Difference between revisions of "Team:Edinburgh UG/Software"

Line 87: Line 87:
 
</style>
 
</style>
  
−
    <div id="custom-bootstrap-menu" class="navbar navbar-default navbar-fixed-top" role="navigation">
+
<div id="custom-bootstrap-menu" class="navbar navbar-default navbar-fixed-top" role="navigation">
−
        <div class= "container-fluid">
+
    <div class= "container-fluid">
−
          <!-- Navigation -->
+
      <!-- Navigation -->
−
          <nav class="navbar navbar-inverse navbar-fixed-top" role="navigation">
+
      <nav class="navbar navbar-inverse navbar-fixed-top" role="navigation">
−
              <div class="container">
+
          <div class="container">
−
                  <!-- Brand and toggle get grouped for better mobile display -->
+
              <!-- Brand and toggle get grouped for better mobile display -->
−
                  <div class="navbar-header">
+
              <div class="navbar-header">
−
                      <button type="button" class="navbar-toggle" data-toggle="collapse" data-target="#bs-example-navbar-collapse-1">
+
                  <button type="button" class="navbar-toggle" data-toggle="collapse" data-target="#bs-example-navbar-collapse-1">
−
                          <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
+
                      <span class="sr-only">Toggle navigation</span>
−
                          <span class="icon-bar"></span>
+
                      <span class="icon-bar"></span>
−
                          <span class="icon-bar"></span>
+
                      <span class="icon-bar"></span>
−
                          <span class="icon-bar"></span>
+
                      <span class="icon-bar"></span>
−
                      </button>
+
                  </button>
−
                      <a class="navbar-brand" href="#">
+
                  <a class="navbar-brand" href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG">
−
                          <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/92/Edinburgh_logo2_MINI.png" alt="">
+
                      <img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/92/Edinburgh_logo2_MINI.png" alt="">
−
                      </a>
+
                  </a>
−
                  </div>
+
−
                  <!-- Collect the nav links, forms, and other content for toggling -->
+
−
                  <div class="collapse navbar-collapse" id="bs-example-navbar-collapse-1">
+
−
                      <ul class="nav navbar-nav">
+
−
                          <li>
+
−
                              <a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG">Home</a>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li class="dropdown">
+
−
                            <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Team<span class="caret"></span></a>
+
−
                            <ul class="dropdown-menu" role="menu">
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Team">Team</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Attribution">Attribution</a></li>
+
−
                            </ul>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li class="dropdown">
+
−
                            <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Human Practices<span class="caret"></span></a>
+
−
                            <ul class="dropdown-menu" role="menu">
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Silver">Silver</a> </li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Gold">Gold</a> </li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Integrated_Practices">Integrated Practices</a> </li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Engagement">Engagement</a> </li>
+
−
                            </ul>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li class="dropdown">
+
−
                            <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Project<span class="caret"></span></a>
+
−
                            <ul class="dropdown-menu" role="menu">
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Description">Description</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Design">Design</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Proof">Proof of Concept</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Demonstrate">Demonstrate</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Notebook">Notebook</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Babbled2.0">Babbled2.0</a></li>
+
−
                            </ul>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li class="dropdown">
+
−
                            <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Informatics<span class="caret"></span></a>
+
−
                            <ul class="dropdown-menu" role="menu">
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Lexicon_Encoding">Lexicon Encoding</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Error_Correction">Error Correction</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Encryption">Encryption</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Files">Files</a></li>
+
−
                            </ul>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li class="dropdown">
+
−
                            <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Parts<span class="caret"></span></a>
+
−
                            <ul class="dropdown-menu" role="menu">
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Basic_Part">Basic Parts</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Composite_Part">Composite Parts</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Part_Collection">Part Collection</a> </li>
+
−
                            </ul>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li>
+
−
                              <a href="#">Collaboration</a>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li class="dropdown">
+
−
                            <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Awards<span class="caret"></span></a>
+
−
                            <ul class="dropdown-menu" role="menu">
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Entrepreneurship">Entrepreneurship</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Software">Software</a> </li>
+
−
                            </ul>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li class="dropdown">
+
−
                            <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Safety<span class="caret"></span></a>
+
−
                            <ul class="dropdown-menu" role="menu">
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Safety">Lab Safety</a></li>
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Biological Safety">Biological Safety</a></li>
+
−
                            </ul>
+
−
                          </li>
+
−
                          <li class="dropdown">
+
−
                            <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Interlab<span class="caret"></span></a>
+
−
                            <ul class="dropdown-menu" role="menu">
+
−
                              <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Plate_Reader">Plate Reader</a></li>
+
−
                            </ul>
+
−
                          </li>
+
−
                      </ul>
+
−
                  </div>
+
−
                  <!-- /.navbar-collapse -->
+
 
