Difference between revisions of "Team:UrbanTundra Edmonton/Notebook"

 
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+
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−
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 +
 
 
<html>
 
<html>
  
−
<head>
+
<div id="ute-services-section">
−
<style>
+
<div class="container">
 +
                    <div class="row">
  
−
.timeline {
 
−
    list-style: none;
 
−
    padding: 20px 0 20px;
 
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    position: relative;
 
−
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−
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        left: 50%;
 
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    }
 
  
−
    .timeline > li {
+
<!--NAV LINKS-->
−
        margin-bottom: 20px;
+
−
        position: relative;
+
−
    }
+
  
−
        .timeline > li:before,
+
  <div class="col-md-3 side-nav">
−
        .timeline > li:after {
+
    <div class="side-nav-container">
−
            content: " ";
+
      <ul style="list-style-type: none;">
−
            display: table;
+
         <li class="side-nav-toplink">TEAM</li>
−
         }
+
         <ul class="sublist">
−
 
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Our_Story">Our Story</a></li>
−
        .timeline > li:after {
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Team">Team</a></li>
−
            clear: both;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Collaborations">Collaborations</a></li>
−
         }
+
         </ul>
−
 
+
         <li class="side-nav-toplink">PROJECT</li>
−
        .timeline > li:before,
+
        <ul class="sublist">
−
        .timeline > li:after {
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Description">Background</a></li>
−
            content: " ";
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Overview">Overview</a></li>
−
            display: table;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Design">Gene Design</a></li>
−
        }
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Experiments">Experimental</a></li>
−
 
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Proof">Bio Reaction</a></li>
−
        .timeline > li:after {
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Demonstrate">O<sub>2</sub></a></li>
−
            clear: both;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Notebook">Notebook</a></li>
−
         }
+
        </ul>
−
 
+
        <li class="side-nav-toplink">PARTS</li>
−
         .timeline > li > .timeline-panel {
+
        <ul class="sublist">
−
            width: 46%;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Parts">BioBrick</a></li>
−
            float: left;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Composite_Part">CLD-</a></li>
−
            border: 1px solid #d4d4d4;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Part_Collection">Collection</a></li>
−
            border-radius: 2px;
+
        </ul>
−
            padding: 20px;
+
        <li  class="side-nav-toplink">SAFETY</li>
−
            position: relative;
+
         <ul class="sublist">
−
            -webkit-box-shadow: 0 1px 6px rgba(0, 0, 0, 0.175);
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Lab_Safety">Lab Safety</a></li>
−
            box-shadow: 0 1px 6px rgba(0, 0, 0, 0.175);
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Protocals">Protocols</a></li>
−
        }
+
         </ul>
−
 
+
         <li class="side-nav-toplink">ATTRIBUTIONS</li>
−
            .timeline > li > .timeline-panel:before {
+
         <ul class="sublist">
−
                position: absolute;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Attributions">Support</a></li>
−
                top: 26px;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/FullCitations">Citations</a></li>
−
                right: -15px;
+
         </ul>
−
                display: inline-block;
+
         <li class="side-nav-toplink">HUMAN PRACTICES</li>
−
                border-top: 15px solid transparent;
+
         <ul class="sublist">
−
                border-left: 15px solid #ccc;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Integrated_Practices">Integrated Practices</a></li>
−
                border-right: 0 solid #ccc;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/BroaderApplications">Broader Applications</a></li>
−
                border-bottom: 15px solid transparent;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Engagement">Outreach</a></li>
−
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+
         </ul>
−
            }
+
        <li class="side-nav-toplink">ACHIEVEMENTS</li>
−
 
+
        <ul class="sublist">
−
            .timeline > li > .timeline-panel:after {
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          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/HP/Silver">Silver</a></li>
−
                position: absolute;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/HP/Gold">Gold</a></li>
−
                top: 27px;
+
          <li><a href="https://2016.igem.org/Team:UrbanTundra_Edmonton/Awards">Awards</a></li>
−
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        </ul>
−
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+
      </ul>
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                border-top: 14px solid transparent;
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                border-right: 0 solid #fff;
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                border-bottom: 14px solid transparent;
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+
−
            }
+
−
 
