-out 1 -
7 Ga20ox knock-out 2 correct
8 TFL consensus 1 -
9 TFL consensus 2 -
10 TFL knock-out 1 correct
11 TFL knock-out 2 correct
12 TFL gRNA 1 correct
13 TFL gRNA 2 correct
14 1 Kb molecular weight marker correct

  • Pick a single E. coli DH5α colony from the plates that have been incubated overnight. The devices are:
    • 35s:TFL Knock-out:Luc:Tnos (4 samples)
    • U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA (2 samples)

Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it 16 hours at 37^C.

17Jul

  • Transformation in DH5α E. coli with:
    • 35s:Cas9:Tnos – U6:TFL sgRNA:psgRNA (scaffold) (Ω1)
    • 35s:Cas9:Tnos – U6:Ga20ox sgRNA:psgRNA (scaffold) (Ω1)

Plating E. coli transformations in plates with LB + agar + IPTG + XGal and incubate it overnight at 37^C.

  • Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA
    • 35s:5’ region:TFL Knock-out:Luc:Tnos (3α1)

Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done before. Incubate 1 hour at 37^C. There is a total of six minipreps. It has been followed the Miniprep digestion protocol href.
Run an electrophoresis gel of the digestion products.

Lanes Samples Verification
1 1 Kb molecular weight marker
2 gRNA Ga20ox 1 correct
3 gRNA Ga20ox 2 correct
4 gRNA Ga20ox 3 correct
5 gRNA Ga20ox 4 correct
6 TFL knock-out 1 correct
7 TFL knock-out 2 correct
8 1 Kb molecular weight marker correct

However, despite the fact that electrophoresis gel have correctly run, we have decided to repeat the ligation reactions. We have not get the expected results for a gRNA.

  • Ligation using Golden Braid assembly of the next devices:
    • 35s:5’ region:TFL target control positive:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox target control positive:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:TFL target consensus:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox target consensus:Luc:Tnos
    • U6-26:sgRNA TFL:psgRNA (scaffold)
    • U6-26:sgRNA Ga20ox:psgRNA (scaffold)

Reagent Volume(μL) Reagent Volume(μL)
TFL/Ga20ox gRNA 1 35s:5’region 1
U6-26 1 TFL/Ga20ox consensus TFL/Ga20ox knock-out 1
psgRNA 1 luciferase 1
3α1 1 Tnos 1
BSA10X 1.2 3α1 1
Ligase Buffer 1.2 BSA10X 1.2
BsaI 1 Ligase Buffer 1.2
T4 ligase 1 BsmbI 1
H2O milli-Q 3.6 T4 ligase 1
H2O milli-Q 2.6


18Jul

Transformation in DH5α E. coli with ligation products (consensus targets and knock-out targets of TFL and Ga20ox as well as their gRNAs)
Plating E. coli transformations in plates with LB + agar + IPTG + XGal and incubate it overnight at 37^C.

  • Pick a single Agrobacterium C58 colony from the plates that have been incubating since 16/06/2016. The devices are:
    • 35s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos (3α1)
    • 35s:5’ region:Ga20ox PCR:Luc:Tnos (3α1)

Incubate it 48 hours at 28^C.

19Jul

  • Pick transformed E. coli colony from the incubated plates. The devices are:
    • 35s:5’ region:TFL target control positive:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox target control positive:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:TFL target consensus:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox target consensus:Luc:Tnos
    • U6-26: sgRNA TFL:psgRNA (scaffold)
    • U6-26: sgRNA Ga20ox:psgRNA (scaffold)

Incubate it overnight at 37^C.