               </div>
 
               </div>
−
               <!-- /.container -->
+
 
−
          </nav>
+
               <!-- Collect the nav links, forms, and other content for toggling -->
−
        </div>
+
              <div class="collapse navbar-collapse" id="bs-example-navbar-collapse-1">
 +
                  <ul class="nav navbar-nav">
 +
                      <li>
 +
                          <a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG">Home</a>
 +
                      </li>
 +
                      <li class="dropdown">
 +
                        <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Team<span class="caret"></span></a>
 +
                        <ul class="dropdown-menu" role="menu">
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Team">Team</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Attribution">Attribution</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                      </li>
 +
                      <li class="dropdown">
 +
                        <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Human Practices<span class="caret"></span></a>
 +
                        <ul class="dropdown-menu" role="menu">
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Overview">Overview</a> </li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/HP/Silver">Silver</a> </li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/HP/Gold">Gold</a> </li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Integrated_Practices">Integrated Practices</a> </li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Engagement">Engagement</a> </li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Ethics">Ethics</a> </li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Mary_Queen_of _Scots">Mary Queen of Scots</a> </li>
 +
                        </ul>
 +
                      </li>
 +
                      <li class="dropdown">
 +
                        <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Project<span class="caret"></span></a>
 +
                        <ul class="dropdown-menu" role="menu">
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Description">Description</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Design">Design</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Proof">Proof of Concept</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Demonstrate">Demonstrate</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Notebook">Notebook</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                      </li>
 +
                      <li class="dropdown">
 +
                        <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Informatics<span class="caret"></span></a>
 +
                        <ul class="dropdown-menu" role="menu">
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Lexicon_Encoding">Lexicon Encoding</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Error_Correction">Error Correction</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Encryption">Encryption</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Files">Files</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                      </li>
 +
                      <li class="dropdown">
 +
                        <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Parts<span class="caret"></span></a>
 +
                        <ul class="dropdown-menu" role="menu">
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Basic_Part">Basic Parts</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Composite_Part">Composite Parts</a></li>
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Part_Collection">Part Collection</a> </li>
 +
                        </ul>
 +
                      </li>
 +
                      <li>
 +
                          <a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Collaboration">Collaboration</a>
 +
                      </li>
 +
                      <li class="dropdown">
 +
                        <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Awards<span class="caret"></span></a>
 +
                        <ul class="dropdown-menu" role="menu">
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Software">Software</a> </li>
 +
                        </ul>
 +
                      </li>
 +
                      <li class="dropdown">
 +
                        <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Safety<span class="caret"></span></a>
 +
                        <ul class="dropdown-menu" role="menu">
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Safety/Biological Safety">Biological Safety</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                      </li>
 +
                      <li class="dropdown">
 +
                        <a href="#" class="dropdown-toggle" data-toggle="dropdown" role="button" aria-expanded="false">Interlab<span class="caret"></span></a>
 +
                        <ul class="dropdown-menu" role="menu">
 +
                          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:Edinburgh_UG/Plate_Reader">Plate Reader</a></li>
 +
                        </ul>
 +
                      </li>
 +
                  </ul>
 +
              </div>
 +
              <!-- /.navbar-collapse -->
 +
          </div>
 +
          <!-- /.container -->
 +
      </nav>
 
     </div>
 
     </div>
 +
</div>
 +
  
  
Line 198: Line 200:
 
</div>
 
</div>
  
 +
<br>
 +
<br>
 
   <div class="container-fluid">
 
   <div class="container-fluid">
 
     <div class="row full-size">
 
     <div class="row full-size">
Line 222: Line 226:
 
   </div>
 
   </div>
  
−
  <div class="row">
+
<br>
−
          <div class="box">
+
<br>
−
              <div class="col-lg-12">
+
<div class="row">
−
                  <hr>
+
        <div class="box">
−
                  <h2 class="intro-text text-center">Contact
+
            <div class="col-lg-12">
−
                      <strong>Us</strong>
+
                <hr>
−
                  </h2>
+
                <h2 class="intro-text text-center">Follow
−
                  <hr>
+
                    <strong>Us</strong>
−
                  <div class="intro-text text-center">
+
                </h2>
−
                      <p><a href="mailto:edinburgh.igem2016@gmail.com">edinburgh.igem2016@gmail.com</a>
+
                <hr>
−
                      </p>
+
                <div class="intro-text text-center">
−
                      <ul class="list-inline banner-social-buttons">
+
                    <ul class="list-inline banner-social-buttons">
−
                          <li>
+
                        <li>
−
                              <a href="https://twitter.com/EdiGEM2016"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/0/04/Twitterlogo_ed2016.png"></img></a>
+
                            <a href="https://twitter.com/EdiGEM2016"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/9/94/Edinburgh2_t2.jpg"></img></a>
−
                          </li>
+
                        </li>
−
                          <li>
+
                        <li>
−
                              <a href="https://www.facebook.com/EdiGEM2016"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/c2/Facebook_ed2016.png"></img></a>
+
                            <a href="https://www.facebook.com/EdiGEM2016"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/c/ce/Edinburgh2_f2.png"></img></a>
−
                          </li>
+
                        </li>
−
                          <li>
+
                        <li>
−
                              <a href="https://www.instagram.com/edigem2016/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/5/5d/Instagram_ed2016.png"></img></a>
+
                            <a href="https://www.instagram.com/edigem2016/"><img src="https://static.igem.org/mediawiki/2016/6/64/Edinburgh2_insta2.png"></img></a>
−
                          </li>
+
                        </li>
−
                      </ul>
+
                    </ul>
−
                  </div>
+
                </div>
−
              </div>
+
            </div>
−
          </div>
+
        </div>
−
      </div>
+
    </div>
 +
<br>
 +
<br>
  
 
</body>
 
</body>
 
</html>
 
</html>

Revision as of 14:31, 19 October 2016



To create BabblED, we needed to rapidly design and process the information in a lexicon of over 2000 BabbleBricks. This would have been a practically impossible task without a novel computational approach. In order to make BabblED accessible our software needed to be open source (our code can be found on githubor on our dedicated wiki page), have an easy to use and elegant user interface and run under reasonable time constraints (it's possible to encode entire lexicons practically instantly). In addition, to the easy and fast encoding and decoding of our BabbleBricks we needed to automate our unique DNA error correction system; adapting a number of computer science techniques to new and creative applications in DNA storage. Finally, with data security an ever growing concern we implemented a highly secure DNA encryption system to safeguard against unauthorised access.

To read more about how the BabblED software works behind the scenes check out our pages on lexicon encoding, error correction and encryption



Follow Us