+
−
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−
            color: #fff;
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−
            width: 50px;
+
−
            height: 50px;
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−
            line-height: 50px;
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−
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        }
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−
 
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    color: inherit;
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−
}
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−
 
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−
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}
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−
 
+
−
    .timeline-body > p + p {
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−
    }
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−
 
+
−
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−
    ul.timeline:before {
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    }
+
−
 
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−
    }
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−
 
+
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−
    }
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−
 
+
−
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    }
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−
 
+
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+
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+
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            left: -15px;
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        }
+
−
 
+
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+
−
            border-left-width: 0;
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            right: auto;
+
−
         }
+
−
}
+
−
</style>
+
−
 
+
−
</head>
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
<div class="column full_size">
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−
 
+
−
 
+
−
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−
        <h1 id="timeline">Timeline</h1>
+
 
     </div>
 
     </div>
−
    <ul class="timeline">
+
  </div>
−
        <li>
+
−
          <div class="timeline-badge"><i class="glyphicon glyphicon-check"></i></div>
+
−
          <div class="timeline-panel">
+
−
            <div class="timeline-heading">
+
−
              <h4 class="timeline-title">July 20<sup>th</sup> 2016</h4>
+
−
            </div>
+
−
            <div class="timeline-body">
+
−
              <p>
+
−
                <ol>
+
−
                  <li>4 microlitres of milliq water with 1 microlitre of plasmid</li>
+
−
                  <li>5 microlitres of no chlorite dismutase</li>
+
−
                  <li>1 microlitre of cutsmart buffer (specifically 1.1111 microlitre)</li>
+
−
                    <ul>a. 10 x cutsmart buffer into tubes makes 1x [ ]</ul>
+
−
                  <li>When adding BsaI, only touch the surface of the BsaI to the pipette tip. The reason: has glycerol which is sticky. Take 0.5 microlitre of BsaI.</li>
+
−
                  <li>Mix sample very gently then put into a 37 degrees celsius incubator for 1 hour. </li>
+
−
                  <li>Heat kill at 65 degrees celsius for 20 minutes. This kills the BsaI to prevent star activity. </li>
+
−
                  <li>Pulse down tubes then add 8 microlitre of milliq water. </li>
+
−
                  <li>Add 2 microlitres of T4DNA ligase buffer. </li>
+
−
                  <li>Add 0.5 microlitre of ligase then mix gently and incubate at room temperature for 30 minutes or longer </li>
+
−
                </ol>
+
−
              </p>
+
−
            </div>
+
−
          </div>
+
−
        </li>
+
−
        <li class="timeline-inverted">
+
−
          <div class="timeline-badge warning"><i class="glyphicon glyphicon-credit-card"></i></div>
+
−
          <div class="timeline-panel">
+
−
            <div class="timeline-heading">
+
−
              <h4 class="timeline-title">July 21<sup>st</sup> 2016</h4>
+
−
            </div>
+
−
            <div class="timeline-body">
+
−
              <p>
+
−
                <ol>
+
−
                  <li>Did some plating. </li>
+
−
                  <li>Plated three agar types:</li>
+
−
                    <ul>A. 4 plates of no antibiotic </ul>
+
−
                    <ul>B. 10 plates of kanamycin (CM)</ul>
+
−
                    <ul>C. 10 plates of ampicillin (Amp)</ul>
+
−
                  <li>Purpose: try to find the antibiotic marker on bacteria.</li>
+
−
                  <li>Observational expectations: If it’s purple, then there is no Cld gene sequence. If white then has CLd gene sequence. </li>
+
−
                  <li>Lives or dies on certain plates. Alive on ampicillin, then it has the marker. Dies it has the CM marker. </li>
+
−
                  <li>Added 20 microlitres in each plate</li>
+
−
                    <ul>A. A total of 7 plates</ul>
+
−
                    <ul>B. DNA minus has none, CM, and AMP</ul>
+
−
                    <ul>C. Positive control has CM and AMP</ul>
+
−
                    <ul>D. Cld +/- has CM and AMP</ul>
+
−
                </ol>
+
−
                <h4>Competent cell transformation:</h4>
+
−
                <ol>
+
−
                  <li>1 microlitre of positive control added to competent cells (positive control: CPB we used yesterday before cutting and gluing)</li>
+
−
                  <li>10 microlitre of cloned plasmid added to competent cells (Cloned plasmid is what we did yesterday).</li>
+
−
                  <li>Positive control, negative control, and cloned plasmid were chilled for 30 minutes, heat shocked for 90 seconds, chilled on ice for 5 minutes, and finally incubated at 37 degrees celsius with 1 ml of LB broth.</li>
+
−
                </ol>
+
−
              </p>
+
−
            </div>
+
−
          </div>
+
−
        </li>
+
−
        <li>
+
−
          <div class="timeline-badge danger"><i class="glyphicon glyphicon-credit-card"></i></div>
+
−
          <div class="timeline-panel">
+
−
            <div class="timeline-heading">
+
−
              <h4 class="timeline-title">July 22<sup>nd</sup> 2016</h4>
+
−
            </div>
+
−
            <div class="timeline-body">
+
−
              <p>
+
−
               