20Jul

  • Miniprep with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • 35s:5’ region:TFL target knock-out:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox target control knock-out:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:TFL target consensus:Luc:Tnos
    • 35s:5’ region:Ga20ox target consensus:Luc:Tnos
    • U6-26:sgRNA TFL:psgRNA (scaffold)
    • U6-26:sgRNA Ga20ox:psgRNA (scaffold)

Digestion of the minipreps with EcoRI which have been done before. Incubate 1 hour at 37^C. There is a total of six minipreps. It has been followed the Miniprep {digestion protocol path:https://2016.igem.org/Team:Valencia_UPV/Notebook/Protocol].
Run an electrophoresis gel of the digestion products. We will keep the minipreps with “1”.

Lanes Samples Verification
1 1 Kb molecular weight marker correct
2 gRNA TFL 1 correct
3 gRNA TFL 2 correct
4 TFL consensus 1 correct
5 TFL consensus 2 correct
6 TFL knock-out 1 correct
7 TFL knock-out 2 correct
8 1 Kb molecular weight marker correct
9 gRNA Ga20ox 1 correct
10 gRNA Ga20ox 2 correct
11 Ga20ox consensus 1 correct
12 Ga20ox consensus 2 -
13 Ga20ox knock-out 1 correct
14 Ga20ox knock-out 2 correct
15 1 Kb molecular weight marker correct

  • Ligation using Golden Braid assembly of the next devices. Is used the restriction enzyme BsmbI.
    • 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA
    • 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA

21Jul

  • Transformations in E. coli DH5α with:
    • 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA
    • 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA

Incubate 2 hours at 37^C.
Plating E. coli transformation explained before and incubate it at 37^C overnight.
#Agrobacterium C58 transformation with:

  • #35s:5’ region:TFL target knock-out:Luc:Tnos
  • 35s:5’ region:Ga20ox target control knock-out:Luc:Tnos
  • 35s:5’ region:TFL target consensus:Luc:Tnos
  • 35s:5’ region:Ga20ox target consensus:Luc:Tnos

Incubate 48 hours at 28^C.

22Jul

Sequencing reaction:

Reagent Volume (μL)
Primer in order to sequence 3
Miniprep reaction 5
H2O milli-Q 6


Sequence Order
TFL gRNA 210.13.201
Ga20oxgRNA 210.13.202

Ordered the necessary primers to sequence: TFL consensus, TFL knockout, Ga20ox consensus and Ga20ox knockout.
E. coli transformations with 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA: psgRNA
Plating the last device in plates with Agrobacterium C58. Plates contain spec + IPTG + X-Gal. Incubate 2 days at 28^C.
Pick a single E. coli DH5α (35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA) colony from the plates that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of spectinomycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37^C with shaking.

23Jul

  • #Minipreps (4 samples for each device) with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • #35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA
    • 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA

Digestion of minipreps with BamHI following digestion protocol href. Incubate 1 hour at 37^C.
Run an electrophoresis gel of the digestion products. We will keep the minipreps with the sample number 4 for TFL sgRNA and the sample number 2 for Ga20ox sgRNA.
Pick a single Agrobacterium C58 (35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA and 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA ) colony from the plates that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 5 ml of LB medium with 5 μL of spectinomycin and kanamycin in a falcon tube with the colony and incubate it overnight at 28^C with shaking.
#Agrobacterium C58 transformations with:

  • #35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA
  • 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA

24Jul

  • #Store the next cultures at -80^C:
    • #35s:5’ region in pUPD2 (DH5α) number 1
      • #SAGTI: luciferase in pUPD2 (DH5α) number 2
25Jul

  • Pick a single Agrobacterium C58 (35s:Cas 9:Tnos – U6-26:TFL sgRNA:psgRNA in 3Ω1 and 35s:Cas 9:Tnos – U6-26:Ga20ox sgRNA:psgRNA in 3Ω1 ) colony from the plates that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 5 ml of LB medium with 5 μL of spectinomycin and kanamycin in a falcon tube with the colony and incubate it overnight at 28^C with shaking.
  • Incubate it 48 hours at 28^C
    • inipreps of Agrobacterium with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
      • 5s:5’ region:TFL target control positive:Luc:Tnos
      • 35s:5’ region:Ga20ox target control positive:Luc:Tnos
      • 35s:5’ region:TFL target consensus:Luc:Tnos
      • 35s:5’ region:Ga20ox target consensus:Luc:Tnos
  • Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI. Incubate 1 hour at 37^C.
  • Run an electrophoresis gel of the digestion products.
    • Lanes
    Samples Verification
    • 1
    1 Kb molecular weight marker correct
    • 2
    Target Ga20ox consensus correct
    • 3
    Target Ga20ox Knock-out correct
    • 4
    Target TFL consensus correct
    • 5
    Target TFL knock-out correct
    • 6
    1 Kb molecular weight marker correct

26Jul

  • inipreps with E.Z.N.A ®. Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • 5s:5’ region:TFL PCR:Luc:Tnos in 3α1 plasmid from C58 Agrobacterium
    • 35s:5’ region:Ga20ox PCR:Luc:Tnos in 3α1 plasmid from C58 Agrobacterium
  • Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI. Incubate 1 hour at 37^C.
  • Run an electrophoresis gel of the digestion products:
    • Lanes
    Samples Verification
    • 1
    1 Kb molecular weight marker correct
    • 2
    35s:5’ region:PCR Ga20ox :Luc:Tnos correct
    • 3
    35s:5’ region:PCR TFL Clemunules:Luc:Tnos correct
    • 6
    1 Kb molecular weight marker correct

26Jul

  • equencing products have arrived:
    • 6-26:Ga20ox gRNA:psgRNA in α1 - correct
    • U6-26:TFL gRNA:psgRNA in α1 - correct

  • inipreps with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:
    • 5s:5’ region: Ga20ox PCR : Luc : Tnos in α1
    • 35s:5’ region: TFL PCR : Luc : Tnos in α1
  • Digestion of minipreps with the restriction enzyme EcoRI. Incubate 1 hour at 37^.
  • Run electrophoresis gel of the digestion products.
  • 27Jul

    28Jul

    29Jul

    01Aug

    02Aug

    03Aug

    04Aug

    05Aug

    08Aug

    09Aug

    10Aug

    • devices
    Volume (μL)
    • gTS TFL/ Ga20ox- Renilla
    1
    • Cas9 - gRNA
    1
    • 3 α 1 plasmid
    1.2
    • Bsa 10x
    1.2
    • Buffer ligase
    1
    • Bsa I
    1
    • T4 ligase
    1
    • H20 milliQ
    4.6
    • Run electrophoresis gel of: 35s: 5’ region: TFL/Ga20oxPCR: Luc: Tnos – 35s: Renilla: Tnos. We keep the Miniprep number 1.
    • Refresh the cultures of TFL PCR (pUPD2) and Ga20oxPCR (pUPD2) because we suspect that these cultures are the correct ones but we are not sure so we want to check them. The cultures that we use to refresh were made on 12/07/2016. It is important to remember that we need them to assemble the gTS with the new linkers.
    • Miniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of TFL / Ga20oxPCR in pUPD2
    • Digestion of minipreps with NotI. Incubate 1 hour at 37^
    • Run electrophoresis gel of Miniprep products. We have made a small gel so we have mix 0.45 g of Agarose with 45 mL of TAE 1X. Voltage used is 100V. Both samples are correct.
    • Pick a single E. coli DH5α (promoter35s: 5’ region: TFL/Ga20oxcons: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos - 35s: Cas9: Tnos - U6: TFL/Ga20oxgRNA: psgRNA) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of chloramphenicol in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37^ with shaking.