+
−
                 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
−
 
+
  
−
                  <table style="width:96%">
+
<!-- THIS IS WHERE THE CONTENT GOES-->
−
                      <tr>
+
−
                          <th></th>
+
−
                          <th>+ control</th>
+
−
                          <th>DNA -</th>
+
−
                          <th>Cld +</th>
+
−
                          <th>Cld -</th>
+
−
                      </tr>
+
−
                      <tr>
+
−
                          <td>No Antibiotic</td>
+
−
                          <td></td>
+
−
                          <td>Yes, very thick</td>
+
−
                          <td></td>
+
−
                          <td></rd>
+
−
                      </tr>
+
−
                      <tr>
+
−
                          <td>Amp</td>
+
−
                          <td>No growth</td>
+
−
                          <td>No growth</td>
+
−
                          <td>No growth</td>
+
−
                          <td>No growth</td>
+
−
                      </tr>
+
−
                      <tr>
+
−
                          <td>CM</td>
+
−
                          <td>Growth (purple colonies)</td>
+
−
                          <td>No growth</td>
+
−
                          <td>Possibly purple and white*</td>
+
−
                      <td>Possible purple and white*</td>
+
−
                      </tr>
+
−
                  </table>
+
−
                * Purple colour will develop more over larger period of time (perhaps over the weekend)
+
−
              </p>
+
−
            </div>
+
−
          </div>
+
−
        </li>
+
−
        <li class="timeline-inverted">
+
−
          <div class="timeline-panel">
+
−
            <div class="timeline-heading">
+
−
              <h4 class="timeline-title">Mussum ipsum cacilds</h4>
+
−
            </div>
+
−
            <div class="timeline-body">
+
−
              <p>Mussum ipsum cacilds, vidis litro abertis. Consetis adipiscings elitis. Pra lá , depois divoltis porris, paradis. Paisis, filhis, espiritis santis. Mé faiz elementum girarzis, nisi eros vermeio, in elementis mé pra quem é amistosis quis leo. Manduma pindureta quium dia nois paga. Sapien in monti palavris qui num significa nadis i pareci latim. Interessantiss quisso pudia ce receita de bolis, mais bolis eu num gostis.</p>
+
−
            </div>
+
−
          </div>
+
−
        </li>
+
−
        <li>
+
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              <h4 class="timeline-title">Mussum ipsum cacilds</h4>
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              <p>Mussum ipsum cacilds, vidis litro abertis. Consetis adipiscings elitis. Pra lá , depois divoltis porris, paradis. Paisis, filhis, espiritis santis. Mé faiz elementum girarzis, nisi eros vermeio, in elementis mé pra quem é amistosis quis leo. Manduma pindureta quium dia nois paga. Sapien in monti palavris qui num significa nadis i pareci latim. Interessantiss quisso pudia ce receita de bolis, mais bolis eu num gostis.</p>
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<h1>Lab Notebook</h1>
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<h3 style:"text-align: center"><a href="https://static.igem.org/mediawiki/2016/b/b8/T--UrbanTundra_Edmonton--JuneNotebook_.pdf" target="_blank">June</a></h3>
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<h3 style:"text-align: center"><a href="https://static.igem.org/mediawiki/2016/5/5e/T--UrbanTundra_Edmonton--JulyNotebook_.pdf" target="_blank">July</a></h3>
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Latest revision as of 03:32, 2 December 2016


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