    • We throw out from Golden Braid collection the glycerinate number 1107 (Cas9 - XT1gRNA) and 0549 (35s: TEV: Tnos)
    • Ligation reaction of 35s: 5’ region: TFL/ Ga20: Tnos - 35s: Renilla: Tnos + 35s: Cas9: Tnos - U6: TFL/Ga20oxgRNA: psgRNA
    • 5
    35s:5’:Ga20cons:Luc:Tnos 3α1 KAN
    • 6
    35s:5’:Ga20KO:Luc:Tnos 3α1 KAN
    • 7
    35s:5’:TFLcons:Luc:Tnos 3α1 KAN
    • 8
    35s:5’:TFLKO:Luc:Tnos 3α1 KAN
    • 9
    35s:5’:Ga20cons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos 3Ω2 SPEC
    • 10
    35s:5’:Ga20KO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos 3Ω2 SPEC
    • 11
    35s:5’:Ga20PCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos 3Ω2 SPEC
    • 12
    35s:5’:TFLcons:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos 3Ω2 SPEC
    • 13
    35s:5’:TFLKO:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos 3Ω2 SPEC
    • 14
    35s:5’:TFLPCR:Luc:Tnos-35s:Ren:Tnos 3Ω2 SPEC
    • 15
    U6:Ga20sgRNA:psgRNA 3α1 KAN
    • 16
    U6:TFLsgRNA:psgRNA 3α1 KAN
    • 17
    35s:Cas9:Tnos-U6:Ga20gRNA:psgRNA 3Ω1 SPEC
    • 18
    35s:Cas9:Tnos-U6:TFLgRNA:psgRNA 3Ω1 SPEC
    • 19
    Ga20PCR pUPD2 CAM
    • 20
    TFLPCR pUPD2 CAM
    • Transform the products of ligation in DH5 α. Incubate it at 37^ during 2 hours.
    • We store at -80^:
    • Promoter35s
    pNos
    • TFLKO
    Ga20KO
    • TFLPCRXT1
    Ga20PCRXT1
    • TFLPCROK
    Ga20PCROK
    • TFLconsOK
    Ga20consOK
    • U6:Ga20oxgRNA: psgRNA - 35s: Cas9: Tnos - Miniprep number 2 was empty. We have resuspended it with 40 μL of H20 milliQ and we have checked the DNA concentration with the Nanodrop. The results show us that the DNA concentration in the Eppendorf was 140 ng/ μL so we have used it.
    • Miniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of 35s: 5’ region: TFL/Ga20oxPCR: Luc: Tnos – 35s: Renilla: Tnos
    • Transform in C58 Agrobacterium 35s: Renilla : Tnos (3 α2)
    • Plating promoter35s: Renilla: Tnos (3α2)
    • Luciferase assay
    • devices
    Volume (μL)
    • 35s : 5’ region: Ga20/TFL KO: Luc: Tnos - 35s: Renilla: Tnos - 35s: hCas9: Tnos: U6: Ga20/TFL gRNA: psgRNA
    1
    • 35s : 5’ region: Ga20/TFL cons: Luc: Tnos - 35s: Renilla: Tnos - 35s: hCas9: Tnos: U6: Ga20/TFL gRNA: psgRNA
    1
    • 3 α 1 plasmid
    1.2
    • Bsa 10X
    1.2
    • Buffer ligase
    1
    • Bsa I
    1
    • T4 ligase
    1
    • H20 milliQ
    4.6

    • nfiltration cultures:

    • 5s: Luc: Tnos
    Laboratory controls
    Pnos: Luc: Tnos Laboratory controls
    gTS TFL KO + Cas9 - XT1:XT2 Positive controls
    gTSGa20oxKO + Cas9 - XT1:XT2 Positive controls
    gTS TFL PCR + Cas9 - XT1:XT2 Negative controls
    gTS Ga20oxPCR + Cas9 - XT1:XT2 Negative controls
    gTS TFL PCR + Cas9 - TFLgRNA Samples
    gTS TFL cons + Cas9 - TFLgRNA Samples
    gTS Ga20oxPCR + Cas9 - Ga20gRNA Samples
    gTS Ga20oxcons + Cas9 - Ga20gRNA Samples
    • Transplant agroinfiltrated plants (Nicotiana benthamiana)
    • Pick up 6 disks per each plant in order to carry out the luciferase assay on 09/08
    • Ligate reaction of:
    • device
    Volume of culture (mL) Volume of Agroinfiltration solution (mL)
    • Cas9 - TFL gRNA
    0.7 9.3
    • Cas 9 - Ga20oxgRNA
    0.7 9.3
    • Cas 9 - XT1: XT2
    0.59 9.41
    • TFL KO
    0.67 9.33
    • TFL PCR
    0.73 9.27
    • Ga20oxconsensus
    0.71 9.28
    • Pnos
    0.68 9.32
    • 35s : Luc
    0.78 9.22
    • Ga20oxPCR
    0.74 9.26
    • TFL consensus
    0.71 9.29
    • Ga20ox- KO
    0.73 9.27
    • Miniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of TMV CDS
    • Transform DH5 α E. coli with the device 35s : 5’ region: PCR PCR: Luc: Tnos - 35s: Renilla: Tnos. After incubating 2 hours, it must be plated.
    • Refresh C58 Agrobacterium tumefaciens cultures with the aim of infiltrating in N.benthamiana on 05/08.
    • Pick a single E. coli DH5α (35S : 5’ region: KO/cons target: Luc:Tnos - promoter35s: renilla: Tnos) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of spectinomycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37^ with shaking.Sequencing TMV empty vector with the primer D09OCT01 (10 uM). 5μL of Miniprep and 9μL of primer (dilution 1:3). Sequencing code of 210.13.300 and 210.13.301.
    • Pick a single E. coli DH5α (promoter35s: 5’ region: TFL/Ga20oxPCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos ) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37^ with shaking.

    • iniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:

    • 5s: 5’ region: TFL PCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos
    35s: 5’ region: Ga20oxPCR: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos
    35s: 5’ region: Ga20oxconsensus: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos
    35s: 5’ region: Ga20oxKO: Luc: Tnos - promoter35s: Renilla: Tnos
    • Digestion of minipreps with EcoRV. Incubate 1 hour at 37^
    • Run electrophoresis gel of the digestion products: TFLK01, TFLK02, TFLcons01, TFLcons02, GAK01, GAK02, GAcons01, GAcons02.
    • Prepare the Agroinfiltration with the correct protocol.
    • Centrifuge the cultures at 3000 rpm during 15 minutes. We discard the supernatant and it is necessary to resuspend in 5mL of Agroinfiltration solution. Let shaking it a RT during 2 hours. OD’s measurement
    • Reagent
    Volume(μL)
    • 35s:5’region: TFL/Ga20oxPCR: Luc: Tnos
    1
    • Promoter35s: Renilla: Tnos
    1
    • pUPD2
    1
    • BSA10X
    1.2
    • Ligase Buffer
    1.2
    • BsmbI
    1
    • T4 ligase
    1
    • H2O milli-Q
    4.6
    • Ligate reactions of TFL PCR and Ga20ox PCR with Renilla
    • 1
    35S:5’ pUPD2 CAM
    • 2
    SAGTI:Luc pUPD2 CAM
    • 3
    35s:5’:TFLPCR:Luc:Tnos 3α1 KAN
    • 4
    35s:5’:Ga20PCR:Luc:Tnos 3α1 KAN

    • H5α E. coli transformation with the devices:

    • 5S : 5’ region : TFL KO : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in Ω2
    35S : 5’ region : TFL consensus : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in Ω2
    35S : 5’ region : Ga20ox KO : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in Ω2
    35S : 5’ region : Ga20ox consensus : Luc : Tnos - promoter35s: Renilla:Tnos in Ω2
    • E. coli plating in plates with Kanamycin (antibiotic). Incubate 16 hours at 37^

    • inipreps with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:

    • 5s:5’region:TFL PCR:Luc:Tnos in α1
    35s:5’region:Ga20oxPCR: Luc: Tnos in α1
    • Pick a single E. coli DH5α (TMV CDS) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37^ with shaking.
    • Digestion of minipreps with EcoRI. Incubate 1 hour at 37^
    • Run electrophoresis gel of the devices. We remain the samples 1.
    • Store at -80^ the devices of gTS PCR
    • Reagent
    Volume(μL)
    • TFL KO/Ga20KO/TFL cons / Ga20oxcons
    1
    • Promoter35s: Renilla: Tnos
    1
    • pUPD2
    1
    • BSA10X
    1.2
    • Ligase Buffer
    1.2
    • BsmbI
    1
    • T4 ligase
    1
    • H2O milli-Q
    4.6

    • iniprep with E.Z.N.A ®.® Plasmid Mini Kit I, Q(capless) Spin of:

    • 5s: TFL PCR : Luc : Tnos
    35s : Ga20ox PCR : Luc : Tnos
    • Digestion of minipreps with EcoRI following digestion protocol. Incubate 1 hour at 37^.
    • Run electrophoresis gel of the digestion products. We will discard this culture because the gel result doesn’t correspond with what we expect.
    • Agroinfiltration procedure with 9 plants of N.benthamiana following the Agroinfiltration protocol.
    • Pick up the samples of infiltrated plants. We keep 3 disks per plant in a Eppendorf tube and we take 2 samples of each plant.
    • Luciferase assay is made following the correct protocol. After analyzing all the data obtained, it seems that the system works but we must optimized it to increase the signal range. In this way, we will be able to distinguish signal from noise.

    • onclusions luciferase assay:

    • liminate 5’ region of the device
    Change linker sequence
    Add renilla in luciferase assay
    Change reporter to +1
    Use pLess as control
    Use a Wild Type as control
    Insert devices in cis
    Design a consensus target as longer as the amplified.
    • Culture refresh of C58 Agrobacterium to infiltrate on Friday.
    • Pick a single E. coli DH5α (35s:5’region:TFL PCR:Luc:Tnos in α1 and 35s:5’region:Ga20oxPCR: Luc: Tnos in α1) colony from the plate that has been incubated overnight. Inoculate a starter culture of 4 ml of LB medium with 4 μL of kanamycin in a 50 ml tube with the colony and incubate it overnight at 37^ with shaking.
    • Targets ligations with Renilla reporters.
    • Device
    Order Sequencing
    • TFL PCR
    210.13.250 SNP in the position 652 of the target. Position 1 of the gRNA. GA
    • Ga20ox PCR
    210.13.253 Same sequence
    • TFL consensus
    210.13.251 Same sequence
    • TFL KO
    210.13.252 Same sequence
    • Ga20ox Consensus
    210.13.254 Same sequence
    • Ga20ox KO
    210.13.255 Same sequence
    • Received the necessary primers to sequence: TFL consensus, TFL knockout, Ga20ox consensus and Ga20ox knockout.

    • repare Agrobacterium cultures: Inoculate a starter culture of 5 ml of LB medium with 5 μL of Kanamycin and 5 μL of rifampin in a 50 ml tube with the colony and incubate it 48 hours at 28^ with shaking. The devices are:

    • 5S : 5’Region : TFL consensus : Luc : Tnos
    35S : 5’Region : TFL knockout : Luc : Tnos
    35S : 5’Region :TFL PCR: Luc : Tnos
    35S : 5’Region : Ga20ox consensus : Luc : Tnos
    35S : 5’Region : Ga20ox knockout : Luc : Tnos
    35S : 5’Region :Ga20ox PCR: Luc : Tnos
    • Sequencing the last devices to check if these are correct.
    • Refresh Agrobacterium tumefaciens cultures with the aim of infiltrating in N.benthamiana on 29/07
    • Refresh cultures of the devices 35s: 5’ region: TFL PCR : Luc : Tnos and 35s : 5’ region: Ga20ox PCR : Luc : Tnos in order to prepare the more Miniprep reaction.
    • Sequencing results have arrived.
    • Lanes
    Samples Verification
    • 1
    1 Kb molecular weight marker
    • 2
    TFL PCR
    • 3
    Ga20ox PCR

Sponsors